Add sterf protocole with export + synthese

.gitignore

@@ -1,2 +1,4 @@
 .vscode
-custom.json
+custom.json
+
+.DS_Store

sterf/config.json

@@ -0,0 +1,15 @@
+{
+  "tree": {
+    "module": {
+      "site": {
+        "visit": {
+          "observation": null
+        }
+      }
+    }
+  },
+  "data": {
+    "nomenclature": ["TYPE_SITE", "METH_DETERMIN"],
+    "user": ["__CODE_LIST_INVENTOR", "__CODE_LIST_OBSERVER"]
+  }
+}

sterf/exports/csv/export_csv.sql

@@ -0,0 +1,68 @@
+------- Export des observations STERF ----------
+ DROP VIEW  IF EXISTS gn_monitoring.v_export_sterf_standard;
+
+CREATE OR REPLACE VIEW gn_monitoring.v_export_sterf_standard AS (
+    SELECT
+    -- identifiant unique
+    o.uuid_observation AS uuid_observation,
+    -- Site et variables associées
+    s.base_site_name AS nom_transect,
+    st_astext(s.geom) AS wkt_transect,
+    st_x(st_centroid(s.geom_local)) AS x_centroid_local,
+    st_y(st_centroid(s.geom_local)) AS y_centroid_local,
+    alt.altitude_min AS altitude_min,
+    alt.altitude_max AS altitude_max,
+    string_agg(distinct(com.area_name),', ') AS communes,
+    nullif(sc.data::json ->> 'tirage_site', 'null') AS tirage_site,
+    nullif(sc.data::json ->> 'habitat_1', 'null') AS habitat_1,
+    nullif(sc.data::json ->> 'habitat_2', 'null') AS habitat_2,
+    nullif(sc.data::json ->> 'habitat_3', 'null') AS habitat_3,    
+    nullif(sc.data::json ->> 'habitat_4', 'null') AS habitat_4,
+    -- Informations sur la visite
+    v.id_dataset, 
+    d.dataset_name AS jeu_de_donnees,
+    v.uuid_base_visit AS uuid_visite,
+    v.visit_date_min AS date_visite,
+    nullif(vc.data::json ->> 'duration', 'null') AS duree_parcours,
+    obs.observers,
+    nullif(vc.data::json ->> 'start_time', 'null') AS heure_debut,
+    nullif(vc.data::json ->> 'meteo_cond', 'null') AS conditions_meteo,
+    nullif(vc.data::json ->> 'temperature', 'null') AS temperature,
+    nullif(vc.data::json ->> 'vent', 'null') AS vent,
+    nullif(vc.data::json ->> 'ennuagement', 'null') AS ennuagement,
+    v.comments AS commentaire_visite,
+    -- Informations sur l'observation
+    o.cd_nom AS cd_nom,
+    t.lb_nom AS nom_latin,
+    t.nom_vern AS nom_francais,
+    r.prenom_role||' '||r.nom_role AS determinateur,
+    nullif(oc.data::json ->> 'count_min', 'null') AS count_min,
+    nullif(oc.data::json ->> 'count_max', 'null') AS count_max,
+    ref_nomenclatures.get_nomenclature_label(nullif(json_extract_path(oc.data::json,'id_nomenclature_determination_method')::text,'null')::integer, 'fr') AS methode_determ,
+    o.comments AS commentaire_obs
+FROM gn_monitoring.t_observations o
+JOIN gn_monitoring.t_observation_complements oc ON oc.id_observation = o.id_observation
+JOIN gn_monitoring.t_base_visits v ON o.id_base_visit = v.id_base_visit
+JOIN gn_monitoring.t_visit_complements vc ON v.id_base_visit = vc.id_base_visit
+JOIN gn_monitoring.t_base_sites s ON s.id_base_site = v.id_base_site
+JOIN gn_monitoring.t_site_complements sc ON sc.id_base_site = s.id_base_site
+JOIN gn_commons.t_modules m ON m.id_module = v.id_module
+JOIN taxonomie.taxref t ON t.cd_nom = o.cd_nom
+LEFT JOIN gn_monitoring.cor_site_area csa ON csa.id_base_site = s.id_base_site
+LEFT JOIN gn_meta.t_datasets d ON d.id_dataset=v.id_dataset
+LEFT JOIN (select la.area_name, csa.id_base_site
+    FROM ref_geo.l_areas la
+    JOIN ref_geo.bib_areas_types bat ON la.id_type = bat.id_type
+    JOIN gn_monitoring.cor_site_area csa ON csa.id_area = la.id_area
+    WHERE bat.type_code='COM') com ON s.id_base_site = com.id_base_site
+LEFT JOIN LATERAL ( SELECT array_agg(r.id_role) AS ids_observers,
+    string_agg(concat(r.nom_role, ' ', r.prenom_role, ' (',org.nom_organisme,') '), ' ; '::text) AS observers
+    FROM gn_monitoring.cor_visit_observer cvo
+    JOIN utilisateurs.t_roles r ON r.id_role = cvo.id_role
+    LEFT JOIN utilisateurs.bib_organismes org ON org.id_organisme =r.id_organisme
+    WHERE cvo.id_base_visit = v.id_base_visit) obs ON true
+LEFT JOIN LATERAL ref_geo.fct_get_altitude_intersection(s.geom_local) alt(altitude_min, altitude_max) ON true
+LEFT JOIN utilisateurs.t_roles r ON nullif(json_extract_path(oc.data::json,'determiner')::text,'null')::integer = r.id_role
+WHERE m.module_code = 'sterf'
+GROUP BY 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33
+);

sterf/module.json

@@ -0,0 +1,7 @@
+{
+    "module_label":"Suivi Temporel des Rhopalocères de France",
+    "module_desc":"Module de saisie du protocole STERF",
+    "export_csv": [
+      { "label": "Format observations CSV", "type":"csv" , "method": "standard" }
+    ]
+}

sterf/nomenclature.json

@@ -0,0 +1,18 @@
+{
+  "types": [
+    {
+      "mnemonique": "TYPE_SITE",
+      "label_default": "Type de sites",
+      "definition_default": "Nomenclature des types de sites suivi dans gn_monitoring."
+    }
+  ],
+  "nomenclatures": [
+    {
+      "type": "TYPE_SITE",
+      "cd_nomenclature": "STERF",
+      "mnemonique": "Site_STERF",
+      "label_default": "Site STERF",
+      "definition_default": "Site de relevé du protocole STERF"
+    }
+  ]
+}

sterf/observation.json

@@ -0,0 +1,58 @@
+{
+  "display_properties": [
+    "cd_nom",
+    "id_nomenclature_determination_method",
+    "determiner",
+    "count_min",
+    "count_max",
+    "comments"
+  ],
+  "display_list": [
+    "cd_nom",
+    "id_nomenclature_determination_method",
+    "count_min",
+    "count_max"
+  ],
+  "keep": [
+   "determiner",
+   "id_nomenclature_determination_method"
+  ],
+  "specific": {
+    "determiner": {
+      "type_widget": "datalist",
+      "attribut_label": "Déterminateur",
+      "api": "users/menu/__MODULE.ID_LIST_OBSERVER",
+      "application": "GeoNature",
+      "keyValue": "id_role",
+      "keyLabel": "nom_complet",
+      "type_util": "user",
+      "required": true
+    },
+    "id_nomenclature_determination_method": {
+      "type_widget": "datalist",
+      "attribut_label": "Méthode de détermination",
+      "api": "nomenclatures/nomenclature/METH_DETERMIN",
+      "application": "GeoNature",
+      "keyValue": "id_nomenclature",
+      "keyLabel": "label_fr",
+      "data_path": "values",
+      "type_util": "nomenclature",
+      "required": false,
+      "default": {
+        "cd_nomenclature": "67"
+      }
+    },
+    "count_min": {
+      "type_widget": "number",
+      "attribut_label": "Effectif minimal dénombré",
+      "required": true,
+      "min": 1
+    },
+    "count_max": {
+      "type_widget": "number",
+      "attribut_label": "Effectif maximal dénombré",
+      "required": true,
+      "min": "({value}) => value.count_min "
+    }
+  }
+}

sterf/site.json

@@ -0,0 +1,102 @@
+
+{
+  "genre":"M",
+  "geometry_type": "LineString",
+  "label": "Transect",
+  "label_list": "Transects",
+  "map_label_field_name": "base_site_name",
+  "display_properties": [
+    "base_site_name",
+    "id_inventor",
+    "first_use_date",
+    "last_visit",
+    "nb_visits",
+    "tirage_site",
+    "habitat_1",
+    "habitat_2",
+    "habitat_3",
+    "habitat_4"
+ ],
+  "display_list": [
+    "base_site_name",
+    "first_use_date",
+    "last_visit",
+    "nb_visits"
+  ],
+  "keep": [
+   "id_inventor",
+   "tirage_site"
+  ],
+  "specific": {
+    "id_nomenclature_type_site": {
+      "type_widget": "nomenclature",
+      "attribut_label": "Type site",
+      "code_nomenclature_type": "TYPE_SITE",
+      "type_util": "nomenclature",
+      "required": true,
+      "value": {
+        "code_nomenclature_type": "TYPE_SITE",
+        "cd_nomenclature": "STERF"
+      },
+      "hidden": true
+    },
+    "tirage_site": {
+      "type_widget": "select",
+      "attribut_label": "Modalité de sélection du site *",
+      "required": true,
+      "values": ["Tiré aléatoirement", "Choisi"],
+      "value":"Choisi"
+    },
+    "habitat_1": {
+      "type_widget": "select",
+      "attribut_label": "Habitat (subdivision 1) *",
+      "required": true,
+      "values": ["A. Forêt (arbres > 5m de hauteur)","B. Buissons ou jeune forêt (<5m de hauteur)","C. Pelouses, marais et landes","D. Milieux agricoles","E. Milieux bâtis ou urbanisés","G. Rochers terrestres ou côtiers"]
+    },
+    "habitat_2": {
+      "type_widget": "select",
+      "required": false,
+      "attribut_label": "Habitat (subdivision 2)",
+      "values": [
+        "({value}) => {",
+        "  if (value.habitat_1 == 'A. Forêt (arbres > 5m de hauteur)') { return [ 'a. Feuillus exclusifs','b. Mixte dom. Feuillus (< 10% conifères)','c. Mixte dom. conifères (< 10% feuillus)','d. Conifères exclusifs','e. Mixte' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'B. Buissons ou jeune forêt (<5m de hauteur)') { return [ 'a. Feuillus exclusifs','b. Mixte dom. feuillus (< 10% conifères)','c. Mixte dom. conifères (< 10% feuillus)','d. Conifères exclusifs','e. Mixte' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'C. Pelouses, marais et landes') { return [ 'a. Pelouse calcaire sèche','b. Lande herbacée','c. Lande à bruyères','d. Autres pelouses sèches','e. Pelouse d altitude', 'f. Pelouse humide naturelle', 'g. Pelouse inondée/marais pâturé', 'h. Tourbière', 'i. Roselière', 'j. Marais salant (halophile)', 'k. Autres zones humides ouvertes' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'D. Milieux agricoles') { return [ 'a. Prairie cultivée','b. Prairie non cultivée','c. Prairie / cultures mixtes','d. Grandes cultures','e. Vergers / vignes / cultures maraîchères','f. Autres types de cultures' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'E. Milieux bâtis ou urbanisés') { return [ 'a Zone urbaine résidentielle','b Zone urbaine industrielle','c Zone suburbaine résidentielle','d Zone suburbaine industrelle','e Zone rurale' ] }",
+        "  else { return [ 'a. Falaise','b. Eboulis, pente rocheuse','c. Carrière','d. Autres sols rocheux' ]} ",
+        "}"
+      ]
+    },
+    "habitat_3": {
+      "type_widget": "select",
+      "required": false,
+      "attribut_label": "Habitat (subdivision 3)",
+      "values": [
+        "({value}) => {",
+        "  if (value.habitat_1 == 'A. Forêt (arbres > 5m de hauteur)') { return [ '1. Sous-bois dense','2. Sous-bois clair','3. Clairière et lisière','4. Parc (arbres épars et prairies)' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'B. Buissons ou jeune forêt (<5m de hauteur)') { return [ '1. Forêt de régénération ou taillis','2. Buissons calcicoles','3. Lande arbustive non calcicole','4. Garrigue (calcaire) (Méditerr)','5. Maquis (non calcaire) (Méditerr)','6. Buissons de zones humides' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'C. Pelouses, marais et landes') { return [ '1. Entouré de haies avec arbres','2. Entouré de haies de buissons','3. Entouré de ligne d arbres sans haie','4. Avec buissons épars','5. Sans buissons épars','6. Groupes isolés de 1-10 arbres','7. Autres limites de terrain (digue, fossé, mur, ...)' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'D. Milieux agricoles') { return [ '1. Entouré de haies avec arbres','2. Entouré de haies de buissons','3. Entouré de ligne d arbres sans haie','4. Entouré de bandes herbeuses','5. Avec des groupes isolés de 1-10 arbres','6. Autre limite de terrain (digue, fossé, mur, ...)' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'E. Milieux bâtis ou urbanisés') { return [ '1. Zones bâties prédominantes','2. Jardin','3. Parc public, zone de loisirs','4. Bord d une route (< 50 m)','5. Bord d un chemin de fer (< 50 m)','6. Décharge d’ordures' ] }",
+        "  else { return [ '1. En montagne','2. En bord de mer','3. En bord de lac ou de rivière','4. Autre' ]} ",
+        "}"
+      ]
+    },
+    "habitat_4": {
+      "type_widget": "select",
+      "required": false,
+      "attribut_label": "Habitat (subdivision 4)",
+      "values": [
+        "({value}) => {",
+        "  if (value.habitat_1 == 'A. Forêt (arbres > 5m de hauteur)') { return [ 'a. Non perturbé','b. Peu exploité','c. Fortement exploité','d. Pâturé' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'B. Buissons ou jeune forêt (<5m de hauteur)') { return [ 'a. Non perturbé','b. Peu exploité','c. Fortement exploité','d. Pâturé' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'C. Pelouses, marais et landes') { return [ 'a. Non perturbé/non exploité','b. Fauché','c. Pâturé' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'D. Milieux agricoles') { return [ 'a. Non exploité (jachère)','b. Fauché','c. Pâturé','d. Céréales','e. Arbres fruitiers','f. Autres cultures' ] }",
+        "  if (value.habitat_1 == 'E. Milieux bâtis ou urbanisés') { return [ 'a. Avec peu d espaces verts (< 25 %)','b. Avec des espaces verts surtout composés de pelouses','c. Avec des espaces verts buissonants (parterres, friches)','d. Avec des espaces verts fortement arborés','e. Avec un (des) potager(s)' ] }",
+        "  else { return [ 'a. A dominante calcaire avec végétation herbacée rase','b. A dominante calcaire avec végétation herbacée haute','c. A dominante calcaire avec végétation buissonnante','d. A dominante non calcaire avec végétation herbacée rase','e. A dominante non calcaire avec végétation herbacée haute','f. A dominante non calcaire avec végétation buissonnante' ]} ",
+        "}"
+      ]
+    }
+  }
+}

sterf/synthese.sql

@@ -0,0 +1,67 @@
+-- #############################
+-- 	Création d'une vue 
+--		permettant la remonté des données 
+--		STERF dans la synthèse
+-- #############################
+DROP VIEW IF EXISTS gn_monitoring.v_synthese_sterf;
+
+-- gn_monitoring.v_synthese_sterf 
+CREATE OR REPLACE VIEW gn_monitoring.v_synthese_sterf
+AS WITH source AS (
+         SELECT t_sources.id_source
+           FROM gn_synthese.t_sources
+          WHERE t_sources.name_source::text = concat('MONITORING_', upper('sterf'::text))
+         LIMIT 1
+        )
+ SELECT o.uuid_observation AS unique_id_sinp,
+    v.uuid_base_visit AS unique_id_sinp_grp,
+    ( SELECT source.id_source
+           FROM source) AS id_source,
+    o.id_observation AS entity_source_pk_value,
+    v.id_dataset,
+    ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('METH_OBS'::character varying, '0'::character varying) AS id_nomenclature_obs_meth,
+    ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('STADE_VIE'::character varying, '15'::character varying) AS id_nomenclature_life_stage,
+    ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('SEXE'::character varying, '6'::character varying) AS id_nomenclature_sex,
+    ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('OBJ_DENBR'::character varying, 'IND'::character varying) AS id_nomenclature_obj_count,
+    ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('TYP_DENBR'::character varying, 'Co'::character varying) AS id_nomenclature_type_count,
+    ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('STATUT_OBS'::character varying, 'Pr'::character varying) AS id_nomenclature_observation_status,
+    ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('STATUT_SOURCE'::character varying, 'Te'::character varying) AS id_nomenclature_source_status,
+    ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('TYP_INF_GEO'::character varying, '1'::character varying) AS id_nomenclature_info_geo_type,
+    ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('ETA_BIO'::character varying, '2'::character varying) AS id_nomenclature_bio_condition,
+    ((oc.data::json #> '{count_min}'::text[])::text)::integer AS count_min,
+    ((oc.data::json #> '{count_max}'::text[])::text)::integer AS count_max,
+    o.id_observation,
+    o.cd_nom,
+    t.nom_complet AS nom_cite,
+    alt.altitude_min,
+    alt.altitude_max,
+    s.geom AS the_geom_4326,
+    st_centroid(s.geom) AS the_geom_point,
+    s.geom_local AS the_geom_local,
+    v.visit_date_min AS date_min,
+    v.visit_date_max AS date_max,
+    obs.observers,
+    s.id_digitiser,
+    ((oc.data::json #> '{id_nomenclature_determination_method}'::text[])::text)::integer AS id_nomenclature_determination_method,
+    v.id_module,
+    v.comments AS comment_context,
+    o.comments AS comment_description,
+    obs.ids_observers,
+    v.id_base_site,
+    v.id_base_visit,
+    jsonb_build_object('nom_site', s.base_site_name, 'code_site', s.base_site_code, 'habitat_1', NULLIF(replace((sc.data::json -> 'habitat_1'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text), 'habitat_2', NULLIF(replace((sc.data::json -> 'habitat_2'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text), 'habitat_3', NULLIF(replace((sc.data::json -> 'habitat_3'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text), 'habitat_4', NULLIF(replace((sc.data::json -> 'habitat_4'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text), 'vent', NULLIF(replace((vc.data::json -> 'vent'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text), 'ennuagement', NULLIF(replace((vc.data::json -> 'ennuagement'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text), 'temperature', NULLIF(replace((vc.data::json -> 'temperature'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text), 'meteo_favorable', NULLIF(replace((vc.data::json -> 'meteo_cond'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text), 'duree_transect', NULLIF(replace((vc.data::json -> 'duration'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text), 'heure_debut', NULLIF(replace((vc.data::json -> 'start_time'::text)::text, '"'::text, ''::text), 'null'::text)) AS additional_data
+   FROM gn_monitoring.t_base_visits v
+     JOIN gn_monitoring.t_visit_complements vc ON v.id_base_visit = vc.id_base_visit
+     JOIN gn_monitoring.t_base_sites s ON s.id_base_site = v.id_base_site
+     JOIN gn_monitoring.t_site_complements sc ON s.id_base_site = sc.id_base_site
+     JOIN gn_commons.t_modules m ON m.id_module = v.id_module
+     JOIN gn_monitoring.t_observations o ON o.id_base_visit = v.id_base_visit
+     JOIN gn_monitoring.t_observation_complements oc ON oc.id_observation = o.id_observation
+     JOIN taxonomie.taxref t ON t.cd_nom = o.cd_nom
+     LEFT JOIN LATERAL ( SELECT array_agg(r.id_role) AS ids_observers,
+            string_agg(concat(r.nom_role, ' ', r.prenom_role), ' ; '::text) AS observers
+           FROM gn_monitoring.cor_visit_observer cvo
+             JOIN utilisateurs.t_roles r ON r.id_role = cvo.id_role
+          WHERE cvo.id_base_visit = v.id_base_visit) obs ON true
+     LEFT JOIN LATERAL ref_geo.fct_get_altitude_intersection(s.geom_local) alt(altitude_min, altitude_max) ON true
+  WHERE m.module_code::text = 'sterf'::text;