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Dieses öffentliche Repository ist eine kursbegleitende Kollaboration von Kursteilnehmern aus dem Masterstudiengang BIDS der Graduate School Rhein-Neckar in Kooperation mit dem MIRACUM Konsortium der Medinzin-Informatik-Initiative.
Wir haben als Ziel das Bachmann-Modell als Fully Featured COMBINE Archive bereitzustellen
In dieser Wiki wird das Datamanagement für das Bachmann-Modell als Fully Featured COMBINE Archive dokumentiert.
Um das Bachmann-Modell als Fully Featured COMBINE Archive bereitzustellen, benötigen wir eine Teamarbeit. Die Arbeitsgruppen haben 2 oder 3 Mitglieder mit folgenden Aufgaben.
- Gruppe 1: Sichtung vorhandener Materialien; Komposition des COMBINE Archives; Dokumentationstemplate; Prüfung der Zwischenergebnisse
- Gruppe 2: Vergleich der bereitgestellten SBML-Modelle, Auswahl und Bereitstellung ausführlicher Metadaten
- Gruppe 3: Bereitstellung des SBGN-Modells (grafische Darstellung)
- Gruppe 4: Bereitstellung mind. eines SED-ML-Skripts (ggf. mehrere)
Die Teamarbeit der Kursmitglieder läuft unter Anleitung, Begleitung und kontinuierlicher Prüfung von Dr. Dagmar Waltemath.
Bioinformatics & Systems biology SS 2021
- Synopsis Group 1
- Sources of Bachmann model
- Software tools for simulation
- How to build a Fully Featured COMBINE Archive?
- Communication channels
- Provision of a template for documentation
- Schedule (draft)
- Review of results
- COMBINE Archive (Testversion!)
- Synopsis Group 2
- Finding of SBML models
- Comparison of SBML models
- The chosen one
- Simulation tools
- Metadata
- Improving metadata annotations
- Synopsis Group 3
- SBGN Maps for Bachmann model
- Choice of SBGN language
- Tool to draw the SBGN Map
- SBGN-Map Drawing, Validation & Beautification
- Integration into COMBINE Archive
- Synopsis Group 4
- Selection of experiments
- Selection of SED-ML tool(s)
- Generation of SED-ML file(s)
- Integration into COMBINE Archive
- Test of SED-ML files and COMBINE Archive