最新提示：请使用 LINKVIEW2
LINKVIEW 是一个将序列比对结果（或其它任何适合的数据）进行可视化作图的工具。
本工具设计灵感来源于 circo s软件，因为在日常工作中需要对 blast 比对结果进行可视化显示，但是找不到合适的软件(circos 仅能作环状的图)，所以开发了这款工具。
使用 LINKVIEW 可以绘制出整体或局部的比对情况，支持自定义高亮、导入 gff 文件以绘制基因结构、有多种风格供选择。请看效果图：
python3.5+
cairosvg 是一个 python 模块，可以通过pip3 install cairosvg安装。
将 svg 渲染成 png 的时候需要调用 cairosvg 模块。
将 svg 渲染为 png 的时候，可以使用 inkscape，在 inkscape 0.91 测试通过。
指定参数 --svg2png inkscape 使用 inkscape，若不指定，则无此依赖
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输入文件 在使用 LINKVIEW 作图前，需要先准备一个（或多个） alignment 文件，可以自定义，也可以直接使用 blastn 或 MUMmer 的比对结果。 自定义的输入文件格式如下：
chr1 start1 end1 chr2 start2 end2 [color:opacity]该文件每行为一个 alignment。 chr1 和chr2 表示序列(染色体)名称； start1、end1、start2、end2为位点位置(bp，整数)，表示 chr1 的 start1 到 end1 比对上 chr2 的 start2 到 end2； color:opacity 表示该比对块绘制的颜色和透明度，可以省略，缺省值按照指定的风格有所不同。可以直接将比对软件的输出作为LINKVIEW的输入文件，目前支持blastn(tabular格式，见example3) 和 MUMmer(show-coords生成的文件，见example1)， 以及 minimap2(paf格式)
当准备好输入文件后，即可运行 LINKVIEW：
./LINKVIEW.py [-t TYPE] input -
KARYOTYPE 文件 若不指定 KARYOTYPE 文件，LINKVIEW 会绘制输入文件中的所有染色体，并自动分配它们在图中的位置。 通过-k参数指定一个 KARYOTYPE 文件，可以指定需要绘制的染色体及其在图中的位置和所需绘制的区间。 KARYOTYPE 格式下：
chr1[:start1:end1] chr2[:start2:end2] chr3[:start3:end3]每一行对应图中的每一横排，上面内容的含义是将chr1和chr2绘制在第一横排，且 chr1 在左，chr2 在右，chr3 绘制在第二横排； start和end指定需要绘制的该染色体的区间，可以省略，若省略，则LINKVIEW会根据输入文件计算出包含所有 alignment 的最小区间。
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HIGHLIGHT文件 LINKVIEW 可以将染色体上部分区段高亮显示。 通过 -hl参数指定一个 HIGHLIGHT 文件，格式如下：
chr start end [color]该文件每一行表示一个高亮区块，上面内容表示 chr 的 start 到 end 区间显示为高亮， 颜色可以省略，默认颜色为 red
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CHR_LEN 文件 通过 --chr_len 参数指定 CHR_LEN 文件，格式如下：
chr1 len1 chr2 len2该文件指定每条染色体的长度，如果指定该文件，KARYOTYPE文件中指定的染色体区间不完整展示时，没展示的部分将以一条短横线代替
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其它参数
| -o, --output | 输出文件的前缀 |
|---|---|
| -n, --no_label | 不显示标签 |
| --label_font_size | 标签字体大小 |
| --label_angle | 标签旋转角度 |
| --chro_axis | 显示刻度(仅对第一横排和最后一横排有效) |
| --chro_axis_density | 大于0的值，对于控制刻度的稠密程度有一定作用 |
| --show_pos_with_label | 显示标签的同时，也显示染色体的区间位置信息 |
| --scale | 在右下角绘制的比例尺线段图例的大小，默认为自动大小 |
| --gff | 指定gff文件以绘制基因结构 |
| --bezier | 比对块绘制成贝塞尔曲线风格 |
| --style | 改变绘图风格，目前有两种样式分别是classic和simple，前者颜色较深，后者较浅 |
| --min_identity | 用于过滤alignment |
| --min_alignment_length | |
| --max_evalue | |
| --min_bit_score |
值得注意的是，可以通过 -p 指定 PARAMETER 文件，为每一横排指定参数，PARAMETER 文件的每一行对应作图的每一横排，格式为parameter=value，例如：
chro_axis=1 label_angle=30
label_font_size=20
上面内容的含义是，作图的第一横排显示刻度，标签旋转30°，第二横排字体大小为20px。
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