Vous trouverez ici le matériel pour un Petit cours d'épidémiologie mathématique que j'ai donné à N'Djaména fin juin 2022. La majorité du matériel de cours est dans cinq sous-répertoires principaux, qui sont expliqués plus bas. Vous pouvez aussi acccéder à une version web de ce site en cliquant sur ce lien. Dans la version web, les transparents du cours seront utilisables dans un navigateur web classique.
CODEcontient le codeRqui sera utilisé pendant le cours ainsi que du code additionnel qui pourrait être utile..DATAcontient quelques (très peu) jeux de données qui seront utilisés pendant le cours. Ces jeux de données sont également accessibles en ligne, mais pour faciliter les choses pour les participants, ils sont dupliqués ici.FIGScontient des figures qui ne sont probablement pas utiles par elles mêmes, mais qui sont liées dans les transparentshtml.OUTPUTcontient toute sortie générée par le code (à l'exception des figures, qui sont générées directement dans le répertoire FIGS).SLIDES_MDcontient les fichiersmarkdownrequis pour générer les transparents. Pour compiler les transparents depuis les fichier markdown, on peut par exemple utiliser la commandenpx @marp-team/marp-cli@latest --html cours-*.mddepuis ce sous-répertoire. (Cela requiert d'être en ligne. Pour apprendre comment installer une version hors-ligne demarp, voir ici.)
Tout mon code est en R. Lorsque j'aurai le temps, je produirai l'équivalent en Python, mais je ne fais aucune promesse quant à quand cela aura lieu.
Il vous faudra installer R, que l'on peut charger ici. Bien que cela ne soit pas strictement nécessaire, je recommande de charger également RStudio, ce qui peut se faire ici. Une fois R (et peut être RStudio) installé , il faudra faire tourner dans R le fichier CODE/install_required_libraries.R depuis RStudio ou depuis la ligne de commande R, ce qui installera les librairies utilisées dans les exemples de ce cours. Voyez les détails dans le fichier lui même.