option to specify host and port

BIONF · Aug 16, 2023 · 4c582d1 · 4c582d1
1 parent 9ed0f42
commit 4c582d1
Show file tree

Hide file tree

Showing 6 changed files with 20 additions and 4 deletions.
diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION
@@ -1,6 +1,6 @@
 Package: PhyloProfile
-Version: 1.15.13
-Date: 2023-08-14
+Version: 1.15.14
+Date: 2023-08-16
 Title: PhyloProfile
 Authors@R: c(
     person("Vinh", "Tran", role = c("aut", "cre"), email = "[email protected]", comment=c(ORCID="0000-0001-6772-7595")),

diff --git a/R/runPhyloprofile.R b/R/runPhyloprofile.R
@@ -2,6 +2,8 @@
 #' @export
 #' @param configFile Configuration file for specifying path to input files,
 #' taxonomy rank and reference taxon, and some other settings
+#' @param host IP adress (e.g. host = "127.0.0.1")
+#' @param port Port (e.g. port = 8888)
 #' @return A shiny application - GUI version of PhyloProfile
 #' @import BiocStyle
 #' @import DT
@@ -21,7 +23,7 @@
 #' runPhyloProfile()
 #' }
 
-runPhyloProfile <- function(configFile = NULL){
+runPhyloProfile <- function(configFile = NULL, host = NULL, port = NULL){
     appDir <- system.file("PhyloProfile", package = "PhyloProfile")
     if (appDir == "") {
         stop(
@@ -41,6 +43,8 @@ runPhyloProfile <- function(configFile = NULL){
         i_port <- configs$port
         i_launchBrowser <- configs$launchBrowser
     }
+    if (!is.null(host)) i_host <- host
+    if (!is.null(port)) i_port <- port
 
     if (!is.logical(i_launchBrowser)) i_launchBrowser <- TRUE
     if (!is.null(i_host) && !is.null(i_port)) {

diff --git a/inst/NEWS.Rd b/inst/NEWS.Rd
@@ -12,6 +12,7 @@
     \item option to filter features in architecture plot (#110)
     \item option to show all input taxa (#110)
     \item added more info to domain plot (e-value, bit-score, pHMM)
+    \item option to specify host and port for runPhyloProfile() fn
   }
 }
 

diff --git a/inst/PhyloProfile/data/preCalcTree.nw b/inst/PhyloProfile/data/preCalcTree.nw
@@ -0,0 +1 @@
+(((ncbi436308:38.4057971,(ncbi273057:38.4057971,ncbi374847:38.4057971):0):11.23188406,(ncbi1841598:49.63768116,(ncbi69014:38.04347826,(ncbi243232:38.04347826,(ncbi188937:26.08695652,ncbi64091:26.08695652):11.95652174):0):11.5942029):0):0.3623188406,((ncbi515635:49.63768116,(ncbi289376:49.63768116,(ncbi243274:49.63768116,((ncbi243090:42.02898551,ncbi272561:42.02898551):7.608695652,(ncbi226186:49.63768116,(ncbi224324:49.63768116,(ncbi190304:49.63768116,(ncbi189518:49.63768116,(((ncbi243231:36.5942029,ncbi85962:36.5942029):1.449275362,(ncbi224911:38.04347826,(ncbi122586:38.04347826,(ncbi208964:25.72463768,ncbi83333:25.72463768):12.31884058):0):0):11.5942029,(ncbi324602:42.39130435,(ncbi243273:42.39130435,(ncbi243230:42.39130435,(ncbi224308:42.39130435,((ncbi100226:25.72463768,ncbi83332:25.72463768):16.66666667,(ncbi1111708:38.04347826,ncbi251221:38.04347826):4.347826087):0):0):0):0):7.246376812):0):0):0):0):0):0):0):0):0.3623188406,(ncbi5664:49.63768116,(ncbi44689:49.63768116,((ncbi3055:47.10144928,(ncbi3218:34.42028986,(ncbi3702:25,(ncbi39947:7.246376812,ncbi4577:7.246376812):17.75362319):9.420289855):12.68115942):2.536231884,((ncbi184922:43.84057971,ncbi5722:43.84057971):5.797101449,(((ncbi36329:39.85507246,ncbi5888:39.85507246):4.710144928,(ncbi164328:43.47826087,ncbi35128:43.47826087):1.086956522):5.072463768,((ncbi684364:47.10144928,((ncbi418459:38.04347826,(ncbi214684:38.04347826,ncbi237631:38.04347826):0):8.695652174,(ncbi284812:38.04347826,((ncbi284591:13.76811594,(ncbi237561:13.76811594,(ncbi5478:7.246376812,(ncbi4956:7.246376812,((ncbi4932:0.3623188406,ncbi559292:0.3623188406):6.884057971,(ncbi4914:7.246376812,(ncbi27288:7.246376812,ncbi36033:7.246376812):0):0):0):0):6.52173913):0):23.1884058,((ncbi367110:27.53623188,ncbi665079:27.53623188):5.072463768,(ncbi321614:32.60869565,ncbi330879:32.60869565):0):4.347826087):1.086956522):8.695652174):0.3623188406):2.173913043,(ncbi81824:47.46376812,(ncbi45351:46.37681159,((ncbi7739:38.04347826,(ncbi7719:38.04347826,((ncbi7918:24.27536232,(ncbi7955:23.1884058,ncbi8090:23.1884058):1.086956522):10.86956522,(ncbi8364:32.97101449,(ncbi9031:31.88405797,(ncbi13616:22.46376812,(((ncbi10090:6.15942029,ncbi10116:6.15942029):10.50724638,(ncbi9606:6.15942029,(ncbi9595:6.15942029,ncbi9598:6.15942029):0):10.50724638):1.811594203,(ncbi9615:16.66666667,ncbi9913:16.66666667):1.811594203):3.985507246):9.420289855):1.086956522):2.173913043):2.898550725):0):7.971014493,(ncbi6412:45.28985507,(ncbi6239:44.92753623,((ncbi407821:25.72463768,ncbi6945:25.72463768):12.31884058,(ncbi35525:37.31884058,(ncbi123851:24.27536232,(ncbi286706:23.91304348,(ncbi136037:23.91304348,(ncbi610380:22.10144928,(ncbi34740:22.10144928,((ncbi224129:13.04347826,ncbi7070:13.04347826):9.057971014,((ncbi7227:2.898550725,ncbi7260:2.898550725):10.86956522,(ncbi319348:11.5942029,ncbi7165:11.5942029):2.173913043):8.333333333):0):0):1.811594203):0):0.3623188406):13.04347826):0.7246376812):6.884057971):0.3623188406):0.7246376812):0.3623188406):1.086956522):1.811594203):0.3623188406):0):0):0):0):0.3623188406):0);
diff --git a/inst/PhyloProfile/server.R b/inst/PhyloProfile/server.R
@@ -1761,6 +1761,12 @@ shinyServer(function(input, output, session) {
                     "endIndex", value = nlevels(as.factor(longDataframe$geneID))
                 )
             }
+            # remove fdogMA orthologs
+            if (input$showAllTaxa == FALSE) {
+                longDataframe <- longDataframe[
+                    !(longDataframe$orthoID == "fdogMA"),
+                ]
+            }
             # return
             return(longDataframe)
         })

diff --git a/man/runPhyloProfile.Rd b/man/runPhyloProfile.Rd