Mamba WIP

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@@ -24,13 +24,12 @@ Los #cmd(`<argumentos>`) suelen ser archivos de entrada y salida, mientras que l
 
 Para ejecutar herramientas desde la terminal, es necesario saber cómo encontrar y manipular archivos. A continuación, se presentan algunos de los comandos más básicos para interactuar con archivos en Linux.
 
-
 #heading([#cmd(`ls`) -- Listar archivos y directorios], depth: 3, numbering: none)
 
 ```sh
-ls                                # Muestra los archivos en el directorio actual
-ls -l                             # Muestra detalles de los archivos
-ls -a                             # Incluye archivos ocultos en la lista
+ls                                      # Muestra los archivos en el directorio actual
+ls -l                                   # Muestra detalles de los archivos
+ls -a                                   # Incluye archivos ocultos en la lista
 ```
 
 #heading([#cmd(`pwd`) -- Imprimir el directorio actual], depth: 3, numbering: none)
@@ -40,41 +39,41 @@ pwd
 
 #heading([#cmd(`cd`) -- Cambiar de directorio], depth: 3, numbering: none)
 ```sh
-cd data                           # Entra a la carpeta indicada
-cd ..                             # Sube un nivel en el árbol de directorios
-cd ../..                          # Sube dos niveles
-cd ~                              # Regresa al directorio de inicio
+cd data                                 # Entra a la carpeta indicada
+cd ..                                   # Sube un nivel en el árbol de directorios
+cd ../..                                # Sube dos niveles
+cd ~                                    # Regresa al directorio de inicio
 ```
 
 #heading([#cmd(`cp`) -- Copiar archivos o directorios], depth: 3, numbering: none)
 ```sh
-cp config.yaml analisis/          # Copia el archivo a la ubicación destino
-cp -r results results_bak         # Copia una carpeta y su contenido
+cp config.yaml analisis/                # Copia el archivo a la ubicación destino
+cp -r results results_bak               # Copia una carpeta y su contenido
 ```
 
 #heading([#cmd(`mv`) -- Mover o renombrar archivos], depth: 3, numbering: none)
 ```sh
-mv sample01.fastq data/           # Mueve el archivo al destino
-mv config.test.txt config.txt     # Cambia el nombre del archivo
+mv sample01.fastq data/                 # Mueve el archivo al destino
+mv config.test.txt config.txt           # Cambia el nombre del archivo
 ```
 
 #heading([#cmd(`rm`) -- Eliminar archivos o directorios], depth: 3, numbering: none)
 ```sh
-rm test.txt                       # Elimina el archivo
-rm -r tmp                         # Elimina una carpeta y su contenido
+rm test.txt                             # Elimina el archivo
+rm -r tmp                               # Elimina una carpeta y su contenido
 ```
 
 #heading([#cmd(`mkdir`) -- Crear directorios], depth: 3, numbering: none)
 ```sh
-mkdir data                        # Crea un directorio en la ubicación actual
-mkdir -p analysis/quality         # Crea directorios anidados
+mkdir data                              # Crea un directorio en la ubicación actual
+mkdir -p analysis/quality               # Crea directorios anidados
 ```
 
 #heading([#cmd(`head`) / #cmd(`tail`) / #cmd(`less`) -- Visualizar el contenido de archivos], depth: 3, numbering: none)
 ```sh
-less sequences.fasta              # Permite desplazarse por el contenido
-head -n 10 sequences.fasta        # Muestra las primeras 10 líneas
-tail -n 5 sequences.fasta         # Muestra las últimas 5 líneas
+less sequences.fasta                    # Permite desplazarse por el contenido
+head -n 10 sequences.fasta              # Muestra las primeras 10 líneas
+tail -n 5 sequences.fasta               # Muestra las últimas 5 líneas
 ```
 
 == Tipos de Archivos Comunes al Procesar Datos Bioinformáticos
@@ -99,7 +98,44 @@ tail -n 5 sequences.fasta         # Muestra las últimas 5 líneas
 #tip[
   Es común encontrar comprimir los archivos para ahorrar espacio de almacenamiento. Los archivos comprimidos tienen la extensión adicional #cmd(`.gz`). Para descomprimirlos, debes utilizar el comando #cmd(`gunzip`).
   ```sh
-  gunzip sequences.fastq.gz       # Descomprime el archivo
-  head sequences.fastq            # Visualiza las primeras líneas del archivo descomprimido
+  gunzip sequences.fastq.gz             # Descomprime el archivo
+  head sequences.fastq                  # Visualiza las primeras líneas del archivo descomprimido
   ```
-]
+]
+
+== Gestión de Entorno de Trabajo con Mamba
+
+Mamba es un gestor de paquetes que facilita la instalación y gestión de paquetes de Python y R, además de posibilitar la instalación de herramientas bioinformáticas.
+Estas herramientas y paquetes se instalan en "ambientes", que permiten aislar las dependencias de proyectos específicos y obtener un entorno de trabajo reproducible. Estos entornos pueden activarse y desactivarse según sea necesario.
+
+#heading([Crear ambientes], depth: 3, numbering: none)
+```sh
+mamba create -n qc                      # Crea un ambiente llamado 'qc'
+mamba create -n analysis python=3.12    # Crea el ambiente `qc`, incluyendo Python 3.12
+```
+
+#heading([Listar ambientes], depth: 3, numbering: none)
+```sh
+mamba env list
+```
+
+#heading([Activar y desactivar ambientes], depth: 3, numbering: none)
+```sh
+mamba activate qc                       # Activa el ambiente 'qc'
+mamba deactivate                        # Desactiva el ambiente activo
+```
+
+#heading([Gestión de paquetes], depth: 3, numbering: none)
+```sh
+mamba install bioconda::samtools        # Instala el paquete 'samtools' en el ambiente activo
+mamba install bioconda::nanoq=0.9.0     # Instala una versión específica del paquete 'nanoq'
+mamba update nanoq                      # Actualiza el paquete 'nanoq'
+mamba remove samtools                   # Desinstala el paquete 'samtools'
+mamba list                              # Lista los paquetes instalados en el ambiente activo
+```
+
+#heading([Exportar e importar ambientes], depth: 3, numbering: none)
+```sh
+mamba env export -n qc > qc.yaml        # Exporta el ambiente 'qc' a un archivo YAML
+mamba env create -f qc.yaml             # Crea un ambiente a partir del archivo YAML
+```