onglet supplementaire traitement + sauvegarde parametres - fichier ec…

…hange variables

LIBStick.ini

@@ -0,0 +1,24 @@
+[LIBStick_traitement]
+rep_travail_L_trait = ./
+
+[LIBStick_extraction]
+flag_zone2_L_ext = 1
+flag_2D_L_ext = 0
+flag_3D_L_ext = 0
+flag_image_brute_L_ext = False
+borne_zone1_inf_L_ext = 528.0
+borne_zone1_sup_L_ext = 543.0
+borne_zone2_inf_L_ext = 525.0
+borne_zone2_sup_L_ext = 562.0
+rep_travail_L_ext = /home/yannick/Bureau/LIBS/Scripts_divers_pour_LIBS
+
+[LIBStick_compare]
+flag_denominateur_L_comp = 1
+flag_2D_L_comp = 1
+flag_3D_L_comp = 0
+type_extension_L_comp = *.tsv
+borne_zone1_inf_L_comp = 529.0
+borne_zone1_sup_L_comp = 542.0
+borne_zone2_inf_L_comp = 534.7
+borne_zone2_sup_L_comp = 535.8
+rep_travail_L_comp = /home/yannick/Bureau/LIBS/Scripts_divers_pour_LIBS

LIBStick_comp_spectres.py

@@ -9,10 +9,7 @@
 import numpy,os,pandas
 import matplotlib.pyplot as plt
 import mpl_toolkits.mplot3d as plt3d
-import LIBStick_echange_vars
 
-#rep_travail="/home/yannick/Bureau/LIBS/Scripts_divers_pour_LIBS/Fluorose_LIBS/Spectres_moyen/528-543/"
-#bornes_moyenne_spectres=numpy.linspace(528,543,150)
 limites_zone1=[534.5 , 535.8]
 limites_zone2=[528.0 , 543.0]
 limites_spectre=[528.0, 543.0]
@@ -24,29 +21,29 @@ def repertoire_de_travail(rep_script,rep_travail_relatif):
     rep_travail=rep_script+"/"+rep_travail_relatif
     return rep_travail
 
-def creation_liste_fichiers(rep_travail,type_extension_L_comp):
+def creation_liste_fichiers(rep_travail,type_extension):
     os.chdir(rep_travail)
     liste=[]
-    if type_extension_L_comp.get() == "*.mean" :
+    if type_extension == "*.mean" :
         for fichier in os.listdir():
             if (os.path.isfile(fichier) and fichier[-4:] == "mean") :
                 liste.append(fichier)
-    if type_extension_L_comp.get() == "*.tsv" :
+    if type_extension == "*.tsv" :
         for fichier in os.listdir():
             if (os.path.isfile(fichier) and fichier[-3:] == "tsv") :
                 liste.append(fichier)
     liste.sort()
     return liste
 
-def lit_spectre(fichier,tableau_abscisses,type_extension_L_comp):
-    if type_extension_L_comp.get() == "*.mean" :
+def lit_spectre(fichier,tableau_abscisses,type_extension):
+    if type_extension == "*.mean" :
         spectre=numpy.loadtxt(fichier,delimiter="\t",usecols=[0],dtype=float,encoding="Latin-1")
         #tableau_abscisses=lit_tableau_abscisses()
         spectre=numpy.vstack((tableau_abscisses,spectre))
     #    spectre=numpy.zeros((0,document.shape[0]))
     #    for ligne in document :
     #        spectre=numpy.row_stack((spectre,ligne))
-    if type_extension_L_comp.get() == "*.tsv" :
+    if type_extension == "*.tsv" :
         spectre=numpy.loadtxt(fichier,delimiter="\t",usecols=[1],dtype=float,encoding="Latin-1")
         spectre=numpy.vstack((tableau_abscisses,spectre))
     return spectre
@@ -56,8 +53,8 @@ def lit_tableau_abscisses():
     tableau_abscisses=numpy.loadtxt("tableau_abscisses.txt", delimiter="\t", usecols=[0])
     return tableau_abscisses
 
-def creer_tableau(liste,type_extension_L_comp):
-    if type_extension_L_comp.get() == "*.mean" :
+def creer_tableau(liste,type_extension):
+    if type_extension == "*.mean" :
         i=0
         for nom_fichier in liste :
             if i==0 :
@@ -69,11 +66,7 @@ def creer_tableau(liste,type_extension_L_comp):
                 fichier_entree=numpy.loadtxt(nom_fichier, delimiter="\t", usecols=[0])
                 tableau_comparatif=numpy.row_stack((tableau_comparatif,fichier_entree))
             i=i+1
-#    if type_extension_L_comp.get() == "*.tsv" :
-#        tableau_comparatif=graphique_lit_tableau()
-#        print(tableau_comparatif)
-#        print(tableau_comparatif.shape)
-    if type_extension_L_comp.get() == "*.tsv" :
+    if type_extension == "*.tsv" :
         i=0
         for nom_fichier in liste :
             if i==0 :
@@ -101,17 +94,16 @@ def creer_DataFrame(tableau_comparatif,liste, tableau_abscisses):
     DataFrame_comparatif=pandas.DataFrame(data=tableau_comparatif, index=liste, columns=tableau_abscisses)
     return DataFrame_comparatif
 
-def creer_DataFrame_resultats(DataFrame_comparatif, limites_zone1,limites_zone2,flag_denominateur_L_comp):
-    if flag_denominateur_L_comp.get() == 1 :
+def creer_DataFrame_resultats(DataFrame_comparatif, limites_zone1,limites_zone2,flag_denominateur):
+    print(DataFrame_comparatif)
+    if flag_denominateur == 1 :
         DataFrame_tableau_calculs=pandas.DataFrame()
         Sous_DataFrame = DataFrame_comparatif.loc[ : , limites_zone1[0]:limites_zone1[1]]
-        #print(Sous_DataFrame)
         DataFrame_tableau_calculs["Somme zone 1"] = Sous_DataFrame.sum(axis=1)
         Sous_DataFrame = DataFrame_comparatif.loc[ : , limites_zone2[0]:limites_zone2[1]]
-        #print(Sous_DataFrame)
         DataFrame_tableau_calculs["Somme zone 2"] = Sous_DataFrame.sum(axis=1)
         DataFrame_tableau_calculs["Rapport"]=DataFrame_tableau_calculs["Somme zone 1"] / DataFrame_tableau_calculs["Somme zone 2"]
-    if flag_denominateur_L_comp.get() == 0 :
+    if flag_denominateur == 0 :
         DataFrame_tableau_calculs=pandas.DataFrame()
         Sous_DataFrame = DataFrame_comparatif.loc[ : , limites_zone1[0]:limites_zone1[1]]
         DataFrame_tableau_calculs["Somme zone 1"] = Sous_DataFrame.sum(axis=1)
@@ -187,37 +179,37 @@ def graphique_lit_tableau():
 ###############################################################################
 # programme principal
 ###############################################################################
-def main(rep_travail, tableau_bornes,type_extension_L_comp,flag_denominateur_L_comp):
+def main(rep_travail, liste_fichiers, tableau_bornes,type_extension,flag_denominateur, flag_2D, flag_3D):
     os.chdir(rep_travail)
-    liste=LIBStick_echange_vars.L_comp_liste_fichiers
-    tableau_comparatif=creer_tableau(liste,type_extension_L_comp)
+    tableau_comparatif=creer_tableau(liste_fichiers,type_extension)
     #tableau_abscisses=lit_tableau_abscisses()
-    DataFrame_comparatif=creer_DataFrame(tableau_comparatif,liste,tableau_abscisses)
+    DataFrame_comparatif=creer_DataFrame(tableau_comparatif,liste_fichiers,tableau_abscisses)
+    print(DataFrame_comparatif)
     limites_zone1[0]=tableau_bornes[0,0]
     limites_zone1[1]=tableau_bornes[0,1]
     limites_zone2[0]=tableau_bornes[1,0]
     limites_zone2[1]=tableau_bornes[1,1]
 
-    DataFrame_resultats=creer_DataFrame_resultats(DataFrame_comparatif,limites_zone1,limites_zone2,flag_denominateur_L_comp)
-    if flag_denominateur_L_comp.get() == 1 :
-        #DataFrame_resultats=creer_DataFrame_resultats(DataFrame_comparatif,limites_zone1,limites_zone2,flag_denominateur_L_comp)
+    DataFrame_resultats=creer_DataFrame_resultats(DataFrame_comparatif,limites_zone1,limites_zone2,flag_denominateur)
+    if flag_denominateur == 1 :
         DataFrame_comparatif=pandas.concat([DataFrame_comparatif, DataFrame_resultats["Rapport"]], axis=1)
         DataFrame_comparatif=DataFrame_comparatif.sort_values(by=["Rapport"])
-        LIBStick_echange_vars.L_comp_DataFrame_resultats = DataFrame_resultats = DataFrame_resultats.sort_values(by=["Rapport"])
+        DataFrame_resultats = DataFrame_resultats.sort_values(by=["Rapport"])
         enregistre_DataFrame_resultats(DataFrame_resultats)
 
-    if flag_denominateur_L_comp.get() == 0 :
-        #DataFrame_resultats=creer_DataFrame_resultats(DataFrame_comparatif,limites_zone1,limites_zone2,flag_denominateur_L_comp)
+    if flag_denominateur == 0 :
         DataFrame_comparatif=pandas.concat([DataFrame_comparatif, DataFrame_resultats["Somme zone 1"]], axis=1)
         DataFrame_comparatif=DataFrame_comparatif.sort_values(by=["Somme zone 1"])
-        LIBStick_echange_vars.L_comp_DataFrame_resultats = DataFrame_resultats = DataFrame_resultats.sort_values(by=["Somme zone 1"])
+        DataFrame_resultats = DataFrame_resultats.sort_values(by=["Somme zone 1"])
         enregistre_DataFrame_resultats(DataFrame_resultats)    
 
     tableau_comparatif=Convertir_Dataframe_tableau(DataFrame_comparatif)
     tableau8bits=tableau_256gris(tableau_comparatif)
-    if LIBStick_echange_vars.L_comp_flag_2D :
+    if flag_2D :
         graphique_creation(tableau8bits, "Echantillons classés", limites_spectre)
-    if LIBStick_echange_vars.L_comp_flag_3D :
+    if flag_3D :
         graphique_3D_creation(tableau8bits, "Echantillons classés", limites_spectre)
     graphique_sauvegarde(tableau8bits)
+
+    return DataFrame_resultats
 

LIBStick_creation_spectre_moyen.py

@@ -7,55 +7,44 @@
 """
 
 import numpy,os
-import LIBStick_echange_vars
 
 ###############################################################################
 # 1- fonctions
 ###############################################################################
-def extraction_spectres(tableau_norm):
-    #tableau_extrait=LIBStick_creation_tableau_norm.tableau_norm.copy()
+def extraction_spectres(tableau_norm, nombre_fichiers, bornes_moyenne_spectres):
     tableau_extrait=tableau_norm.copy()
-#    print ("format tableau initial : ")
-#    print(tableau_extrait.shape)
-    indice_premier=(LIBStick_echange_vars.L_ext_bornes_moyenne_spectres[0]-1)
-    indice_dernier=(LIBStick_echange_vars.L_ext_bornes_moyenne_spectres[1]-1)
+    indice_premier=(bornes_moyenne_spectres[0]-1)
+    indice_dernier=(bornes_moyenne_spectres[1]-1)
     cols_supprime_debut=list()
     cols_supprime_fin=list()
     if indice_premier > 0 :
         for i in range(0,indice_premier) :
             cols_supprime_debut.append(i)
-    if indice_dernier < LIBStick_echange_vars.L_ext_nombre_fichiers :
-        for i in range(indice_dernier+1, LIBStick_echange_vars.L_ext_nombre_fichiers):
+    if indice_dernier < nombre_fichiers :
+        for i in range(indice_dernier+1, nombre_fichiers):
             cols_supprime_fin.append(i)
     cols_supprime=cols_supprime_debut+cols_supprime_fin
-#    print ("colonnes à supprimer : ")
-#    print(cols_supprime)         
+
     tableau_extrait=numpy.delete(tableau_extrait, cols_supprime, axis=1)    
-#    print ("format tableau extrait : ")
-#    print(tableau_extrait.shape)    
     return tableau_extrait
 
 def creation_spectre_moyen(tableau_extrait):
     spectre_moyen=tableau_extrait.sum(axis=1)
     spectre_moyen=spectre_moyen/tableau_extrait.shape[1]
-#    print("format spectre moyen : ")
-#    print(spectre_moyen.shape)
     return spectre_moyen
 
 def enregistre_fichier(spectre_moyen, nom_echantillon, bornes):
     nom_fichier=nom_echantillon+"_spectre_moyen_"+ str(bornes[0])+"_"+str(bornes[1])+".mean"
     nom_fichier=str(numpy.char.replace(nom_fichier, " ", "_"))
     numpy.savetxt(nom_fichier,spectre_moyen,delimiter="\t", newline="\n")
-#    print (nom_fichier)
 
 ###############################################################################
 # programme principal
 ###############################################################################
-def main (rep_travail,nom_echantillon, bornes) :
-#    print("===========================================")
+def main (rep_travail,nom_echantillon, bornes, nombre_fichiers, bornes_moyenne_spectres) :
     os.chdir(rep_travail)
     tableau_norm=numpy.loadtxt("tableau_normalisé.txt",delimiter="\t",dtype=float,encoding="Latin-1")
-    tableau_extrait=extraction_spectres(tableau_norm)
+    tableau_extrait=extraction_spectres(tableau_norm, nombre_fichiers, bornes_moyenne_spectres)
     spectre_moyen=creation_spectre_moyen(tableau_extrait)
     enregistre_fichier(spectre_moyen, nom_echantillon, bornes)
     return spectre_moyen

LIBStick_creation_tableau_norm.py

@@ -18,11 +18,6 @@
 import sys,os,numpy
 import matplotlib.pyplot as plt
 import mpl_toolkits.mplot3d as plt3d
-import LIBStick_echange_vars
-
-#import matplotlib.ticker as tck
-#import matplotlib.image as mpimg
-#import LIBStick_interface
 
 sys.path.insert(0,os.path.join(os.path.expanduser("~"),"Desktop"))
 sys.path.insert(0,"./dossier_mes_modules/")
@@ -69,7 +64,6 @@ def creer_tableau_abscisses(liste):
     fichier0=numpy.loadtxt(liste[0], delimiter="\t", usecols=[0])
     tableau_abscisses=numpy.zeros((fichier0.shape[0],0))
     tableau_abscisses=numpy.column_stack((tableau_abscisses,fichier0))
-#    print(tableau_abscisses)
     return tableau_abscisses
 
 ###############################################################################
@@ -164,7 +158,7 @@ def graphique_sauvegarde(tableau8bits) :
 ###############################################################################
 # programme principal
 ###############################################################################
-def main (rep_travail,nom_echantillon,bornes) :
+def main (rep_travail,nom_echantillon,bornes, flag_2D, flag_3D) :
     global tableau_norm
     liste_fichiers=creation_liste_fichiers(rep_travail)
 
@@ -181,9 +175,9 @@ def main (rep_travail,nom_echantillon,bornes) :
     tableau8bits_norm=tableau_transpose_256gris(tableau_norm)
     graphique_sauvegarde(tableau8bits_norm)
 
-    if LIBStick_echange_vars.L_ext_flag_2D :
+    if flag_2D == 1 :
         graphique_creation(tableau8bits_norm,nom_echantillon,bornes)
-    if LIBStick_echange_vars.L_ext_flag_3D == 1 :
+    if flag_3D == 1 :
         graphique_3D_creation(tableau8bits_norm,nom_echantillon,bornes)   
 
 

LIBStick_datas/ions/N.csv

@@ -86,5 +86,5 @@
 84	989.109	220	56	22.0
 85	996.186	160	67	16.0
 86	996.934	220	57	22.0
-87	1,002.33	285	41	28.5
-88	1,003.55	220	58	22.0
+87	1002.33	285	41	28.5
+88	1003.55	220	58	22.0

LIBStick_elements.py

@@ -40,7 +40,7 @@ def affiche_tableau_periodique(DataFrame_tableau_periodique):
         ligne=ligne_tableau[5]
         colonne=ligne_tableau[6]
         couleur=ligne_tableau[8]
-        boutton = case_classification(frame1, nom, symbole,  Z, ligne, colonne, couleur)
+        bouton = case_classification(frame1, nom, symbole,  Z, ligne, colonne, couleur)
 
 
 fenetre=tkinter.Tk()