Nom tam fits 1 18

cadc-data-ops-fits/build.gradle

@@ -12,21 +12,21 @@ repositories {
 
 sourceCompatibility = 1.8
 group = 'org.opencadc'
-version = '0.2.9'
+version = '0.3.0'
 
 description = 'OpenCADC FITS cutout library'
 def git_url = 'https://github.com/opencadc/dal'
 
 dependencies {
-    compile 'org.opencadc:cadc-dali:[1.2.10,2.0.0)'
-    compile 'org.opencadc:cadc-util:[1.6,2.0)'
-    compile 'org.opencadc:cadc-soda-server:[1.2.1,2.0)'
-    compile 'org.opencadc:cadc-wcs:[2.0,3.0)'
-    compile 'org.opencadc:jsky:[1.0.0,2.0.0)'
-    compile 'org.opencadc:nom-tam-fits:[1.16.8,1.17.0)'
+    implementation 'org.opencadc:cadc-dali:[1.2.10,2.0.0)'
+    implementation 'org.opencadc:cadc-util:[1.6,2.0)'
+    implementation 'org.opencadc:cadc-soda-server:[1.2.1,2.0)'
+    implementation 'org.opencadc:cadc-wcs:[2.1.4,3.0)'
+    implementation 'org.opencadc:jsky:[1.0.0,2.0.0)'
+    implementation 'gov.nasa.gsfc.heasarc:nom-tam-fits:1.18.0'
 
     // Use JUnit test framework
-    testCompile 'junit:junit:[4.13,5.0)'
+    testImplementation 'junit:junit:[4.13,5.0)'
 }
 
 apply from: '../opencadc.gradle'

cadc-data-ops-fits/src/main/java/org/opencadc/fits/FitsOperations.java

@@ -83,7 +83,7 @@
 import nom.tam.fits.Header;
 import nom.tam.fits.HeaderCard;
 import nom.tam.util.Cursor;
-import nom.tam.util.RandomAccessDataObject;
+import nom.tam.util.RandomAccessFileIO;
 import org.apache.log4j.Logger;
 import org.opencadc.fits.slice.NDimensionalSlicer;
 import org.opencadc.soda.server.Cutout;
@@ -96,9 +96,9 @@
 public class FitsOperations {
     private static final Logger log = Logger.getLogger(FitsOperations.class);
 
-    private final RandomAccessDataObject src;
+    private final RandomAccessFileIO src;
 
-    public FitsOperations(RandomAccessDataObject src) {
+    public FitsOperations(RandomAccessFileIO src) {
         this.src = src;
     }
 

cadc-data-ops-fits/src/main/java/org/opencadc/fits/RandomAccessStorageObject.java

@@ -0,0 +1,93 @@
+/*
+ ************************************************************************
+ *******************  CANADIAN ASTRONOMY DATA CENTRE  *******************
+ **************  CENTRE CANADIEN DE DONNÉES ASTRONOMIQUES  **************
+ *
+ *  (c) 2023.                            (c) 2023.
+ *  Government of Canada                 Gouvernement du Canada
+ *  National Research Council            Conseil national de recherches
+ *  Ottawa, Canada, K1A 0R6              Ottawa, Canada, K1A 0R6
+ *  All rights reserved                  Tous droits réservés
+ *
+ *  NRC disclaims any warranties,        Le CNRC dénie toute garantie
+ *  expressed, implied, or               énoncée, implicite ou légale,
+ *  statutory, of any kind with          de quelque nature que ce
+ *  respect to the software,             soit, concernant le logiciel,
+ *  including without limitation         y compris sans restriction
+ *  any warranty of merchantability      toute garantie de valeur
+ *  or fitness for a particular          marchande ou de pertinence
+ *  purpose. NRC shall not be            pour un usage particulier.
+ *  liable in any event for any          Le CNRC ne pourra en aucun cas
+ *  damages, whether direct or           être tenu responsable de tout
+ *  indirect, special or general,        dommage, direct ou indirect,
+ *  consequential or incidental,         particulier ou général,
+ *  arising from the use of the          accessoire ou fortuit, résultant
+ *  software.  Neither the name          de l'utilisation du logiciel. Ni
+ *  of the National Research             le nom du Conseil National de
+ *  Council of Canada nor the            Recherches du Canada ni les noms
+ *  names of its contributors may        de ses  participants ne peuvent
+ *  be used to endorse or promote        être utilisés pour approuver ou
+ *  products derived from this           promouvoir les produits dérivés
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+ *  written permission.                  préalable et particulière
+ *                                       par écrit.
+ *
+ *  This file is part of the             Ce fichier fait partie du projet
+ *  OpenCADC project.                    OpenCADC.
+ *
+ *  OpenCADC is free software:           OpenCADC est un logiciel libre ;
+ *  you can redistribute it and/or       vous pouvez le redistribuer ou le
+ *  modify it under the terms of         modifier suivant les termes de
+ *  the GNU Affero General Public        la “GNU Affero General Public
+ *  License as published by the          License” telle que publiée
+ *  Free Software Foundation,            par la Free Software Foundation
+ *  either version 3 of the              : soit la version 3 de cette
+ *  License, or (at your option)         licence, soit (à votre gré)
+ *  any later version.                   toute version ultérieure.
+ *
+ *  OpenCADC is distributed in the       OpenCADC est distribué
+ *  hope that it will be useful,         dans l’espoir qu’il vous
+ *  but WITHOUT ANY WARRANTY;            sera utile, mais SANS AUCUNE
+ *  without even the implied             GARANTIE : sans même la garantie
+ *  warranty of MERCHANTABILITY          implicite de COMMERCIALISABILITÉ
+ *  or FITNESS FOR A PARTICULAR          ni d’ADÉQUATION À UN OBJECTIF
+ *  PURPOSE.  See the GNU Affero         PARTICULIER. Consultez la Licence
+ *  General Public License for           Générale Publique GNU Affero
+ *  more details.                        pour plus de détails.
+ *
+ *  You should have received             Vous devriez avoir reçu une
+ *  a copy of the GNU Affero             copie de la Licence Générale
+ *  General Public License along         Publique GNU Affero avec
+ *  with OpenCADC.  If not, see          OpenCADC ; si ce n’est
+ *  <http://www.gnu.org/licenses/>.      pas le cas, consultez :
+ *                                       <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ *
+ *
+ ************************************************************************
+ */
+
+package org.opencadc.fits;
+
+import java.io.File;
+import java.io.FileNotFoundException;
+import java.io.IOException;
+import java.io.RandomAccessFile;
+
+import nom.tam.util.RandomAccessFileIO;
+
+
+public class RandomAccessStorageObject extends RandomAccessFile implements RandomAccessFileIO {
+    public RandomAccessStorageObject(File file, String mode) throws FileNotFoundException {
+        super(file, mode);
+    }
+
+    @Override
+    public long position() throws IOException {
+        return super.getFilePointer();
+    }
+
+    @Override
+    public void position(long n) throws IOException {
+        super.seek(n);
+    }
+}

cadc-data-ops-fits/src/main/java/org/opencadc/fits/slice/FITSHeaderWCSKeywords.java

@@ -78,6 +78,7 @@
 import java.util.Iterator;
 import java.util.Map;
 
+import nom.tam.fits.FitsFactory;
 import nom.tam.fits.Header;
 import nom.tam.fits.HeaderCard;
 import nom.tam.fits.HeaderCardException;
@@ -407,39 +408,54 @@ private Header cloneHeader(final Header source) throws HeaderCardException {
         return destination;
     }
 
+    /**
+     * Copy a header card with some potential modifications.  COMMENT and HISTORY cards are truncated to the
+     * maximum length.
+     * @param destination       The Header to write to.
+     * @param headerCardKey     The current key.
+     * @param valueType         The class type of the value.
+     * @param comment           The comment value for COMMENT or HISTORY values.
+     * @param value             The string value.
+     * @throws HeaderCardException
+     */
     private void cloneHeaderCard(final Header destination, final String headerCardKey, final Class<?> valueType,
                                  final String comment, final String value) throws HeaderCardException {
         // Check for blank lines or just plain comments that are not standard FITS comments.
         if (!StringUtil.hasText(headerCardKey)) {
             destination.addValue(headerCardKey, (String) null, comment);
         } else if (Standard.COMMENT.key().equals(headerCardKey)) {
-            destination.insertComment(comment);
+            if (StringUtil.hasText(comment) && comment.length() > HeaderCard.MAX_COMMENT_CARD_COMMENT_LENGTH) {
+                destination.insertComment(comment.substring(0, HeaderCard.MAX_COMMENT_CARD_COMMENT_LENGTH));
+            } else {
+                destination.insertComment(comment);
+            }
         } else if (Standard.HISTORY.key().equals(headerCardKey)) {
-            destination.insertHistory(comment);
+            if (StringUtil.hasText(comment) && comment.length() > HeaderCard.MAX_COMMENT_CARD_COMMENT_LENGTH) {
+                destination.insertHistory(comment.substring(0, HeaderCard.MAX_COMMENT_CARD_COMMENT_LENGTH));
+            } else {
+                destination.insertHistory(comment);
+            }
         } else if (headerCardKey.startsWith(CADCExt.CDELT.key())) {
             // CDELT values cannot be zero.
             final double cdeltValue = Double.parseDouble(value);
-            destination.addValue(headerCardKey, cdeltValue == 0.0D ? 1.0D : cdeltValue,
-                                 comment);
+            destination.addValue(headerCardKey, cdeltValue == 0.0D ? 1.0D : cdeltValue, comment);
         } else {
             if (valueType == String.class || valueType == null) {
                 destination.addValue(headerCardKey, value, comment);
             } else if (valueType == Boolean.class) {
                 destination.addValue(headerCardKey, Boolean.parseBoolean(value) || value.equals("T"), comment);
             } else if (valueType == Integer.class) {
-                destination.addValue(headerCardKey, Integer.parseInt(value),
-                                     comment);
+                destination.addValue(headerCardKey, Integer.parseInt(value), comment);
             } else if (valueType == BigInteger.class) {
                 destination.addValue(headerCardKey, new BigInteger(value), comment);
             } else if (valueType == Long.class) {
-                destination.addValue(headerCardKey, Long.parseLong(value),
-                                     comment);
+                destination.addValue(headerCardKey, Long.parseLong(value), comment);
             } else if (valueType == Double.class) {
-                destination.addValue(headerCardKey, Double.parseDouble(value),
-                                     comment);
+                destination.addValue(headerCardKey, Double.parseDouble(value), comment);
             } else if (valueType == BigDecimal.class) {
-                destination.addValue(headerCardKey, new BigDecimal(value),
-                                     comment);
+                destination.addValue(headerCardKey, new BigDecimal(value), comment);
+            } else if (valueType == Float.class) {
+                destination.addValue(headerCardKey, Float.parseFloat(value), comment);
             }
         }
     }