Порядок работы с плагином ProBis H2O
Пример результатов для семейства LAGLIDADG_1 (структура 6BD0).
| Наиболее консервативные молекулы воды на ДНК-белковом интерфейсе | Молекула воды C/HOH`177 (розовая сфера), вероятно, играет важную структурную роль в ДНК-белковом комплексе |
|---|---|
 |
 |
├── README.md
├── assets
│ ├── pic_1.png
│ ├── pic_2.png
│ └── pic_3.png
├── database
│ ├── ProtAC_PDB.csv
│ ├── domain_coords_chains.csv
│ ├── families_prots_pdbs_amount.csv
│ ├── final-db.dump
│ ├── input
│ │ ├── dan_proteins_raw.csv
│ │ └── pdbmap
│ ├── pdb_resolution_water.csv
│ ├── queries.sql
│ └── readme.md
├── notes
│ ├── list_pdb_note.md
│ └── pymol_scripts.md
├── pdb
│ ├── 1AIS.cif
│ ├── ....
│ └── 7CSY.pdb
├── probisH2O
│ └── ProBiS_H2O_plugin.py
├── probisH2O-logs
│ ├── probis_py.log
│ ├── probis_py_HTH_3.log
│ ├── probis_py_LAGLIDADG_1_1T9I.log
│ ├── probis_py_LAGLIDADG_1_6BCE.log
│ ├── probis_py_LAGLIDADG_1_6BD0.log
│ ├── probis_py_LAGLIDADG_3.log
│ ├── probis_py_P53.log
│ └── probis_py_TBP.log
├── reports
│ ├── report_HTH_3.csv
│ ├── report_LAGLIDADG_1_1T9I.csv
│ ├── report_LAGLIDADG_1_6BCE.csv
│ ├── report_LAGLIDADG_1_6BD0.csv
│ ├── report_LAGLIDADG_3.csv
│ ├── report_P53.csv
│ └── report_TBP.csv
└── scripts-src
├── interface.ipynb
├── lib
│ ├── emoji_list.py
│ ├── pdb_line_parser.py
│ └── utils.py
├── readme.md
├── run_all_reports_from_bash.sh
├── script_report.py
└── test