Introduction

Ce dossier contient le code 'freeze' de solidification du bain autour d'une particule d'alumine, ainsi que les dependances necessaires a la compilation.

Dependances externes

Les packages suivant doivent etre installe et accessibles:

• petsc version 3.7.6 (fichiers de developpement) freeze supporte probablement les version ulterieurs de petsc, mais ces cas de figures n'ont pas ete testes. La version 3.6.3 n'est pas supportee. La version 3.7.6 est supportee La version 3.7.7 est supportee Voir la section plus bas pour installer petsc!
• liblapacke-dev version 3.5.0 (fichiers de developpement)
• clang++ version 3.8.0
• g++ version 4.8.4

Compilation

Il faut commence par configurer la variable PETSC_DIR dans le fichier config.mk. (voir la section sur l'installation de petsc plus bas) La variable PETSC_DIR doit pointer vers le dossier d'installation de petsc. Elle a la meme semantique que dans le package petsc lui-meme.

Il suffit ensuite de lancer gnu make:

  user@hostname freeze> make

L'executable et les fichier de configuration se trouves dans le dossier freeze/bin/.

La compilation des differents packages installe des header (*.hpp) et des librairies (lib*.a) dans les dossiers ~/.local/lib/ et ~/.local/include/.

Freeze: execution du code de simulation de formation de gel

Le dossier freeze/bin/ contient une serie de fichiers de parametres qui correspondent a differents problemes, dont la description est la suivante:

• aluminium-slab.conf: gel d'aluminium metallique sur une plaque infinie

• cryolite-particle.conf: gel de bain sur une particule de cryolite

• cryolite-particle-remelt.conf: gel de bain sur une particule de cryolite avec refonte

• cryolite-particle-remelt-study.conf: gel de bain sur une particule de cryolite avec refonte, resultats consignes dans la these,

• cryolite-slab.conf: gel de cryolite sur une plaque infinie

• cryolite-slab-remelt.conf: gel de cryolite sur une plaque infinie avec refonte

• double-growth.conf: convergence vers une solution a l'equilibre non triviale en coordonnees cartesiennes

• double-spherical-growth.conf: convergence vers une solution a l'equilibre non triviale en coordonnees spheriques

• stephan-exact-neumann-solution.conf: convergence L2 de la solution exacte de Neumann.

Les resultats consignes dans la these peuvent etre obtenus avec la command suivante:

  user@hostname freeze/freeze/bin> ./freeze  cryolite-particle-remelt-study.conf

pour l'evolution du rayon de gel en fonction du temps, et

  user@hostname freeze/freeze/bin> ./neumann stephan-exact-neumann-solution.conf

pour la convergence de l'erreur du schema de Chernoff.

Description des packages

• freeze: Implementation du schema de Chernoff en une dimension, coordonnee cartesienne ou spherique, Depend de: parameters, potential

• parameter: Interpretation de fichier de parametres, et gestion de collections de parametres, Depend de: spikes

• alucell-db-tools: acces en lecture/ecriture aux fichiers dbfile genere par le code d'Alucell, Depend de:

• lexer: Extraction de lexemes a partir d'une source de caracteres et de la definition d'un ensemble de lexemes. Depend de:

• potential: Template Finite Element Library (tfel); Librairie elements finits N dimensions base essentiellement sur des techniques de metaprogrammation en C++, oriente vers un haut niveau d'abstraction, et une syntaxe aussi proche que possible de la formulation mathematique d'un probleme elements finits. Depend de: alucell-db-tools, spikes

• spikes: collection de single header libraries. Depend de:

Installation de petsc

Compilation

La methode standard est d'installer les distributions de petsc dans le dossier ~/.local/opt/petsc/petsc-*.*.*/, ou *.*.* est a remplacer par la version, par exemple 3.7.7. A supposer que le tarball se nomme ~/petsc-3.7.7.tar.gz, on procede de la maniere suivant pour l'installation (on suppose l'utilisation d'un interpreteur bash):

  user@hostname ~> tar -xvf petsc-3.7.7.tar.gz; cd petsc-3.7.7/
  user@hostname ~> PETSC_DIR=$(HOME)/petsc-3.7.7 ./configure  --prefix=$(HOME)/.local/opt/petsc/petsc-3.7.7/
  user@hostname ~> PETSC_DIR=$(HOME)/petsc-3.7.7 make
  user@hostname ~> PETSC_DIR=$(HOME)/petsc-3.7.7 make install

On peut eventuellement exporter la variable PETSC_DIR dans le fichier .bashrc:

  export PETSC_DIR=/home/.../.local/opt/petsc/petsc-3.7.7/

pour que celle-ci soit definie par defaut dans chaque instance de l'interpreteur bash.

Un script install-petsc.sh est fourni pour automatiser la procedure.

Configuration du cache de librairies dynamiques

Comme le dossier d'installation des librairies dynamiques de petsc n'est pas standard, il faut probablement configurer le cache de librairies dynamiques de linux. Pour ce faire, on a deux solutions:

1. Ajouter le dossier /home/.../.local/opt/petsc/petsc-3.7.7/lib a la variable d'environement LD_LIBRARY_PATH:

     user@hostname ~> export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/.../.local/opt/petsc/petsc-3.7.7/lib

   Cette option a l'avantage de ne pas necessiter de droits d'admin.

2. Reconstruire le cache de ld. Il faut editer le fichier /etc/ld.so.conf, et ajouter la ligne suivante:

     /home/.../.local/opt/petsc/petsc-3.7.7/lib

   Puis reconstruire le cache en executant la commande suivante avec les droits d'admin:

     user@hostname ~# ldconfig 

   On peut verifier que la librairie dynamique figure bien dans le cache en executant:

     user@hostname ~# ldconfig -p