DTI file structure

Input data in a BIDS folder

└── sourcedata
    ├── sub-AD67003
    │   └── ses-s1
    │       ├── anat
    │       │   ├── sub-AD67003_ses-s1_T1w.json
    │       │   ├── sub-AD67003_ses-s1_T1w.nii
    │       │   └── sub-AD67003_ses-s1_T1w.nii.gz
    │       ├── dwi
    │       │   ├── sub-AD67003_ses-s1_acq-b0_dwi.json
    │       │   ├── sub-AD67003_ses-s1_acq-b0_dwi.nii
    │       │   ├── sub-AD67003_ses-s1_acq-b0_dwi.nii.gz
    │       │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi.bval
    │       │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi.bvec
    │       │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi.json
    │       │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi.nii
    │       │   └── sub-AD67003_ses-s1_dwi.nii.gz
    │       └── func
    │           ├── sub-AD67003_ses-s1_task-pa_bold.json
    │           ├── sub-AD67003_ses-s1_task-pa_bold.nii
    │           ├── sub-AD67003_ses-s1_task-pa_bold.nii.gz
    │           ├── sub-AD67003_ses-s1_task-rest_bold.json
    │           ├── sub-AD67003_ses-s1_task-rest_bold_long.nii
    │           ├── sub-AD67003_ses-s1_task-rest_bold_long.nii.gz
    │           ├── sub-AD67003_ses-s1_task-stim1_bold.json
    │           ├── sub-AD67003_ses-s1_task-stim1_bold.nii
    │           ├── sub-AD67003_ses-s1_task-stim1_bold.nii.gz
    │           ├── sub-AD67003_ses-s1_task-stim2_bold.json
    │           ├── sub-AD67003_ses-s1_task-stim2_bold.nii
    │           └── sub-AD67003_ses-s1_task-stim2_bold.nii.gz
    └── sub-AD67004
        └── ses-s1
            ├── anat
            │   ├── sub-AD67004_ses-s1_T1w.json
            │   ├── sub-AD67004_ses-s1_T1w.nii
            │   └── sub-AD67004_ses-s1_T1w.nii.gz
            ├── dwi
            │   ├── sub-AD67004_ses-s1_acq-b0_dwi.json
            │   ├── sub-AD67004_ses-s1_acq-b0_dwi.nii
            │   ├── sub-AD67004_ses-s1_acq-b0_dwi.nii.gz
            │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi.bval
            │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi.bvec
            │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi.json
            │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi.nii
            │   └── sub-AD67004_ses-s1_dwi.nii.gz
            └── func
                ├── sub-AD67004_ses-s1_task-pa_bold.json
                ├── sub-AD67004_ses-s1_task-pa_bold.nii
                ├── sub-AD67004_ses-s1_task-pa_bold.nii.gz
                ├── sub-AD67004_ses-s1_task-rest_bold.json
                ├── sub-AD67004_ses-s1_task-rest_bold_long.nii
                ├── sub-AD67004_ses-s1_task-rest_bold_long.nii.gz
                ├── sub-AD67004_ses-s1_task-stim1_bold.json
                ├── sub-AD67004_ses-s1_task-stim1_bold.nii
                ├── sub-AD67004_ses-s1_task-stim1_bold.nii.gz
                ├── sub-AD67004_ses-s1_task-stim2_bold.json
                ├── sub-AD67004_ses-s1_task-stim2_bold.nii
                └── sub-AD67004_ses-s1_task-stim2_bold.nii.gz

Setup parameters

the acqparams.txt needs to be edited manually

├── derived
│   └── TRIC_dwi_pipeline
│       ├── 0_params
│       │   ├── acqparams.txt
│       │   └── index.txt

This is the preprocessing before TBSS including topup correction (if selected), and eddy.

│       ├── 1_preprocessing
│       │   ├── eddy
│       │   │   ├── sub-AD67003
│       │   │   │   └── ses-s1
│       │   │   │       └── dwi
│       │   │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_eddy_unwarped_bet_mask.nii.gz
│       │   │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_eddy_unwarped_bet.nii.gz
│       │   │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_command_txt
│       │   │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_movement_rms
│       │   │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_outlier_free_data.nii.gz
│       │   │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_outlier_map
│       │   │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_outlier_n_sqr_stdev_map
│       │   │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_outlier_n_stdev_map
│       │   │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_outlier_report
│       │   │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_parameters
│       │   │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_post_eddy_shell_alignment_parameters
│       │   │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_post_eddy_shell_PE_translation_parameters
│       │   │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_restricted_movement_rms
│       │   │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_rotated_bvecs
│       │   │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_values_of_all_input_parameters
│       │   │   │           └── sub-AD67003_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.nii.gz
│       │   │   └── sub-AD67004
│       │   │       └── ses-s1
│       │   │           └── dwi
│       │   │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_eddy_unwarped_bet_mask.nii.gz
│       │   │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_eddy_unwarped_bet.nii.gz
│       │   │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_command_txt
│       │   │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_movement_rms
│       │   │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_outlier_free_data.nii.gz
│       │   │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_outlier_map
│       │   │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_outlier_n_sqr_stdev_map
│       │   │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_outlier_n_stdev_map
│       │   │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_outlier_report
│       │   │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_parameters
│       │   │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_post_eddy_shell_alignment_parameters
│       │   │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_post_eddy_shell_PE_translation_parameters
│       │   │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_restricted_movement_rms
│       │   │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_rotated_bvecs
│       │   │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.eddy_values_of_all_input_parameters
│       │   │               └── sub-AD67004_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.nii.gz
│       │   ├── eddy_qc
│       │   │   ├── sub-AD67003
│       │   │   │   └── ses-s1
│       │   │   │       └── dwi
│       │   │   │           └── sub-AD67003_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.gif
│       │   │   └── sub-AD67004
│       │   │       └── ses-s1
│       │   │           └── dwi
│       │   │               └── sub-AD67004_ses-s1_dwi_eddy_unwarped.gif
│       │   └── topup
│       │       ├── sub-AD67003
│       │       │   └── ses-s1
│       │       │       └── dwi
│       │       │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_AP_blip.nii.gz
│       │       │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_AP_blip_tmean.nii.gz
│       │       │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_AP_PA_blips.nii.gz
│       │       │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_AP_PA_blips.topup_log
│       │       │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_bet_mask.nii.gz
│       │       │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_bet.nii.gz
│       │       │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_field.nii.gz
│       │       │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_hifi_b0.nii.gz
│       │       │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_PA_blip.nii.gz
│       │       │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_topup_fieldcoef.nii.gz
│       │       │           └── sub-AD67003_ses-s1_dwi_topup_movpar.txt
│       │       └── sub-AD67004
│       │           └── ses-s1
│       │               └── dwi
│       │                   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_AP_blip.nii.gz
│       │                   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_AP_blip_tmean.nii.gz
│       │                   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_AP_PA_blips.nii.gz
│       │                   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_AP_PA_blips.topup_log
│       │                   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_bet_mask.nii.gz
│       │                   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_bet.nii.gz
│       │                   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_field.nii.gz
│       │                   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_hifi_b0.nii.gz
│       │                   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_PA_blip.nii.gz
│       │                   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_topup_fieldcoef.nii.gz
│       │                   └── sub-AD67004_ses-s1_dwi_topup_movpar.txt

This is the TBSS output

│       ├── 2_tbss_fdt
│       │   ├── sub-AD67003
│       │   │   └── ses-s1
│       │   │       └── dwi
│       │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA.nii.gz
│       │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_L1.nii.gz
│       │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_L2.nii.gz
│       │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_L3.nii.gz
│       │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_MD.nii.gz
│       │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_MO.nii.gz
│       │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_S0.nii.gz
│       │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_V1.nii.gz
│       │   │           ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_V2.nii.gz
│       │   │           └── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_V3.nii.gz
│       │   └── sub-AD67004
│       │       └── ses-s1
│       │           └── dwi
│       │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA.nii.gz
│       │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_L1.nii.gz
│       │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_L2.nii.gz
│       │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_L3.nii.gz
│       │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_MD.nii.gz
│       │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_MO.nii.gz
│       │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_S0.nii.gz
│       │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_V1.nii.gz
│       │               ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_V2.nii.gz
│       │               └── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_V3.nii.gz

This is the TBSS FA output

│       ├── 3_tbss
│       │   └── FA
│       │       ├── FA
│       │       │   ├── best.msf
│       │       │   ├── slicesdir
│       │       │   │   ├── grota.png
│       │       │   │   ├── grotb.png
│       │       │   │   ├── grotc.png
│       │       │   │   ├── grotd.png
│       │       │   │   ├── grote.png
│       │       │   │   ├── grotf.png
│       │       │   │   ├── grotg.png
│       │       │   │   ├── groth.png
│       │       │   │   ├── groti.png
│       │       │   │   ├── index.html
│       │       │   │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA_FA.png
│       │       │   │   └── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA_FA.png
│       │       │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA_FA_mask.nii.gz
│       │       │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA_FA.nii.gz
│       │       │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA_FA_to_target.log
│       │       │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA_FA_to_target.mat
│       │       │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA_FA_to_target.nii.gz
│       │       │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA_FA_to_target_warp.msf
│       │       │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA_FA_to_target_warp.nii.gz
│       │       │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA_FA_mask.nii.gz
│       │       │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA_FA.nii.gz
│       │       │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA_FA_to_target.log
│       │       │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA_FA_to_target.mat
│       │       │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA_FA_to_target.nii.gz
│       │       │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA_FA_to_target_warp.msf
│       │       │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA_FA_to_target_warp.nii.gz
│       │       │   ├── target.nii.gz
│       │       │   └── tbss_logs
│       │       │       ├── tbss_2_reg.e292258.1
│       │       │       ├── tbss_2_reg.e292258.2
│       │       │       ├── tbss_2_reg.o292258.1
│       │       │       └── tbss_2_reg.o292258.2
│       │       ├── origdata
│       │       │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA.nii.gz
│       │       │   └── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA.nii.gz
│       │       └── stats
│       │           ├── all_FA.nii.gz
│       │           ├── all_FA_skeletonised.nii.gz
│       │           ├── mean_FA_mask.nii.gz
│       │           ├── mean_FA.nii.gz
│       │           ├── mean_FA_skeleton_mask_dst.nii.gz
│       │           ├── mean_FA_skeleton_mask.nii.gz
│       │           ├── mean_FA_skeleton.nii.gz
│       │           └── thresh.txt

This is the TBSS nonFA output

│       └── 4_nonFA_copy_chaos
│           ├── L
│           │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_L1.nii.gz
│           │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_L2.nii.gz
│           │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_L3.nii.gz
│           │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_L1.nii.gz
│           │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_L2.nii.gz
│           │   └── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_L3.nii.gz
│           └── tbss
│               ├── FA
│               │   ├── best.msf
│               │   ├── slicesdir
│               │   │   ├── grota.png
│               │   │   ├── grotb.png
│               │   │   ├── grotc.png
│               │   │   ├── grotd.png
│               │   │   ├── grote.png
│               │   │   ├── grotf.png
│               │   │   ├── grotg.png
│               │   │   ├── groth.png
│               │   │   ├── groti.png
│               │   │   ├── index.html
│               │   │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA.png
│               │   │   └── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA.png
│               │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA_mask.nii.gz
│               │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA.nii.gz
│               │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA_to_target.log
│               │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA_to_target.mat
│               │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA_to_target.nii.gz
│               │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA_to_target_warp.msf
│               │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA_to_target_warp.nii.gz
│               │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA_mask.nii.gz
│               │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA.nii.gz
│               │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA_to_target.log
│               │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA_to_target.mat
│               │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA_to_target.nii.gz
│               │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA_to_target_warp.msf
│               │   ├── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA_to_target_warp.nii.gz
│               │   ├── target.nii.gz
│               │   └── tbss_logs
│               │       ├── tbss_2_reg.e292258.1
│               │       ├── tbss_2_reg.e292258.2
│               │       ├── tbss_2_reg.o292258.1
│               │       └── tbss_2_reg.o292258.2
│               ├── MD
│               │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA.nii.gz
│               │   └── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA.nii.gz
│               ├── origdata
│               │   ├── sub-AD67003_ses-s1_dwi_fdt_FA.nii.gz
│               │   └── sub-AD67004_ses-s1_dwi_fdt_FA.nii.gz
│               └── stats
│                   ├── all_FA.nii.gz
│                   ├── all_FA_skeletonised.nii.gz
│                   ├── mean_FA_mask.nii.gz
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│                   └── thresh.txt