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├── AUTHORS.md
├── LICENSE
├── README.md
├── config
│   ├── config_hcp_sch200_1.m
│   ├── config_hcp_sch200_2.m
│   ├── config_hcp_sch400_1.m
│   └── config_template.m
├── data
│   ├── external
│   │   ├── hcp.gradients.dscalar.nii
│   │   ├── hcp_grad_sch400-yeo17.pscalar.nii
│   │   ├── hpc_grad_sch200-yeo17.pscalar.nii
│   │   └── nodes_2_canon.mat
│   ├── interim
│   │   ├── hcp352_nusregts_FIX2phys_schaefer200 -> /Users/faskowitzji/joshstuff/data/hcp352_nusregts_FIX2phys_schaefer200/
│   │   ├── hcp352_nusregts_FIX2phys_schaefer400 -> /Users/faskowitzji/joshstuff/data/hcp352_nusregts_FIX2phys_schaefer400/
│   │   ├── sub_list.txt
│   │   ├── sub_list_subset1.txt
│   │   ├── sub_list_subset2.txt
│   │   ├── ts_autocorr.mat
│   │   └── ts_variability.mat
│   ├── processed
│   │   ├── CARD
│   │   ├── REST1_LR
│   │   ├── REST1_RL
│   │   ├── spike_hist_clust.mat
│   │   ├── spk_conn_avg_sch200.mat
│   │   ├── spk_corrWphys_sch200.mat
│   │   ├── spk_corrwmot_sch200.mat
│   │   ├── spk_exceedsurrthr_sch200.mat
│   │   ├── spk_hist_sch200.mat
│   │   ├── spk_rsspeaks_sch200.mat
│   │   ├── spk_rsspeaksclust_sch200.mat
│   │   ├── spk_rsspeakssim_sch200.mat
│   │   ├── spk_slope_sch200.mat
│   │   ├── spk_systrans_sch200.mat
│   │   ├── spk_thr_dat_sch200.mat
│   │   ├── spk_var_sch200.mat
│   │   ├── surrogate2_sch200_2.25_spk.mat
│   │   ├── surrogate2_sch200_2.25_spkcount.mat
│   │   ├── surrogate2_sch200_2.25_spkrss.mat
│   │   ├── surrogate3_sch200_2.25_spk.mat
│   │   ├── surrogate3_sch200_2.25_spkcount.mat
│   │   ├── surrogate3_sch200_2.25_spkrss.mat
│   │   ├── surrogate_sch200_2.25_boothist.mat
│   │   ├── surrogate_sch200_2.25_spk.mat
│   │   ├── surrogate_sch200_2.25_spkcount.mat
│   │   └── surrogate_sch200_2.25_spkrss.mat
│   └── raw
├── docs
├── reports
│   ├── etc
│   │   ├── sub_list.txt
│   │   ├── sub_list_subset1.txt
│   │   └── sub_list_subset2.txt
│   └── figures
│       ├── figA
│       ├── figB
│       ├── figC
│       ├── figD
│       ├── figE
│       ├── figInfo
│       ├── hub_retention_pic.png
│       └── supp
└── src
    ├── ext
    │   ├── IPN_ccc.m
    │   ├── IPN_ssd.m
    │   ├── Modified_MannKendall_test.m
    │   ├── brainSync.m
    │   ├── centroid_extraction_sphere.m
    │   ├── consensus_und2.m
    │   ├── f_CCC.m
    │   ├── generate_phase_surrogates.m
    │   ├── ktaub.m
    │   └── simulate_BOLD_timecourse_func_v3.m
    ├── func
    │   ├── count_spks.m
    │   ├── ets_2_ts.m
    │   ├── get_acf_hwhm.m
    │   ├── get_blocky.m
    │   ├── get_blocky_ets.m
    │   ├── get_contact_times.m
    │   ├── get_entdrops.m
    │   ├── get_ets.m
    │   ├── get_ets_node_inds.m
    │   ├── get_ets_states.m
    │   ├── get_hub_score_wei_und.m
    │   ├── get_rss.m
    │   ├── lins_ccc.m
    │   ├── load_hcp_alldata.m
    │   ├── load_hcp_card.m
    │   ├── load_hcp_fd.m
    │   ├── load_hcp_regressors.m
    │   ├── make_tinda.m
    │   ├── make_trans_dens.m
    │   ├── make_trans_dens_multistate.m
    │   ├── make_trans_prob.m
    │   ├── myent_simp.m
    │   ├── node_versatility.m
    │   ├── norm_bin_model.m
    │   ├── parc_plot_wcolorbar.m
    │   ├── quick_pspec.m
    │   ├── rmssd.m
    │   ├── spk_lenmat.m
    │   └── spk_pks_sort.m
    ├── proc
    ├── scripts
    │   ├── anlyz_rel_var.m
    │   ├── clust_spike_hist.m
    │   ├── corr_rss_w_card.m
    │   ├── corr_rss_w_mot.asv
    │   ├── corr_rss_w_mot.m
    │   ├── corr_rss_w_phys.m
    │   ├── longest_edges_analy.m
    │   ├── make_autocorr_dat.m
    │   ├── make_sim_spike_lens.m
    │   ├── make_sim_spike_lens2.m
    │   ├── make_sim_spike_lens3.m
    │   ├── make_spike_conn.m
    │   ├── make_spike_hist.asv
    │   ├── make_spike_hubs.m
    │   ├── make_spike_length_data.m
    │   ├── make_sys_trans_data.m
    │   ├── make_variability_dat.m
    │   ├── pick_initial_spk_thr.m
    │   ├── simplestuff.m
    │   ├── spike_rss_analysis.m
    │   ├── spike_rss_analysis2.m
    │   ├── spike_rss_analysis3.m
    │   └── spike_slope_analy.m
    └── viz
        ├── basic_info_plots.m
        └── viz_conn_glassbrain.m

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