Journal-Club

Time: Friday morning 10:00 - 10:30 AM, FGH 313

• Journal-Club
  • Paper-Reading-Group

Paper-Reading-Group

Agenda

Date	Speaker	Paper	Remark
2023.11.17	Dr. Huo （Spatial Transcriptomics）	《Visualization and Analysis of Gene Expression in Tissue Sections by Spatial Transcriptomics》 （Science 2016）
2023.11.17	Dr. Huo （Spatial Transcriptomics）	《Spatially Resolved Transcriptomes—Next Generation Tools for Tissue Exploration》 （BioEssay 2020）
2023.11.17	Dr. Huo （Spatial Transcriptomics）	《Alignment and Integration of Spatial Transcriptomics Data》 （Nature Method 2022）
2023.11.10	Quan Liu （Visual Language Foundation Model）	《Multimodal Few-Shot Learning with Frozen Language Models》 （NeruIPS 2021）
2023.11.10	Quan Liu （Visual Language Foundation Model）	《Frozen Transformers in Language Models Are Effective Visual Encoder Layers》 （arxiv）
2023.11.10	Quan Liu （Tranformer CNN backbone comparison）	《ConvNets Match Vision Transformers at Scale》 （DeepMind）
2023.11.03	Junlin Guo （Long-Tailed Learning + Knowledge Distillation）	《Long-Tailed Visual Recognition via Self-Heterogeneous Integration with Knowledge Excavation》 （CVPR 2023）
2023.11.03	Junlin Guo （Universal instance cell segmentation）	《Cellpose: a generalist algorithm for cellular segmentation》 （Nature. 2021）
2023.11.03	Junlin Guo （Universal instance cell segmentation + Harmony）	《MEDIAR: Harmony of Data-Centric and Model-Centric for Multi-Modality Microscopy》 （NeurIPS 2022）
2023.10.27	Marilyn Lionts （Variational Autoencoders and Active Learning）	《An Active Learning Method Based on Variational Autoencoder and DBSCAN Clustering》 （2021）
2023.10.27	Marilyn Lionts （Variational Autoencoders and Active Learning）	《The Power of Ensembles for Active Learning in Image Classification》 （CVPR 2018）
2023.10.27	Marilyn Lionts （Variational Autoencoders and Active Learning）	《Variational Adversarial Active Learning》 （ICCV 2019）
2023.10.20	Can(Cathy) Cui （Anomaly Detection and Localization）	《Anomaly Detection via Reverse Distillation from One-Class Embedding》 （CVPR2022）
2023.10.20	Can(Cathy) Cui （Anomaly Detection and Localization）	《Revisiting Reverse Distillation for Anomaly Detection》 （CVPR2023）
2023.10.20	Can(Cathy) Cui （Anomaly Detection and Localization）	《ReContrast: Domain-Specific Anomaly Detection via Contrastive Reconstruction》 （NeurIPS）
2023.10.13	Yucheng Tang （Visual Language Foundation Model）	《Flamingo: a Visual Language Model for Few-Shot Learning》 (DeepMind)
2023.10.13	Yucheng Tang （Visual Language Foundation Model）	《PaLM: Scaling Language Modeling with Pathways》 (Google)
2023.10.13	Yucheng Tang （Visual Language Foundation Model）	《PaLM-E: An Embodied Multimodal Language Model》 (Google)
2023.10.13	Yucheng Tang （Visual Language Foundation Model）	《GPT-4 Technical Report 》 (OPEN AI)
2023.10.13	Yucheng Tang （Visual Language Foundation Model）	《LLaMA: Open and Efficient Foundation Language Models》 (Meta)
2023.10.13	Yucheng Tang （Visual Language Foundation Model）	《LLAVA: Visual Instruction Tuning》 (Microsoft, UWM)
2023.10.13	Yucheng Tang （Visual Language Foundation Model --- Medical）	《Med-PALM : Large Language Models Encode Clinical Knowledge》 (Google)
2023.10.13	Yucheng Tang （Visual Language Foundation Model --- Medical）	《BioMedCLIP: LARGE-SCALE DOMAIN-SPECIFIC PRETRAINING FOR BIOMEDICAL VISION-LANGUAGE PROCESSING》 (Microsoft)
2023.10.13	Yucheng Tang （Visual Language Foundation Model --- Medical）	《LLaVA-Med: Training a Large Language-and-Vision Assistant for Biomedicine in One Day 》 (Microsoft)
2023.10.13	Yucheng Tang （Visual Language Foundation Model --- Medical）	《Med-Flamingo: MED-FLAMINGO: A MULTIMODAL MEDICAL FEWSHOT LEARNER 》 (Stanford)
2023.10.13	Yucheng Tang （Visual Language Foundation Model --- Medical）	《Towards Generalist Foundation Model for Radiology 》 (Shanghai AI Lab)
2023.10.6	Dr. Huo （Visual language model）	《CLIP-Driven Universal Model for Organ Segmentation and Tumor Detection》 （arxiv）
2023.10.6	Dr. Huo （Fast data curation）	《Annotating 8,000 Abdominal CT Volumes for Multi-Organ Segmentation in Three Weeks》 （ICCV 2023）
2023.10.6	Dr. Huo （Tranformer backbone）	《UNesT: Local Spatial Representation Learning with Hierarchical Transformer for Efficient Medical Segmentation》 （MeDIA 2023）
2023.9.22	Tianyuan Yao （Visual language model）	《BridgeTower: Building Bridges Between Encoders in Vision-Language Representation Learning》 （AAAI 2023）
2023.9.22	Tianyuan Yao （Visual language model）	《PMC-CLIP: Contrastive Language-Image Pre-training using Biomedical Documents》 （MICCAI 2023）
2023.9.22	Tianyuan Yao （Representation disentanglement + segmentation）	《Directional Connectivity-based Segmentation of Medical Images》 （CVPR 2023）
2023.9.22	Tianyuan Yao （Semi-supervised Segmentation）	《Orthogonal Annotation Benefits Barely-supervised Medical Image Segmentation》 （CVPR 2023）
2023.9.15	Ruining Deng （Prompt-based Segmentation）	《Incrementer: Transformer for Class-Incremental Semantic Segmentation with Knowledge Distillation Focusing on Old Class》 （CVPR2023）
2023.9.15	Ruining Deng （Prompt-based Segmentation）	《SegPrompt: Boosting Open-world Segmentation via Category-level Prompt Learning》 （ICCV）
2023.9.15	Ruining Deng （Prompt-based Segmentation）	《ProSFDA: Prompt Learning based Source-free Domain Adaptation for Medical Image Segmentation》 （ArXiv）
2023.9.08	Dr. Huo （Text-to-image Segmentation）	《Open-Vocabulary Panoptic Segmentation with Text-to-Image Diffusion Models》 （ArXiv）
2023.9.08	Dr. Huo （Fundation Models）	《DINOv2 from Meta AI – Finally a Foundational Model in Computer Vision》 （Web Site） (ArXiv)
2023.9.08	Dr. Huo （Fundation Models）	《SAM-Med2D》 （ArXiv）
2023.8.25	Quan Liu （Self-supervised Learning）	《EMP-SSL: Towards Self-Supervised Learning in One Training Epoch》 （CVPR 2023）
2023.8.25	Quan Liu （Visual language model + zero-shot learning）	《Visual Language Pretrained Multiple Instance Zero-Shot Transfer for Histopathology Images》 （CVPR 2023）
2023.8.25	Quan Liu （Image perturbation）	《Revisiting Weak-to-Strong Consistency in Semi-Supervised Semantic Segmentation》 （CVPR 2023）

Pool of great papers from the team (Senior folks can drop papers here as potential papers to review)

1. Ye, Shuquan, et al. "Improving Commonsense in Vision-Language Models via Knowledge Graph Riddles." Proceedings of the IEEE/CVF Conference on Computer Vision and Pattern Recognition. 2023. [from Yuankai Huo]

2. Xie, Ronald, et al. "MAESTER: Masked Autoencoder Guided Segmentation at Pixel Resolution for Accurate, Self-Supervised Subcellular Structure Recognition." Proceedings of the IEEE/CVF Conference on Computer Vision and Pattern Recognition. 2023. [from Yuankai Huo]

3. Huang, Zhi, et al. "A visual–language foundation model for pathology image analysis using medical Twitter." Nature Medicine (2023): 1-10. [from Yuankai Huo]