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Documentação técnica

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Andre Chalom edited this page Apr 6, 2017 · 5 revisions

Estrutura de Rede

O cluster abacus é composto por um servidor ”master” denominado abacus e 24 nós numerados de abacus0000 a abacus0023. A conexão entre os nós e o master é feita por um switch de velocidade 10/100.

Não é possível para um usuário externo se conectar diretamente a um nó. É necessário se conectar ao master, e do master, se conectar nos nós.

Os nós funcionam sem disco rígido próprio, montando o diretório / pela rede. Para detalhes, leia a Documentação PXE.

O diretório /home está montado por NFS no master. Em outras palavras, se você estiver logado no master ou em qualquer nó, você vai enxergar os mesmos arquivos no seu /home; e se você escrever um arquivo em qualquer nó (ou no master), ele vai estar acessível em todos os outros.

O controle de usuários nos nós é feito por NIS. Para adicionar um novo usuário, grupo, etc, execute os comandos no master e a seguir execute sudo make -C /var/yp para propagar as mudanças pelo NIS.

Hardware

  • O servidor master possui:

    • Processador Intel i7 com 8 cores @ 3.40 GHz
    • 16 Gb de memória RAM (4x4G DDR3)
    • Disco rígido interno de 60 Gb
    • Disco rígido interno de 1 Tb

  • Os nós abacus0000 a abacus0007 possuem:

    • Processador Intel Core i7-2600 (socket LGA1155) com 8 cores @ 3.40 GHz
    • 16 Gb de memória RAM (4x4G DDR3)

  • Os nós abacus0008 a abacus0015 possuem:

    • Processador Intel Core i5-4590 (socket LGA1150) com 4 cores @ 3.30 GHz
    • 16 Gb de memória RAM (4x4G DDR3)

  • Os nós abacus0016 a abacus0023 possuem:

    • Processador Intel Core2 Quad Q9550 (socket LGA775) com 4 cores @ 2.83 GHz
    • 8 Gb de memória RAM (4x2G DDR2)

O master, os nós e o switch estão todos instalados sobre no-breaks para evitar perda de dados com pequenas faltas de luz.

IMPORTANTE: os nós 00 a 15 estão funcionando em 220V e os nós 16-23 estão em 110V. Nunca troque os cabos de energia sem verificar a voltagem.

Sistema operacional e software

O sistema operacional rodando no master e em cada nó é Ubuntu 16.04.01 LTS 64 bits.

O gerenciamento de programas e pacotes é feito por meio de apt-get somente pelo administrador do sistema. Qualquer programa instalado a partir do código fonte (com make install, por exemplo) deve ser explicitamente documentado aqui.

Como todos os nós montam seu sistema operacional a partir da mesma imagem, só é necessário instalar os pacotes em um nó, e eles estarão disponíveis em todas as máquinas. A atualização do kernel requer alguns passos extras, veja na Documentação PXE.

A instalação de alguns pacotes e a atualização do kernel pode requerer a reinicialização das máquinas. Tenha certeza de que você ou outro administrador pode ir até a sala do cluster monitorar essa reinicialização antes de realizar a instalação.

Aplicativos instaladados

Os seguintes aplicativos estão instalados:

  • Estatística
    • R 3.3.2, com pacotes de uso geral como "bbmle" ou "devtools". Outros pacotes podem ser instalados por cada usuário no seu home, ou solicitados aos administradores.
  • Alinhamento
    • mafft - instalado na imagem mas com problemas atualmente
    • muscle v3.8.31
  • Inferência filogenética
    • POY 4.1.3 Development build
    • OY Black Sabbath Development build 5.0.1.alpha
    • Garli Version 2.0.1019
    • Garli_mpi Version 2.0.1019 - parallel implementation
    • PhyML version 20111216
    • MrBayes v3.1.2
    • raxmlHPC version 8.2.4 (gerenciado por apt-get)
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