Skip to content

Commit

Permalink
SCHEMA: Ignore n/a entries in stim_file columns when checking existen…
Browse files Browse the repository at this point in the history
…ce (#1608)

Fixes the following failures in bids-examples:

```
  ┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
  │ eeg_ds003645s_hed                                                                                                                 │
  └───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
    STIMULUS_FILE_MISSING                      sub-002_task-FacePerception_run-3_events   schema.rules.checks.events.StimulusFileM     
                                               .tsv                                       issing                                       
  ┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
  │ eeg_ds003645s_hed_inheritance                                                                                                     │
  └───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
    STIMULUS_FILE_MISSING                      sub-002_task-FacePerception_run-3_events   schema.rules.checks.events.StimulusFileM     
                                               .tsv                                       issing                                       
  ┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
  │ eeg_ds003645s_hed_library                                                                                                         │
  └───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
    STIMULUS_FILE_MISSING                      sub-002_task-FacePerception_run-3_events   schema.rules.checks.events.StimulusFileM     
                                               .tsv                                       issing                                       
  ┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
  │ eeg_ds003645s_hed_longform                                                                                                        │
  └───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
    STIMULUS_FILE_MISSING                      sub-002_task-FacePerception_run-3_events   schema.rules.checks.events.StimulusFileM     
                                               .tsv                                       issing         
  ┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
  │ ieeg_filtered_speech                                                                                                              │
  └───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
    STIMULUS_FILE_MISSING                      sub-cm8_task-FilteredSpeech_events.tsv     schema.rules.checks.events.StimulusFileM     
                                                                                          issing                                       
                                                                                                    
```
  • Loading branch information
effigies authored Sep 8, 2023
1 parent fc98780 commit 064e142
Showing 1 changed file with 1 addition and 1 deletion.
2 changes: 1 addition & 1 deletion src/schema/rules/checks/events.yaml
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -26,4 +26,4 @@ StimulusFileMissing:
- suffix == "events"
- columns.stim_file != null
checks:
- exists(columns.stim_file, "stimuli") == length(columns.stim_file)
- exists(columns.stim_file, "stimuli") == length(columns.stim_file) - count(columns.stim_file, "n/a")

0 comments on commit 064e142

Please sign in to comment.