Add files via upload

calculate_AG.py

@@ -87,7 +87,7 @@
 	s_number_of_busco_orthogroups_to_use = "1000" #сколько ортогрупп BUSCO использовать. Это строка, содержащая или число, или слово "all", если нужно использовать все. Если пользователь укажет больше, чем есть в используемой базе данных BUSCO, то Mabs-hifiasm всё равно будет использовать все.
 	s_maximum_allowed_intron_length = "from_BUSCO" #максимальная разрешённая длина интрона. По умолчанию, используется значение из файла dataset.cfg датасета BUSCO. Переменная начинается с "s_", потому что это строка. Ниже будет ещё переменная n_maximum_allowed_intron_length, которая число.
 
-	s_version_of_calculate_AG = "2.11" #версия этой программы. Всегда равна версии Mabs. Поскольку эта программа нужна, в первую очередь, для Mabs, то когда я увеличиваю номер версии Mabs, то увеличивается и номер версии calculate_AG, и наоборот.
+	s_version_of_calculate_AG = "2.12" #версия этой программы. Всегда равна версии Mabs. Поскольку эта программа нужна, в первую очередь, для Mabs, то когда я увеличиваю номер версии Mabs, то увеличивается и номер версии calculate_AG, и наоборот.
 
 	l_errors_in_command_line = [] #список ошибок в командной строке. Если пользователь совершил много ошибок, то calculate_AG напишет про них все, а не только про первую встреченную.
 
@@ -177,6 +177,13 @@
 
 		s_string_to_remove = re.escape(o_regular_expression_results.group(0))
 		s_command_line_reduced = re.sub(s_string_to_remove, "", s_command_line_reduced, 1)
+
+	#Проверяю, что выходной папки не существует, либо она существует и пустая. В противном случае, говорю пользователю, что это ошибка.  Не записываю эту ошибку в список l_errors_in_command_line , а сразу останавливаю работу, потому что если выходная папка уже существует, то в неё нельзя качать файлы BUSCO.
+	if os.path.exists(s_path_to_the_output_folder):
+		if len(os.listdir(s_path_to_the_output_folder)) != 0:
+			print("calculate_AG has stopped because the output folder already exists and is not empty.")
+			sys.exit()	
+
 	os.makedirs(s_path_to_the_output_folder, exist_ok = True)
 
 	#проверяю, что пользователь не указал одновременно --download_busco_dataset и --local_busco_dataset
@@ -854,7 +861,7 @@
 		f_AG_calculation_results.write("AG is 0")
 		sys.exit()
 
-	f_logs.write("AG is " + str(n_AG) + ". Number of genes in single-copy orthogroups is " + str(n_number_of_single_copy_genes_found_in_the_assembly) + ". Number of genes in true multicopy orthogroups " + str(n_number_of_true_multicopy_genes) + ". Number of genes in false multicopy orthogroups is " + str(n_number_of_false_multicopy_genes) +".\n")
+	f_logs.write("AG is " + str(n_AG) + ". Number of genes in single-copy orthogroups is " + str(n_number_of_single_copy_genes_found_in_the_assembly) + ". Number of genes in true multicopy orthogroups is " + str(n_number_of_true_multicopy_genes) + ". Number of genes in false multicopy orthogroups is " + str(n_number_of_false_multicopy_genes) +".\n")
 	f_AG_calculation_results.write("AG is " + str(n_AG))
 
 	f_logs.close

mabs-flye.py

@@ -111,7 +111,7 @@
 	s_number_of_busco_orthogroups_to_use = "1000" #сколько ортогрупп BUSCO использовать. Это строка, содержащая или число, или слово "all", если нужно использовать все. Если пользователь укажет больше, чем есть в используемой базе данных BUSCO, то Mabs-hifiasm всё равно будет использовать все.
 	s_maximum_allowed_intron_length = "from_BUSCO" #максимальная разрешённая длина интрона. По умолчанию, используется значение из файла dataset.cfg датасета BUSCO.
 
-	s_Mabs_version = "2.11"
+	s_Mabs_version = "2.12"
 
 	l_errors_in_command_line = [] #список ошибок в командной строке. Если пользователь совершил много ошибок, то Mabs-flye напишет про них все, а не только про первую встреченную.
 
@@ -169,6 +169,12 @@
 					print(str(n_error_number) + ") " + l_unavailable_files_and_folders[n_error_number - 1])
 				sys.exit()
 
+		#Проверяю, что выходной папки не существует, либо она существует и пустая. В противном случае, говорю пользователю, что это ошибка.
+		if os.path.exists(s_path_to_the_output_folder):
+			if len(os.listdir(s_path_to_the_output_folder)) != 0:
+				print("Mabs-flye has stopped because the output folder already exists and is not empty.")
+				sys.exit()
+
 		#создаю выходную папку Mabs
 		os.makedirs(s_path_to_the_output_folder, exist_ok = True)
 
@@ -260,6 +266,13 @@
 
 			s_string_to_remove = re.escape(o_regular_expression_results.group(0))
 			s_command_line_reduced = re.sub(s_string_to_remove, "", s_command_line_reduced, 1)
+
+		#Проверяю, что выходной папки не существует, либо она существует и пустая. В противном случае, говорю пользователю, что это ошибка. Не записываю эту ошибку в список l_errors_in_command_line , а сразу останавливаю работу, потому что если выходная папка уже существует, то в неё нельзя качать файлы BUSCO.
+		if os.path.exists(s_path_to_the_output_folder):
+			if len(os.listdir(s_path_to_the_output_folder)) != 0:
+				print("Mabs-flye has stopped because the output folder already exists and is not empty.")
+				sys.exit()
+
 		os.makedirs(s_path_to_the_output_folder, exist_ok = True)
 
 		#проверяю, что пользователь не указал одновременно --download_busco_dataset и --local_busco_dataset

mabs-hifiasm.py

@@ -91,7 +91,7 @@
 	s_number_of_busco_orthogroups_to_use = "1000" #сколько ортогрупп BUSCO использовать. Это строка, содержащая или число, или слово "all", если нужно использовать все. Если пользователь укажет больше, чем есть в используемой базе данных BUSCO, то Mabs-hifiasm всё равно будет использовать все.
 	s_maximum_allowed_intron_length = "from_BUSCO" #максимальная разрешённая длина интрона. По умолчанию, используется значение из файла dataset.cfg датасета BUSCO.
 
-	s_Mabs_version = "2.11"
+	s_Mabs_version = "2.12"
 
 	l_errors_in_command_line = [] #список ошибок в командной строке. Если пользователь совершил много ошибок, то Mabs-hifiasm напишет про них все, а не только про первую встреченную.
 
@@ -149,6 +149,12 @@
 					print(str(n_error_number) + ") " + l_unavailable_files_and_folders[n_error_number - 1])
 				sys.exit()
 
+		#Проверяю, что выходной папки не существует, либо она существует и пустая. В противном случае, говорю пользователю, что это ошибка.
+		if os.path.exists(s_path_to_the_output_folder):
+			if len(os.listdir(s_path_to_the_output_folder)) != 0:
+				print("Mabs-hifiasm has stopped because the output folder already exists and is not empty.")
+				sys.exit()
+
 		#создаю выходную папку Mabs
 		os.makedirs(s_path_to_the_output_folder, exist_ok = True)
 
@@ -250,6 +256,13 @@
 
 			s_string_to_remove = re.escape(o_regular_expression_results.group(0))
 			s_command_line_reduced = re.sub(s_string_to_remove, "", s_command_line_reduced, 1)
+
+		#Проверяю, что выходной папки не существует, либо она существует и пустая. В противном случае, говорю пользователю, что это ошибка. Не записываю эту ошибку в список l_errors_in_command_line , а сразу останавливаю работу, потому что если выходная папка уже существует, то в неё нельзя качать файлы BUSCO.
+		if os.path.exists(s_path_to_the_output_folder):
+			if len(os.listdir(s_path_to_the_output_folder)) != 0:
+				print("Mabs-hifiasm has stopped because the output folder already exists and is not empty.")
+				sys.exit()
+
 		os.makedirs(s_path_to_the_output_folder, exist_ok = True)
 
 		#проверяю, что пользователь не указал одновременно --download_busco_dataset и --local_busco_dataset