diff --git a/dot_plot_like_in_BLAST.py b/dot_plot_like_in_BLAST.py index af1bcff..f3dbfe4 100644 --- a/dot_plot_like_in_BLAST.py +++ b/dot_plot_like_in_BLAST.py @@ -42,19 +42,13 @@ import plotly -#Сначала проверяю, есть ли "blastn" и "makeblastdb" в $PATH. Если нет, то напишу об этом на экран и закончу работу. #Сначала проверяю, все ли нужные программы доступны. Все проблемы запишу в список l_unavailable_files_and_folders, и потом напечатаю его. Если пользователь допустил ошибки ещё и в командной строке, то напечатаю оба списка проблем (недоступные программы и ошибки в командной строке) сразу. l_unavailable_files_and_folders = [] if shutil.which("blastn") is None: l_unavailable_files_and_folders.append("\"blastn\" is not in $PATH") if shutil.which("makeblastdb") is None: l_unavailable_files_and_folders.append("\"makeblastdb\" is not in $PATH") - -if shutil.which("blastn") is None: - sys.exit("Error: \"blastn\" is not in $PATH. Before running Dot_plot_like_in_BLAST, please add the path to the folder with blastn using the command like: \nexport PATH=\"/home/tools/BLAST+/bin/\":$PATH") -if shutil.which("makeblastdb") is None: - sys.exit("Error: \"blastn\" is not in $PATH. Before running Dot_plot_like_in_BLAST, please add the path to the folder with blastn using the command like: \nexport PATH=\"/home/tools/BLAST+/bin/\":$PATH") - + #делаю парсинг аргументов командной строки. Можно было бы использовать argparse, но когда я делаю это без библиотек, то больше возможностей для того, чтобы сделать интерфейс таким, какой мне нравится. s_command_line = " ".join(sys.argv) #команда, которой запущен Dot_plot_like_in_BLAST, в одну строку. @@ -81,7 +75,7 @@ s_path_to_the_output_folder = "./Dot_plot_like_in_BLAST__results" #Путь к выходной папке. -s_version_of_Dot_plot_like_in_BLAST = "1.3" +s_version_of_Dot_plot_like_in_BLAST = "1.4" l_errors_in_command_line = [] #список ошибок в командной строке. Если пользователь совершил много ошибок, то Dot_plot_like_in_BLAST напишет про них все, а не только про первую встреченную.