Projet de présentation de Docker
Auteurs: AGLAVE Marine, JELASSi Sarah, ROGIER Alice et ROHMER Coralie
Date: 11/01/2019
Cette présentation a pour but de présenter l'outil Docker à l'ensemble de la classe. L'exemple d'utilisation de Docker est basé sur la reproductibilité et la portabilité du projet python de l'an dernier.
Cette étude avait pour but l'identification des fonctions des domaines du complexe sRNP H/ACA
- Confo_global.py permet de réaliser une recherche des domaines flexibles dans la protéine
- Tool.py contient plusieurs outils nécessaires à Confo_global.py.
Usage: python3 Confo_global.py -ref pab21_structure_de_ref.pdb -conf pab21_prod_solute_500frames.pdb -domaines A1,A2,A3,A4,B
Installation Docker: https://docs.docker.com/install/
Ouvrir un terminal depuis le dossier du projet.
Construction de l'image: sudo docker build -t projetpython .
Tag de l'image: sudo docker tag projetpython ami2b/projet_python:latest
Upload de l'image sur le Hub Docker: sudo docker push ami2b/projet_python:latest
Lancement de l'image en local: sudo docker run projetpython
Lancement de l'image à partir du Hub Docker: sudo docker run ami2b/projet_python:latest
Pour lancer l'image à partir du Hub Docker et récupérer les résultats automatiquement: Modifier /home/coralie/Bigdata du fichier script_bash.sh par le chemin de votre choix. Puis dans un terminal, lancer: bash script_bash.sh NB: Il faudra les droits administrateur pour pouvoir supprimer les résultats.