From fc76989172fb510709de31e6ab0e2483d913d74e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Mikhail Schelkunov Date: Sun, 25 Dec 2022 15:01:34 +0300 Subject: [PATCH] Add files via upload --- calculate_AG.py | 2 +- mabs-flye.py | 2 +- mabs-hifiasm.py | 2 +- 3 files changed, 3 insertions(+), 3 deletions(-) diff --git a/calculate_AG.py b/calculate_AG.py index a659a9c..b960639 100644 --- a/calculate_AG.py +++ b/calculate_AG.py @@ -87,7 +87,7 @@ s_number_of_busco_orthogroups_to_use = "1000" #сколько ортогрупп BUSCO использовать. Это строка, содержащая или число, или слово "all", если нужно использовать все. Если пользователь укажет больше, чем есть в используемой базе данных BUSCO, то calculate_AG всё равно будет использовать все. s_maximum_allowed_intron_length = "from_BUSCO" #максимальная разрешённая длина интрона. По умолчанию, используется значение из файла dataset.cfg датасета BUSCO. Переменная начинается с "s_", потому что это строка. Ниже будет ещё переменная n_maximum_allowed_intron_length, которая число. - s_version_of_calculate_AG = "2.12" #версия этой программы. Всегда равна версии Mabs. Поскольку эта программа нужна, в первую очередь, для Mabs, то когда я увеличиваю номер версии Mabs, то увеличивается и номер версии calculate_AG, и наоборот. + s_version_of_calculate_AG = "2.13" #версия этой программы. Всегда равна версии Mabs. Поскольку эта программа нужна, в первую очередь, для Mabs, то когда я увеличиваю номер версии Mabs, то увеличивается и номер версии calculate_AG, и наоборот. l_errors_in_command_line = [] #список ошибок в командной строке. Если пользователь совершил много ошибок, то calculate_AG напишет про них все, а не только про первую встреченную. diff --git a/mabs-flye.py b/mabs-flye.py index 31501e1..8d99d73 100644 --- a/mabs-flye.py +++ b/mabs-flye.py @@ -111,7 +111,7 @@ s_number_of_busco_orthogroups_to_use = "1000" #сколько ортогрупп BUSCO использовать. Это строка, содержащая или число, или слово "all", если нужно использовать все. Если пользователь укажет больше, чем есть в используемой базе данных BUSCO, то Mabs-flye всё равно будет использовать все. s_maximum_allowed_intron_length = "from_BUSCO" #максимальная разрешённая длина интрона. По умолчанию, используется значение из файла dataset.cfg датасета BUSCO. - s_Mabs_version = "2.12" + s_Mabs_version = "2.13" l_errors_in_command_line = [] #список ошибок в командной строке. Если пользователь совершил много ошибок, то Mabs-flye напишет про них все, а не только про первую встреченную. diff --git a/mabs-hifiasm.py b/mabs-hifiasm.py index 7affbec..a1b09bd 100644 --- a/mabs-hifiasm.py +++ b/mabs-hifiasm.py @@ -91,7 +91,7 @@ s_number_of_busco_orthogroups_to_use = "1000" #сколько ортогрупп BUSCO использовать. Это строка, содержащая или число, или слово "all", если нужно использовать все. Если пользователь укажет больше, чем есть в используемой базе данных BUSCO, то Mabs-hifiasm всё равно будет использовать все. s_maximum_allowed_intron_length = "from_BUSCO" #максимальная разрешённая длина интрона. По умолчанию, используется значение из файла dataset.cfg датасета BUSCO. - s_Mabs_version = "2.12" + s_Mabs_version = "2.13" l_errors_in_command_line = [] #список ошибок в командной строке. Если пользователь совершил много ошибок, то Mabs-hifiasm напишет про них все, а не только про первую встреченную.