Skip to content

Commit

Permalink
Add files via upload
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
shelkmike authored Dec 25, 2022
1 parent aa3a9d6 commit fc76989
Show file tree
Hide file tree
Showing 3 changed files with 3 additions and 3 deletions.
2 changes: 1 addition & 1 deletion calculate_AG.py
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -87,7 +87,7 @@
s_number_of_busco_orthogroups_to_use = "1000" #сколько ортогрупп BUSCO использовать. Это строка, содержащая или число, или слово "all", если нужно использовать все. Если пользователь укажет больше, чем есть в используемой базе данных BUSCO, то calculate_AG всё равно будет использовать все.
s_maximum_allowed_intron_length = "from_BUSCO" #максимальная разрешённая длина интрона. По умолчанию, используется значение из файла dataset.cfg датасета BUSCO. Переменная начинается с "s_", потому что это строка. Ниже будет ещё переменная n_maximum_allowed_intron_length, которая число.

s_version_of_calculate_AG = "2.12" #версия этой программы. Всегда равна версии Mabs. Поскольку эта программа нужна, в первую очередь, для Mabs, то когда я увеличиваю номер версии Mabs, то увеличивается и номер версии calculate_AG, и наоборот.
s_version_of_calculate_AG = "2.13" #версия этой программы. Всегда равна версии Mabs. Поскольку эта программа нужна, в первую очередь, для Mabs, то когда я увеличиваю номер версии Mabs, то увеличивается и номер версии calculate_AG, и наоборот.

l_errors_in_command_line = [] #список ошибок в командной строке. Если пользователь совершил много ошибок, то calculate_AG напишет про них все, а не только про первую встреченную.

Expand Down
2 changes: 1 addition & 1 deletion mabs-flye.py
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -111,7 +111,7 @@
s_number_of_busco_orthogroups_to_use = "1000" #сколько ортогрупп BUSCO использовать. Это строка, содержащая или число, или слово "all", если нужно использовать все. Если пользователь укажет больше, чем есть в используемой базе данных BUSCO, то Mabs-flye всё равно будет использовать все.
s_maximum_allowed_intron_length = "from_BUSCO" #максимальная разрешённая длина интрона. По умолчанию, используется значение из файла dataset.cfg датасета BUSCO.

s_Mabs_version = "2.12"
s_Mabs_version = "2.13"

l_errors_in_command_line = [] #список ошибок в командной строке. Если пользователь совершил много ошибок, то Mabs-flye напишет про них все, а не только про первую встреченную.

Expand Down
2 changes: 1 addition & 1 deletion mabs-hifiasm.py
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -91,7 +91,7 @@
s_number_of_busco_orthogroups_to_use = "1000" #сколько ортогрупп BUSCO использовать. Это строка, содержащая или число, или слово "all", если нужно использовать все. Если пользователь укажет больше, чем есть в используемой базе данных BUSCO, то Mabs-hifiasm всё равно будет использовать все.
s_maximum_allowed_intron_length = "from_BUSCO" #максимальная разрешённая длина интрона. По умолчанию, используется значение из файла dataset.cfg датасета BUSCO.

s_Mabs_version = "2.12"
s_Mabs_version = "2.13"

l_errors_in_command_line = [] #список ошибок в командной строке. Если пользователь совершил много ошибок, то Mabs-hifiasm напишет про них все, а не только про первую встреченную.

Expand Down

0 comments on commit fc76989

Please sign in to comment.