Make output must-exist false

src/samtools/idxstats/config.vsh.yaml

@@ -28,6 +28,7 @@ argument_groups:
         type: file
         description: File containing samtools stats output in tab-delimited format.
         required: true
+        must_exist: false
         example: output.idxstats
 
 resources:

src/samtools/idxstats/script.sh

@@ -7,6 +7,4 @@ set -e
 
 output_file="$par_output"
 
-samtools idxstats \
-    "$par_bam" \
-    > "$output_file"
+samtools idxstats "$par_bam" > "$output_file"

src/samtools/idxstats/test.sh

@@ -1,44 +1,47 @@
 #!/bin/bash
 
+test_dir="${meta_resources_dir}test_data"
 echo ">>> Testing $meta_functionality_name"
 
 "$meta_executable" \
-  --bam "$meta_resources_dir/test_data/a.sorted.bam" \
-  --bai "$meta_resources_dir/test_data/a.sorted.bam.bai" \
-  --output "$meta_resources_dir/test_data/a.sorted.idxstats"
+  --bam "$test_dir/a.sorted.bam" \
+  --bai "$test_dir/a.sorted.bam.bai" \
+  --output "$test_dir/a.sorted.idxstats"
+
+echo "$test_dir/a.sorted.idxstats"
 
 echo ">>> Checking whether output exists"
-[ ! -f "$meta_resources_dir/test_data/a.sorted.idxstats" ] && echo "File 'a.sorted.idxstats' does not exist!" && exit 1
+[ ! -f "$test_dir/a.sorted.idxstats" ] && echo "File 'a.sorted.idxstats' does not exist!" && exit 1
 
 echo ">>> Checking whether output is non-empty"
-[ ! -s "$meta_resources_dir/test_data/a.sorted.idxstats" ] && echo "File 'a.sorted.idxstats' is empty!" && exit 1
+[ ! -s "$test_dir/a.sorted.idxstats" ] && echo "File 'a.sorted.idxstats' is empty!" && exit 1
 
 echo ">>> Checking whether output is correct"
-diff "$meta_resources_dir/test_data/a.sorted.idxstats" "$meta_resources_dir/test_data/a_ref.sorted.idxstats" || \
+diff "$test_dir/a.sorted.idxstats" "$test_dir/a_ref.sorted.idxstats" || \
     (echo "Output file a.sorted.idxstats does not match expected output" && exit 1)
 
-rm "$meta_resources_dir/test_data/a.sorted.idxstats"
+rm "$test_dir/a.sorted.idxstats"
 
 ############################################################################################
 
 echo ">>> Testing $meta_functionality_name with singletons in the input"
 
 "$meta_executable" \
-  --bam "$meta_resources_dir/test_data/test.paired_end.sorted.bam" \
-  --bai "$meta_resources_dir/test_data/test.paired_end.sorted.bam.bai" \
-  --output "$meta_resources_dir/test_data/test.paired_end.sorted.idxstats"
+  --bam "$test_dir/test.paired_end.sorted.bam" \
+  --bai "$test_dir/test.paired_end.sorted.bam.bai" \
+  --output "$test_dir/test.paired_end.sorted.idxstats"
 
 echo ">>> Checking whether output exists"
-[ ! -f "$meta_resources_dir/test_data/test.paired_end.sorted.flagidxstatsstat" ] && echo "File 'test.paired_end.sorted.idxstats' does not exist!" && exit 1
+[ ! -f "$test_dir/test.paired_end.sorted.idxstats" ] && echo "File 'test.paired_end.sorted.idxstats' does not exist!" && exit 1
 
 echo ">>> Checking whether output is non-empty"
-[ ! -s "$meta_resources_dir/test_data/test.paired_end.sorted.idxstats" ] && echo "File 'test.paired_end.sorted.idxstats' is empty!" && exit 1
+[ ! -s "$test_dir/test.paired_end.sorted.idxstats" ] && echo "File 'test.paired_end.sorted.idxstats' is empty!" && exit 1
 
 echo ">>> Checking whether output is correct"
-diff "$meta_resources_dir/test_data/test.paired_end.sorted.idxstats" "$meta_resources_dir/test_data/test_ref.paired_end.sorted.idxstats" || \
+diff "$test_dir/test.paired_end.sorted.idxstats" "$test_dir/test_ref.paired_end.sorted.idxstats" || \
     (echo "Output file test.paired_end.sorted.idxstats does not match expected output" && exit 1)
 
-rm "$meta_resources_dir/test_data/test.paired_end.sorted.idxstats"
+rm "$test_dir/test.paired_end.sorted.idxstats"
 
 
 echo "All tests succeeded!"