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dialvarezs committed Oct 1, 2024
1 parent 3ef4604 commit cc0eb1d
Showing 1 changed file with 10 additions and 12 deletions.
22 changes: 10 additions & 12 deletions document/sections/1_working_env.typ
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -105,18 +105,15 @@ tail -n 5 sequences.fasta # Muestra las últimas 5 líneas

== Gestión de Entorno de Trabajo con Mamba

Mamba es un gestor de paquetes que facilita la instalación y gestión de paquetes de Python y R, además de posibilitar la instalación de herramientas bioinformáticas.
Estas herramientas y paquetes se instalan en 'ambientes', que permiten aislar las dependencias de proyectos específicos y obtener un entorno de trabajo reproducible. Estos entornos pueden activarse y desactivarse según sea necesario.
Mamba es un gestor de paquetes que facilita la instalación y gestión de paquetes de Python y R, y también herramientas bioinformáticas. Estos paquetes se instalan en 'ambientes', que aíslan las dependencias de proyectos y ofrecen un entorno reproducible. Los ambientes se pueden activar y desactivar según sea necesario. Los paquetes están disponibles en 'canales', donde destacan #link("https://conda-forge.org/")[conda-forge] (paquetes de Python y R) y #link("https://bioconda.github.io/")[bioconda] (herramientas bioinformáticas).

#heading([Crear ambientes], depth: 3, numbering: none)
```sh
mamba create -n qc # Crea un ambiente llamado 'qc'
mamba create -n analysis python=3.12 # Crea el ambiente `qc`, incluyendo Python 3.12
```
Algunas de las tareas más comunes que se pueden realizar con Mamba son:

#heading([Listar ambientes], depth: 3, numbering: none)
#heading([Listar, crear y eliminar ambientes], depth: 3, numbering: none)
```sh
mamba env list
mamba env list # Lista los ambientes disponibles
mamba create -n qc # Crea un ambiente llamado 'qc'
mamba env remove -n analysis # Elimina el ambiente 'analysis'
```

#heading([Activar y desactivar ambientes], depth: 3, numbering: none)
Expand All @@ -125,13 +122,14 @@ mamba activate qc # Activa el ambiente 'qc'
mamba deactivate # Desactiva el ambiente activo
```

#heading([Gestión de paquetes], depth: 3, numbering: none)
#heading([Gestionar paquetes], depth: 3, numbering: none)
```sh
mamba install bioconda::samtools # Instala el paquete 'samtools' en el ambiente activo
mamba list # Lista los paquetes instalados en el ambiente activo
mamba install python # Instala Python en el ambiente activo si no está presente
mamba install bioconda::samtools # Instala el paquete 'samtools' desde el canal 'bioconda'
mamba install bioconda::nanoq=0.9.0 # Instala una versión específica del paquete 'nanoq'
mamba update nanoq # Actualiza el paquete 'nanoq'
mamba remove samtools # Desinstala el paquete 'samtools'
mamba list # Lista los paquetes instalados en el ambiente activo
```

#heading([Exportar e importar ambientes], depth: 3, numbering: none)
Expand Down

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