From c26a7d0bd9d857f4d1bacebe094c33539783248d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Hendrik Cannoodt Date: Tue, 30 Jan 2024 16:32:29 +0100 Subject: [PATCH 01/12] Add bgzip (#13) * Quick conversion from snakemake wrapper * reorder the fields a bit and expand the info field * improve implementation of regular script and test script * Add extra arguments * Fix late issues/remarks after PR was already merged * update PR# * Update src/bgzip/config.vsh.yaml Co-authored-by: Robrecht Cannoodt --------- Co-authored-by: Robrecht Cannoodt --- CHANGELOG.md | 2 + src/bgzip/config.vsh.yaml | 123 ++++++++++++++++++++++++++++++++++ src/bgzip/help.txt | 22 ++++++ src/bgzip/test_data/script.sh | 10 +++ src/bgzip/test_data/test.vcf | 23 +++++++ 5 files changed, 180 insertions(+) create mode 100644 src/bgzip/config.vsh.yaml create mode 100644 src/bgzip/help.txt create mode 100644 src/bgzip/test_data/script.sh create mode 100644 src/bgzip/test_data/test.vcf diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index 63f69365..d7262a74 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -8,6 +8,8 @@ * `fastp`: An ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor (PR #3). +* `bgzip`: Add bgzip functionality to compress and decompress files (PR #13). + ## MAJOR CHANGES ## MINOR CHANGES diff --git a/src/bgzip/config.vsh.yaml b/src/bgzip/config.vsh.yaml new file mode 100644 index 00000000..159c33e8 --- /dev/null +++ b/src/bgzip/config.vsh.yaml @@ -0,0 +1,123 @@ +functionality: + name: bgzip + description: Block compression/decompression utility + info: + homepage: https://www.htslib.org/ + documentation: https://www.htslib.org/doc/bgzip.html + repository: https://github.com/samtools/htslib + licence: MIT + requirements: + commands: [ bgzip ] + argument_groups: + - name: Inputs + arguments: + - name: --input + type: file + direction: input + description: file to be compressed or decompressed + required: true + - name: Outputs + arguments: + - name: --output + type: file + direction: output + description: compressed or decompressed output + required: true + - name: --index_name + alternatives: -I + type: file + direction: output + description: name of BGZF index file [file.gz.gzi] + - name: Arguments + arguments: + - name: offset + alternatives: -b + type: integer + description: decompress at virtual file pointer (0-based uncompressed offset) + - name: --decompress + alternatives: -d + type: boolean_true + description: decompress the input file + - name: --rebgzip + alternatives: -g + type: boolean_true + description: use an index file to bgzip a file + - name: --index + alternatives: -i + type: boolean_true + description: compress and create BGZF index + - name: --compress_level + alternatives: -l + type: integer + description: compression level to use when compressing; 0 to 9, or -1 for default [-1] + min: -1 + max: 9 + - name: --reindex + alternatives: -r + type: boolean_true + description: (re)index the output file + - name: --size + alternatives: -s + type: integer + description: decompress INT bytes (uncompressed size) + min: 0 + - name: --test + alternatives: -t + type: boolean_true + description: test integrity of compressed file + - name: --binary + type: boolean_true + description: Don't align blocks with text lines + resources: + - type: bash_script + text: | + [[ "$par_decompress" == "false" ]] && unset par_decompress + [[ "$par_rebgzip" == "false" ]] && unset par_rebgzip + [[ "$par_index" == "false" ]] && unset par_index + [[ "$par_reindex" == "false" ]] && unset par_reindex + [[ "$par_test" == "false" ]] && unset par_test + [[ "$par_binary" == "false" ]] && unset par_binary + bgzip -c \ + ${meta_cpus:+--threads "${meta_cpus}"} \ + ${par_decompress:+-d} \ + ${par_rebgzip:+-g} \ + ${par_index:+-i} \ + ${par_index_name:+-I "${par_index_name}"} \ + ${par_compress_level:+-l "${par_compress_level}"} \ + ${par_reindex:+-r} \ + ${par_size:+-s "${par_size}"} \ + ${par_test:+-t} \ + "$par_input" > "$par_output" + test_resources: + - type: bash_script + text: | + set -e + + "$meta_executable" --input "$meta_resources_dir/test_data/test.vcf" --output "test.vcf.gz" + + echo ">> Checking output of compressing" + [ ! -f "test.vcf.gz" ] && echo "Output file test.vcf.gz does not exist" && exit 1 + + "$meta_executable" --input "test.vcf.gz" --output "test.vcf" --decompress + + echo ">> Checking output of decompressing" + [ ! -f "test.vcf" ] && echo "Output file test.vcf does not exist" && exit 1 + + echo ">> Checking original and decompressed files are the same" + set +e + cmp --silent -- "$meta_resources_dir/test_data/test.vcf" "test.vcf" + [ $? -ne 0 ] && echo "files are different" && exit 1 + set -e + + echo "> Test successful" + - type: file + path: test_data + +platforms: + - type: docker + image: quay.io/biocontainers/htslib:1.19--h81da01d_0 + setup: + - type: docker + run: | + bgzip -h | grep 'Version:' 2>&1 | sed 's/Version:\s\(.*\)/bgzip: "\1"/' > /var/software_versions.txt + - type: nextflow \ No newline at end of file diff --git a/src/bgzip/help.txt b/src/bgzip/help.txt new file mode 100644 index 00000000..d4012efd --- /dev/null +++ b/src/bgzip/help.txt @@ -0,0 +1,22 @@ +```bash +bgzip -h +``` + +Version: 1.19 +Usage: bgzip [OPTIONS] [FILE] ... +Options: + -b, --offset INT decompress at virtual file pointer (0-based uncompressed offset) + -c, --stdout write on standard output, keep original files unchanged + -d, --decompress decompress + -f, --force overwrite files without asking + -g, --rebgzip use an index file to bgzip a file + -h, --help give this help + -i, --index compress and create BGZF index + -I, --index-name FILE name of BGZF index file [file.gz.gzi] + -k, --keep don't delete input files during operation + -l, --compress-level INT Compression level to use when compressing; 0 to 9, or -1 for default [-1] + -r, --reindex (re)index compressed file + -s, --size INT decompress INT bytes (uncompressed size) + -t, --test test integrity of compressed file + --binary Don't align blocks with text lines + -@, --threads INT number of compression threads to use [1] diff --git a/src/bgzip/test_data/script.sh b/src/bgzip/test_data/script.sh new file mode 100644 index 00000000..c9114473 --- /dev/null +++ b/src/bgzip/test_data/script.sh @@ -0,0 +1,10 @@ +# bgzip test data + +# Test data was obtained from https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/bgzip/test. + +if [ ! -d /tmp/snakemake-wrappers ]; then + git clone --depth 1 --single-branch --branch master https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers /tmp/snakemake-wrappers +fi + +cp -r /tmp/snakemake-wrappers/bio/bgzip/test/* src/bgzip/test_data + diff --git a/src/bgzip/test_data/test.vcf b/src/bgzip/test_data/test.vcf new file mode 100644 index 00000000..11b5400e --- /dev/null +++ b/src/bgzip/test_data/test.vcf @@ -0,0 +1,23 @@ +##fileformat=VCFv4.0 +##fileDate=20090805 +##source=https://www.internationalgenome.org/wiki/Analysis/vcf4.0/ +##reference=1000GenomesPilot-NCBI36 +##phasing=partial +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##FILTER= +##FILTER= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA00001 NA00002 NA00003 +20 14370 rs6054257 G A 29 PASS NS=3;DP=14;AF=0.5;DB;H2 GT:GQ:DP:HQ 0|0:48:1:51,51 1|0:48:8:51,51 1/1:43:5:.,. +20 17330 . T A 3 q10 NS=3;DP=11;AF=0.017 GT:GQ:DP:HQ 0|0:49:3:58,50 0|1:3:5:65,3 0/0:41:3 +20 1110696 rs6040355 A G,T 67 PASS NS=2;DP=10;AF=0.333,0.667;AA=T;DB GT:GQ:DP:HQ 1|2:21:6:23,27 2|1:2:0:18,2 2/2:35:4 +20 1230237 . T . 47 PASS NS=3;DP=13;AA=T GT:GQ:DP:HQ 0|0:54:7:56,60 0|0:48:4:51,51 0/0:61:2 +20 1234567 microsat1 GTCT G,GTACT 50 PASS NS=3;DP=9;AA=G GT:GQ:DP 0/1:35:4 0/2:17:2 1/1:40:3 From 3e0926ce5ee1d2c58468158f18adda53127a5fdb Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Sai Nirmayi Yasa <92786623+sainirmayi@users.noreply.github.com> Date: Wed, 31 Jan 2024 12:40:42 +0100 Subject: [PATCH 02/12] Add subread featurecounts (#11) * Add test data * featureCounts help * get test data * config and sript * test script * add to changelog * update description * move out of subreads directory and fix typos * add PR number * Use full argument names in descriptions * update * Update output arguments Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * remove tmpdir argument Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * use $meta_tmp_dir Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * add quotes Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * rename r_path to results_path * modified arguments * fix incorrect argument in description * fix --output_counts argument * use multiple_sep Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * Update src/featurecounts/config.vsh.yaml Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * use example instead of default * minor edits * rename files to verify that parameters work as intended * Automatically add the `-J` flag if `--output_junctions` was specified * fix typo * rename arguments and let featureCounts first output to a tempdir --------- Co-authored-by: Robrecht Cannoodt --- CHANGELOG.md | 2 + src/featurecounts/config.vsh.yaml | 337 +++++++++++++++++++++ src/featurecounts/help.txt | 242 +++++++++++++++ src/featurecounts/script.sh | 85 ++++++ src/featurecounts/test.sh | 35 +++ src/featurecounts/test_data/a.bam | Bin 0 -> 296 bytes src/featurecounts/test_data/annotation.gtf | 6 + src/featurecounts/test_data/genome.fasta | 4 + src/featurecounts/test_data/script.sh | 9 + 9 files changed, 720 insertions(+) create mode 100644 src/featurecounts/config.vsh.yaml create mode 100644 src/featurecounts/help.txt create mode 100644 src/featurecounts/script.sh create mode 100644 src/featurecounts/test.sh create mode 100644 src/featurecounts/test_data/a.bam create mode 100644 src/featurecounts/test_data/annotation.gtf create mode 100644 src/featurecounts/test_data/genome.fasta create mode 100644 src/featurecounts/test_data/script.sh diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index d7262a74..e5a98c1c 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -10,6 +10,8 @@ * `bgzip`: Add bgzip functionality to compress and decompress files (PR #13). +* `featurecounts`: Assign sequence reads to genomic features (PR #11). + ## MAJOR CHANGES ## MINOR CHANGES diff --git a/src/featurecounts/config.vsh.yaml b/src/featurecounts/config.vsh.yaml new file mode 100644 index 00000000..8a2002d4 --- /dev/null +++ b/src/featurecounts/config.vsh.yaml @@ -0,0 +1,337 @@ +functionality: + name: featurecounts + description: | + featureCounts is a read summarization program for counting reads generated from either RNA or genomic DNA sequencing experiments by implementing highly efficient chromosome hashing and feature blocking techniques. It works with either single or paired-end reads and provides a wide range of options appropriate for different sequencing applications. + info: + keywords: ["Read counting", "Genomic features"] + homepage: https://subread.sourceforge.net/ + documentation: https://subread.sourceforge.net/SubreadUsersGuide.pdf + repository: https://github.com/ShiLab-Bioinformatics/subread + reference: "doi:10.1093/bioinformatics/btt656" + licence: GPL-3.0 + requirements: + commands: [ featureCounts ] + + argument_groups: + - name: Inputs + arguments: + - name: --annotation + alternatives: ["-a"] + type: file + description: | + Name of an annotation file. GTF/GFF format by default. See '--format' option for more format information. + required: true + example: annotation.gtf + - name: --input + alternatives: ["-i"] + type: file + multiple: true + multiple_sep: ';' + description: | + A list of SAM or BAM format files separated by semi-colon (;). They can be either name or location sorted. Location-sorted paired-end reads are automatically sorted by read names. + required: true + example: input_file1.bam + + - name: Outputs + arguments: + - name: --counts + alternatives: ["-o"] + type: file + direction: output + description: | + Name of output file including read counts in tab delimited format. + required: true + example: features.tsv + - name: --summary + type: file + direction: output + description: | + Summary statistics of counting results in tab delimited format. + required: false + example: summary.tsv + - name: --junctions + type: file + direction: output + description: | + Count number of reads supporting each exon-exon junction. Junctions were identified from those exon-spanning reads in the input (containing 'N' in CIGAR string). + example: junctions.txt + required: false + + - name: Annotation + arguments: + - name: --format + alternatives: ["-F"] + type: string + description: | + Specify format of the provided annotation file. Acceptable formats include 'GTF' (or compatible GFF format) and 'SAF'. 'GTF' by default. + choices: [GTF, GFF, SAF] + example: "GTF" + required: false + - name: --feature_type + alternatives: ["-t"] + type: string + description: | + Specify feature type(s) in a GTF annotation. If multiple types are provided, they should be separated by ',' with no space in between. 'exon' by default. Rows in the annotation with a matched feature will be extracted and used for read mapping. + example: "exon" + required: false + multiple: true + multiple_sep: "," + - name: --attribute_type + alternatives: ["-g"] + type: string + description: | + Specify attribute type in GTF annotation. 'gene_id' by default. Meta-features used for read counting will be extracted from annotation using the provided value. + example: "gene_id" + required: false + - name: --extra_attributes + type: string + description: | + Extract extra attribute types from the provided GTF annotation and include them in the counting output. These attribute types will not be used to group features. If more than one attribute type is provided they should be separated by comma. + required: false + multiple: true + multiple_sep: "," + - name: --chrom_alias + alternatives: ["-A"] + type: file + description: | + Provide a chromosome name alias file to match chr names in annotation with those in the reads. This should be a two-column comma-delimited text file. Its first column should include chr names in the annotation and its second column should include chr names in the reads. Chr names are case sensitive. No column header should be included in the file. + required: false + example: chrom_alias.csv + + - name: Level of summarization + arguments: + - name: --feature_level + alternatives: ["-f"] + type: boolean_true + description: | + Perform read counting at feature level (eg. counting reads for exons rather than genes). + + - name: Overlap between reads and features + arguments: + - name: --overlapping + alternatives: ["-O"] + type: boolean_true + description: | + Assign reads to all their overlapping meta-features (or features if '--feature_level' is specified). + - name: --min_overlap + type: integer + description: | + Minimum number of overlapping bases in a read that is required for read assignment. 1 by default. Number of overlapping bases is counted from both reads if paired end. If a negative value is provided, then a gap of up to specified size will be allowed between read and the feature that the read is assigned to. + required: false + example: 1 + - name: --frac_overlap + type: double + description: | + Minimum fraction of overlapping bases in a read that is required for read assignment. Value should be within range [0,1]. 0 by default. Number of overlapping bases is counted from both reads if paired end. Both this option and '--min_overlap' option need to be satisfied for read assignment. + required: false + min: 0 + max: 1 + example: 0 + - name: --frac_overlap_feature + type: double + description: | + Minimum fraction of overlapping bases in a feature that is required for read assignment. Value should be within range [0,1]. 0 by default. + required: false + min: 0 + max: 1 + example: 0 + - name: --largest_overlap + type: boolean_true + description: | + Assign reads to a meta-feature/feature that has the largest number of overlapping bases. + - name: --non_overlap + type: integer + description: | + Maximum number of non-overlapping bases in a read (or a read pair) that is allowed when being assigned to a feature. No limit is set by default. + required: false + - name: --non_overlap_feature + type: integer + description: | + Maximum number of non-overlapping bases in a feature that is allowed in read assignment. No limit is set by default. + required: false + - name: --read_extension5 + type: integer + description: | + Reads are extended upstream by bases from their 5' end. + required: false + - name: --read_extension3 + type: integer + description: | + Reads are extended upstream by bases from their 3' end. + required: false + - name: --read2pos + type: integer + description: | + Reduce reads to their 5' most base or 3' most base. Read counting is then performed based on the single base the read is reduced to. + required: false + choices: [3, 5] + + - name: Multi-mapping reads + arguments: + - name: --multi_mapping + alternatives: ["-M"] + type: boolean_true + description: | + Multi-mapping reads will also be counted. For a multi-mapping read, all its reported alignments will be counted. The 'NH' tag in BAM/SAM input is used to detect multi-mapping reads. + + - name: Fractional counting + arguments: + - name: --fraction + type: boolean_true + description: | + Assign fractional counts to features. This option must be used together with '--multi_mapping' or '--overlapping' or both. When '--multi_mapping' is specified, each reported alignment from a multi-mapping read (identified via 'NH' tag) will carry a fractional count of 1/x, instead of 1 (one), where x is the total number of alignments reported for the same read. When '--overlapping' is specified, each overlapping feature will receive a fractional count of 1/y, where y is the total number of features overlapping with the read. When both '--multi_mapping' and '--overlapping' are specified, each alignment will carry a fractional count of 1/(x*y). + + - name: Read filtering + arguments: + - name: --min_map_quality + alternatives: ["-Q"] + type: integer + description: | + The minimum mapping quality score a read must satisfy in order to be counted. For paired-end reads, at least one end should satisfy this criteria. 0 by default. + required: false + example: 0 + - name: --split_only + type: boolean_true + description: | + Count split alignments only (ie. alignments with CIGAR string containing 'N'). An example of split alignments is exon-spanning reads in RNA-seq data. + - name: --non_split_only + type: boolean_true + description: | + If specified, only non-split alignments (CIGAR strings do not contain letter 'N') will be counted. All the other alignments will be ignored. + - name: --primary + type: boolean_true + description: | + Count primary alignments only. Primary alignments are identified using bit 0x100 in SAM/BAM FLAG field. + - name: --ignore_dup + type: boolean_true + description: | + Ignore duplicate reads in read counting. Duplicate reads are identified using bit Ox400 in BAM/SAM FLAG field. The whole read pair is ignored if one of the reads is a duplicate read for paired end data. + + - name: Strandedness + arguments: + - name: --strand + alternatives: ["-s"] + type: integer + description: | + Perform strand-specific read counting. A single integer value (applied to all input files) should be provided. Possible values include: 0 (unstranded), 1 (stranded) and 2 (reversely stranded). Default value is 0 (ie. unstranded read counting carried out for all input files). + choices: [0, 1, 2] + example: 0 + required: false + + - name: Exon-exon junctions + arguments: + - name: --ref_fasta + alternatives: ["-G"] + type: file + description: | + Provide the name of a FASTA-format file that contains the reference sequences used in read mapping that produced the provided SAM/BAM files. + required: false + example: reference.fasta + + - name: Parameters specific to paired end reads + arguments: + - name: --paired + alternatives: ["-p"] + type: boolean_true + description: | + Specify that input data contain paired-end reads. To perform fragment counting (ie. counting read pairs), the '--countReadPairs' parameter should also be specified in addition to this parameter. + - name: --count_read_pairs + type: boolean_true + description: | + Count read pairs (fragments) instead of reads. This option is only applicable for paired-end reads. + - name: --both_aligned + alternatives: ["-B"] + type: boolean_true + description: | + Count read pairs (fragments) instead of reads. This option is only applicable for paired-end reads. + - name: --check_pe_dist + alternatives: ["-P"] + type: boolean_true + description: | + Check validity of paired-end distance when counting read pairs. Use '--min_length' and '--max_length' to set thresholds. + - name: --min_length + alternatives: ["-d"] + type: integer + description: | + Minimum fragment/template length, 50 by default. + required: false + example: 50 + - name: --max_length + alternatives: ["-D"] + type: integer + description: | + Maximum fragment/template length, 600 by default. + required: false + example: 600 + - name: --same_strand + alternatives: ["-C"] + type: boolean_true + description: | + Do not count read pairs that have their two ends mapping to different chromosomes or mapping to same chromosome but on different strands. + - name: --donotsort + type: boolean_true + description: | + Do not sort reads in BAM/SAM input. Note that reads from the same pair are required to be located next to each other in the input. + + - name: Read groups + arguments: + - name: --by_read_group + type: boolean_true + description: | + Assign reads by read group. "RG" tag is required to be present in the input BAM/SAM files. + + - name: Long reads + arguments: + - name: --long_reads + type: boolean_true + description: | + Count long reads such as Nanopore and PacBio reads. Long read counting can only run in one thread and only reads (not read-pairs) can be counted. There is no limitation on the number of 'M' operations allowed in a CIGAR string in long read counting. + + - name: Assignment results for each read + arguments: + - name: --detailed_results + type: file + direction: output + description: | + Directory to save the detailed assignment results. Use `--detailed_results_format` to determine the format of the detailed results. + example: detailed_results/ + required: false + - name: --detailed_results_format + alternatives: ["-R"] + type: string + description: | + Output detailed assignment results for each read or read-pair. Results are saved to a file that is in one of the following formats: CORE, SAM and BAM. See documentaiton for more info about these formats. + required: false + choices: [CORE, SAM, BAM] + + - name: Miscellaneous + arguments: + - name: --max_M_op + type: integer + description: | + Maximum number of 'M' operations allowed in a CIGAR string. 10 by default. Both 'X' and '=' are treated as 'M' and adjacent 'M' operations are merged in the CIGAR string. + required: false + example: 10 + - name: --verbose + type: boolean_true + description: | + Output verbose information for debugging, such as un-matched chromosome/contig names. + + resources: + - type: bash_script + path: script.sh + + test_resources: + - type: bash_script + path: test.sh + - type: file + path: test_data + +platforms: + - type: docker + image: quay.io/biocontainers/subread:2.0.6--he4a0461_0 + setup: + - type: docker + run: | + featureCounts -v 2>&1 | sed 's/featureCounts v\([0-9.]*\)/featureCounts: \1/' > /var/software_versions.txt + - type: nextflow \ No newline at end of file diff --git a/src/featurecounts/help.txt b/src/featurecounts/help.txt new file mode 100644 index 00000000..9ad33331 --- /dev/null +++ b/src/featurecounts/help.txt @@ -0,0 +1,242 @@ +```bash +featureCounts +``` + +Version 2.0.3 + +Usage: featureCounts [options] -a -o input_file1 [input_file2] ... + +## Mandatory arguments: + + -a Name of an annotation file. GTF/GFF format by default. See + -F option for more format information. Inbuilt annotations + (SAF format) is available in 'annotation' directory of the + package. Gzipped file is also accepted. + + -o Name of output file including read counts. A separate file + including summary statistics of counting results is also + included in the output ('.summary'). Both files + are in tab delimited format. + + input_file1 [input_file2] ... A list of SAM or BAM format files. They can be + either name or location sorted. If no files provided, + input is expected. Location-sorted paired-end reads + are automatically sorted by read names. + +## Optional arguments: +# Annotation + + -F Specify format of the provided annotation file. Acceptable + formats include 'GTF' (or compatible GFF format) and + 'SAF'. 'GTF' by default. For SAF format, please refer to + Users Guide. + + -t Specify feature type(s) in a GTF annotation. If multiple + types are provided, they should be separated by ',' with + no space in between. 'exon' by default. Rows in the + annotation with a matched feature will be extracted and + used for read mapping. + + -g Specify attribute type in GTF annotation. 'gene_id' by + default. Meta-features used for read counting will be + extracted from annotation using the provided value. + + --extraAttributes Extract extra attribute types from the provided GTF + annotation and include them in the counting output. These + attribute types will not be used to group features. If + more than one attribute type is provided they should be + separated by comma. + + -A Provide a chromosome name alias file to match chr names in + annotation with those in the reads. This should be a two- + column comma-delimited text file. Its first column should + include chr names in the annotation and its second column + should include chr names in the reads. Chr names are case + sensitive. No column header should be included in the + file. + +# Level of summarization + + -f Perform read counting at feature level (eg. counting + reads for exons rather than genes). + +# Overlap between reads and features + + -O Assign reads to all their overlapping meta-features (or + features if -f is specified). + + --minOverlap Minimum number of overlapping bases in a read that is + required for read assignment. 1 by default. Number of + overlapping bases is counted from both reads if paired + end. If a negative value is provided, then a gap of up + to specified size will be allowed between read and the + feature that the read is assigned to. + + --fracOverlap Minimum fraction of overlapping bases in a read that is + required for read assignment. Value should be within range + [0,1]. 0 by default. Number of overlapping bases is + counted from both reads if paired end. Both this option + and '--minOverlap' option need to be satisfied for read + assignment. + + --fracOverlapFeature Minimum fraction of overlapping bases in a + feature that is required for read assignment. Value + should be within range [0,1]. 0 by default. + + --largestOverlap Assign reads to a meta-feature/feature that has the + largest number of overlapping bases. + + --nonOverlap Maximum number of non-overlapping bases in a read (or a + read pair) that is allowed when being assigned to a + feature. No limit is set by default. + + --nonOverlapFeature Maximum number of non-overlapping bases in a feature + that is allowed in read assignment. No limit is set by + default. + + --readExtension5 Reads are extended upstream by bases from their + 5' end. + + --readExtension3 Reads are extended upstream by bases from their + 3' end. + + --read2pos <5:3> Reduce reads to their 5' most base or 3' most base. Read + counting is then performed based on the single base the + read is reduced to. + +# Multi-mapping reads + + -M Multi-mapping reads will also be counted. For a multi- + mapping read, all its reported alignments will be + counted. The 'NH' tag in BAM/SAM input is used to detect + multi-mapping reads. + +# Fractional counting + + --fraction Assign fractional counts to features. This option must + be used together with '-M' or '-O' or both. When '-M' is + specified, each reported alignment from a multi-mapping + read (identified via 'NH' tag) will carry a fractional + count of 1/x, instead of 1 (one), where x is the total + number of alignments reported for the same read. When '-O' + is specified, each overlapping feature will receive a + fractional count of 1/y, where y is the total number of + features overlapping with the read. When both '-M' and + '-O' are specified, each alignment will carry a fractional + count of 1/(x*y). + +# Read filtering + + -Q The minimum mapping quality score a read must satisfy in + order to be counted. For paired-end reads, at least one + end should satisfy this criteria. 0 by default. + + --splitOnly Count split alignments only (ie. alignments with CIGAR + string containing 'N'). An example of split alignments is + exon-spanning reads in RNA-seq data. + + --nonSplitOnly If specified, only non-split alignments (CIGAR strings do + not contain letter 'N') will be counted. All the other + alignments will be ignored. + + --primary Count primary alignments only. Primary alignments are + identified using bit 0x100 in SAM/BAM FLAG field. + + --ignoreDup Ignore duplicate reads in read counting. Duplicate reads + are identified using bit Ox400 in BAM/SAM FLAG field. The + whole read pair is ignored if one of the reads is a + duplicate read for paired end data. + +# Strandness + + -s Perform strand-specific read counting. A single integer + value (applied to all input files) or a string of comma- + separated values (applied to each corresponding input + file) should be provided. Possible values include: + 0 (unstranded), 1 (stranded) and 2 (reversely stranded). + Default value is 0 (ie. unstranded read counting carried + out for all input files). + +# Exon-exon junctions + + -J Count number of reads supporting each exon-exon junction. + Junctions were identified from those exon-spanning reads + in the input (containing 'N' in CIGAR string). Counting + results are saved to a file named '.jcounts' + + -G Provide the name of a FASTA-format file that contains the + reference sequences used in read mapping that produced the + provided SAM/BAM files. This optional argument can be used + with '-J' option to improve read counting for junctions. + +# Parameters specific to paired end reads + + -p Specify that input data contain paired-end reads. To + perform fragment counting (ie. counting read pairs), the + '--countReadPairs' parameter should also be specified in + addition to this parameter. + + --countReadPairs Count read pairs (fragments) instead of reads. This option + is only applicable for paired-end reads. + + -B Only count read pairs that have both ends aligned. + + -P Check validity of paired-end distance when counting read + pairs. Use -d and -D to set thresholds. + + -d Minimum fragment/template length, 50 by default. + + -D Maximum fragment/template length, 600 by default. + + -C Do not count read pairs that have their two ends mapping + to different chromosomes or mapping to same chromosome + but on different strands. + + --donotsort Do not sort reads in BAM/SAM input. Note that reads from + the same pair are required to be located next to each + other in the input. + +# Number of CPU threads + + -T Number of the threads. 1 by default. + +# Read groups + + --byReadGroup Assign reads by read group. "RG" tag is required to be + present in the input BAM/SAM files. + + +# Long reads + + -L Count long reads such as Nanopore and PacBio reads. Long + read counting can only run in one thread and only reads + (not read-pairs) can be counted. There is no limitation on + the number of 'M' operations allowed in a CIGAR string in + long read counting. + +# Assignment results for each read + + -R Output detailed assignment results for each read or read- + pair. Results are saved to a file that is in one of the + following formats: CORE, SAM and BAM. See Users Guide for + more info about these formats. + + --Rpath Specify a directory to save the detailed assignment + results. If unspecified, the directory where counting + results are saved is used. + +# Miscellaneous + + --tmpDir Directory under which intermediate files are saved (later + removed). By default, intermediate files will be saved to + the directory specified in '-o' argument. + + --maxMOp Maximum number of 'M' operations allowed in a CIGAR + string. 10 by default. Both 'X' and '=' are treated as 'M' + and adjacent 'M' operations are merged in the CIGAR + string. + + --verbose Output verbose information for debugging, such as un- + matched chromosome/contig names. + + -v Output version of the program. \ No newline at end of file diff --git a/src/featurecounts/script.sh b/src/featurecounts/script.sh new file mode 100644 index 00000000..b8da615f --- /dev/null +++ b/src/featurecounts/script.sh @@ -0,0 +1,85 @@ +#!/bin/bash + +set -e + +## VIASH START +## VIASH END + +tmp_dir=$(mktemp -d -p "$meta_temp_dir" "${meta_functionality_name}_XXXXXX") +mkdir -p "$tmp_dir/temp" + +if [[ $par_detailed_results ]] && [[ ! -d "$par_detailed_results" ]]; then + mkdir -p "$par_detailed_results" +fi + +[[ "$par_feature_level" == "false" ]] && unset par_feature_level +[[ "$par_overlapping" == "false" ]] && unset par_overlapping +[[ "$par_largest_overlap" == "false" ]] && unset par_largest_overlap +[[ "$par_multi_mapping" == "false" ]] && unset par_multi_mapping +[[ "$par_fraction" == "false" ]] && unset par_fraction +[[ "$par_split_only" == "false" ]] && unset par_split_only +[[ "$par_non_split_only" == "false" ]] && unset par_non_split_only +[[ "$par_primary" == "false" ]] && unset par_primary +[[ "$par_ignore_dup" == "false" ]] && unset par_ignore_dup +[[ "$par_paired" == "false" ]] && unset par_paired +[[ "$par_count_read_pairs" == "false" ]] && unset par_count_read_pairs +[[ "$par_both_aligned" == "false" ]] && unset par_both_aligned +[[ "$par_check_pe_dist" == "false" ]] && unset par_check_pe_dist +[[ "$par_same_strand" == "false" ]] && unset par_same_strand +[[ "$par_donotsort" == "false" ]] && unset par_donotsort +[[ "$par_by_read_group" == "false" ]] && unset par_by_read_group +[[ "$par_long_reads" == "false" ]] && unset par_long_reads +[[ "$par_verbose" == "false" ]] && unset par_verbose + +IFS=";" read -ra input <<< $par_input + +featureCounts \ + ${par_format:+-F "${par_format}"} \ + ${par_feature_type:+-t "${par_feature_type}"} \ + ${par_attribute_type:+-g "${par_attribute_type}"} \ + ${par_extra_attributes:+--extraAttributes "${extra_attributes}"} \ + ${par_chrom_alias:+-A "${par_chrom_alias}"} \ + ${par_feature_level:+-f} \ + ${par_overlapping:+-O} \ + ${par_min_overlap:+--minOverlap "${par_min_overlap}"} \ + ${par_frac_overlap:+--fracOverlap "${par_frac_overlap}"} \ + ${par_frac_overlap_feature:+--fracOverlapFeature "${par_frac_overlap_feature}"} \ + ${par_largest_overlap:+--largestOverlap} \ + ${par_non_overlap:+--nonOverlap "${par_non_overlap}"} \ + ${par_non_overlap_feature:+--nonOverlapFeature "${par_non_overlap_feature}"} \ + ${par_read_extension5:+--readExtension5 "${par_read_extension5}"} \ + ${par_read_extension3:+--readExtension3 "${par_read_extension3}"} \ + ${par_read2pos:+--read2pos "${par_read2pos}"} \ + ${par_multi_mapping:+-M} \ + ${par_fraction:+--fraction} \ + ${par_min_map_quality:+-Q "${par_min_map_quality}"} \ + ${par_split_only:+--splitOnly} \ + ${par_non_split_only:+--nonSplitOnly} \ + ${par_primary:+--primary} \ + ${par_ignore_dup:+--ignoreDup} \ + ${par_strand:+-s "${par_strand}"} \ + ${par_junctions:+-J} \ + ${par_ref_fasta:+-G "${par_ref_fasta}"} \ + ${par_paired:+-p} \ + ${par_count_read_pairs:+--countReadPairs} \ + ${par_both_aligned:+-B} \ + ${par_check_pe_dist:+-P} \ + ${par_min_length:+-d "${par_min_length}"} \ + ${par_max_length:+-D "${par_max_length}"} \ + ${par_same_strand:+-C} \ + ${par_donotsort:+--donotsort} \ + ${par_by_read_group:+--byReadGroup} \ + ${par_long_reads:+-L} \ + ${par_detailed_results:+--Rpath "${par_detailed_results}"} \ + ${par_detailed_results_format:+-R "${par_detailed_results_format}"} \ + ${par_max_M_op:+--maxMOp "${par_max_M_op}"} \ + ${par_verbose:+--verbose} \ + ${meta_cpus:+-T "${meta_cpus}"} \ + --tmpDir "$tmp_dir/temp" \ + -a "$par_annotation" \ + -o "$tmp_dir/output.txt" \ + "${input[*]}" + +[[ ! -z "$par_counts" ]] && mv "$tmp_dir/output.txt" "$par_counts" +[[ ! -z "$par_summary" ]] && mv "$tmp_dir/output.txt.summary" "$par_summary" +[[ ! -z "$par_junctions" ]] && mv "$tmp_dir/output.txt.jcounts" "$par_junctions" diff --git a/src/featurecounts/test.sh b/src/featurecounts/test.sh new file mode 100644 index 00000000..26494f98 --- /dev/null +++ b/src/featurecounts/test.sh @@ -0,0 +1,35 @@ +#!/bin/bash + +set -e + +dir_in="$meta_resources_dir/test_data" + +echo "> Run featureCounts" +"$meta_executable" \ + --input "$dir_in/a.bam" \ + --annotation "$dir_in/annotation.gtf" \ + --counts "features.tsv" \ + --summary "summary.tsv" \ + --junctions "junction_counts.txt" \ + --ref_fasta "$dir_in/genome.fasta" \ + --overlapping \ + --frac_overlap 0.2 \ + --paired \ + --strand 0 \ + --detailed_results detailed_results \ + --detailed_results_format SAM + +echo ">> Checking output" +[ ! -f "features.tsv" ] && echo "Output file features.tsv does not exist" && exit 1 +[ ! -f "summary.tsv" ] && echo "Output file summary.tsv does not exist" && exit 1 +[ ! -f "junction_counts.txt" ] && echo "Output file junction_counts.txt does not exist" && exit 1 +[ ! -d "detailed_results" ] && echo "Output directory detailed_results does not exist" && exit 1 +[ ! -f "detailed_results/a.bam.featureCounts.sam" ] && echo "Output file detailed_results/a.bam.featureCounts.sam does not exist" && exit 1 + +echo ">> Check if output is empty" +[ ! -s "features.tsv" ] && echo "Output file features.tsv is empty" && exit 1 +[ ! -s "summary.tsv" ] && echo "Output file summary.tsv is empty" && exit 1 +[ ! -s "junction_counts.txt" ] && echo "Output file junction_counts.txt is empty" && exit 1 +[ ! -s "detailed_results/a.bam.featureCounts.sam" ] && echo "Output file detailed_results/a.bam.featureCounts.sam is empty" && exit 1 + +echo "> Test successful" \ No newline at end of file diff --git a/src/featurecounts/test_data/a.bam b/src/featurecounts/test_data/a.bam new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..57511ab3537e519b0b82cc84d30637c43db5801e GIT binary patch literal 296 zcmb2|=3rp}f&Xj_PR>jW4GhIaUsBJcB_tGlD0s;8d9%?KKQQ<5<)c~_M+`fR5AZuNn@YW$`C3w~$m(~4>kgSYe=WVcgS$m0eJ(B*{v0Gy zWb`>`t;m5QABWctHzp`DoHAnC%-}Jhqp=%kuRNLqx)@fcG%)xnq;3Bwl9ZzHWI{{V zO6SacW@csY;x^769v(f91CGMtA3hhPefdz5R>D&zcH(ns+6U%G3CA^*WtEv_b7hr- z<7JJRWtp?vycRrkaF%R&I8EKy!|CXmh9BJaT~C`l92z7}mn%f(tw`?3vSeueGBM~E N7N1 +GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG +>2 +AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA diff --git a/src/featurecounts/test_data/script.sh b/src/featurecounts/test_data/script.sh new file mode 100644 index 00000000..28472b0e --- /dev/null +++ b/src/featurecounts/test_data/script.sh @@ -0,0 +1,9 @@ +# featureCounts test data + +# Test data was obtained from https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/subread/featurecounts/test + +if [ ! -d /tmp/snakemake-wrappers ]; then + git clone --depth 1 --single-branch --branch master https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers /tmp/snakemake-wrappers +fi + +cp -r /tmp/snakemake-wrappers/bio/subread/featurecounts/test/* src/subread/featurecounts/test_data \ No newline at end of file From 88f7b92ff3449263f9317e64490f540b8bef83ad Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Dorien <41797896+dorien-er@users.noreply.github.com> Date: Wed, 31 Jan 2024 12:58:43 +0100 Subject: [PATCH 03/12] Add busco (#6) * config file and test data * organize config in argument groups and add script * add busco help text * add tests * add examples to config * add version script * Update src/busco/config.vsh.yaml Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * Update src/busco/script.sh Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * Update src/busco/script.sh Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * Update src/busco/config.vsh.yaml Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * Update version * add script to obtain test data * add changelog entry * Delete src/busco/version.sh * update cpus input * Update src/busco/config.vsh.yaml Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * fix version * Update src/busco/config.vsh.yaml Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * Update src/busco/script.sh Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * Update src/busco/script.sh Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * move into separate module * merge * add outputs * update tests * remove download flags - to be a separate component * modify description of list dataset * fix tests * remove files new comp * remove defaults * Update src/busco/busco/config.vsh.yaml Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * Update src/busco/busco/config.vsh.yaml Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * Update src/busco/busco/config.vsh.yaml Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * Update src/busco/busco/config.vsh.yaml Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * Update src/busco/busco/script.sh Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * fix typo * remove unrequired params * remove unused vars * opt out of run stats by default * update tests * update test * remove directory level * add mkdir * enable copying from symlink * remove sleep command * Update src/busco/config.vsh.yaml Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * Update src/busco/test.sh Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * Update src/busco/test.sh Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * add output tests * fix typo * add genome test data and script * fix typo * typo * use smaller genome --------- Co-authored-by: Robrecht Cannoodt --- CHANGELOG.md | 1 + src/busco/config.vsh.yaml | 209 + src/busco/help.txt | 60 + src/busco/script.sh | 71 + src/busco/test.sh | 88 + src/busco/test_data/genome.fna | 10000 ++++++++++++++++++++++++++++ src/busco/test_data/protein.fasta | 64 + src/busco/test_data/script.sh | 12 + 8 files changed, 10505 insertions(+) create mode 100644 src/busco/config.vsh.yaml create mode 100644 src/busco/help.txt create mode 100644 src/busco/script.sh create mode 100644 src/busco/test.sh create mode 100644 src/busco/test_data/genome.fna create mode 100644 src/busco/test_data/protein.fasta create mode 100644 src/busco/test_data/script.sh diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index e5a98c1c..7af39f0b 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -5,6 +5,7 @@ ## NEW FEATURES * `arriba`: Detect gene fusions from RNA-seq data (PR #1). +* `busco`: Assess genome assembly and annotation completeness with single copy orthologs (PR #6). * `fastp`: An ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor (PR #3). diff --git a/src/busco/config.vsh.yaml b/src/busco/config.vsh.yaml new file mode 100644 index 00000000..fba14892 --- /dev/null +++ b/src/busco/config.vsh.yaml @@ -0,0 +1,209 @@ +functionality: + name: busco + description: Assessment of genome assembly and annotation completeness with single copy orthologs + info: + keywords: [Genome assembly, quality control] + homepage: https://busco.ezlab.org/ + documentation: https://busco.ezlab.org/busco_userguide.html + repository: https://gitlab.com/ezlab/busco + reference: "10.1007/978-1-4939-9173-0_14" + licence: MIT + argument_groups: + - name: Inputs + arguments: + - name: --input + alternatives: ["-i"] + type: file + description: | + Input sequence file in FASTA format. Can be an assembled genome or transcriptome (DNA), or protein sequences from an annotated gene set. Also possible to use a path to a directory containing multiple input files. + required: true + example: file.fasta + - name: --mode + alternatives: ["-m"] + type: string + choices: [genome, geno, transcriptome, tran, proteins, prot] + required: true + description: | + Specify which BUSCO analysis mode to run. There are three valid modes: + - geno or genome, for genome assemblies (DNA) + - tran or transcriptome, for transcriptome assemblies (DNA) + - prot or proteins, for annotated gene sets (protein) + example: proteins + - name: --lineage_dataset + alternatives: ["-l"] + type: string + required: false + description: | + Specify a BUSCO lineage dataset that is most closely related to the assembly or gene set being assessed. + The full list of available datasets can be viewed [here](https://busco-data.ezlab.org/v5/data/lineages/) or by running `busco --list-datasets` (which requires installing the tool). + When unsure, the "--auto_lineage" flag can be set to automatically find the optimal lineage path. + Requested datasets will automatically be downloaded if not already present in the download folder. + example: stramenopiles_odb10 + + - name: Outputs + arguments: + - name: --short_summary_json + required: false + direction: output + type: file + example: short_summary.json + description: | + Output file for short summary in JSON format. + - name: --short_summary_txt + required: false + direction: output + type: file + example: short_summary.txt + description: | + Output file for short summary in TXT format. + - name: --full_table + required: false + direction: output + type: file + example: full_table.tsv + description: | + Full table output in TSV format. + - name: --missing_busco_list + required: false + direction: output + type: file + example: missing_busco_list.tsv + description: | + Missing list output in TSV format. + - name: --output_dir + required: false + direction: output + type: file + example: output_dir/ + description: | + The full output directory, if so desired. + + - name: Resource and Run Settings + arguments: + - name: --force + type: boolean_true + description: | + Force rewriting of existing files. Must be used when output files with the provided name already exist. + - name: --quiet + alternatives: ["-q"] + type: boolean_true + description: | + Disable the info logs, displays only errors. + - name: --restart + alternatives: ["-r"] + type: boolean_true + description: | + Continue a run that had already partially completed. Restarting skips calls to tools that have completed but performs all pre- and post-processing steps. + - name: --tar + type: boolean_true + description: | + Compress some subdirectories with many files to save space. + + - name: Lineage Dataset Settings + arguments: + - name: --auto_lineage + type: boolean_true + description: | + Run auto-lineage pipelilne to automatically determine BUSCO lineage dataset that is most closely related to the assembly or gene set being assessed. + - name: --auto_lineage_euk + type: boolean_true + description: | + Run auto-placement just on eukaryota tree to find optimal lineage path. + - name: --auto_lineage_prok + type: boolean_true + description: | + Run auto_lineage just on prokaryota trees to find optimum lineage path. + - name: --datasets_version + type: string + required: false + description: | + Specify the version of BUSCO datasets + example: odb10 + + - name: Augustus Settings + arguments: + - name: --augustus + type: boolean_true + description: | + Use augustus gene predictor for eukaryote runs. + - name: --augustus_parameters + type: string + required: false + description: | + Additional parameters to be passed to Augustus (see Augustus documentation: https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus/blob/master/docs/RUNNING-AUGUSTUS.md). + Parameters should be contained within a single string, without whitespace and seperated by commas. + example: "--PARAM1=VALUE1,--PARAM2=VALUE2" + - name: --augustus_species + type: string + required: false + description: | + Specify the augustus species + - name: --long + type: boolean_true + description: | + Optimize Augustus self-training mode. This adds considerably to the run time, but can improve results for some non-model organisms. + + - name: BBTools Settings + arguments: + - name: --contig_break + type: integer + required: false + description: | + Number of contiguous Ns to signify a break between contigs in BBTools analysis. + - name: --limit + type: integer + required: false + description: | + Number of candidate regions (contig or transcript) from the BLAST output to consider per BUSCO. + This option is only effective in pipelines using BLAST, i.e. the genome pipeline (see --augustus) or the prokaryota transcriptome pipeline. + - name: --scaffold_composition + type: boolean_true + description: | + Writes ACGTN content per scaffold to a file scaffold_composition.txt. + + - name: BLAST Settings + arguments: + - name: --e_value + type: double + required: false + description: | + E-value cutoff for BLAST searches. + + - name: Protein Gene Prediction settings + arguments: + - name: --miniprot + type: boolean_true + description: | + Use Miniprot gene predictor. + + - name: MetaEuk Settings + arguments: + - name: --metaeuk_parameters + type: string + description: | + Pass additional arguments to Metaeuk for the first run (see Metaeuk documentation https://github.com/soedinglab/metaeuk). + All parameters should be contained within a single string with no white space, with each parameter separated by a comma. + example: "--max-overlap=15,--min-exon-aa=15" + - name: --metaeuk_rerun_parameters + type: string + description: | + Pass additional arguments to Metaeuk for the second run (see Metaeuk documentation https://github.com/soedinglab/metaeuk). + All parameters should be contained within a single string with no white space, with each parameter separated by a comma. + example: "--max-overlap=15,--min-exon-aa=15" + + resources: + - type: bash_script + path: script.sh + test_resources: + - type: bash_script + path: test.sh + - type: file + path: test_data +platforms: + - type: docker + image: quay.io/biocontainers/busco:5.6.1--pyhdfd78af_0 + setup: + - type: docker + run: | + busco --version | sed 's/BUSCO\s\(.*\)/busco: "\1"/' > /var/software_versions.txt + - type: nextflow diff --git a/src/busco/help.txt b/src/busco/help.txt new file mode 100644 index 00000000..2cacec4d --- /dev/null +++ b/src/busco/help.txt @@ -0,0 +1,60 @@ +```bash +busco -h +``` + +Welcome to BUSCO 5.6.1: the Benchmarking Universal Single-Copy Ortholog assessment tool. +For more detailed usage information, please review the README file provided with this distribution and the BUSCO user guide. Visit this page https://gitlab.com/ezlab/busco#how-to-cite-busco to see how to cite BUSCO + +optional arguments: + -i SEQUENCE_FILE, --in SEQUENCE_FILE + Input sequence file in FASTA format. Can be an assembled genome or transcriptome (DNA), or protein sequences from an annotated gene set. Also possible to use a path to a directory containing multiple input files. + -o OUTPUT, --out OUTPUT + Give your analysis run a recognisable short name. Output folders and files will be labelled with this name. The path to the output folder is set with --out_path. + -m MODE, --mode MODE Specify which BUSCO analysis mode to run. + There are three valid modes: + - geno or genome, for genome assemblies (DNA) + - tran or transcriptome, for transcriptome assemblies (DNA) + - prot or proteins, for annotated gene sets (protein) + -l LINEAGE, --lineage_dataset LINEAGE + Specify the name of the BUSCO lineage to be used. + --augustus Use augustus gene predictor for eukaryote runs + --augustus_parameters --PARAM1=VALUE1,--PARAM2=VALUE2 + Pass additional arguments to Augustus. All arguments should be contained within a single string with no white space, with each argument separated by a comma. + --augustus_species AUGUSTUS_SPECIES + Specify a species for Augustus training. + --auto-lineage Run auto-lineage to find optimum lineage path + --auto-lineage-euk Run auto-placement just on eukaryote tree to find optimum lineage path + --auto-lineage-prok Run auto-lineage just on non-eukaryote trees to find optimum lineage path + -c N, --cpu N Specify the number (N=integer) of threads/cores to use. + --config CONFIG_FILE Provide a config file + --contig_break n Number of contiguous Ns to signify a break between contigs. Default is n=10. + --datasets_version DATASETS_VERSION + Specify the version of BUSCO datasets, e.g. odb10 + --download [dataset [dataset ...]] + Download dataset. Possible values are a specific dataset name, "all", "prokaryota", "eukaryota", or "virus". If used together with other command line arguments, make sure to place this last. + --download_base_url DOWNLOAD_BASE_URL + Set the url to the remote BUSCO dataset location + --download_path DOWNLOAD_PATH + Specify local filepath for storing BUSCO dataset downloads + -e N, --evalue N E-value cutoff for BLAST searches. Allowed formats, 0.001 or 1e-03 (Default: 1e-03) + -f, --force Force rewriting of existing files. Must be used when output files with the provided name already exist. + -h, --help Show this help message and exit + --limit N How many candidate regions (contig or transcript) to consider per BUSCO (default: 3) + --list-datasets Print the list of available BUSCO datasets + --long Optimization Augustus self-training mode (Default: Off); adds considerably to the run time, but can improve results for some non-model organisms + --metaeuk_parameters "--PARAM1=VALUE1,--PARAM2=VALUE2" + Pass additional arguments to Metaeuk for the first run. All arguments should be contained within a single string with no white space, with each argument separated by a comma. + --metaeuk_rerun_parameters "--PARAM1=VALUE1,--PARAM2=VALUE2" + Pass additional arguments to Metaeuk for the second run. All arguments should be contained within a single string with no white space, with each argument separated by a comma. + --miniprot Use miniprot gene predictor + --skip_bbtools Skip BBTools for assembly statistics + --offline To indicate that BUSCO cannot attempt to download files + --opt-out-run-stats Opt out of data collection. Information on the data collected is available in the user guide. + --out_path OUTPUT_PATH + Optional location for results folder, excluding results folder name. Default is current working directory. + -q, --quiet Disable the info logs, displays only errors + -r, --restart Continue a run that had already partially completed. + --scaffold_composition + Writes ACGTN content per scaffold to a file scaffold_composition.txt + --tar Compress some subdirectories with many files to save space + -v, --version Show this version and exit \ No newline at end of file diff --git a/src/busco/script.sh b/src/busco/script.sh new file mode 100644 index 00000000..5b562f83 --- /dev/null +++ b/src/busco/script.sh @@ -0,0 +1,71 @@ +#!/bin/bash + +## VIASH START +## VIASH END + + +[[ "$par_tar" == "false" ]] && unset par_tar +[[ "$par_force" == "false" ]] && unset par_force +[[ "$par_quiet" == "false" ]] && unset par_quiet +[[ "$par_restart" == "false" ]] && unset par_restart +[[ "$par_auto_lineage" == "false" ]] && unset par_auto_lineage +[[ "$par_auto_lineage_euk" == "false" ]] && unset par_auto_lineage_euk +[[ "$par_auto_lineage_prok" == "false" ]] && unset par_auto_lineage_prok +[[ "$par_augustus" == "false" ]] && unset par_augustus +[[ "$par_long" == "false" ]] && unset par_long +[[ "$par_scaffold_composition" == "false" ]] && unset par_scaffold_composition +[[ "$par_miniprot" == "false" ]] && unset par_miniprot + +tmp_dir=$(mktemp -d -p "$meta_temp_dir" busco_XXXXXXXXX) +prefix=$(openssl rand -hex 8) + +busco \ + --in "$par_input" \ + --mode "$par_mode" \ + --out "$prefix" \ + --out_path "$tmp_dir" \ + --opt-out-run-stats \ + ${meta_cpus:+--cpu "${meta_cpus}"} \ + ${par_lineage_dataset:+--lineage_dataset "$par_lineage_dataset"} \ + ${par_augustus:+--augustus} \ + ${par_augustus_parameters:+--augustus_parameters "$par_augustus_parameters"} \ + ${par_augustus_species:+--augustus_species "$par_augustus_species"} \ + ${par_auto_lineage:+--auto-lineage} \ + ${par_auto_lineage_euk:+--auto-lineage-euk} \ + ${par_auto_lineage_prok:+--auto-lineage-prok} \ + ${par_contig_break:+--contig_break $par_contig_break} \ + ${par_datasets_version:+--datasets_version "$par_datasets_version"} \ + ${par_e_value:+--evalue "$par_e_value"} \ + ${par_force:+--force} \ + ${par_limit:+--limit "$par_limit"} \ + ${par_long:+--long} \ + ${par_metaeuk_parameters:+--metaeuk_parameters "$par_metaeuk_parameters"} \ + ${par_metaeuk_rerun_parameters:+--metaeuk_rerun_parameters "$par_metaeuk_rerun_parameters"} \ + ${par_miniprot:+--miniprot} \ + ${par_quiet:+--quiet} \ + ${par_restart:+--restart} \ + ${par_scaffold_composition:+--scaffold_composition} \ + ${par_tar:+--tar} \ + + +out_dir=$(find "$tmp_dir/$prefix" -maxdepth 1 -name 'run_*') + +if [[ -n "$par_short_summary_json" ]]; then + cp "$out_dir/short_summary.json" "$par_short_summary_json" +fi +if [[ -n "$par_short_summary_txt" ]]; then + cp "$out_dir/short_summary.txt" "$par_short_summary_txt" +fi +if [[ -n "$par_full_table" ]]; then + cp "$out_dir/full_table.tsv" "$par_full_table" +fi +if [[ -n "$par_missing_busco_list" ]]; then + cp "$out_dir/missing_busco_list.tsv" "$par_missing_busco_list" +fi +if [[ -n "$par_output_dir" ]]; then + if [[ -d "$par_output_dir" ]]; then + rm -r "$par_output_dir" + fi + cp -r -L "$out_dir" "$par_output_dir" +fi + diff --git a/src/busco/test.sh b/src/busco/test.sh new file mode 100644 index 00000000..12745a01 --- /dev/null +++ b/src/busco/test.sh @@ -0,0 +1,88 @@ +test_dir="$meta_resources_dir/test_data" + +mkdir "run_prot_stramenopiles" +cd "run_prot_stramenopiles" + +echo "> Running busco with lineage dataset" + +"$meta_executable" \ + --input $test_dir/protein.fasta \ + --mode proteins \ + --lineage_dataset stramenopiles_odb10 \ + --output_dir output \ + --short_summary_json short_summary.json \ + --short_summary_txt short_summary.txt \ + --full_table full_table.tsv \ + --missing_busco_list missing_busco_list.tsv + +echo ">> Checking output" +[ ! -f "output/full_table.tsv" ] && echo "full_table.tsv does not exist" && exit 1 +[ ! -f "output/missing_busco_list.tsv" ] && echo "missing_busco_list.tsv does not exist" && exit 1 +[ ! -f "output/short_summary.json" ] && echo "short_summary.json does not exist" && exit 1 +[ ! -f "output/short_summary.txt" ] && echo "short_summary.txt does not exist" && exit 1 +[ ! -f "full_table.tsv" ] && echo "full_table.tsv does not exist" && exit 1 +[ ! -f "missing_busco_list.tsv" ] && echo "missing_busco_list.tsv does not exist" && exit 1 +[ ! -f "short_summary.json" ] && echo "short_summary.json does not exist" && exit 1 +[ ! -f "short_summary.txt" ] && echo "short_summary.txt does not exist" && exit 1 + +echo ">> Checking if output is empty" +[ ! -s "output/full_table.tsv" ] && echo "full_table.tsv is empty" && exit 1 +[ ! -s "output/missing_busco_list.tsv" ] && echo "missing_busco_list.tsv is empty" && exit 1 +[ ! -s "output/short_summary.json" ] && echo "short_summary.json is empty" && exit 1 +[ ! -s "output/short_summary.txt" ] && echo "short_summary.txt is empty" && exit 1 +[ ! -s "full_table.tsv" ] && echo "full_table.tsv is empty" && exit 1 +[ ! -s "missing_busco_list.tsv" ] && echo "missing_busco_list.tsv is empty" && exit 1 +[ ! -s "short_summary.json" ] && echo "short_summary.json is empty" && exit 1 +[ ! -s "short_summary.txt" ] && echo "short_summary.txt is empty" && exit 1 + +cd .. +mkdir "run_prot_autolineage" +cd "run_prot_autolineage" + +echo "> Running busco with auto lineage" + +"$meta_executable" \ + --input $test_dir/protein.fasta \ + --mode proteins \ + --auto_lineage \ + --output_dir output + +echo ">> Checking output" +[ ! -f "output/full_table.tsv" ] && echo "full_table.tsv does not exist in output folder" && exit 1 +[ ! -f "output/missing_busco_list.tsv" ] && echo "missing_busco_list.tsv does not exist in output folder" && exit 1 +[ ! -f "output/short_summary.json" ] && echo "short_summary.json does not exist in output folder" && exit 1 +[ ! -f "output/short_summary.txt" ] && echo "short_summary.txt does not exist in output folder" && exit 1 + +echo ">> Checking if output is empty" +[ ! -s "output/full_table.tsv" ] && echo "full_table.tsv in output folder is empty" && exit 1 +[ ! -s "output/missing_busco_list.tsv" ] && echo "missing_busco_list.tsv in output folder is empty" && exit 1 +[ ! -s "output/short_summary.json" ] && echo "short_summary.json in output folder is empty" && exit 1 +[ ! -s "output/short_summary.txt" ] && echo "short_summary.txt in output folder is empty" && exit 1 + +rm -r output/ + +cd .. +mkdir "run_genome" +cd "run_genome" + +echo "> Running busco with genome data" + +"$meta_executable" \ + --input $test_dir/genome.fna \ + --mode genome \ + --lineage_dataset saccharomycetes_odb10 \ + --output_dir output + +echo ">> Checking output" +[ ! -f "output/full_table.tsv" ] && echo "full_table.tsv does not exist in output folder" && exit 1 +[ ! -f "output/missing_busco_list.tsv" ] && echo "missing_busco_list.tsv does not exist in output folder" && exit 1 +[ ! -f "output/short_summary.json" ] && echo "short_summary.json does not exist in output folder" && exit 1 +[ ! -f "output/short_summary.txt" ] && echo "short_summary.txt does not exist in output folder" && exit 1 + +echo ">> Checking if output is empty" +[ ! -s "output/full_table.tsv" ] && echo "full_table.tsv in output folder is empty" && exit 1 +[ ! -s "output/missing_busco_list.tsv" ] && echo "missing_busco_list.tsv in output folder is empty" && exit 1 +[ ! -s "output/short_summary.json" ] && echo "short_summary.json in output folder is empty" && exit 1 +[ ! -s "output/short_summary.txt" ] && echo "short_summary.txt in output folder is empty" && exit 1 + +rm -r output/ \ No newline at end of file diff --git a/src/busco/test_data/genome.fna b/src/busco/test_data/genome.fna new file mode 100644 index 00000000..f0299314 --- /dev/null +++ b/src/busco/test_data/genome.fna @@ -0,0 +1,10000 @@ +>NC_007795.1 Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 chromosome, complete genome +CGATTAAAGATAGAAATACACGATGCGAGCAATCAAATTTCATAACATCACCATGAGTTTGGTCCGAAGCATGAGTGTTT +ACAATGTTCGAACACCTTATACAGTTCTTATACATACTTTATAAATTATTTCCCAAACTGTTTTGATACACTCACTAACA +GATACTCTATAGAAGGAAAAGTTATCCACTTATGCACATTTATAGTTTTCAGAATTGTGGATAATTAGAAATTACACACA +AAGTTATACTATTTTTAGCAACATATTCACAGGTATTTGACATATAGAGAACTGAAAAAGTATAATTGTGTGGATAAGTC +GTCCAACTCATGATTTTATAAGGATTTATTTATTGATTTTTACATAAAAATACTGTGCATAACTAATAAGCAAGATAAAG +TTATCCACCGATTGTTATTAACTTGTGGATAATTATTAACATGGTGTGTTTAGAAGTTATCCACGGCTGTTATTTTTGTG +TATAACTTAAAAATTTAAGAAAGATGGAGTAAATTTATGTCGGAAAAAGAAATTTGGGAAAAAGTGCTTGAAATTGCTCA +AGAAAAATTATCAGCTGTAAGTTACTCAACTTTCCTAAAAGATACTGAGCTTTACACGATTAAAGATGGTGAAGCTATCG +TATTATCGAGTATTCCTTTTAATGCAAATTGGTTAAATCAACAATATGCTGAAATTATCCAAGCAATCTTATTTGATGTT +GTAGGCTATGAAGTTAAACCTCACTTTATTACTACTGAAGAATTAGCAAATTATAGTAATAATGAAACTGCTACTCCAAA +AGAAACAACAAAACCTTCTACTGAAACAACTGAGGATAATCATGTGCTTGGTAGAGAGCAATTCAATGCCCATAACACAT +TTGACACTTTTGTAATCGGACCCGGTAACCGCTTTCCACATGCAGCGAGTTTAGCTGTGGCCGAAGCACCAGCCAAAGCG +TACAATCCATTATTTATCTATGGAGGTGTTGGTTTAGGAAAAACCCATTTAATGCATGCCATTGGTCATCATGTTTTAGA +TAATAATCCAGATGCCAAAGTGATTTACACATCAAGTGAAAAATTCACAAATGAATTTATTAAATCAATTCGTGATAACG +AAGGTGAAGCTTTCAGAGAAAGATATCGTAATATCGACGTCTTATTAATCGATGATATTCAGTTCATACAAAACAAGGTA +CAAACACAAGAAGAATTTTTCTATACTTTTAATGAATTGCATCAGAATAACAAGCAAATAGTTATTTCGAGTGATCGACC +ACCAAAGGAAATTGCACAATTAGAAGACCGATTACGTTCACGCTTTGAATGGGGGCTAATTGTTGATATTACGCCACCAG +ATTATGAAACTCGAATGGCAATTTTGCAGAAGAAAATTGAAGAAGAAAAATTAGATATTCCACCAGAAGCTTTAAATTAT +ATAGCAAATCAAATTCAATCTAATATTCGTGAATTAGAAGGTGCATTAACACGTTTACTTGCATATTCACAATTATTAGG +AAAACCAATTACAACTGAATTAACTGCTGAAGCTTTAAAAGATATCATTCAAGCACCAAAATCTAAAAAGATTACCATCC +AAGATATTCAAAAAATTGTAGGCCAGTACTATAATGTTAGAATTGAAGATTTCAGTGCAAAAAAACGTACAAAGTCAATT +GCATATCCGCGTCAAATAGCTATGTACTTGTCTAGAGAGCTTACAGATTTCTCATTACCTAAAATTGGTGAAGAATTTGG +TGGGCGTGATCATACGACCGTCATTCATGCTCATGAAAAAATATCTAAAGATTTAAAAGAAGATCCTATTTTTAAACAAG +AAGTAGAGAATCTTGAAAAAGAAATAAGAAATGTATAAGTAGGAAACTTTGGGAAATGTAATCTGTTATATAACAGCACT +AATGATAACAATCATTTTTTACATTTCTATATGCTAATGTGGCAAGATGAGCAAAACTCATTTTGTGGATAATGTTTAAA +AGTCATACACACCATACACAAGTTATCAACATGTGTATAACTTCGCCAAATCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCC +ACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGAT +GGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGAACAACATTAC +CTATATTAACTGGTATCAAAATCGATGCGAAAGAACATGAAGTTATATTAACTGGTTCAGACTCTGAAATTTCAATAGAA +ATCACTATTCCTAAAACTGTAGATGGCGAAGATATTGTCAATATTTCAGAAACAGGCTCAGTAGTACTTCCTGGACGATT +CTTTGTTGATATTATAAAAAAATTACCTGGTAAAGATGTTAAATTATCTACAAATGAACAATTCCAGACATTAATTACAT +CAGGTCATTCTGAATTTAATTTAAGTGGCTTAGATCCAGATCAATATCCTTTATTACCTCAAGTTTCTAGAGATGACGCA +ATTCAATTGTCGGTAAAAGTGCTTAAAAACGTGATTGCACAAACAAATTTTGCAGTGTCCACCTCAGAAACACGCCCAGT +ACTAACTGGTGTGAACTGGCTTATACAAGAAAATGAATTAATATGCACAGCGACTGACTCACACCGCTTGGCTGTAAGAA +AGTTGCAGTTAGAAGATGTTTCTGAAAACAAAAATGTCATCATTCCAGGTAAGGCTTTAGCTGAATTAAATAAAATTATG +TCTGACAATGAAGAAGACATTGATATCTTCTTTGCTTCAAACCAAGTTTTATTTAAAGTTGGAAATGTGAACTTTATTTC +TCGATTATTAGAAGGACATTATCCTGATACAACACGTTTATTCCCTGAAAACTATGAAATTAAATTAAGTATAGACAATG +GGGAGTTTTATCATGCGATTGATCGTGCCTCTTTATTAGCGCGTGAAGGTGGTAATAACGTTATTAAATTAAGTACAGGT +GATGACGTTGTTGAATTGTCTTCTACATCACCAGAAATTGGTACTGTAAAAGAAGAAGTTGATGCAAACGATGTTGAAGG +TGGTAGCCTGAAAATTTCATTCAACTCTAAATATATGATGGATGCTTTAAAAGCAATCGATAATGATGAGGTTGAAGTTG +AATTCTTCGGTACAATGAAACCATTTATTCTAAAACCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGA +ACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAAAACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCT +AGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGACGCCAATTAAATTTATGACAAATGTATCC +AAAATTTAATAAGTGTGCTTATATGCCCTTTAAATTTAAAATTTTAATAGTCAATAACAAGTTGAATATAAAAGTTAAAC +GCCGTTAAATAGCGTTAAAAAATTGAAAATGACAGTATTGCCAAAAAATAAGAATTAATTATTTATATGTAAACGGTTTC +TACCTCTATTTTAAATGAAATTTGTGACAAAAAAAGGTATAATATATTAATGACATACAAAGAAATGGAGTGATTATTTT +GGTTCAAGAAGTTGTAGTAGAAGGAGACATTAATTTAGGTCAATTTCTAAAAACAGAAGGGATTATTGAATCTGGTGGTC +AAGCAAAATGGTTCTTGCAAGACGTTGAAGTATTAATTAATGGAGTGCGTGAAACACGTCGCGGTAAAAAGTTAGAACAT +CAAGATCGTATAGATATCCCAGAATTACCTGAAGATGCTGGTTCTTTCTTAATCATTCATCAAGGTGAACAATGAAGTTA +AATACACTCCAATTAGAAAATTATCGTAACTATGATGAGGTTACGTTGAAATGTCATCCTGACGTGAATATCCTCATTGG +AGAAAATGCACAAGGAAAGACAAATTTACTTGAATCAATTTATACCTTAGCTTTAGCAAAAAGTCATAGAACGAGTAATG +ATAAGGAACTCATACGTTTTAATGCTGATTATGCTAAAATAGAAGGTGAGCTTAGTTATAGACACGGCACGATGCCATTA +ACAATGTTTATAACTAAAAAAGGTAAACAAGTCAAAGTGAATCACTTAGAGCAAAGTCGTCTAACTCAATATATTGGACA +CCTCAATGTGGTTCTATTTGCGCCAGAAGATTTGAATATTGTAAAAGGCTCTCCTCAAATAAGACGACGCTTTATAGATA +TGGAGTTGGGCCAAATTTCTGCTGTTTACTTAAATGATTTAGCTCAATACCAACGTATTTTAAAGCAAAAGAATAATTAC +TTAAAGCAGTTACAATTAGGCCAAAAAAAGGACTTAACAATGTTGGAAGTATTAAATCAGCAGTTTGCTGAATATGCAAT +GAAAGTAACTGATAAACGTGCACATTTTATTCAAGAGCTAGAGTCGTTAGCTAAACCGATTCATGCTGGTATCACAAATG +ATAAAGAAGCGTTGTCGCTGAATTATTTACCTAGTCTTAAATTTGATTATGCTCAAAATGAAGCGGCACGACTTGAAGAA +ATTATGTCTATTCTTAGCGATAATATGCAAAGAGAAAAAGAACGAGGCATTAGCTTATTCGGACCACATCGAGATGATAT +AAGTTTTGATGTGAATGGCATGGATGCTCAAACATATGGTTCTCAAGGACAGCAACGTACAACGGCTTTGTCCATTAAAT +TAGCTGAAATTGAGTTAATGAATATCGAAGTTGGGGAATATCCCATCTTATTATTAGACGATGTACTCAGTGAATTAGAT +GATTCGCGTCAAACGCATTTATTAAGTACGATTCAGCATAAAGTACAAACATTTGTCACTACGACATCTGTAGATGGTAT +TGATCATGAAATCATGAATAACGCTAAATTGTATCGTATTAATCAAGGTGAAATTATAAAGTAACAGAAAGCGATGGTGA +CTGCATTGTCAGATGTAAACAACACGGATAATTATGGTGCTGGGCAAATACAAGTATTAGAAGGTTTAGAAGCAGTACGT +AAAAGACCAGGTATGTATATAGGATCGACTTCAGAGAGAGGTTTGCACCATTTAGTGTGGGAAATTGTCGATAATAGTAT +CGATGAAGCATTAGCTGGTTATGCAAATCAAATTGAAGTTGTTATTGAAAAAGATAACTGGATTAAAGTAACGGATAACG +GACGTGGTATCCCAGTTGATATTCAAGAAAAAATGGGACGTCCAGCTGTCGAAGTTATTTTAACTGTTTTACATGCTGGT +GGTAAATTTGGCGGTGGCGGATACAAAGTATCTGGTGGTTTACATGGTGTTGGTTCATCAGTTGTAAACGCATTGTCACA +AGACTTAGAAGTATATGTACACAGAAATGAGACTATATATCATCAAGCATATAAAAAAGGTGTACCTCAATTTGACTTAA +AAGAAGTTGGCACAACTGATAAGACAGGTACTGTCATTCGTTTTAAAGCAGATGGAGAAATCTTCACAGAGACAACTGTA +TACAACTATGAAACATTACAGCAGCGTATTAGAGAGCTTGCTTTCTTAAACAAAGGAATTCAAATCACATTAAGAGATGA +ACGTGATGAAGAAAACGTTAGAGAAGACTCCTATCACTATGAGGGCGGTATTAAATCGTACGTTGAGTTATTGAACGAAA +ATAAAGAACCTATTCATGATGAGCCAATTTATATTCATCAATCTAAAGATGATATTGAAGTAGAAATTGCGATTCAATAT +AACTCAGGATATGCCACAAATCTTTTAACTTACGCAAATAACATTCATACGTATGAAGGTGGTACGCATGAAGACGGATT +CAAACGTGCATTAACGCGTGTCTTAAATAGTTATGGTTTAAGTAGCAAGATTATGAAAGAAGAAAAAGATAGACTTTCTG +GTGAAGATACACGTGAAGGTATGACAGCAATTATATCTATCAAACATGGTGATCCTCAATTCGAAGGTCAAACGAAGACA +AAATTAGGTAATTCTGAAGTGCGTCAAGTTGTAGATAAATTATTCTCAGAGCACTTTGAACGATTTTTATATGAAAATCC +ACAAGTCGCACGTACAGTGGTTGAAAAAGGTATTATGGCGGCACGTGCACGTGTTGCTGCGAAAAAAGCGCGTGAAGTAA +CACGTCGTAAATCAGCGTTAGATGTAGCAAGCCTTCCAGGTAAATTAGCCGATTGCTCTAGTAAAAGTCCTGAAGAATGT +GAGATTTTCTTAGTCGAAGGGGACTCTGCCGGGGGGTCTACAAAATCTGGTCGTGACTCTAGAACGCAGGCGATTTTACC +ATTACGAGGTAAGATATTAAATGTTGAAAAAGCACGATTAGATAGAATTTTGAATAACAATGAAATTCGTCAAATGATCA +CAGCATTTGGTACAGGAATCGGTGGCGACTTTGATCTAGCGAAAGCAAGATATCACAAAATCGTCATTATGACTGATGCC +GATGTGGATGGAGCGCATATTAGAACATTGTTATTAACATTCTTCTATCGATTTATGAGACCGTTAATTGAAGCAGGCTA +TGTGTATATTGCACAGCCACCGTTGTATAAACTGACACAAGGTAAACAAAAGTATTATGTATACAATGATAGGGAACTTG +ATAAACTTAAATCTGAATTGAATCCAACACCAAAATGGTCTATTGCACGATACAAAGGTCTTGGAGAAATGAATGCAGAT +CAATTATGGGAAACAACAATGAACCCTGAGCACCGCGCTCTTTTACAAGTAAAACTTGAAGATGCGATTGAAGCGGACCA +AACATTTGAAATGTTAATGGGTGACGTTGTAGAAAACCGTAGACAATTTATAGAAGATAATGCAGTTTATGCAAACTTAG +ACTTCTAAGCGCTGTGAACTGAACTTTTGAAGGAGGAACTCTTGATGGCTGAATTACCTCAATCAAGAATAAATGAACGA +AATATTACCAGTGAAATGCGTGAATCATTTTTAGATTATGCGATGAGTGTTATCGTTGCTCGTGCATTGCCAGATGTTCG +TGACGGTTTAAAACCAGTACATCGTCGTATACTATATGGATTAAATGAACAAGGTATGACACCGGATAAATCATATAAAA +AATCAGCACGTATCGTTGGTGACGTAATGGGTAAATATCACCCTCATGGTGACTCATCTATTTATGAAGCAATGGTACGT +ATGGCTCAAGATTTCAGTTATCGTTATCCGCTTGTTGATGGCCAAGGTAACTTTGGTTCAATGGATGGAGATGGCGCAGC +AGCAATGCGTTATACTGAAGCGCGTATGACTAAAATCACACTTGAACTGTTACGTGATATTAATAAAGATACAATAGATT +TTATCGATAACTATGATGGTAATGAAAGAGAGCCGTCAGTCTTACCTGCTCGATTCCCTAACTTATTAGCCAATGGTGCA +TCAGGTATCGCGGTAGGTATGGCAACGAATATTCCACCACATAACTTAACAGAATTAATCAATGGTGTACTTAGCTTAAG +TAAGAACCCTGATATTTCAATTGCTGAGTTAATGGAGGATATTGAAGGTCCTGATTTCCCAACTGCTGGACTTATTTTAG +GTAAGAGTGGTATTAGACGTGCATATGAAACAGGTCGTGGTTCAATTCAAATGCGTTCTCGTGCAGTTATTGAAGAACGT +GGAGGCGGACGTCAACGTATTGTTGTCACTGAAATTCCTTTCCAAGTGAATAAGGCTCGTATGATTGAAAAAATTGCAGA +GCTCGTTCGTGACAAGAAAATTGACGGTATCACTGATTTACGTGATGAAACAAGTTTACGTACTGGTGTGCGTGTCGTTA +TTGATGTGCGTAAGGATGCAAATGCTAGTGTCATTTTAAATAACTTATACAAACAAACACCTCTTCAAACATCATTTGGT +GTGAATATGATTGCACTTGTAAATGGTAGACCGAAGCTTATTAATTTAAAAGAAGCGTTGGTACATTATTTAGAGCATCA +AAAGACAGTTGTTAGAAGACGTACGCAATACAACTTACGTAAAGCTAAAGATCGTGCCCACATTTTAGAAGGATTACGTA +TCGCACTTGACCATATCGATGAAATTATTTCAACGATTCGTGAGTCAGATACAGATAAAGTTGCAATGGAAAGCTTGCAA +CAACGCTTCAAACTTTCTGAAAAACAAGCTCAAGCTATTTTAGACATGCGTTTAAGACGTCTAACAGGTTTAGAGAGAGA +CAAAATTGAAGCTGAATATAATGAGTTATTAAATTATATTAGTGAATTAGAAGCAATCTTAGCTGATGAAGAAGTGTTAT +TACAGTTAGTTAGAGATGAATTGACTGAAATTAGAGATCGTTTCGGTGATGATCGTCGTACAGAAATTCAATTAGGTGGA +TTTGAAGACTTAGAGGACGAAGACTTAATTCCAGAAGAACAAATAGTAATTACACTAAGCCATAATAACTACATTAAACG +TTTGCCGGTATCTACATATCGTGCTCAAAACCGTGGTGGTCGTGGTGTTCAAGGTATGAATACATTGGAAGAAGATTTTG +TCAGTCAATTGGTAACTTTAAGTACACATGACCATGTATTGTTCTTTACTAACAAAGGTCGTGTATACAAACTTAAAGGT 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a/src/busco/test_data/script.sh b/src/busco/test_data/script.sh new file mode 100644 index 00000000..3c4eb763 --- /dev/null +++ b/src/busco/test_data/script.sh @@ -0,0 +1,12 @@ +# busco test data + +# Test data from https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/busco/test + +if [ ! -d /tmp/snakemake-wrappers ]; then + git clone --depth 1 --single-branch --branch master https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers /tmp/snakemake-wrappers +fi + +cp -r /tmp/snakemake-wrappers/bio/busco/test/protein.fasta src/busco/test_data + +# Test data from busco test data at https://gitlab.com/ezlab/busco/-/tree/master/test_data?ref_type=heads +wget -O src/busco/test_data/genome.fna "https://gitlab.com/ezlab/busco/-/raw/master/test_data/eukaryota/genome.fna?ref_type=heads&inline=false" \ No newline at end of file From 16d7fd347ddccd4943a0cdacb77c4c01e2bfc162 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Robrecht Cannoodt Date: Wed, 31 Jan 2024 17:06:37 +0100 Subject: [PATCH 04/12] Fix argument issues in bgzip (#14) * fix argument issues * add reference for htslib to the bgzip component --- src/bgzip/config.vsh.yaml | 6 +++++- 1 file changed, 5 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/src/bgzip/config.vsh.yaml b/src/bgzip/config.vsh.yaml index 159c33e8..c37db43c 100644 --- a/src/bgzip/config.vsh.yaml +++ b/src/bgzip/config.vsh.yaml @@ -6,6 +6,8 @@ functionality: documentation: https://www.htslib.org/doc/bgzip.html repository: https://github.com/samtools/htslib licence: MIT + reference: + doi: 10.1093/gigascience/giab007 requirements: commands: [ bgzip ] argument_groups: @@ -30,7 +32,7 @@ functionality: description: name of BGZF index file [file.gz.gzi] - name: Arguments arguments: - - name: offset + - name: --offset alternatives: -b type: integer description: decompress at virtual file pointer (0-based uncompressed offset) @@ -79,6 +81,7 @@ functionality: [[ "$par_binary" == "false" ]] && unset par_binary bgzip -c \ ${meta_cpus:+--threads "${meta_cpus}"} \ + ${par_offset:+-b "${par_offset}"} \ ${par_decompress:+-d} \ ${par_rebgzip:+-g} \ ${par_index:+-i} \ @@ -87,6 +90,7 @@ functionality: ${par_reindex:+-r} \ ${par_size:+-s "${par_size}"} \ ${par_test:+-t} \ + ${par_binary:+--binary} \ "$par_input" > "$par_output" test_resources: - type: bash_script From f54af0af84a78e0b2483cc708f514780f0c609a3 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Kai Waldrant Date: Fri, 2 Feb 2024 10:02:03 +0100 Subject: [PATCH 05/12] Add pear (#10) * WIP * update arguments in config * add script code * Add test * update CHANGELOG * add requirements * Apply suggestions from code review Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * Update with review comments * update test_data * update outputs * update with latest review * Apply suggestions from code review --------- Co-authored-by: Robrecht Cannoodt --- CHANGELOG.md | 7 +- src/pear/config.vsh.yaml | 159 +++++++++++++++++++++++++++++++++++ src/pear/help.txt | 91 ++++++++++++++++++++ src/pear/script.sh | 63 ++++++++++++++ src/pear/test.sh | 23 +++++ src/pear/test_data/a.1.fastq | 4 + src/pear/test_data/a.2.fastq | 4 + src/pear/test_data/script.sh | 10 +++ 8 files changed, 359 insertions(+), 2 deletions(-) create mode 100644 src/pear/config.vsh.yaml create mode 100644 src/pear/help.txt create mode 100644 src/pear/script.sh create mode 100644 src/pear/test.sh create mode 100644 src/pear/test_data/a.1.fastq create mode 100644 src/pear/test_data/a.2.fastq create mode 100755 src/pear/test_data/script.sh diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index 7af39f0b..276195c2 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -5,13 +5,16 @@ ## NEW FEATURES * `arriba`: Detect gene fusions from RNA-seq data (PR #1). -* `busco`: Assess genome assembly and annotation completeness with single copy orthologs (PR #6). * `fastp`: An ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor (PR #3). +* `busco`: Assess genome assembly and annotation completeness with single copy orthologs (PR #6). + +* `featurecounts`: Assign sequence reads to genomic features (PR #11). + * `bgzip`: Add bgzip functionality to compress and decompress files (PR #13). -* `featurecounts`: Assign sequence reads to genomic features (PR #11). +* `pear`: Paired-end read merger (PR #10). ## MAJOR CHANGES diff --git a/src/pear/config.vsh.yaml b/src/pear/config.vsh.yaml new file mode 100644 index 00000000..6bd8fe3c --- /dev/null +++ b/src/pear/config.vsh.yaml @@ -0,0 +1,159 @@ +functionality: + name: pear + description: | + PEAR is an ultrafast, memory-efficient and highly accurate pair-end read merger. It is fully parallelized and can run with as low as just a few kilobytes of memory. + + PEAR evaluates all possible paired-end read overlaps and without requiring the target fragment size as input. In addition, it implements a statistical test for minimizing false-positive results. Together with a highly optimized implementation, it can merge millions of paired end reads within a couple of minutes on a standard desktop computer. + info: + keywords: [ "pair-end", "read", "merge" ] + homepage: https://cme.h-its.org/exelixis/web/software/pear + repository: https://github.com/tseemann/PEAR + documentation: https://cme.h-its.org/exelixis/web/software/pear/doc.html + reference: doi:10.1093/bioinformatics/btt593 + licence: "CC-BY-NC-SA-3.0" + requirements: + commands: [ pear , gzip ] + argument_groups: + - name: Inputs + arguments: + - name: --forward_fastq + alternatives: -f + type: file + description: Forward paired-end FASTQ file + required: true + example: "forward.fastq" + - name: --reverse_fastq + alternatives: -r + type: file + description: Reverse paired-end FASTQ file + required: true + example: "reverse.fastq" + - name: Outputs + arguments: + - name: --assembled + type: file + description: The output file containing assembled reads. Can be compressed with gzip. + required: true + direction: output + - name: --unassembled_forward + type: file + description: The output file containing forward reads that could not be assembled. Can be compressed with gzip. + required: true + direction: output + - name: --unassembled_reverse + type: file + description: The output file containing reverse reads that could not be assembled. Can be compressed with gzip. + required: true + direction: output + - name: --discarded + type: file + description: The output file containing reads that were discarded due to too low quality or too many uncalled bases. Can be compressed with gzip. + required: true + direction: output + - name: Arguments + arguments: + - name: --p_value + alternatives: -p + type: double + description: | + Specify a p-value for the statistical test. If the computed p-value of a possible assembly exceeds the specified p-value then paired-end read will not be assembled. Valid options are: 0.0001, 0.001, 0.01, 0.05 and 1.0. Setting 1.0 disables the test. + example: 0.01 + required: false + - name: --min_overlap + alternatives: -v + type: integer + description: | + Specify the minimum overlap size. The minimum overlap may be set to 1 when the statistical test is used. However, further restricting the minimum overlap size to a proper value may reduce false-positive assembles. + required: false + example: 10 + - name: --max_assembly_length + alternatives: -m + type: integer + description: | + Specify the maximum possible length of the assembled sequences. Setting this value to 0 disables the restriction and assembled sequences may be arbitrary long. + required: false + example: 0 + - name: --min_assembly_length + alternatives: -n + type: integer + description: | + Specify the minimum possible length of the assembled sequences. Setting this value to 0 disables the restriction and assembled sequences may be arbitrary short. + required: false + example: 0 + - name: --min_trim_length + alternatives: -t + type: integer + description: | + Specify the minimum length of reads after trimming the low quality part (see option -q) + required: false + example: 1 + - name: --quality_threshold + alternatives: -q + type: integer + description: | + Specify the quality threshold for trimming the low quality part of a read. If the quality scores of two consecutive bases are strictly less than the specified threshold, the rest of the read will be trimmed. + required: false + example: 0 + - name: --max_uncalled_base + alternatives: -u + type: double + description: | + Specify the maximal proportion of uncalled bases in a read. Setting this value to 0 will cause PEAR to discard all reads containing uncalled bases. The other extreme setting is 1 which causes PEAR to process all reads independent on the number of uncalled bases. + example: 1.0 + required: false + - name: --test_method + alternatives: -g + type: integer + description: | + Specify the type of statistical test. Two options are available. 1: Given the minimum allowed overlap, test using the highest OES. Note that due to its discrete nature, this test usually yields a lower p-value for the assembled read than the cut- off (specified by -p). For example, setting the cut-off to 0.05 using this test, the assembled reads might have an actual p-value of 0.02. + 2. Use the acceptance probability (m.a.p). This test methods computes the same probability as test method 1. However, it assumes that the minimal overlap is the observed overlap with the highest OES, instead of the one specified by -v. Therefore, this is not a valid statistical test and the 'p-value' is in fact the maximal probability for accepting the assembly. Nevertheless, we observed in practice that for the case the actual overlap sizes are relatively small, test 2 can correctly assemble more reads with only slightly higher false-positive rate. + required: false + example: 1 + - name: --emperical_freqs + alternatives: -e + type: boolean_true + description: | + Disable empirical base frequencies. + - name: --score_method + alternatives: -s + type: integer + description: | + Specify the scoring method. 1. OES with +1 for match and -1 for mismatch. 2: Assembly score (AS). Use +1 for match and -1 for mismatch multiplied by base quality scores. 3: Ignore quality scores and use +1 for a match and -1 for a mismatch. + required: false + example: 2 + - name: --phred_base + alternatives: -b + type: integer + description: | + Base PHRED quality score. + required: false + example: 33 + - name: --cap + alternatives: -c + type: integer + description: | + Specify the upper bound for the resulting quality score. If set to zero, capping is disabled. + required: false + example: 40 + - name: --nbase + alternatives: -z + type: boolean_true + description: | + When merging a base-pair that consists of two non-equal bases out of which none is degenerate, set the merged base to N and use the highest quality score of the two bases + resources: + - type: bash_script + path: script.sh + test_resources: + - type: bash_script + path: test.sh + - type: file + path: test_data +platforms: + - type: docker + image: quay.io/biocontainers/pear:0.9.6--h9d449c0_10 + setup: + - type: docker + run: | + version=$(pear -h | grep 'PEAR v' | sed 's/PEAR v//' | sed 's/ .*//') && \ + echo "pear: $version" > /var/software_versions.txt + - type: nextflow \ No newline at end of file diff --git a/src/pear/help.txt b/src/pear/help.txt new file mode 100644 index 00000000..d8e42285 --- /dev/null +++ b/src/pear/help.txt @@ -0,0 +1,91 @@ +```bash +pear -h +``` + + ____ _____ _ ____ +| _ \| ____| / \ | _ \ +| |_) | _| / _ \ | |_) | +| __/| |___ / ___ \| _ < +|_| |_____/_/ \_\_| \_\ +PEAR v0.9.6 [January 15, 2015] - [+bzlib +zlib] + +Citation - PEAR: a fast and accurate Illumina Paired-End reAd mergeR +Zhang et al (2014) Bioinformatics 30(5): 614-620 | doi:10.1093/bioinformatics/btt593 + +License: Creative Commons Licence +Bug-reports and requests to: Tomas.Flouri@h-its.org and Jiajie.Zhang@h-its.org + + +Usage: pear +Standard (mandatory): + -f, --forward-fastq Forward paired-end FASTQ file. + -r, --reverse-fastq Reverse paired-end FASTQ file. + -o, --output Output filename. +Optional: + -p, --p-value Specify a p-value for the statistical test. If the computed + p-value of a possible assembly exceeds the specified p-value + then paired-end read will not be assembled. Valid options + are: 0.0001, 0.001, 0.01, 0.05 and 1.0. Setting 1.0 disables + the test. (default: 0.01) + -v, --min-overlap Specify the minimum overlap size. The minimum overlap may be + set to 1 when the statistical test is used. However, further + restricting the minimum overlap size to a proper value may + reduce false-positive assembles. (default: 10) + -m, --max-assembly-length Specify the maximum possible length of the assembled + sequences. Setting this value to 0 disables the restriction + and assembled sequences may be arbitrary long. (default: 0) + -n, --min-assembly-length Specify the minimum possible length of the assembled + sequences. Setting this value to 0 disables the restriction + and assembled sequences may be arbitrary short. (default: + 50) + -t, --min-trim-length Specify the minimum length of reads after trimming the low + quality part (see option -q). (default: 1) + -q, --quality-threshold Specify the quality score threshold for trimming the low + quality part of a read. If the quality scores of two + consecutive bases are strictly less than the specified + threshold, the rest of the read will be trimmed. (default: + 0) + -u, --max-uncalled-base Specify the maximal proportion of uncalled bases in a read. + Setting this value to 0 will cause PEAR to discard all reads + containing uncalled bases. The other extreme setting is 1 + which causes PEAR to process all reads independent on the + number of uncalled bases. (default: 1) + -g, --test-method Specify the type of statistical test. Two options are + available. (default: 1) + 1: Given the minimum allowed overlap, test using the highest + OES. Note that due to its discrete nature, this test usually + yields a lower p-value for the assembled read than the cut- + off (specified by -p). For example, setting the cut-off to + 0.05 using this test, the assembled reads might have an + actual p-value of 0.02. + + 2. Use the acceptance probability (m.a.p). This test methods + computes the same probability as test method 1. However, it + assumes that the minimal overlap is the observed overlap + with the highest OES, instead of the one specified by -v. + Therefore, this is not a valid statistical test and the + 'p-value' is in fact the maximal probability for accepting + the assembly. Nevertheless, we observed in practice that for + the case the actual overlap sizes are relatively small, test + 2 can correctly assemble more reads with only slightly + higher false-positive rate. + -e, --empirical-freqs Disable empirical base frequencies. (default: use empirical + base frequencies) + -s, --score-method Specify the scoring method. (default: 2) + 1. OES with +1 for match and -1 for mismatch. + 2: Assembly score (AS). Use +1 for match and -1 for mismatch + multiplied by base quality scores. + 3: Ignore quality scores and use +1 for a match and -1 for a + mismatch. + -b, --phred-base Base PHRED quality score. (default: 33) + -y, --memory Specify the amount of memory to be used. The number may be + followed by one of the letters K, M, or G denoting + Kilobytes, Megabytes and Gigabytes, respectively. Bytes are + assumed in case no letter is specified. + -c, --cap Specify the upper bound for the resulting quality score. If + set to zero, capping is disabled. (default: 40) + -j, --threads Number of threads to use + -z, --nbase When merging a base-pair that consists of two non-equal + bases out of which none is degenerate, set the merged base + to N and use the highest quality score of the two bases + -h, --help This help screen. \ No newline at end of file diff --git a/src/pear/script.sh b/src/pear/script.sh new file mode 100644 index 00000000..f7d6a28f --- /dev/null +++ b/src/pear/script.sh @@ -0,0 +1,63 @@ +#!/bin/bash + +## VIASH START +## VIASH END + +[[ "$par_emperical_freqs" == "false" ]] && unset par_emperical_freqs +[[ "$par_nbase" == "false" ]] && unset par_nbase + +if [[ "${par_forward_fastq##*.}" == "gz" ]]; then + gunzip $par_forward_fastq + par_forward_fastq=${par_forward_fastq%.*} +fi +if [[ "${par_reverse_fastq##*.}" == "gz" ]]; then + gunzip $par_reverse_fastq + par_reverse_fastq=${par_reverse_fastq%.*} +fi + +output_dir=$(mktemp -d -p "$meta_temp_dir" "pear.XXXXXX") + +pear \ + -f "$par_forward_fastq" \ + -r "$par_reverse_fastq" \ + -o "$output_dir" \ + ${par_p_value:+-p "${par_p_value}"} \ + ${par_min_overlap:+-v "${par_min_overlap}"} \ + ${par_max_assembly_length:+-m "${par_max_assembly_length}"} \ + ${par_min_assembly_length:+-n "${par_min_assembly_length}"} \ + ${par_min_trim_length:+-t "${par_min_trim_length}"} \ + ${par_quality_threshold:+-q "${par_quality_threshold}"} \ + ${par_max_uncalled_base:+-u "${par_max_uncalled_base}"} \ + ${par_test_method:+-g "${par_test_method}"} \ + ${par_score_method:+-s "${par_score_method}"} \ + ${par_phred_base:+-b "${par_phred_base}"} \ + ${meta_memory_mb:+--memory "${meta_memory_mb}M"} \ + ${par_cap:+-c "${par_cap}"} \ + ${meta_cpus:+-j "${meta_cpus}"} \ + ${par_emperical_freqs:+-e} \ + ${par_nbase:+-z} + + +if [[ "${par_assembled##*.}" == "gz" ]]; then + gzip -9 -c ${output_dir}.assembled.fastq > ${par_assembled} +else + mv ${output_dir}.assembled.fastq ${par_assembled} +fi + +if [[ "${par_unassembled_forward##*.}" == "gz" ]]; then + gzip -9 -c ${output_dir}.unassembled.forward.fastq > ${par_unassembled_forward} +else + mv ${output_dir}.unassembled.forward.fastq ${par_unassembled_forward} +fi + +if [[ "${par_unassembled_reverse##*.}" == "gz" ]]; then + gzip -9 -c ${output_dir}.unassembled.reverse.fastq > ${par_unassembled_reverse} +else + mv ${output_dir}.unassembled.reverse.fastq ${par_unassembled_reverse} +fi + +if [[ "${par_discarded##*.}" == "gz" ]]; then + gzip -9 -c ${output_dir}.discarded.fastq > ${par_discarded} +else + mv ${output_dir}.discarded.fastq ${par_discarded} +fi diff --git a/src/pear/test.sh b/src/pear/test.sh new file mode 100644 index 00000000..67870bf4 --- /dev/null +++ b/src/pear/test.sh @@ -0,0 +1,23 @@ +#!/bin/bash + +set -e + +dir_in="${meta_resources_dir%/}/test_data" + +echo "> Run PEAR" +"$meta_executable" \ + --forward_fastq "$dir_in/a.1.fastq" \ + --reverse_fastq "$dir_in/a.2.fastq" \ + --assembled "test.assembled.fastq.gz" \ + --unassembled_forward "test.unassembled.forward.fastq.gz" \ + --unassembled_reverse "test.unassembled.reverse.fastq.gz" \ + --discarded "test.discarded.fastq.gz" \ + --p_value 0.01 + +echo ">> Checking output" +[ ! -f "test.assembled.fastq.gz" ] && echo "Output file test.assembled.fastq.gz does not exist" && exit 1 +[ ! -f "test.unassembled.forward.fastq.gz" ] && echo "Output file test.unassembled.forward.fastq.gz does not exist" && exit 1 +[ ! -f "test.unassembled.reverse.fastq.gz" ] && echo "Output file test.unassembled.reverse.fastq.gz does not exist" && exit 1 +[ ! -f "test.discarded.fastq.gz" ] && echo "Output file ftest.discarded.fastq.gz does not exist" && exit 1 + +echo "> Test successful" \ No newline at end of file diff --git a/src/pear/test_data/a.1.fastq b/src/pear/test_data/a.1.fastq new file mode 100644 index 00000000..42735560 --- /dev/null +++ b/src/pear/test_data/a.1.fastq @@ -0,0 +1,4 @@ +@1 +ACGGCAT ++ +!!!!!!! diff --git a/src/pear/test_data/a.2.fastq b/src/pear/test_data/a.2.fastq new file mode 100644 index 00000000..42735560 --- /dev/null +++ b/src/pear/test_data/a.2.fastq @@ -0,0 +1,4 @@ +@1 +ACGGCAT ++ +!!!!!!! diff --git a/src/pear/test_data/script.sh b/src/pear/test_data/script.sh new file mode 100755 index 00000000..016910a8 --- /dev/null +++ b/src/pear/test_data/script.sh @@ -0,0 +1,10 @@ +# pear test data + +# Test data was obtained from https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/fastp/test + +if [ ! -d /tmp/snakemake-wrappers ]; then + git clone --depth 1 --single-branch --branch master https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers /tmp/snakemake-wrappers +fi + +cp -r /tmp/snakemake-wrappers/bio/fastp/test/reads/pe/* src/pear/test_data + From ae1956bdbed0efdaa4720695fbacaf35be180bac Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Robrecht Cannoodt Date: Tue, 6 Feb 2024 13:44:22 +0100 Subject: [PATCH 06/12] extend contributing guidelines (#9) * extend contributing guidelines * add step 1 * extend contributing guidelines * update * extend md --- CONTRIBUTING.md | 417 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++------------ 1 file changed, 312 insertions(+), 105 deletions(-) diff --git a/CONTRIBUTING.md b/CONTRIBUTING.md index c91bfa5b..65ec15c2 100644 --- a/CONTRIBUTING.md +++ b/CONTRIBUTING.md @@ -7,49 +7,243 @@ We encourage contributions from the community. To contribute: 2. **Develop Your Component**: Create your Viash component, ensuring it aligns with our best practices (detailed below). 3. **Submit a Pull Request**: After testing your component, submit a pull request for review. -## Documentation of Functionality +## Procedure of adding a component -The purpose and functionality of each component should be adequately described. +### Step 1: Find a component to contribute -Example: +* Find a tool to contribute to this repo. + +* Check whether it is already in the [Project board](https://github.com/orgs/viash-hub/projects/1). + +* Check whether there is a corresponding [Snakemake wrapper](https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/blob/master/bio) or [nf-core module](https://github.com/nf-core/modules/tree/master/modules/nf-core) which we can use as inspiration. + +* Create an issue to show that you are working on this component. + + +### Step 2: Add config template + +Change all occurrences of `xxx` to the name of the component. + +Create a file at `src/xxx/config.vsh.yaml` with contents: ```yaml functionality: - name: star_align - namespace: bioinformatics - description: | - Aligns reads to a reference genome using STAR. + name: xxx + description: xxx + keywords: [tag1, tag2] + links: + homepage: yyy + documentation: yyy + repository: yyy + references: + doi: 12345/12345678.yz + license: MIT/Apache-2.0/GPL-3.0/... + argument_groups: + - name: Inputs + arguments: <...> + - name: Outputs + arguments: <...> + - name: Arguments + arguments: <...> + resources: + - type: bash_script + path: script.sh + test_resources: + - type: bash_script + path: test.sh + - type: file + path: test_data +engines: + - <...> +runners: + - type: executable + - type: nextflow ``` -## Documentation of Inputs and Outputs +### Step 3: Fill in the metadata -All input and output arguments should have a description and example (with extension). +Fill in the relevant metadata fields in the config. Here is an example of the metadata of an existing component. ```yaml functionality: - # ... - arguments: - - name: --input - type: file - description: Input reads in FASTQ format. If the file is compressed, it must have the extension `.gz`. - example: input.fastq.gz - required: true - - name: --output + name: arriba + description: Detect gene fusions from RNA-Seq data + keywords: [Gene fusion, RNA-Seq] + links: + homepage: https://arriba.readthedocs.io/en/latest/ + documentation: https://arriba.readthedocs.io/en/latest/ + repository: https://github.com/suhrig/arriba + references: + doi: 10.1101/gr.257246.119 + bibtex: | + @article{ + ... a bibtex entry in case the doi is not available ... + } + license: MIT +``` + +### Step 4: Find a suitable container + +Google `biocontainer ` and find the container that is most suitable. Typically the link will be `https://quay.io/repository/biocontainers/xxx?tab=tags`. + +If no such container is found, you can create a custom container in the next step. + + +### Step 5: Create help file + +To help develop the component, we store the `--help` output of the tool in a file at `src/xxx/help.txt`. + +````bash +cat < src/xxx/help.txt +```sh +xxx --help +``` +EOF + +docker run quay.io/biocontainers/xxx:tag xxx --help >> src/xxx/help.txt +```` + +Notes: + +* This help file has no functional purpose, but it is useful for the developer to see the help output of the tool. + +* Some tools might not have a `--help` argument but instead have a `-h` argument. For example, for `arriba`, the help message is obtained by running `arriba -h`: + + ```bash + docker run quay.io/biocontainers/arriba:2.4.0--h0033a41_2 arriba -h + ``` + + +### Step 6: Fetch test data + +To help develop the component, it's interesting to have some test data available. In most cases, we can use the test data from the Snakemake wrappers. + +To make sure we can reproduce the test data in the future, we store the command to fetch the test data in a file at `src/xxx/test_data/script.sh`. + +```bash +cat < src/xxx/test_data/script.sh + +# clone repo +if [ ! -d /tmp/snakemake-wrappers ]; then + git clone --depth 1 --single-branch --branch master https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers /tmp/snakemake-wrappers +fi + +# copy test data +cp -r /tmp/snakemake-wrappers/bio/xxx/test/* src/xxx/test_data +EOF +``` + +### Step 7: Add arguments for the input files + +By looking at the help file, we add the input arguments to the config file. Here is an example of the input arguments of an existing component. + +For instance, in the [arriba help file](src/arriba/help.txt), we see the following: + + Usage: arriba [-c Chimeric.out.sam] -x Aligned.out.bam \ + -g annotation.gtf -a assembly.fa [-b blacklists.tsv] [-k known_fusions.tsv] \ + [-t tags.tsv] [-p protein_domains.gff3] [-d structural_variants_from_WGS.tsv] \ + -o fusions.tsv [-O fusions.discarded.tsv] \ + [OPTIONS] + + -x FILE File in SAM/BAM/CRAM format with main alignments as generated by STAR + (Aligned.out.sam). Arriba extracts candidate reads from this file. + +Based on this information, we can add the following input arguments to the config file. + +```yaml +argument_groups: + - name: Inputs + arguments: + - name: --bam + alternatives: -x type: file - direction: output - description: Output BAM file. - example: output.bam + description: | + File in SAM/BAM/CRAM format with main alignments as generated by STAR + (Aligned.out.sam). Arriba extracts candidate reads from this file. required: true + example: Aligned.out.bam +``` + +Check the [documentation](https://viash.io/reference/config/functionality/arguments) for more information on the format of input arguments. + +Several notes: + +* Argument names should be formatted in `--snake_case`. This means arguments like `--foo-bar` should be formatted as `--foo_bar`, and short arguments like `-f` should receive a longer name like `--foo`. + +* Input arguments can have `multiple: true` to allow the user to specify multiple files. + + + +### Step 8: Add arguments for the output files + +By looking at the help file, we now also add output arguments to the config file. + +For example, in the [arriba help file](src/arriba/help.txt), we see the following: + + + Usage: arriba [-c Chimeric.out.sam] -x Aligned.out.bam \ + -g annotation.gtf -a assembly.fa [-b blacklists.tsv] [-k known_fusions.tsv] \ + [-t tags.tsv] [-p protein_domains.gff3] [-d structural_variants_from_WGS.tsv] \ + -o fusions.tsv [-O fusions.discarded.tsv] \ + [OPTIONS] + + -o FILE Output file with fusions that have passed all filters. + + -O FILE Output file with fusions that were discarded due to filtering. + +Based on this information, we can add the following output arguments to the config file. + +```yaml +argument_groups: + - name: Outputs + arguments: + - name: --fusions + alternatives: -o + type: file + direction: output + description: | + Output file with fusions that have passed all filters. + required: true + example: fusions.tsv + - name: --fusions_discarded + alternatives: -O + type: file + direction: output + description: | + Output file with fusions that were discarded due to filtering. + required: false + example: fusions.discarded.tsv +``` + +Note: + +* Preferably, these outputs should not be directores but files. For example, if a tool outputs a directory `foo/` containing files `foo/bar.txt` and `foo/baz.txt`, there should be two output arguments `--bar` and `--baz` (as opposed to one output argument which outputs the whole `foo/` directory). + +### Step 9: Add arguments for the other arguments + +Finally, add all other arguments to the config file. There are a few exceptions: + +* Arguments related to specifying CPU and memory requirements are handled separately and should not be added to the config file. + +* Arguments related to printing the information such as printing the version (`-v`, `--version`) or printing the help (`-h`, `--help`) should not be added to the config file. + + +### Step 10: Add a Docker engine + +To ensure reproducibility of components, we require that all components are run in a Docker container. + +```yaml +engines: + - type: docker + image: quay.io/biocontainers/xxx:0.1.0--py_0 ``` -## Docker Image +The container should have your tool installed, as well as `ps`. -A Docker image (with optional additional dependencies) should be provided. +If you didn't find a suitable container in the previous step, you can create a custom container. For example: ```yaml -functionality: - # ... -platforms: +engines: - type: docker image: python:3.10 setup: @@ -57,117 +251,130 @@ platforms: packages: numpy ``` -This container should also have `ps` installed. +For more information on how to do this, see the [documentation](https://viash.io/guide/component/add-dependencies.html#steps-for-creating-a-custom-docker-platform). -## Write unit tests +Here is a list of base containers we can recommend: -A unit test with possibly test resources needs to be provided. +* Bash: [`bash`](https://hub.docker.com/_/bash), [`ubuntu`](https://hub.docker.com/_/ubuntu) +* C#: [`ghcr.io/data-intuitive/dotnet-script`](https://github.com/data-intuitive/ghcr-dotnet-script/pkgs/container/dotnet-script) +* JavaScript: [`node`](https://hub.docker.com/_/node) +* Python: [`python`](https://hub.docker.com/_/python), [`nvcr.io/nvidia/pytorch`](https://catalog.ngc.nvidia.com/orgs/nvidia/containers/pytorch) +* R: [`eddelbuettel/r2u`](https://hub.docker.com/r/eddelbuettel/r2u), [`rocker/tidyverse`](https://hub.docker.com/r/rocker/tidyverse) +* Scala: [`sbtscala/scala-sbt`](https://hub.docker.com/r/sbtscala/scala-sbt) -```yaml -functionality: - # ... - test_resources: - - type: python_script - path: script.py -``` +### Step 11: Write a runner script + +Next, we need to write a runner script that runs the tool with the input arguments. Create a Bash script named `src/xxx/script.sh` which runs the tool with the input arguments. -With `script.py`: +```bash +#!/bin/bash -```python -# ... todo +## VIASH START +## VIASH END + +xxx \ + --input "$par_input" \ + --output "$par_output" \ + $([ "$par_option" = "true" ] && echo "--option") ``` -The bare minimum of the unit test is to run the component and check whether the output exists. Ideally, the unit test should also check whether the output is correct. +When building a Viash component, Viash will automatically replace the `## VIASH START` and `## VIASH END` lines (and anything in between) with environment variables based on the arguments specified in the config. -## Provide test resources +As an example, this is what the Bash script for the `arriba` component looks like: -If the unit test requires test resources, these should be provided in the `test_resources` section of the component. +```bash +#!/bin/bash -```yaml -# ... todo +## VIASH START +## VIASH END + +arriba \ + -x "$par_bam" \ + -a "$par_genome" \ + -g "$par_gene_annotation" \ + -o "$par_fusions" \ + ${par_known_fusions:+-k "${par_known_fusions}"} \ + ${par_blacklist:+-b "${par_blacklist}"} \ + ${par_structural_variants:+-d "${par_structural_variants}"} \ + $([ "$par_skip_duplicate_marking" = "true" ] && echo "-u") \ + $([ "$par_extra_information" = "true" ] && echo "-X") \ + $([ "$par_fill_gaps" = "true" ] && echo "-I") ``` -TODO: discuss hosting test resources -## Versioning +### Step 12: Create test script -If the component uses custom software (not installed via Apt, Apk, Yum, Pip, Conda, or R), a Bash script `version.sh` needs to be provided that outputs the version of the software. -The output of this script should be a yaml file with the version of each software as a string. +If the unit test requires test resources, these should be provided in the `test_resources` section of the component. ```yaml functionality: # ... - version: - type: bash - path: version.sh + test_resources: + - type: bash_script + path: test.sh + - type: file + path: test_data ``` -With `version.sh`: +Create a test script at `src/xxx/test.sh` that runs the component with the test data. This script should run the component (available with `$meta_executable`) with the test data and check if the output is as expected. The script should exit with a non-zero exit code if the output is not as expected. For example: ```bash #!/bin/bash -cat <<-END_VERSIONS -star: "$(STAR --version | sed -e "s/STAR_//g")" -samtools: "$(echo $(samtools --version 2>&1) | sed 's/^.*samtools //; s/Using.*$//')" -gawk: "$(echo $(gawk --version 2>&1) | sed 's/^.*GNU Awk //; s/, .*$//')" -END_VERSIONS +## VIASH START +## VIASH END + +echo "> Run xxx with test data" +"$meta_executable" \ + --input "$meta_resources_dir/test_data/input.txt" \ + --output "output.txt" \ + --option + +echo ">> Checking output" +[ ! -f "output.txt" ] && echo "Output file output.txt does not exist" && exit 1 ``` -## File format specifications -If a component returns a directory or data structure such as AnnData or MuData, a specification of the file format should be provided. +For example, this is what the test script for the `arriba` component looks like: -### Directory file format specification +```bash +#!/bin/bash -```yaml -functionality: - # ... - arguments: - - name: --output - type: file - # ... - example: output/ - info: - format: - - type: directory - contents: - - type: file - name: counts.csv - description: Normalised expression values - required: true - - type: file - name: size_factors.csv - description: The size factors created by the normalisation method, if any. - required: false +## VIASH START +## VIASH END + +echo "> Run arriba with blacklist" +"$meta_executable" \ + --bam "$meta_resources_dir/test_data/A.bam" \ + --genome "$meta_resources_dir/test_data/genome.fasta" \ + --gene_annotation "$meta_resources_dir/test_data/annotation.gtf" \ + --blacklist "$meta_resources_dir/test_data/blacklist.tsv" \ + --fusions "fusions.tsv" \ + --fusions_discarded "fusions_discarded.tsv" \ + --interesting_contigs "1,2" + +echo ">> Checking output" +[ ! -f "fusions.tsv" ] && echo "Output file fusions.tsv does not exist" && exit 1 +[ ! -f "fusions_discarded.tsv" ] && echo "Output file fusions_discarded.tsv does not exist" && exit 1 + +echo ">> Check if output is empty" +[ ! -s "fusions.tsv" ] && echo "Output file fusions.tsv is empty" && exit 1 +[ ! -s "fusions_discarded.tsv" ] && echo "Output file fusions_discarded.tsv is empty" && exit 1 ``` -### AnnData file format specification +### Step 12: Create a `/var/software_versions.txt` file + +For the sake of transparency and reproducibility, we require that the versions of the software used in the component are documented. + +For now, this is managed by creating a file `/var/software_versions.txt` in the `setup` section of the Docker engine. ```yaml -functionality: - # ... - arguments: - - name: --output - type: file - # ... - example: output.h5ad - info: - format: - layers: - - type: double - name: normalized - description: Normalised expression values - required: true - obs: - - type: double - name: size_factors - description: The size factors created by the normalisation method, if any. - required: false - uns: - - type: string - name: normalization_id - description: "Which normalization was used" - required: true -``` \ No newline at end of file +engines: + - type: docker + image: quay.io/biocontainers/xxx:0.1.0--py_0 + setup: + - type: docker + run: | + echo "xxx: \"0.1.0\"" > /var/software_versions.txt +``` From 487c5d26d48de9596651aa039688b7499c0ad35f Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Sai Nirmayi Yasa <92786623+sainirmayi@users.noreply.github.com> Date: Wed, 7 Feb 2024 11:53:39 +0100 Subject: [PATCH 07/12] Fix featurecounts (#20) * check if junction counts file exists * add test without junctions --- src/featurecounts/script.sh | 4 +++- src/featurecounts/test.sh | 26 +++++++++++++++++++++++++- 2 files changed, 28 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/src/featurecounts/script.sh b/src/featurecounts/script.sh index b8da615f..7fbafa39 100644 --- a/src/featurecounts/script.sh +++ b/src/featurecounts/script.sh @@ -82,4 +82,6 @@ featureCounts \ [[ ! -z "$par_counts" ]] && mv "$tmp_dir/output.txt" "$par_counts" [[ ! -z "$par_summary" ]] && mv "$tmp_dir/output.txt.summary" "$par_summary" -[[ ! -z "$par_junctions" ]] && mv "$tmp_dir/output.txt.jcounts" "$par_junctions" +if [[ ! -z "$par_junctions" ]] && [[ -e "$tmp_dir/output.txt.jcounts" ]]; then + mv "$tmp_dir/output.txt.jcounts" "$par_junctions" +fi diff --git a/src/featurecounts/test.sh b/src/featurecounts/test.sh index 26494f98..3349d016 100644 --- a/src/featurecounts/test.sh +++ b/src/featurecounts/test.sh @@ -4,7 +4,7 @@ set -e dir_in="$meta_resources_dir/test_data" -echo "> Run featureCounts" +echo "> Run featureCounts (with junctions)" "$meta_executable" \ --input "$dir_in/a.bam" \ --annotation "$dir_in/annotation.gtf" \ @@ -32,4 +32,28 @@ echo ">> Check if output is empty" [ ! -s "junction_counts.txt" ] && echo "Output file junction_counts.txt is empty" && exit 1 [ ! -s "detailed_results/a.bam.featureCounts.sam" ] && echo "Output file detailed_results/a.bam.featureCounts.sam is empty" && exit 1 +echo "> Run featureCounts (without junctions)" +"$meta_executable" \ + --input "$dir_in/a.bam" \ + --annotation "$dir_in/annotation.gtf" \ + --counts "features.tsv" \ + --summary "summary.tsv" \ + --overlapping \ + --frac_overlap 0.2 \ + --paired \ + --strand 0 \ + --detailed_results detailed_results \ + --detailed_results_format SAM + +echo ">> Checking output" +[ ! -f "features.tsv" ] && echo "Output file features.tsv does not exist" && exit 1 +[ ! -f "summary.tsv" ] && echo "Output file summary.tsv does not exist" && exit 1 +[ ! -d "detailed_results" ] && echo "Output directory detailed_results does not exist" && exit 1 +[ ! -f "detailed_results/a.bam.featureCounts.sam" ] && echo "Output file detailed_results/a.bam.featureCounts.sam does not exist" && exit 1 + +echo ">> Check if output is empty" +[ ! -s "features.tsv" ] && echo "Output file features.tsv is empty" && exit 1 +[ ! -s "summary.tsv" ] && echo "Output file summary.tsv is empty" && exit 1 +[ ! -s "detailed_results/a.bam.featureCounts.sam" ] && echo "Output file detailed_results/a.bam.featureCounts.sam is empty" && exit 1 + echo "> Test successful" \ No newline at end of file From 4c50ac92338a84dc0e2f0bc009ea0445f6ec9937 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Dorien <41797896+dorien-er@users.noreply.github.com> Date: Sun, 11 Feb 2024 15:33:56 +0100 Subject: [PATCH 08/12] Add busco list datasets component (#18) * add script and config to list busco datasets * update test * update busco to point to busco_list_datasets component * add changelog entry * update changelog * Update CHANGELOG.md Co-authored-by: Robrecht Cannoodt * rename busco to busco run --------- Co-authored-by: Robrecht Cannoodt --- CHANGELOG.md | 4 ++- src/busco/busco_list_datasets/config.vsh.yaml | 36 +++++++++++++++++++ src/busco/busco_list_datasets/script.sh | 6 ++++ src/busco/busco_list_datasets/test.sh | 15 ++++++++ src/busco/{ => busco_run}/config.vsh.yaml | 4 +-- src/busco/{ => busco_run}/help.txt | 0 src/busco/{ => busco_run}/script.sh | 0 src/busco/{ => busco_run}/test.sh | 0 .../{ => busco_run}/test_data/genome.fna | 0 .../{ => busco_run}/test_data/protein.fasta | 0 src/busco/{ => busco_run}/test_data/script.sh | 0 11 files changed, 62 insertions(+), 3 deletions(-) create mode 100644 src/busco/busco_list_datasets/config.vsh.yaml create mode 100644 src/busco/busco_list_datasets/script.sh create mode 100644 src/busco/busco_list_datasets/test.sh rename src/busco/{ => busco_run}/config.vsh.yaml (99%) rename src/busco/{ => busco_run}/help.txt (100%) rename src/busco/{ => busco_run}/script.sh (100%) rename src/busco/{ => busco_run}/test.sh (100%) rename src/busco/{ => busco_run}/test_data/genome.fna (100%) rename src/busco/{ => busco_run}/test_data/protein.fasta (100%) rename src/busco/{ => busco_run}/test_data/script.sh (100%) diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index 276195c2..9d31a2da 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -8,7 +8,9 @@ * `fastp`: An ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor (PR #3). -* `busco`: Assess genome assembly and annotation completeness with single copy orthologs (PR #6). +* `busco`: + - `busco/busco_run`: Assess genome assembly and annotation completeness with single copy orthologs (PR #6). + - `busco/busco_list_datasets`: Lists available busco datasets (PR #18) * `featurecounts`: Assign sequence reads to genomic features (PR #11). diff --git a/src/busco/busco_list_datasets/config.vsh.yaml b/src/busco/busco_list_datasets/config.vsh.yaml new file mode 100644 index 00000000..444e2a6d --- /dev/null +++ b/src/busco/busco_list_datasets/config.vsh.yaml @@ -0,0 +1,36 @@ +functionality: + name: busco + description: Lists the available busco datasets + info: + keywords: [lineage datasets] + homepage: https://busco.ezlab.org/ + documentation: https://busco.ezlab.org/busco_userguide.html + repository: https://gitlab.com/ezlab/busco + reference: "10.1007/978-1-4939-9173-0_14" + licence: MIT + argument_groups: + - name: Outputs + arguments: + - name: --output + alternatives: ["-o"] + direction: output + type: file + description: | + Output file of the available busco datasets + required: false + default: busco_dataset_list.txt + example: file.txt + resources: + - type: bash_script + path: script.sh + test_resources: + - type: bash_script + path: test.sh +platforms: + - type: docker + image: quay.io/biocontainers/busco:5.6.1--pyhdfd78af_0 + setup: + - type: docker + run: | + busco --version | sed 's/BUSCO\s\(.*\)/busco: "\1"/' > /var/software_versions.txt + - type: nextflow diff --git a/src/busco/busco_list_datasets/script.sh b/src/busco/busco_list_datasets/script.sh new file mode 100644 index 00000000..6c80725c --- /dev/null +++ b/src/busco/busco_list_datasets/script.sh @@ -0,0 +1,6 @@ +#!/bin/bash + +## VIASH START +## VIASH END + +busco --list-datasets | awk '/^#{40}/{flag=1; next} flag{print}' > $par_output \ No newline at end of file diff --git a/src/busco/busco_list_datasets/test.sh b/src/busco/busco_list_datasets/test.sh new file mode 100644 index 00000000..c303cd77 --- /dev/null +++ b/src/busco/busco_list_datasets/test.sh @@ -0,0 +1,15 @@ +#!/bin/bash + +## VIASH START +## VIASH END + +"$meta_executable" \ + --output datasets.txt + +echo ">> Checking output" +[ ! -f "datasets.txt" ] && echo "datasets.txt does not exist" && exit 1 + +echo ">> Checking if output is empty" +[ ! -s "datasets.txt" ] && echo "datasets.txt is empty" && exit 1 + +rm datasets.txt \ No newline at end of file diff --git a/src/busco/config.vsh.yaml b/src/busco/busco_run/config.vsh.yaml similarity index 99% rename from src/busco/config.vsh.yaml rename to src/busco/busco_run/config.vsh.yaml index fba14892..2297fc2d 100644 --- a/src/busco/config.vsh.yaml +++ b/src/busco/busco_run/config.vsh.yaml @@ -1,5 +1,5 @@ functionality: - name: busco + name: busco_run description: Assessment of genome assembly and annotation completeness with single copy orthologs info: keywords: [Genome assembly, quality control] @@ -35,7 +35,7 @@ functionality: required: false description: | Specify a BUSCO lineage dataset that is most closely related to the assembly or gene set being assessed. - The full list of available datasets can be viewed [here](https://busco-data.ezlab.org/v5/data/lineages/) or by running `busco --list-datasets` (which requires installing the tool). + The full list of available datasets can be viewed [here](https://busco-data.ezlab.org/v5/data/lineages/) or by running the busco/busco_list_datasets component. When unsure, the "--auto_lineage" flag can be set to automatically find the optimal lineage path. Requested datasets will automatically be downloaded if not already present in the download folder. example: stramenopiles_odb10 diff --git a/src/busco/help.txt b/src/busco/busco_run/help.txt similarity index 100% rename from src/busco/help.txt rename to src/busco/busco_run/help.txt diff --git a/src/busco/script.sh b/src/busco/busco_run/script.sh similarity index 100% rename from src/busco/script.sh rename to src/busco/busco_run/script.sh diff --git a/src/busco/test.sh b/src/busco/busco_run/test.sh similarity index 100% rename from src/busco/test.sh rename to src/busco/busco_run/test.sh diff --git a/src/busco/test_data/genome.fna b/src/busco/busco_run/test_data/genome.fna similarity index 100% rename from src/busco/test_data/genome.fna rename to src/busco/busco_run/test_data/genome.fna diff --git a/src/busco/test_data/protein.fasta b/src/busco/busco_run/test_data/protein.fasta similarity index 100% rename from src/busco/test_data/protein.fasta rename to src/busco/busco_run/test_data/protein.fasta diff --git a/src/busco/test_data/script.sh b/src/busco/busco_run/test_data/script.sh similarity index 100% rename from src/busco/test_data/script.sh rename to src/busco/busco_run/test_data/script.sh From f6216553ba28458315d167ab3e5871062077b3cc Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Dorien <41797896+dorien-er@users.noreply.github.com> Date: Sun, 11 Feb 2024 21:56:36 +0100 Subject: [PATCH 09/12] add busco_download_datasets component (#19) * add script, test, config for downalod busco datasets * add changelog entry * fix typos * update changelog * rename busco to busco run * update changelog * fix names and namespaces --------- Co-authored-by: Robrecht Cannoodt --- CHANGELOG.md | 3 +- .../busco_download_datasets/config.vsh.yaml | 45 +++++++++++++++++++ src/busco/busco_download_datasets/script.sh | 14 ++++++ src/busco/busco_download_datasets/test.sh | 15 +++++++ src/busco/busco_list_datasets/config.vsh.yaml | 3 +- src/busco/busco_run/config.vsh.yaml | 5 ++- 6 files changed, 82 insertions(+), 3 deletions(-) create mode 100644 src/busco/busco_download_datasets/config.vsh.yaml create mode 100644 src/busco/busco_download_datasets/script.sh create mode 100644 src/busco/busco_download_datasets/test.sh diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index 9d31a2da..ba44f99e 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -10,7 +10,8 @@ * `busco`: - `busco/busco_run`: Assess genome assembly and annotation completeness with single copy orthologs (PR #6). - - `busco/busco_list_datasets`: Lists available busco datasets (PR #18) + - `busco/busco_list_datasets`: Lists available busco datasets (PR #18). + - `busco/busco_download_datasets`: Download busco datasets (PR #19). * `featurecounts`: Assign sequence reads to genomic features (PR #11). diff --git a/src/busco/busco_download_datasets/config.vsh.yaml b/src/busco/busco_download_datasets/config.vsh.yaml new file mode 100644 index 00000000..dc356f8a --- /dev/null +++ b/src/busco/busco_download_datasets/config.vsh.yaml @@ -0,0 +1,45 @@ +functionality: + name: busco_download_datasets + namespace: busco + description: Downloads available busco datasets + info: + keywords: [lineage datasets] + homepage: https://busco.ezlab.org/ + documentation: https://busco.ezlab.org/busco_userguide.html + repository: https://gitlab.com/ezlab/busco + reference: "10.1007/978-1-4939-9173-0_14" + licence: MIT + argument_groups: + - name: Inputs + arguments: + - name: --download + type: string + description: | + Download dataset. Possible values are a specific dataset name, "all", "prokaryota", "eukaryota", or "virus". + The full list of available datasets can be viewed [here](https://busco-data.ezlab.org/v5/data/lineages/) or by running the busco/busco_list_datasets component. + required: true + example: stramenopiles_odb10 + - name: Outputs + arguments: + - name: --download_path + direction: output + type: file + description: | + Local filepath for storing BUSCO dataset downloads + required: false + default: busco_downloads + example: busco_downloads + resources: + - type: bash_script + path: script.sh + test_resources: + - type: bash_script + path: test.sh +platforms: + - type: docker + image: quay.io/biocontainers/busco:5.6.1--pyhdfd78af_0 + setup: + - type: docker + run: | + busco --version | sed 's/BUSCO\s\(.*\)/busco: "\1"/' > /var/software_versions.txt + - type: nextflow diff --git a/src/busco/busco_download_datasets/script.sh b/src/busco/busco_download_datasets/script.sh new file mode 100644 index 00000000..6010c01f --- /dev/null +++ b/src/busco/busco_download_datasets/script.sh @@ -0,0 +1,14 @@ +#!/bin/bash + +## VIASH START +## VIASH END + + +if [ ! -d "$par_download_path" ]; then + mkdir -p "$par_download_path" +fi + +busco \ + --download_path "$par_download_path" \ + --download "$par_download" + diff --git a/src/busco/busco_download_datasets/test.sh b/src/busco/busco_download_datasets/test.sh new file mode 100644 index 00000000..c6baecea --- /dev/null +++ b/src/busco/busco_download_datasets/test.sh @@ -0,0 +1,15 @@ +echo "> Downloading busco stramenopiles_odb10 dataset" + +"$meta_executable" \ + --download stramenopiles_odb10 \ + --download_path downloads + +echo ">> Checking output" +[ ! -f "downloads/file_versions.tsv" ] && echo "file_versions.tsv does not exist" && exit 1 +[ ! -f "downloads/lineages/stramenopiles_odb10/dataset.cfg" ] && echo "dataset.cfg does not exist" && exit 1 + +echo ">> Checking if output is empty" +[ ! -s "downloads/file_versions.tsv" ] && echo "file_versions.tsv is empty" && exit 1 +[ ! -s "downloads/lineages/stramenopiles_odb10/dataset.cfg" ] && echo "dataset.cfg is empty" && exit 1 + +rm -r downloads \ No newline at end of file diff --git a/src/busco/busco_list_datasets/config.vsh.yaml b/src/busco/busco_list_datasets/config.vsh.yaml index 444e2a6d..df612fdc 100644 --- a/src/busco/busco_list_datasets/config.vsh.yaml +++ b/src/busco/busco_list_datasets/config.vsh.yaml @@ -1,5 +1,6 @@ functionality: - name: busco + name: busco_list_datasets + namespace: busco description: Lists the available busco datasets info: keywords: [lineage datasets] diff --git a/src/busco/busco_run/config.vsh.yaml b/src/busco/busco_run/config.vsh.yaml index 2297fc2d..0fdfea2e 100644 --- a/src/busco/busco_run/config.vsh.yaml +++ b/src/busco/busco_run/config.vsh.yaml @@ -1,5 +1,6 @@ functionality: name: busco_run + namespace: busco description: Assessment of genome assembly and annotation completeness with single copy orthologs info: keywords: [Genome assembly, quality control] @@ -37,7 +38,9 @@ functionality: Specify a BUSCO lineage dataset that is most closely related to the assembly or gene set being assessed. The full list of available datasets can be viewed [here](https://busco-data.ezlab.org/v5/data/lineages/) or by running the busco/busco_list_datasets component. When unsure, the "--auto_lineage" flag can be set to automatically find the optimal lineage path. - Requested datasets will automatically be downloaded if not already present in the download folder. + BUSCO will automatically download the requested dataset if it is not already present in the download folder. + You can optionally provide a path to a local dataset instead of a name, e.g. path/to/dataset. + Datasets can be downloaded using the busco/busco_download_dataset component. example: stramenopiles_odb10 - name: Outputs From ee70c2c272423972acab244f15736ac90db28f6a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Robrecht Cannoodt Date: Mon, 12 Feb 2024 07:21:12 +0100 Subject: [PATCH 10/12] Uniformize metadata (#23) * uniformize metadata * remove keywords from helper components * add entry to changelog --- CHANGELOG.md | 2 ++ src/arriba/config.vsh.yaml | 12 +++++++----- src/bgzip/config.vsh.yaml | 11 ++++++----- src/busco/busco_download_datasets/config.vsh.yaml | 13 +++++++------ src/busco/busco_list_datasets/config.vsh.yaml | 13 +++++++------ src/busco/busco_run/config.vsh.yaml | 12 +++++++----- src/fastp/config.vsh.yaml | 10 ++++++---- src/featurecounts/config.vsh.yaml | 12 +++++++----- src/pear/config.vsh.yaml | 12 +++++++----- 9 files changed, 56 insertions(+), 41 deletions(-) diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index ba44f99e..7ca743c6 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -23,6 +23,8 @@ ## MINOR CHANGES +* Uniformize component metadata (PR #23). + ## DOCUMENTATION ## BUG FIXES \ No newline at end of file diff --git a/src/arriba/config.vsh.yaml b/src/arriba/config.vsh.yaml index 601ad6c2..922fd21a 100644 --- a/src/arriba/config.vsh.yaml +++ b/src/arriba/config.vsh.yaml @@ -3,11 +3,13 @@ functionality: description: Detect gene fusions from RNA-Seq data info: keywords: [Gene fusion, RNA-Seq] - homepage: https://arriba.readthedocs.io/en/latest/ - documentation: https://arriba.readthedocs.io/en/latest/ - repository: https://github.com/suhrig/arriba - reference: "doi:10.1101/gr.257246.119" - licence: MIT + links: + homepage: https://arriba.readthedocs.io/en/latest/ + documentation: https://arriba.readthedocs.io/en/latest/ + repository: https://github.com/suhrig/arriba + references: + doi: 10.1101/gr.257246.119 + license: MIT requirements: cpus: 1 commands: [ arriba ] diff --git a/src/bgzip/config.vsh.yaml b/src/bgzip/config.vsh.yaml index c37db43c..049d0cbf 100644 --- a/src/bgzip/config.vsh.yaml +++ b/src/bgzip/config.vsh.yaml @@ -2,12 +2,13 @@ functionality: name: bgzip description: Block compression/decompression utility info: - homepage: https://www.htslib.org/ - documentation: https://www.htslib.org/doc/bgzip.html - repository: https://github.com/samtools/htslib - licence: MIT - reference: + links: + homepage: https://www.htslib.org/ + documentation: https://www.htslib.org/doc/bgzip.html + repository: https://github.com/samtools/htslib + references: doi: 10.1093/gigascience/giab007 + license: MIT requirements: commands: [ bgzip ] argument_groups: diff --git a/src/busco/busco_download_datasets/config.vsh.yaml b/src/busco/busco_download_datasets/config.vsh.yaml index dc356f8a..a592ed89 100644 --- a/src/busco/busco_download_datasets/config.vsh.yaml +++ b/src/busco/busco_download_datasets/config.vsh.yaml @@ -3,12 +3,13 @@ functionality: namespace: busco description: Downloads available busco datasets info: - keywords: [lineage datasets] - homepage: https://busco.ezlab.org/ - documentation: https://busco.ezlab.org/busco_userguide.html - repository: https://gitlab.com/ezlab/busco - reference: "10.1007/978-1-4939-9173-0_14" - licence: MIT + links: + homepage: https://busco.ezlab.org/ + documentation: https://busco.ezlab.org/busco_userguide.html + repository: https://gitlab.com/ezlab/busco + references: + doi: 10.1007/978-1-4939-9173-0_14 + license: MIT argument_groups: - name: Inputs arguments: diff --git a/src/busco/busco_list_datasets/config.vsh.yaml b/src/busco/busco_list_datasets/config.vsh.yaml index df612fdc..004628c9 100644 --- a/src/busco/busco_list_datasets/config.vsh.yaml +++ b/src/busco/busco_list_datasets/config.vsh.yaml @@ -3,12 +3,13 @@ functionality: namespace: busco description: Lists the available busco datasets info: - keywords: [lineage datasets] - homepage: https://busco.ezlab.org/ - documentation: https://busco.ezlab.org/busco_userguide.html - repository: https://gitlab.com/ezlab/busco - reference: "10.1007/978-1-4939-9173-0_14" - licence: MIT + links: + homepage: https://busco.ezlab.org/ + documentation: https://busco.ezlab.org/busco_userguide.html + repository: https://gitlab.com/ezlab/busco + references: + doi: 10.1007/978-1-4939-9173-0_14 + license: MIT argument_groups: - name: Outputs arguments: diff --git a/src/busco/busco_run/config.vsh.yaml b/src/busco/busco_run/config.vsh.yaml index 0fdfea2e..8524b068 100644 --- a/src/busco/busco_run/config.vsh.yaml +++ b/src/busco/busco_run/config.vsh.yaml @@ -4,11 +4,13 @@ functionality: description: Assessment of genome assembly and annotation completeness with single copy orthologs info: keywords: [Genome assembly, quality control] - homepage: https://busco.ezlab.org/ - documentation: https://busco.ezlab.org/busco_userguide.html - repository: https://gitlab.com/ezlab/busco - reference: "10.1007/978-1-4939-9173-0_14" - licence: MIT + links: + homepage: https://busco.ezlab.org/ + documentation: https://busco.ezlab.org/busco_userguide.html + repository: https://gitlab.com/ezlab/busco + references: + doi: 10.1007/978-1-4939-9173-0_14 + license: MIT argument_groups: - name: Inputs arguments: diff --git a/src/fastp/config.vsh.yaml b/src/fastp/config.vsh.yaml index c513ec92..24db55d1 100644 --- a/src/fastp/config.vsh.yaml +++ b/src/fastp/config.vsh.yaml @@ -22,10 +22,12 @@ functionality: - support ultra-fast FASTQ-level deduplication info: keywords: [RNA-Seq, Trimming, Quality control] - repository: https://github.com/OpenGene/fastp - documentation: https://github.com/OpenGene/fastp/blob/master/README.md - reference: "doi:10.1093/bioinformatics/bty560" - licence: MIT + links: + repository: https://github.com/OpenGene/fastp + documentation: https://github.com/OpenGene/fastp/blob/master/README.md + references: + doi: 10.1093/bioinformatics/bty560 + license: MIT argument_groups: - name: Inputs description: | diff --git a/src/featurecounts/config.vsh.yaml b/src/featurecounts/config.vsh.yaml index 8a2002d4..6779b7e6 100644 --- a/src/featurecounts/config.vsh.yaml +++ b/src/featurecounts/config.vsh.yaml @@ -4,11 +4,13 @@ functionality: featureCounts is a read summarization program for counting reads generated from either RNA or genomic DNA sequencing experiments by implementing highly efficient chromosome hashing and feature blocking techniques. It works with either single or paired-end reads and provides a wide range of options appropriate for different sequencing applications. info: keywords: ["Read counting", "Genomic features"] - homepage: https://subread.sourceforge.net/ - documentation: https://subread.sourceforge.net/SubreadUsersGuide.pdf - repository: https://github.com/ShiLab-Bioinformatics/subread - reference: "doi:10.1093/bioinformatics/btt656" - licence: GPL-3.0 + links: + homepage: https://subread.sourceforge.net/ + documentation: https://subread.sourceforge.net/SubreadUsersGuide.pdf + repository: https://github.com/ShiLab-Bioinformatics/subread + references: + doi: 10.1093/bioinformatics/btt656 + license: GPL-3.0 requirements: commands: [ featureCounts ] diff --git a/src/pear/config.vsh.yaml b/src/pear/config.vsh.yaml index 6bd8fe3c..53921baa 100644 --- a/src/pear/config.vsh.yaml +++ b/src/pear/config.vsh.yaml @@ -6,11 +6,13 @@ functionality: PEAR evaluates all possible paired-end read overlaps and without requiring the target fragment size as input. In addition, it implements a statistical test for minimizing false-positive results. Together with a highly optimized implementation, it can merge millions of paired end reads within a couple of minutes on a standard desktop computer. info: keywords: [ "pair-end", "read", "merge" ] - homepage: https://cme.h-its.org/exelixis/web/software/pear - repository: https://github.com/tseemann/PEAR - documentation: https://cme.h-its.org/exelixis/web/software/pear/doc.html - reference: doi:10.1093/bioinformatics/btt593 - licence: "CC-BY-NC-SA-3.0" + links: + homepage: https://cme.h-its.org/exelixis/web/software/pear + repository: https://github.com/tseemann/PEAR + documentation: https://cme.h-its.org/exelixis/web/software/pear/doc.html + references: + doi: 10.1093/bioinformatics/btt593 + license: "CC-BY-NC-SA-3.0" requirements: commands: [ pear , gzip ] argument_groups: From 5a1601f19c16d0e03868e48a5b45568698c261d4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Kai Waldrant Date: Thu, 15 Feb 2024 10:14:40 +0100 Subject: [PATCH 11/12] Add lofreq (#17) * Add config and help for lofreq call * add script to call * add test data * add test to lofreq call * fix test error * update test lofreq call * Add config to indelqual comp * add indelqual script * WIP add indelqual test * fix typo * add namespace * update CHANGELOG * fix typo * rename output to out * Define defaults more explicitly * fefactor metadata to latest update * replace lofreq test data * remove comment about stdout since output file is required --------- Co-authored-by: Robrecht Cannoodt --- CHANGELOG.md | 4 + src/lofreq/call/config.vsh.yaml | 251 +++++++++++++++++++++ src/lofreq/call/help.txt | 49 ++++ src/lofreq/call/script.sh | 57 +++++ src/lofreq/call/test.sh | 20 ++ src/lofreq/call/test_data/a.bai | Bin 0 -> 48 bytes src/lofreq/call/test_data/a.bam | Bin 0 -> 352 bytes src/lofreq/call/test_data/genome.fasta | 8 + src/lofreq/call/test_data/genome.fasta.fai | 4 + src/lofreq/call/test_data/script.sh | 10 + src/lofreq/indelqual/config.vsh.yaml | 82 +++++++ src/lofreq/indelqual/help.txt | 21 ++ src/lofreq/indelqual/script.sh | 17 ++ src/lofreq/indelqual/test.sh | 46 ++++ src/lofreq/indelqual/test_data/script.sh | 44 ++++ src/lofreq/indelqual/test_data/test.bam | Bin 0 -> 7341 bytes src/lofreq/indelqual/test_data/test.fa | 10 + 17 files changed, 623 insertions(+) create mode 100644 src/lofreq/call/config.vsh.yaml create mode 100644 src/lofreq/call/help.txt create mode 100644 src/lofreq/call/script.sh create mode 100644 src/lofreq/call/test.sh create mode 100644 src/lofreq/call/test_data/a.bai create mode 100644 src/lofreq/call/test_data/a.bam create mode 100644 src/lofreq/call/test_data/genome.fasta create mode 100644 src/lofreq/call/test_data/genome.fasta.fai create mode 100644 src/lofreq/call/test_data/script.sh create mode 100644 src/lofreq/indelqual/config.vsh.yaml create mode 100644 src/lofreq/indelqual/help.txt create mode 100644 src/lofreq/indelqual/script.sh create mode 100644 src/lofreq/indelqual/test.sh create mode 100755 src/lofreq/indelqual/test_data/script.sh create mode 100644 src/lofreq/indelqual/test_data/test.bam create mode 100644 src/lofreq/indelqual/test_data/test.fa diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index 7ca743c6..7eb90569 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -19,6 +19,10 @@ * `pear`: Paired-end read merger (PR #10). +* `lofreq/call`: Call variants from a BAM file (PR #17). + +* `lofreq/indelqual`: Insert indel qualities into BAM file (PR #17). + ## MAJOR CHANGES ## MINOR CHANGES diff --git a/src/lofreq/call/config.vsh.yaml b/src/lofreq/call/config.vsh.yaml new file mode 100644 index 00000000..97b98e6f --- /dev/null +++ b/src/lofreq/call/config.vsh.yaml @@ -0,0 +1,251 @@ +functionality: + name: lofreq_call + namespace: lofreq + description: | + Call variants from a BAM file. + + LoFreq* (i.e. LoFreq version 2) is a fast and sensitive variant-caller for inferring SNVs and indels from next-generation sequencing data. It makes full use of base-call qualities and other sources of errors inherent in sequencing (e.g. mapping or base/indel alignment uncertainty), which are usually ignored by other methods or only used for filtering. + + LoFreq* can run on almost any type of aligned sequencing data (e.g. Illumina, IonTorrent or Pacbio) since no machine- or sequencing-technology dependent thresholds are used. It automatically adapts to changes in coverage and sequencing quality and can therefore be applied to a variety of data-sets e.g. viral/quasispecies, bacterial, metagenomics or somatic data. + + LoFreq* is very sensitive; most notably, it is able to predict variants below the average base-call quality (i.e. sequencing error rate). Each variant call is assigned a p-value which allows for rigorous false positive control. Even though it uses no approximations or heuristics, it is very efficient due to several runtime optimizations and also provides a (pseudo-)parallel implementation. LoFreq* is generic and fast enough to be applied to high-coverage data and large genomes. On a single processor it takes a minute to analyze Dengue genome sequencing data with nearly 4000X coverage, roughly one hour to call SNVs on a 600X coverage E.coli genome and also roughly an hour to run on a 100X coverage human exome dataset. + info: + keywords: [ "variant calling", "low frequancy variant calling", "lofreq", "lofreq/call"] + links: + homepage: https://csb5.github.io/lofreq/ + documentation: https://csb5.github.io/lofreq/commands/ + reference: + doi: 10.1093/nar/gks918 + license: "MIT" + requirements: + commands: [ lofreq ] + argument_groups: + - name: Inputs + arguments: + - name: --input + type: file + description: | + Input BAM file. + required: true + example: "normal.bam" + - name: --input_bai + type: file + description: | + Index file for the input BAM file. + required: true + example: "normal.bai" + - name: --ref + alternatives: -f + type: file + description: | + Indexed reference fasta file (gzip supported). Default: none. + required: true + example: "reference.fasta" + - name: Outputs + arguments: + - name: --out + alternatives: -o + type: file + description: | + Vcf output file. Default: stdout. + required: true + direction: output + example: "output.vcf" + - name: Arguments + arguments: + - name: --region + alternatives: -r + type: string + description: | + Limit calls to this region (chrom:start-end). Default: none. + required: false + example: "chr1:1000-2000" + - name: --bed + alternatives: -l + type: file + description: | + List of positions (chr pos) or regions (BED). Default: none. + required: false + example: "regions.bed" + - name: --min_bq + alternatives: -q + type: integer + description: | + Skip any base with baseQ smaller than INT. Default: 6. + required: false + example: 6 + - name: --min_alt_bq + alternatives: -Q + type: integer + description: | + Skip alternate bases with baseQ smaller than INT. Default: 6. + required: false + example: 6 + - name: --def_alt_bq + alternatives: -R + type: integer + description: | + Overwrite baseQs of alternate bases (that passed bq filter) with this value (-1: use median ref-bq; 0: keep). Default: 0. + required: false + example: 0 + - name: --min_jq + alternatives: -j + type: integer + description: | + Skip any base with joinedQ smaller than INT. Default: 0. + example: 0 + - name: --min_alt_jq + alternatives: -J + type: integer + description: | + Skip alternate bases with joinedQ smaller than INT. Default: 0. + required: false + example: 0 + - name: --def_alt_jq + alternatives: -K + type: integer + description: | + Overwrite joinedQs of alternate bases (that passed jq filter) with this value (-1: use median ref-bq; 0: keep). Default: 0. + required: false + example: 0 + - name: --no_baq + alternatives: -B + type: boolean_true + description: | + Disable use of base-alignment quality (BAQ). + - name: --no_idaq + alternatives: -A + type: boolean_true + description: | + Don't use IDAQ values (NOT recommended under ANY circumstances other than debugging). + - name: --del_baq + alternatives: -D + type: boolean_true + description: | + Delete pre-existing BAQ values, i.e. compute even if already present in BAM. + - name: --no_ext_baq + alternatives: -e + type: boolean_true + description: | + Use 'normal' BAQ (samtools default) instead of extended BAQ (both computed on the fly if not already present in lb tag). + - name: --min_mq + alternatives: -m + type: integer + description: | + Skip reads with mapping quality smaller than INT. Default: 0. + required: false + example: 0 + - name: --max_mq + alternatives: -M + type: integer + description: | + Cap mapping quality at INT. Default: 255. + required: false + example: 255 + - name: --no_mq + alternatives: -N + type: boolean_true + description: | + Don't merge mapping quality in LoFreq's model. + - name: --call_indels + type: boolean_true + description: | + Enable indel calls (note: preprocess your file to include indel alignment qualities!). + - name: --only_indels + type: boolean_true + description: | + Only call indels; no SNVs. + - name: --src_qual + alternatives: -s + type: boolean_true + description: | + Enable computation of source quality. + - name: --ign_vcf + alternatives: -S + type: file + description: | + Ignore variants in this vcf file for source quality computation. Multiple files can be given separated by commas. + required: false + example: "variants.vcf" + - name: --def_nm_q + alternatives: -T + type: integer + description: | + If >= 0, then replace non-match base qualities with this default value. Default: -1. + required: false + example: -1 + - name: --sig + alternatives: -a + type: double + description: | + P-Value cutoff / significance level. Default: 0.010000. + required: false + example: 0.01 + - name: --bonf + alternatives: -b + type: string + description: | + Bonferroni factor. 'dynamic' (increase per actually performed test) or INT. Default: Dynamic. + required: false + example: "dynamic" + - name: --min_cov + alternatives: -C + type: integer + description: | + Test only positions having at least this coverage. Default: 1. + (note: without --no-default-filter default filters (incl. coverage) kick in after predictions are done). + required: false + example: 1 + - name: --max_depth + alternatives: -d + type: integer + description: | + Cap coverage at this depth. Default: 1000000. + required: false + example: 1000000 + - name: --illumina_13 + type: boolean_true + description: | + Assume the quality is Illumina-1.3-1.7/ASCII+64 encoded. + - name: --use_orphan + type: boolean_true + description: | + Count anomalous read pairs (i.e. where mate is not aligned properly). + - name: --plp_summary_only + type: boolean_true + description: | + No variant calling. Just output pileup summary per column. + - name: --no_default_filter + type: boolean_true + description: | + Don't run default 'lofreq filter' automatically after calling variants. + - name: --force_overwrite + type: boolean_true + description: | + Overwrite any existing output. + - name: --verbose + type: boolean_true + description: | + Be verbose. + - name: --debug + type: boolean_true + description: | + Enable debugging. + resources: + - type: bash_script + path: script.sh + test_resources: + - type: bash_script + path: test.sh + - type: file + path: test_data +platforms: + - type: docker + image: quay.io/biocontainers/lofreq:2.1.5--py38h794fc9e_10 + setup: + - type: docker + run: | + version=$(lofreq version | grep 'version' | sed 's/version: //') && \ + echo "lofreq: $version" > /var/software_versions.txt + - type: nextflow + diff --git a/src/lofreq/call/help.txt b/src/lofreq/call/help.txt new file mode 100644 index 00000000..16178f07 --- /dev/null +++ b/src/lofreq/call/help.txt @@ -0,0 +1,49 @@ +lofreq call: call variants from BAM file + +Usage: lofreq call [options] in.bam + +Options: +- Reference: + -f | --ref FILE Indexed reference fasta file (gzip supported) [null] +- Output: + -o | --out FILE Vcf output file [- = stdout] +- Regions: + -r | --region STR Limit calls to this region (chrom:start-end) [null] + -l | --bed FILE List of positions (chr pos) or regions (BED) [null] +- Base-call quality: + -q | --min-bq INT Skip any base with baseQ smaller than INT [6] + -Q | --min-alt-bq INT Skip alternate bases with baseQ smaller than INT [6] + -R | --def-alt-bq INT Overwrite baseQs of alternate bases (that passed bq filter) with this value (-1: use median ref-bq; 0: keep) [0] + -j | --min-jq INT Skip any base with joinedQ smaller than INT [0] + -J | --min-alt-jq INT Skip alternate bases with joinedQ smaller than INT [0] + -K | --def-alt-jq INT Overwrite joinedQs of alternate bases (that passed jq filter) with this value (-1: use median ref-bq; 0: keep) [0] +- Base-alignment (BAQ) and indel-aligment (IDAQ) qualities: + -B | --no-baq Disable use of base-alignment quality (BAQ) + -A | --no-idaq Don't use IDAQ values (NOT recommended under ANY circumstances other than debugging) + -D | --del-baq Delete pre-existing BAQ values, i.e. compute even if already present in BAM + -e | --no-ext-baq Use 'normal' BAQ (samtools default) instead of extended BAQ (both computed on the fly if not already present in lb tag) +- Mapping quality: + -m | --min-mq INT Skip reads with mapping quality smaller than INT [0] + -M | --max-mq INT Cap mapping quality at INT [255] + -N | --no-mq Don't merge mapping quality in LoFreq's model +- Indels: + --call-indels Enable indel calls (note: preprocess your file to include indel alignment qualities!) + --only-indels Only call indels; no SNVs +- Source quality: + -s | --src-qual Enable computation of source quality + -S | --ign-vcf FILE Ignore variants in this vcf file for source quality computation. Multiple files can be given separated by commas + -T | --def-nm-q INT If >= 0, then replace non-match base qualities with this default value [-1] +- P-values: + -a | --sig P-Value cutoff / significance level [0.010000] + -b | --bonf Bonferroni factor. 'dynamic' (increase per actually performed test) or INT ['dynamic'] +- Misc.: + -C | --min-cov INT Test only positions having at least this coverage [1] + (note: without --no-default-filter default filters (incl. coverage) kick in after predictions are done) + -d | --max-depth INT Cap coverage at this depth [1000000] + --illumina-1.3 Assume the quality is Illumina-1.3-1.7/ASCII+64 encoded + --use-orphan Count anomalous read pairs (i.e. where mate is not aligned properly) + --plp-summary-only No variant calling. Just output pileup summary per column + --no-default-filter Don't run default 'lofreq filter' automatically after calling variants + --force-overwrite Overwrite any existing output + --verbose Be verbose + --debug Enable debugging \ No newline at end of file diff --git a/src/lofreq/call/script.sh b/src/lofreq/call/script.sh new file mode 100644 index 00000000..863fe986 --- /dev/null +++ b/src/lofreq/call/script.sh @@ -0,0 +1,57 @@ +#!/bin/bash + +## VIASH START +## VIASH END + +# Unset all parameters that are set to "false" +[[ "$par_no_baq" == "false" ]] && unset par_no_baq +[[ "$par_no_idaq" == "false" ]] && unset par_no_idaq +[[ "$par_del_baq" == "false" ]] && unset par_del_baq +[[ "$par_no_ext_baq" == "false" ]] && unset par_no_ext_baq +[[ "$par_no_mq" == "false" ]] && unset par_no_mq +[[ "$par_call_indels" == "false" ]] && unset par_call_indels +[[ "$par_only_indels" == "false" ]] && unset par_only_indels +[[ "$par_src_qual" == "false" ]] && unset par_src_qual +[[ "$par_illumina_13" == "false" ]] && unset par_illumina_13 +[[ "$par_use_orphan" == "false" ]] && unset par_use_orphan +[[ "$par_plp_summary_only" == "false" ]] && unset par_plp_summary_only +[[ "$par_no_default_filter" == "false" ]] && unset par_no_default_filter +[[ "$par_force_overwrite" == "false" ]] && unset par_force_overwrite +[[ "$par_verbose" == "false" ]] && unset par_verbose +[[ "$par_debug" == "false" ]] && unset par_debug + +# Run lofreq call +lofreq call \ + -f "$par_ref" \ + -o "$par_out" \ + ${par_region:+-r "${par_region}"} \ + ${par_bed:+-l "${par_bed}"} \ + ${par_min_bq:+-q "${par_min_bq}"} \ + ${par_min_alt_bq:+-Q "${par_min_alt_bq}"} \ + ${par_def_alt_bq:+-R "${par_def_alt_bq}"} \ + ${par_min_jq:+-j "${par_min_jq}"} \ + ${par_alt_jq:+-K "${par_alt_jq}"} \ + ${par_no_baq:+-B} \ + ${par_no_idaq:+-A} \ + ${par_del_baq:+-D} \ + ${par_no_ext_baq:+-e} \ + ${par_min_mq:+-m "${par_min_mq}"} \ + ${par_max_mq:+-M "${par_max_mq}"} \ + ${par_no_mq:+-N} \ + ${par_call_indels:+--call-indels} \ + ${par_only_indels:+--only-indels} \ + ${par_src_qual:+-s} \ + ${par_ign_vcf:+-S "${par_ign_vcf}"} \ + ${par_def_nm_q:+-T "${par_def_nm_q}"} \ + ${par_sig:+-a "${par_sig}"} \ + ${par_bonf:+-b "${par_bonf}"} \ + ${par_min_cov:+-C "${par_min_cov}"} \ + ${par_max_depth:+-d "${par_max_depth}"} \ + ${par_illumina_13:+--illumina-1.3} \ + ${par_use_orphan:+--use-orphan} \ + ${par_plp_summary_only:+--plp-summary-only} \ + ${par_no_default_filter:+--no-default-filter} \ + ${par_force_overwrite:+--force-overwrite} \ + ${par_verbose:+--verbose} \ + ${par_debug:+--debug} \ + "$par_input" \ No newline at end of file diff --git a/src/lofreq/call/test.sh b/src/lofreq/call/test.sh new file mode 100644 index 00000000..d8556398 --- /dev/null +++ b/src/lofreq/call/test.sh @@ -0,0 +1,20 @@ +#!/bin/bash + +set -e + +dir_in="${meta_resources_dir%/}/test_data" + +echo "> Run lofreq call" +"$meta_executable" \ + --input "$dir_in/a.bam" \ + --input_bai "$dir_in/a.bai" \ + --ref "$dir_in/genome.fasta" \ + --out "output.vcf" \ + +echo ">> Checking output" +[ ! -f "output.vcf" ] && echo "Output file output.vcf does not exist" && exit 1 + +echo ">> Check if output is empty" +[ ! -s "output.vcf" ] && echo "Output file output.vcf is empty" && exit 1 + +echo "> Test successful" \ No newline at end of file diff --git a/src/lofreq/call/test_data/a.bai b/src/lofreq/call/test_data/a.bai new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..fd401327b0a9780b8f7ffbe9b4adb8d57f48407b GIT binary patch literal 48 RcmZ>A^kigVAPm@`N&qIR0N4Nk literal 0 HcmV?d00001 diff --git a/src/lofreq/call/test_data/a.bam b/src/lofreq/call/test_data/a.bam new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..109b5faccdff138c776f7d96a8bf2eb551d0c2d9 GIT binary patch literal 352 zcmb2|=3rp}f&Xj_PR>jWj~GfPoaQ=YAmFOJ!(iRthKAQ^lO8c|y0lH9N!RP(-z&?s zzBT3^xNja7yP~vE^4(lxV}pA}Z+fd+bRNm}DvQqlVtHKkuFEOW!~GXtbNyXsP|t=jE_Lg^LyVvQ>{N1XF1V5!nlUdidBWeAm8Q#h6{hPJ{N>-_ zpKwFHg=bBiz0zX-_qCP(PqVMx&-~EQ>0dr01A{!87ZVtaQxg(?@U!~x$T{)w?BjXk zk>sG(tk^uEJBgW@#e&V+*o9%EX4|ni9jUn;7dtW+3pP(+k2I4Kd>-N>-P_5`Zgqg3&Uc8Gy^j@NI?VuE3}7c literal 0 HcmV?d00001 diff --git a/src/lofreq/call/test_data/genome.fasta b/src/lofreq/call/test_data/genome.fasta new file mode 100644 index 00000000..e2015391 --- /dev/null +++ b/src/lofreq/call/test_data/genome.fasta @@ -0,0 +1,8 @@ +>SheilaA +GCTAGCTCAGAAAAAAAAAA +>SheilaB +GCTAGCTCAGAAAAAAAAAA +>SheilaC +GCTAGCTCAGAAAAAAAAAA +>SheilaD +GCTAGCTCAGAAAAAAAAAA diff --git a/src/lofreq/call/test_data/genome.fasta.fai b/src/lofreq/call/test_data/genome.fasta.fai new file mode 100644 index 00000000..e42bfe2c --- /dev/null +++ b/src/lofreq/call/test_data/genome.fasta.fai @@ -0,0 +1,4 @@ +SheilaA 20 9 20 21 +SheilaB 20 39 20 21 +SheilaC 20 69 20 21 +SheilaD 20 99 20 21 diff --git a/src/lofreq/call/test_data/script.sh b/src/lofreq/call/test_data/script.sh new file mode 100644 index 00000000..9a90bf48 --- /dev/null +++ b/src/lofreq/call/test_data/script.sh @@ -0,0 +1,10 @@ +# pear test data + +# Test data was obtained from https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/tree/master/bio/lofreq/call/test/data + +if [ ! -d /tmp/snakemake-wrappers ]; then + git clone --depth 1 --single-branch --branch master https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers /tmp/snakemake-wrappers +fi + +cp -r /tmp/snakemake-wrappers/bio/lofreq/call/test/data/* src/lofreq/call/test_data + diff --git a/src/lofreq/indelqual/config.vsh.yaml b/src/lofreq/indelqual/config.vsh.yaml new file mode 100644 index 00000000..821d5d72 --- /dev/null +++ b/src/lofreq/indelqual/config.vsh.yaml @@ -0,0 +1,82 @@ +functionality: + name: lofreq_indelqual + namespace: lofreq + description: | + Insert indel qualities into BAM file (required for indel predictions). + + The preferred way of inserting indel qualities should be via GATK's BQSR (>=2) If that's not possible, use this subcommand. + The command has two modes: 'uniform' and 'dindel': + - 'uniform' will assign a given value uniformly, whereas + - 'dindel' will insert indel qualities based on Dindel (PMID 20980555). + Both will overwrite any existing values. + Do not realign your BAM file afterwards! + info: + keywords: [ "bam", "indel", "qualities", "indelqual", "lofreq", "lofreq/indelqual"] + links: + homepage: https://csb5.github.io/lofreq/ + documentation: https://csb5.github.io/lofreq/commands/ + reference: + doi: 10.1093/nar/gks918 + license: "MIT" + requirements: + commands: [ lofreq ] + argument_groups: + - name: Inputs + arguments: + - name: --input + type: file + description: | + Input BAM file. + required: true + example: "normal.bam" + - name: --ref + alternatives: -f + type: file + description: | + Reference sequence used for mapping (Only required for --dindel). + required: false + example: "reference.fasta" + - name: Outputs + arguments: + - name: --out + alternatives: -o + type: file + description: | + Output BAM file. + required: true + direction: output + example: "output.bam" + - name: Arguments + arguments: + - name: --uniform + alternatives: -u + type: string + description: | + Add this indel quality uniformly to all bases. Use two comma separated values to specify insertion and deletion quality separately. (clashes with --dindel). + required: false + example: "50,50" + - name: --dindel + type: boolean_true + description: | + Add Dindel's indel qualities (Illumina specific) (clashes with -u; needs --ref). + - name: --verbose + type: boolean_true + description: | + Be verbose. + resources: + - type: bash_script + path: script.sh + test_resources: + - type: bash_script + path: test.sh + - type: file + path: test_data +platforms: + - type: docker + image: quay.io/biocontainers/lofreq:2.1.5--py38h794fc9e_10 + setup: + - type: docker + run: | + version=$(lofreq version | grep 'version' | sed 's/version: //') && \ + echo "lofreq: $version" > /var/software_versions.txt + - type: nextflow diff --git a/src/lofreq/indelqual/help.txt b/src/lofreq/indelqual/help.txt new file mode 100644 index 00000000..d520f1ad --- /dev/null +++ b/src/lofreq/indelqual/help.txt @@ -0,0 +1,21 @@ +lofreq indelqual: Insert indel qualities into BAM file (required for indel predictions) + +Usage: lofreq indelqual [options] in.bam +Options: + -u | --uniform INT[,INT] Add this indel quality uniformly to all bases. + Use two comma separated values to specify + insertion and deletion quality separately. + (clashes with --dindel) + --dindel Add Dindel's indel qualities (Illumina specific) + (clashes with -u; needs --ref) + -f | --ref Reference sequence used for mapping + (Only required for --dindel) + -o | --out FILE Output BAM file [- = stdout = default] + --verbose Be verbose + +The preferred way of inserting indel qualities should be via GATK's BQSR (>=2) If that's not possible, use this subcommand. +The command has two modes: 'uniform' and 'dindel': +- 'uniform' will assign a given value uniformly, whereas +- 'dindel' will insert indel qualities based on Dindel (PMID 20980555). +Both will overwrite any existing values. +Do not realign your BAM file afterwards! \ No newline at end of file diff --git a/src/lofreq/indelqual/script.sh b/src/lofreq/indelqual/script.sh new file mode 100644 index 00000000..341886ba --- /dev/null +++ b/src/lofreq/indelqual/script.sh @@ -0,0 +1,17 @@ +#!/bin/bash + +## VIASH START +## VIASH END + +# Unset all parameters that are set to "false" +[[ "$par_dindel" == "false" ]] && unset par_dindel +[[ "$par_verbose" == "false" ]] && unset par_verbose + +# run lofreq indelqual +lofreq indelqual \ + -o "$par_out" \ + ${par_uniform:+-u "${par_uniform}"} \ + ${par_dindel:+--dindel} \ + ${par_ref:+-f "${par_ref}"} \ + ${par_verbose:+--verbose} \ + "$par_input" diff --git a/src/lofreq/indelqual/test.sh b/src/lofreq/indelqual/test.sh new file mode 100644 index 00000000..9e7f6fe3 --- /dev/null +++ b/src/lofreq/indelqual/test.sh @@ -0,0 +1,46 @@ +#!/bin/bash + +set -e + +dir_in="${meta_resources_dir%/}/test_data" + +############################################# +mkdir uniform +cd uniform + +echo "> Run lofreq indelqual uniform" +"$meta_executable" \ + --input "$dir_in/test.bam" \ + -u 15 \ + --out "uniform.bam" \ + +echo ">> Checking output" +[ ! -f "uniform.bam" ] && echo "Output file uniform.bam does not exist" && exit 1 + +echo ">> Check if output is empty" +[ ! -s "uniform.bam" ] && echo "Output file uniform.bam is empty" && exit 1 + +cd .. + +############################################# +mkdir dindel +cd dindel + +echo "> run lofreq indelqual dindel" +"$meta_executable" \ + --input "$dir_in/test.bam" \ + --ref "$dir_in/test.fa" \ + --dindel \ + --out "dindel.bam" + +echo ">> Checking output" +[ ! -f "dindel.bam" ] && echo "Output file dindel.bam does not exist" && exit 1 + +echo ">> Check if output is empty" +[ ! -s "dindel.bam" ] && echo "Output file dindel.bam is empty" && exit 1 + +cd .. + +############################################# + +echo "> Test successful" diff --git a/src/lofreq/indelqual/test_data/script.sh b/src/lofreq/indelqual/test_data/script.sh new file mode 100755 index 00000000..ba348067 --- /dev/null +++ b/src/lofreq/indelqual/test_data/script.sh @@ -0,0 +1,44 @@ +#!/bin/bash + +set -e + +TMPDIR=$(mktemp -d) +trap "rm -rf $TMPDIR" EXIT + +### Step 1: Generate Test Reference FASTA File (`test.fa`) + +cat > $TMPDIR/test.fa <chr1 +AACTCTCCGTGCTGTCCGGGGTCACTGTGATGCCAGTGCCGTCGACGGACCACAGGAGCGCCGCCAATTACGATTTATA +GGCGGCCCGGCCGATTATATCTTTGGCGGTCCCCTAGGCTCTCTAGGGGCCCGCACTGAAGAGGGCAACTCTGCAAGGA +CACGAATCTGACTCCTTAATAAAGGTGTGAAATCTGTCCGGTCGTCTCCTAATATGGGGCTTCATCATCTCAGGCGAAA +TCAGCGCCCGACGGGCCATAGTAAGCGGTGTTGTGGCATAGGTGCAGGTGGCCACCGATTATAACAGGATGACATACGC +GGAATTCGGGGTATGATGCTCTCCCGACACTTTGAGACAATAAATAGTTTAGTGTCCTGATGGTCTAAACCGAAGTCAT +TCAAAATAGCTAAGTGTAGTCTTCCCGTTCTAGGGATAGTCTAGGACATGCCCTATATTGGTTTTCTCTTACCGCGGAC +TACTCCCGCGCCCTCGGAGGTGTCTCAATTCATCCATGTTGATCCTTCAAATCGGGGCAGCGACGGGGGCACGGAGGGG +GTACGATAACCGCTAAATTGACCACCACCATCGATGATTCTACCATCTCTATCCATCCAACCCTTTTTTTGTTTATTTC +CTCTATGGGTTACAGCTA +EOF + +### Step 2: Index the Reference FASTA File + +samtools faidx $TMPDIR/test.fa + +### Step 3: Generate Test Reads with `wgsim` + +wgsim -N 100 -1 70 -2 70 $TMPDIR/test.fa $TMPDIR/reads1.fq $TMPDIR/reads2.fq + +### Step 4: Align Reads to Generate BAM File + +bwa index $TMPDIR/test.fa + +bwa mem $TMPDIR/test.fa $TMPDIR/reads1.fq $TMPDIR/reads2.fq > $TMPDIR/aligned_reads.sam + +### Step 5: Convert SAM to BAM, Sort, and Index + +samtools view -Sb $TMPDIR/aligned_reads.sam > $TMPDIR/test.bam + +### Step 6: Copy output + +cp $TMPDIR/test.bam src/lofreq/indelqual/test_data/test.bam +cp $TMPDIR/test.fa src/lofreq/indelqual/test_data/test.fa \ No newline at end of file diff --git a/src/lofreq/indelqual/test_data/test.bam b/src/lofreq/indelqual/test_data/test.bam new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..2d326400e7e1e6890e5914898f8d3dbaa4e87af6 GIT binary patch literal 7341 zcmV;e98%*SiwFb&00000{{{d;LjnNE0CRHmWn^GvU~mWyp}epUv0=6Z(ax|<^M7}5YwejC zIwN>7r3)dDxXNuC#V830^1;MpCyUv{#4m`S)M$_|7(&#vQHV)z?`?Z;3y6w>iJ>Sl zARwq|YJyzwJm<_gbN>X*T8cc>4C z#bOtf^>nug!q9W_&)d&clXLZZmeJ%~h5tM^K@V2*?!k9x}e3{f$)Etp?MuFe1G58U3Zvkpez1#a`*#&66I3RZtAr#3bUfL+XI#0J8To zVb~~ww%m7%+A5OJKRBg`<0fCJ6i@XhzU^37kN4o;x3BiHSYt&`1`Pb~ZAP!u6z!(r z!t?i2FPP4|cJFt)z+WuHr`D@lkA zZs+gIx(gPwvcuYr^Akik*l;iRK$bW6HS1ta%g)2w8&EtHV z2%a#f_llUNLvNZE(=I5>psQzXyO{eOmP)&KhGF*RPYUN%MFCu&<*H$0;MR!9?7D@w+t(!)jlY=Jq365R@HHwTTU-T4eytK$0ot8R!R;8xJ0NUo z13&c9VS#OKx9jlbng-a`?hm^|=P=d(${l8#6Sf0pbA|zd)w0S`@EuDvu6jy1_iGjH0KSgLRaO@D z8g*rW!aDG0yII(_`#sLBoUsstl{9HmX$Ff0C8fcggEfBq>fk+!Y{fDt0~G$9 ztNgm%&D}=ciX_<8J3}$ws>g-%s+s{@U*ML?#$Zb| z1bsPW26m-xG1#a(@bB}?MrFmeh*r{-I#2UI>@iB&V|a=;bjAQzYTYFGR#jUrvWxz4|Xn6$NtW#!S z@zggBa<~uwro0H6_Ca!L^wO`fV4&-6!rV4^30k70yA7NMW!NF?3ul8b+=;%>83w5!rd1Me^lHyV;n=D~0PhYa5jzSF5BFo? zA(o3X6e1B+XllYFayjw3b2xW_ZuVQx#->ZBb zODSzk`vurzW3iM-6wXu@jx!Q+w{oO)(=G@{Rs{lR|H-u7j-j%q`_BO zQIKbZW4}%@S%7ytFDBYi*fpv(9cTTU+8N3j;@h!)pmezr1#>shT5(#L;&s++!WhE>aJY`JKwMCMd#zw&&ty4u+rlctDNsz zuXG%9rAw41wxH|f2LFB+{yoQot`&BSiF~vA76Q>~k{EimK{`Hi+enWi6em??ZKU62 z@bQ2*=RubhWvr-$)dvU1?pz8@Oe!rgVb0{wk93K=0{?CrTqDk}GC9AZU4+p{J|s5T zDTc8)cUd^IDh^=#))1{&Il>mZMa0V}t?m|`agf=#X1R&ijWnY{a^5fW=f2jUC2xa2 z_;3RbA6LtsqM$6aoj@vASh3YO*x&6T4#t+to&CKIv?OiPtcp>LqRmQ5e{UCW+1m`# z0m=!lI9iE%^(YNfer{`yeA=(lr~TM1`}K()6aVWGy=nB8LClgTQt33Ntp(npDusy| z2$N?+nCuFKx_RtTs(7Uuu&0G{t3fgFy`5{mokbnnXm?8GZsty9NIy44ag}N%33k0+ zVNjU+@b5cUh594Txgt^d`wjy;v(2e298Y1ct6Up;xFDQaRTE&F9SapmGly~HB?4?;XIgIOFsb#tE5!*8ryNA`4S{zi4qvf_p*OD_#;y&lKjwrLbq%#n+GrT06SXB@p`}R;5vQoem znyMuskClWDLAP@&j#Z`4nlWkIV<@HkG5)=QD|(S^i!70z9wiA&cSnaY{knC=VV1@- z!im*73XuH^x4a`1*t#x)!*u7>`@M(%OHg-hD^*sUQII-tj^gEJRVCV_7L&;b4I1*o z5sh5>03L^n%S66gw9RmWc0fAfjAnca{sluC0%XOIhFB?tn(s_XK88Tv83hSX(v4IQ zk__*};6UCr5qeiRzs*;P)E7;%em-cJeDL&vU(g@79C?*#Rnw=1Gpi0{A~vt=9L#+j zRQEBYyv{gCbh2z9Gt^RCmQTHAqDQ{JaYS3#G=|T%S+p0C}w$lK{&B$uz+kBIc9-g==R36p^?~4+S6{}`Vu@ekU9t42)4y#$$ zfHaz-$#Rr!L~oLqt3h%}>)vCb8f1nUA8o{jpmsbPh|QOPQHh1$mmTRU0#&&OxF;zf z(N(-6?Jr=nThDj(eoi0e`qIPPmORXL#zBgu(I#0nu{JLBq;PIkQGoB$+@aW6j1Q9V z?V1nqy)zb~DC;WG%B9cthyHnkdxyEFBmR~(Cv#7k7|pY;LU))AQA)cP+{%o)6=xiv zD6379G*N>C$T(G1<$`c@)zJgukN6{FD~_%DfKFi|Z9H1}XG1>`o@0Ff>hOFd&kCt* zn$V_#vJ7EomzQarWt77^NPw`n`Ph8_eFOl^9ig036`hG@C-z^kc zt+bO0U7^d}2xs~(A}poR8t=~vw@Ec#cjDjI_;|{aT(C$CRvzv(ckD~t0NXWcn z+N_!a=}-EY@giqej2BEe{~S-{$$+!iWJqa~!NW-*tacfByW|XoM37aXb>f~7POLuL zg@68xr}8$6m%_9;OR?TN(ZgVv4tymKgA-vmuursTi(zc222%R{)NS5dWQ`__OTv-W z@E6eji-*5f3_-_ROSi!(Mv`nY>qOnh41T@BY|jsqXwkOFhVfZ)t!R@0|CP6vDheCo zbP9s=cP(zbBAi+E?7()zFd1m&&<5q_i$lx1R`p>zbG*9(!Q{XuS*!Mn3FStE7lD8O z2Yj4*|9t`5>K@`I(*j5kH! zY!C+QrTVV4O)KJEIC8PF-ld;3mF;*e8#_Vm0mBvH%&IWnEDp-sIYbeJAc8#=fqx3i zw9e2cWa}o*nnd&H>}FjsB<>#my_~E2YMaMvUOgo@t6xWT(n76MuRdH54y;N9z+T|C z*9uYB-AO&47YSm}@xg)o;E4X1j_1pj3{kv9bo_#FVAY$$zpwe>U~nxErkCJK>EVF2 zRfMeb5* zmurtNmopSvJE=01W_p#8v3%SRX}uo*a=t(T9*?bgS&sZk8w)|ZL&ETe7DOeEA+c2=XBR(sqC68{aNey$ymP8H>+O~4z0#s0C#TKtZoGv6GmT0aSCEu z$jW*n_ZXDqv*K3u0tfUMMeI(e{VS4k?kTFhXG@Do_q}#^wa8S;1|Gge70!3H2=an( zbX8LTkuSWruIfPT-k=S?43ZMS8W zXsrdNB>!gE7YMJxzswiLZ}U87pXQ(#NuRvyn;J{T<`Fh$7{~qBMsWPA^>m*WPOa_? z1iIV!#&{b^y9fhkj)aSWk@a!x6yN!RXYDu<&iVu~t z>?N|=^onp`)u#j4m-*+atPsQXSxEKlevAvY2s(qH3!YE{YbYx%YiAPqra>ZG(fGnn zw|rQ^Ltyg%$CA^T(S0<;2VmS8+95^<1?FxS(^(&fGLEkrgfX88Z!pqqn`bN8 z5%v#BY~LIyxkTJ@#7(SySLkWs%&I)TDlY%EbC~*6^pj|OL9;Us<_U3DrELvk%KkCS zBB4}RB$O@Liao0G8Er9$Ul42Y^`e$|CR$==C`8$Flx}d+o@iTVpB4_T$^`&FFKiRC zz(^kbAb3OMew)xS-JzSLmHtf|7RH<0I@BaSBy0;*%MaO#x%HD4ayUaF(>bqMPUpKff%~hWL7fYa$NKMY(Z<5qcX|3Emotv>x`XKn9FR4` ztbmomGww%_1mlc?bQW+*g`~y;$#Or}AA5N1Itb)O@lE1tNd{_ip);EGk1om<8{FwZ znk{EDnaJ&H*K5fnW7HIzyuo?9W*9o_nPqhIPVZS6tt8jn5e@)*B|m1GqH7A^mzQZq>_JpM<6B z9kzv2j9J0NkjJL?XC?el`pNX7@6 z7Y2g``@R?aF=b5lefLFE3PC#yCw>~ZKJAM9Gs1yYLj_=8;SXG`5Ms?b6vwe!2#IG9 z5<7z+FQ~EiDA0P7Akl}UqS-Z#q-4_E7DV#w0}{R2&Dcna?~PB(JEI}f*&BU2`;u^E z(p8`U(<;~ACNX<;yJ7sdz`rLMN1jU`Ss@&`x)(|N2!c4)oAJmbTa#}+N|&qX zx6+;T)k?RW68LJRb&CZYTAh;zxbN_I(GH?7N1!E$dMH7-1zA;zb(7|;28n!Fl1LJf zL|5#=<;#&o7oAF?JHBk|!v=BODv85RVS5u(4sTwaQP3SiNZ%pEN+{PGjMmRigtfm* z*pV>Iok7_l@4rYw2Tx`rn}3~gkURt$aM=nKY6<0{aBkIXT`#WwwX>Y~J@D4;7c7fq zqwU&a*7qKRNZ@1I|Hw<&nXsg_*Yx$UYIgSGtePeMFy7=Ooys39a=jMx?p`3r%D&m3 z;LQai2`q|u6&Wtyn_iCys^j&MAuZ& zG#Ba)@;8Wb_WI(4ti<8Rg9%0< z5rZTH<_v{6_;izKSqamT=Pjk*uLy$!`7)Ai@IyVvyjzSvMs~_!8XUMR99b0ypz-p9 z9m7!f^+WMZhQqI_kTqND24AeA(#oY{rIb&L(=||q;7cqhQU35tq?B@5IIyXd!sngr z5W6-Uw0*A^e`|-$Q1Xgzlf;{JxzWa*n6CSVi0ge5;j#W2=T=d{3v?uKe5Bu;YuOAq zv`C$?ka4;Q#hO2SN;tEsB*4ZuC)hdqsJAt5)4ui-?wcR#WdRpY;QdtW*aRW zV@umy&o-K^FB^0E&_tg_xd{V&V_2TK!W5Y_TVC`_wjcr0lwchr1 +AACTCTCCGTGCTGTCCGGGGTCACTGTGATGCCAGTGCCGTCGACGGACCACAGGAGCGCCGCCAATTACGATTTATA +GGCGGCCCGGCCGATTATATCTTTGGCGGTCCCCTAGGCTCTCTAGGGGCCCGCACTGAAGAGGGCAACTCTGCAAGGA +CACGAATCTGACTCCTTAATAAAGGTGTGAAATCTGTCCGGTCGTCTCCTAATATGGGGCTTCATCATCTCAGGCGAAA +TCAGCGCCCGACGGGCCATAGTAAGCGGTGTTGTGGCATAGGTGCAGGTGGCCACCGATTATAACAGGATGACATACGC +GGAATTCGGGGTATGATGCTCTCCCGACACTTTGAGACAATAAATAGTTTAGTGTCCTGATGGTCTAAACCGAAGTCAT +TCAAAATAGCTAAGTGTAGTCTTCCCGTTCTAGGGATAGTCTAGGACATGCCCTATATTGGTTTTCTCTTACCGCGGAC +TACTCCCGCGCCCTCGGAGGTGTCTCAATTCATCCATGTTGATCCTTCAAATCGGGGCAGCGACGGGGGCACGGAGGGG +GTACGATAACCGCTAAATTGACCACCACCATCGATGATTCTACCATCTCTATCCATCCAACCCTTTTTTTGTTTATTTC +CTCTATGGGTTACAGCTA From c89f6ea17c8ca13dabb7e0b95a11e94603306cae Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Robrecht Cannoodt Date: Thu, 22 Feb 2024 07:55:15 +0100 Subject: [PATCH 12/12] Change multiple separator to ; (#25) * set multiple_sep to ; * fix arriba * fix featurecounts * update to viash 0.8.5 --- CHANGELOG.md | 6 ++++++ _viash.yaml | 6 +++++- src/arriba/config.vsh.yaml | 9 +++------ src/arriba/script.sh | 7 +++++++ src/featurecounts/config.vsh.yaml | 7 ++----- src/featurecounts/script.sh | 9 ++++++++- 6 files changed, 31 insertions(+), 13 deletions(-) diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index 7eb90569..0f6fd740 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -2,6 +2,10 @@ ## BREAKING CHANGES +* Change default `multiple_sep` to `;` (PR #25). This aligns with an upcoming breaking change in + Viash 0.9.0 in order to avoid issues with the current default separator `:` unintentionally + splitting up certain file paths. + ## NEW FEATURES * `arriba`: Detect gene fusions from RNA-seq data (PR #1). @@ -29,6 +33,8 @@ * Uniformize component metadata (PR #23). +* Update to Viash 0.8.5 (PR #25). + ## DOCUMENTATION ## BUG FIXES \ No newline at end of file diff --git a/_viash.yaml b/_viash.yaml index c59f8543..65344505 100644 --- a/_viash.yaml +++ b/_viash.yaml @@ -1 +1,5 @@ -viash_version: 0.8.4 \ No newline at end of file +viash_version: 0.8.5 + +config_mods: | + .functionality.arguments[.multiple == true].multiple_sep := ";" + .functionality.argument_groups[true].arguments[.multiple == true].multiple_sep := ";" \ No newline at end of file diff --git a/src/arriba/config.vsh.yaml b/src/arriba/config.vsh.yaml index 922fd21a..ac847838 100644 --- a/src/arriba/config.vsh.yaml +++ b/src/arriba/config.vsh.yaml @@ -134,29 +134,27 @@ functionality: type: string description: | List of interesting contigs. Fusions between genes - on other contigs are ignored. Cfontigs can be specified with or without the + on other contigs are ignored. Contigs can be specified with or without the prefix "chr". Asterisks (*) are treated as wild-cards. Default: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 X Y AC_* NC_* required: false multiple: true - multiple_sep: "," example: ["1", "2", "AC_*", "NC_*"] - name: --viral_contigs alternatives: -v type: string description: | - Comma-/space-separated list of viral contigs. Asterisks (*) are treated as + List of viral contigs. Asterisks (*) are treated as wild-cards. Default: AC_* NC_* required: false multiple: true - multiple_sep: "," example: ["AC_*", "NC_*"] - name: --disable_filters alternatives: -f type: string description: | - Comma-/space-separated list of filters to disable. By default all filters are + List of filters to disable. By default all filters are enabled. choices: [ homologs, low_entropy, isoforms, top_expressed_viral_contigs, viral_contigs, uninteresting_contigs, @@ -170,7 +168,6 @@ functionality: homopolymer, many_spliced ] required: false multiple: true - multiple_sep: "," - name: --max_e_value alternatives: -E type: double diff --git a/src/arriba/script.sh b/src/arriba/script.sh index b0a9af8e..5892db32 100644 --- a/src/arriba/script.sh +++ b/src/arriba/script.sh @@ -3,10 +3,17 @@ ## VIASH START ## VIASH END +# unset flags [[ "$par_skip_duplicate_marking" == "false" ]] && unset par_skip_duplicate_marking [[ "$par_extra_information" == "false" ]] && unset par_extra_information [[ "$par_fill_gaps" == "false" ]] && unset par_fill_gaps +# replace ';' with ',' +par_interesting_contigs=$(echo $par_interesting_contigs | tr ';' ',') +par_viral_contigs=$(echo $par_viral_contigs | tr ';' ',') +par_disable_filters=$(echo $par_disable_filters | tr ';' ',') + +# run arriba arriba \ -x "$par_bam" \ -a "$par_genome" \ diff --git a/src/featurecounts/config.vsh.yaml b/src/featurecounts/config.vsh.yaml index 6779b7e6..01ae400a 100644 --- a/src/featurecounts/config.vsh.yaml +++ b/src/featurecounts/config.vsh.yaml @@ -28,7 +28,6 @@ functionality: alternatives: ["-i"] type: file multiple: true - multiple_sep: ';' description: | A list of SAM or BAM format files separated by semi-colon (;). They can be either name or location sorted. Location-sorted paired-end reads are automatically sorted by read names. required: true @@ -73,11 +72,10 @@ functionality: alternatives: ["-t"] type: string description: | - Specify feature type(s) in a GTF annotation. If multiple types are provided, they should be separated by ',' with no space in between. 'exon' by default. Rows in the annotation with a matched feature will be extracted and used for read mapping. + Specify feature type(s) in a GTF annotation. If multiple types are provided, they should be separated by ';' with no space in between. 'exon' by default. Rows in the annotation with a matched feature will be extracted and used for read mapping. example: "exon" required: false multiple: true - multiple_sep: "," - name: --attribute_type alternatives: ["-g"] type: string @@ -88,10 +86,9 @@ functionality: - name: --extra_attributes type: string description: | - Extract extra attribute types from the provided GTF annotation and include them in the counting output. These attribute types will not be used to group features. If more than one attribute type is provided they should be separated by comma. + Extract extra attribute types from the provided GTF annotation and include them in the counting output. These attribute types will not be used to group features. If more than one attribute type is provided they should be separated by semicolon (;). required: false multiple: true - multiple_sep: "," - name: --chrom_alias alternatives: ["-A"] type: file diff --git a/src/featurecounts/script.sh b/src/featurecounts/script.sh index 7fbafa39..2e54feb3 100644 --- a/src/featurecounts/script.sh +++ b/src/featurecounts/script.sh @@ -5,13 +5,20 @@ set -e ## VIASH START ## VIASH END +# create temporary directory tmp_dir=$(mktemp -d -p "$meta_temp_dir" "${meta_functionality_name}_XXXXXX") mkdir -p "$tmp_dir/temp" -if [[ $par_detailed_results ]] && [[ ! -d "$par_detailed_results" ]]; then +# create detailed_results directory if variable is set and directory does not exist +if [[ ! -z "$par_detailed_results" ]] && [[ ! -d "$par_detailed_results" ]]; then mkdir -p "$par_detailed_results" fi +# replace comma with semicolon +par_feature_type=$(echo $par_feature_type | tr ',' ';') +par_extra_attributes=$(echo $par_extra_attributes | tr ',' ';') + +# unset flag variables [[ "$par_feature_level" == "false" ]] && unset par_feature_level [[ "$par_overlapping" == "false" ]] && unset par_overlapping [[ "$par_largest_overlap" == "false" ]] && unset par_largest_overlap