config.yaml

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# Genomes and annotation files 
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# GTF file for genome build ensembl 90 
gtf_file:
  /home/groups/CEDAR/callahro/cfrna_references/ensembl_109/gencode.v43.chr_patch_hapl_scaff.annotation.gtf
#prebuilt star index
star_index:
  /home/groups/CEDAR/callahro/cfrna_references/ensembl_109/STAR_index

#genome location
genome:
  /home/groups/CEDAR/callahro/cfrna_references/ensembl_109/GRCh38.p13.genome.fa

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# TOOLS 
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#star tool location
star_tool:
  /home/groups/CEDAR/tools/STAR/tags/2.5.3a/bin/Linux_x86_64/STAR

#picart tool location
picard_tool:
  /home/groups/CEDAR/tools/picard-tools-1.119/MarkDuplicates.jar

sickle_tool:
  /home/groups/CEDAR/tools/sickle

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# Overall roject information 
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project_name:
  "florian_pipeline_run"
glob_path:
  "samples/raw/{sample}_R1.fq"
gscratch_path:
  "/your/gscratch/path/here/or/rds"