- Assay: All the scripts for data analysis
- Result: The results by scripts
- Study: The materials about the project
# tree -L 3 /disk/user/zouhua/project/MetaAnalysis_CRC
/disk/user/zouhua/project/MetaAnalysis_CRC
├── Assay
│ ├── 00.RawData
│ │ ├── DownloadData_v0.Rmd
│ │ ├── DownloadData_v0.nb.html
│ │ ├── DownloadData_v1.Rmd
│ │ ├── DownloadData_v1.nb.html
│ │ ├── preprocess.Rmd
│ │ └── preprocess.nb.html
│ ├── 01.Phenotype
│ │ ├── Distribution.Rmd
│ │ ├── Distribution.nb.html
│ │ ├── Phenotype.Rmd
│ │ └── Phenotype.nb.html
│ ├── 02.GlobalView
│ │ ├── GlobelView.Rmd
│ │ ├── GlobelView.nb.html
│ │ ├── MDS.Rmd
│ │ ├── MDS.nb.html
│ │ ├── PERMANOVA.Rmd
│ │ └── PERMANOVA.nb.html
│ ├── 03.Diversity
│ │ ├── diveristy.Rmd
│ │ └── diveristy.nb.html
│ ├── 04.Composition
│ │ ├── barplot.Rmd
│ │ ├── barplot.nb.html
│ │ ├── sankey.Rmd
│ │ └── sankey.nb.html
│ ├── 05.Comparison
│ │ ├── Difference.Rmd
│ │ ├── Difference.nb.html
│ │ ├── STAMP.Rmd
│ │ └── STAMP.nb.html
│ ├── 06.Network
│ │ ├── SparCC.Rmd
│ │ └── SparCC.nb.html
│ ├── 07.RandomForest
│ │ ├── 01.ExprSetDivid.Rmd
│ │ ├── 01.ExprSetDivid.nb.html
│ │ ├── 02.Difference.Rmd
│ │ ├── 02.Difference.nb.html
│ │ ├── 03.RandomForest.Rmd
│ │ ├── 03.RandomForest.html
│ │ ├── 03.RandomForest.nb.html
│ │ ├── 04.Biomarker_visualization.Rmd
│ │ ├── 04.Biomarker_visualization.nb.html
│ │ └── README.md
│ ├── 08.SupportVectorMachine
│ │ ├── SVM.Rmd
│ │ └── SVM.nb.html
│ └── 09.MaAslin2
│ ├── MaAslin2.Rmd
│ └── MaAslin2.nb.html
├── README.md
├── Result
│ ├── Biomarker
│ │ └── RF_model
│ ├── Differential
│ │ ├── CRC_HC_DEA.csv
│ │ ├── CRC_HC_DEA_limma.csv
│ │ └── CRC_HC_DEA_wilcox.csv
│ ├── MaAsLin2
│ │ └── species
│ ├── Network
│ │ └── species_SparCC.RDS
│ ├── Phenotype
│ │ └── phenotype.csv
│ └── Profile
│ ├── genus_profile.RDS
│ ├── genus_profile.tsv
│ ├── genus_profile_TSE.RDS
│ ├── phylum_profile.RDS
│ ├── phylum_profile.tsv
│ ├── phylum_profile_TSE.RDS
│ ├── species_profile.RDS
│ ├── species_profile.tsv
│ └── species_profile_TSE.RDS
└── Study
└── curatedMetagenomicData
├── CRC_marker_abundance_Origin.RDS
├── CRC_marker_presence_Origin.RDS
├── CRC_pathway_abundance_Origin.RDS
└── CRC_relative_abundance_Origin.RDS