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<distribution idref="SpeciesTreePopSize.Species"/>
<distribution id="prior" spec="CompoundDistribution">
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<taxon idref="Homo_sapiens"/>
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</distribution>
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<LogNormal id="LogNormalDistributionModel.17" name="distr">
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<prior id="KappaPrior.s:SIM1" name="distribution" x="@kappa.s:SIM1">
<LogNormal id="LogNormalDistributionModel.18" name="distr">
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<Uniform id="Uniform.12" name="distr"/>
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</distribution>
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<alpha id="Function$Constant.0" spec="Function$Constant" value="2.0"/>
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<M id="Function$Constant.31" spec="Function$Constant" value="1.0"/>
</LogNormal>
</prior>
</distribution>
<distribution id="likelihood" spec="CompoundDistribution" useThreads="true">
<distribution id="treeLikelihood.fossils" spec="TreeLikelihood" data="@fossils" tree="@Tree.t:fossils">
<siteModel id="SiteModel.s:fossils" spec="SiteModel">
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<substModel id="JC69.s:fossils" spec="JukesCantor"/>
</siteModel>
<branchRateModel id="GeneTreeClock.c:fossils" spec="starbeast3.evolution.branchratemodel.StarBeast3Clock" clock.rate="@clockRate.c:fossils" geneTree="@treePrior.t:fossils" sharedRateModel="@branchRatesModel.Species" tree="@Tree.t:fossils"/>
</distribution>
<distribution id="treeLikelihood.ADORA3" spec="TreeLikelihood" data="@ADORA3" tree="@Tree.t:ADORA3">
<siteModel id="SiteModel.s:ADORA3" spec="SiteModel">
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<substModel id="hky.s:ADORA3" spec="HKY" kappa="@kappa.s:ADORA3">
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</substModel>
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<branchRateModel id="GeneTreeClock.c:ADORA3" spec="starbeast3.evolution.branchratemodel.StarBeast3Clock" clock.rate="@clockRate.c:ADORA3" geneTree="@treePrior.t:ADORA3" sharedRateModel="@branchRatesModel.Species" tree="@Tree.t:ADORA3"/>
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<distribution id="treeLikelihood.RAG2" spec="TreeLikelihood" data="@RAG2" tree="@Tree.t:RAG2">
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<substModel id="hky.s:RAG2" spec="HKY" kappa="@kappa.s:RAG2">
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</distribution>
</distribution>
<operator id="Reheight.t:Species" spec="starbeast3.operators.NodeReheight2" taxonset="@taxonsuperset" tree="@Tree.t:Species" weight="30.0">
<gene idref="treePrior.t:RAG2"/>
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<gene idref="treePrior.t:ADORA3"/>
</operator>
<operator id="CoordinatedExponential.t:Species" spec="starbeast3.operators.CoordinatedExponential" speciesTree="@Tree.t:Species" weight="15.0">
<gene idref="treePrior.t:RAG2"/>
<gene idref="treePrior.t:SIM1"/>
<gene idref="treePrior.t:fossils"/>
<gene idref="treePrior.t:ADORA3"/>
</operator>
<operator id="CoordinatedUniform.t:Species" spec="starbeast3.operators.CoordinatedUniform" speciesTree="@Tree.t:Species" weight="30.0">
<gene idref="treePrior.t:RAG2"/>
<gene idref="treePrior.t:SIM1"/>
<gene idref="treePrior.t:fossils"/>
<gene idref="treePrior.t:ADORA3"/>
</operator>
<operator id="TreeRootScaler.t:Species" spec="kernel.BactrianScaleOperator" rootOnly="true" scaleFactor="0.7" tree="@Tree.t:Species" upper="10.0" weight="3.0"/>
<operator id="BactrianNodeOperator.t:Species" spec="kernel.BactrianNodeOperator" tree="@Tree.t:Species" weight="3.0"/>
<operator id="AdaptableTopologyOperator.lengths.Species" spec="AdaptableOperatorSampler" weight="100.0">
<tree idref="Tree.t:Species"/>
<operator idref="BactrianNodeOperator.t:Species"/>
<operator id="TreeScaler.t:Species" spec="kernel.BactrianScaleOperator" scaleFactor="0.01" tree="@Tree.t:Species" upper="10.0" weight="1.0"/>
<operator idref="CoordinatedUniform.t:Species"/>
<operator idref="CoordinatedExponential.t:Species"/>
<operator id="updown.all" spec="operator.kernel.BactrianUpDownOperator" scaleFactor="0.75" weight="1.0">
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<down idref="popSize"/>
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<down idref="Tree.t:fossils"/>
<down idref="Tree.t:ADORA3"/>
</operator>
<operator id="ConstantDistanceOperatorSpeciesTree:Species" spec="starbeast3.operators.ConstantDistanceOperatorSpeciesTree" clock="@relaxedClockModel.Species" popsizes="@popSize" proportionalToBranchLength="true" tree="@Tree.t:Species" twindowSize="0.1" weight="1.0">
<gene idref="treePrior.t:fossils"/>
<gene idref="treePrior.t:RAG2"/>
<gene idref="treePrior.t:ADORA3"/>
<gene idref="treePrior.t:SIM1"/>
</operator>
</operator>
<operator id="ParallelMCMCTreeOperator" spec="starbeast3.operators.ParallelMCMCTreeOperator" chainCoverage="1.0" learning="false" nregression="50" otherState="@state" runtime="1000.0" speciesTree="@Tree.t:Species" targetCPU="0.0" weight="1.0">
<distribution id="ParallelMCMCTreeOperatorLikelihood.RAG2" spec="starbeast3.operators.ParallelMCMCTreeOperatorTreeDistribution" geneprior="@treePrior.t:RAG2" tree="@Tree.t:RAG2" treelikelihood="@treeLikelihood.RAG2"/>
<distribution id="ParallelMCMCTreeOperatorLikelihood.SIM1" spec="starbeast3.operators.ParallelMCMCTreeOperatorTreeDistribution" geneprior="@treePrior.t:SIM1" tree="@Tree.t:SIM1" treelikelihood="@treeLikelihood.SIM1"/>
<distribution id="ParallelMCMCTreeOperatorLikelihood.fossils" spec="starbeast3.operators.ParallelMCMCTreeOperatorTreeDistribution" geneprior="@treePrior.t:fossils" tree="@Tree.t:fossils" treelikelihood="@treeLikelihood.fossils"/>
<distribution id="ParallelMCMCTreeOperatorLikelihood.ADORA3" spec="starbeast3.operators.ParallelMCMCTreeOperatorTreeDistribution" geneprior="@treePrior.t:ADORA3" tree="@Tree.t:ADORA3" treelikelihood="@treeLikelihood.ADORA3"/>
<schedule id="operatorSchedule" spec="starbeast3.core.OperatorScheduleRecalculator">
<subschedule id="operatorSubschedule" spec="OperatorSchedule" operatorPattern="^ParallelMCMCTreeOperator$" weight="1.0" weightIsPercentage="true"/>
</schedule>
</operator>
<operator id="PopSizeGibbsSampler.Species" spec="starbeast3.operators.PopSizeGibbsSampler" gammaprior="@popPriorDistr.InverseGamma" popSizes="@popSize" weight="50.0">
<gene idref="treePrior.t:RAG2"/>
<gene idref="treePrior.t:SIM1"/>
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<gene idref="treePrior.t:ADORA3"/>
</operator>
<operator id="AdaptableOperatorSampler.popmean:Species" spec="AdaptableOperatorSampler" weight="5.0">
<parameter idref="popMean"/>
<operator id="Scale.popmean" spec="kernel.BactrianScaleOperator" parameter="@popMean" upper="10.0" weight="1.0"/>
<operator idref="updown.all"/>
<operator id="SampleFromPriorOperator.popmean" spec="orc.operators.SampleFromPriorOperator" parameter="@popMean" prior2="@popMean.prior" weight="1.0"/>
</operator>
<operator id="clockRateScaler.c:RAG2" spec="kernel.BactrianScaleOperator" parameter="@clockRate.c:RAG2" upper="10.0" weight="0.1"/>
<operator id="clockRateScaler.c:SIM1" spec="kernel.BactrianScaleOperator" parameter="@clockRate.c:SIM1" upper="10.0" weight="0.1"/>
<operator id="clockRateScaler.c:fossils" spec="kernel.BactrianScaleOperator" parameter="@clockRate.c:fossils" upper="10.0" weight="0.1"/>
<operator id="clockRateScaler.c:ADORA3" spec="kernel.BactrianScaleOperator" parameter="@clockRate.c:ADORA3" upper="10.0" weight="0.1"/>
<operator id="KappaScaler.s:ADORA3" spec="kernel.BactrianScaleOperator" parameter="@kappa.s:ADORA3" upper="10.0" weight="0.1"/>
<operator id="AdaptableOperatorSampler.rates:Species" spec="AdaptableOperatorSampler" weight="20.0">
<parameter idref="BranchRates.Species"/>
<operator id="Scale.branchRates.Species" spec="kernel.BactrianScaleOperator" parameter="@BranchRates.Species" upper="10.0" weight="1.0"/>
<operator id="SampleFromPriorOperator.branchRates.Species" spec="orc.operators.SampleFromPriorOperator" parameter="@BranchRates.Species" prior2="@FastRatePriorDistributionClock.Species" weight="1.0"/>
<operator idref="ConstantDistanceOperatorSpeciesTree:Species"/>
</operator>
<operator id="AdaptableOperatorSampler.ucldStdev:Species" spec="AdaptableOperatorSampler" weight="5.0">
<parameter idref="SpeciesTreeRelaxedClockSD.Species"/>
<operator id="UcldStdevScale.clock.Species" spec="kernel.BactrianScaleOperator" parameter="@SpeciesTreeRelaxedClockSD.Species" scaleFactor="0.5" upper="10.0" weight="1.0"/>
<operator id="SampleFromPriorOperator.c:ucldStdev.Species" spec="orc.operators.SampleFromPriorOperator" parameter="@SpeciesTreeRelaxedClockSD.Species" prior2="@ucldStdevPrior.clock.Species" weight="1.0"/>
</operator>
<operator id="relaxedClockRateScaler.c:Species" spec="kernel.BactrianScaleOperator" parameter="@SpeciesTreeRelaxedClockRate.Species" rootOnly="true" scaleFactor="0.7" upper="10.0" weight="3.0"/>
<operator id="divRateScalerFBD.t:Species" spec="ScaleOperator" parameter="@diversificationRateFBD.t:Species" weight="10.0"/>
<operator id="turnoverScalerFBD.t:Species" spec="ScaleOperator" parameter="@turnoverFBD.t:Species" weight="10.0"/>
<operator id="samplingPScalerFBD.t:Species" spec="ScaleOperator" parameter="@samplingProportionFBD.t:Species" weight="10.0"/>
<operator id="LeafToSAFBD.t:Species" spec="sa.evolution.operators.LeafToSampledAncestorJump" tree="@Tree.t:Species" weight="10.0"/>
<operator id="SAWilsonBaldingFBD.t:Species" spec="sa.evolution.operators.SAWilsonBalding" tree="@Tree.t:Species" weight="10.0"/>
<operator id="SAWideFBD.t:Species" spec="sa.evolution.operators.SAExchange" isNarrow="false" tree="@Tree.t:Species" weight="10.0"/>
<operator id="SANarrowFBD.t:Species" spec="sa.evolution.operators.SAExchange" tree="@Tree.t:Species" weight="10.0"/>
<operator id="SAUniformOperatorFBD.t:Species" spec="sa.evolution.operators.SAUniform" tree="@Tree.t:Species" weight="20.0"/>
<operator id="SATreeRootScalerFBD.t:Species" spec="sa.evolution.operators.SAScaleOperator" rootOnly="true" scaleFactor="0.95" tree="@Tree.t:Species" weight="1.0"/>
<operator id="SATreeScalerFBD.t:Species" spec="sa.evolution.operators.SAScaleOperator" scaleFactor="0.95" tree="@Tree.t:Species" weight="3.0"/>
<operator id="originScalerFBD.t:Species" spec="ScaleOperator" parameter="@originFBD.t:Species" weight="3.0"/>
<operator id="tipDatesSampler.Ardipithecus" spec="starbeast3.operators.SampledNodeDateRandomWalkerSB3" taxonset="@Ardipithecus" tree="@Tree.t:Species" weight="1.0" windowSize="1.0">
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</operator>
<operator id="tipDatesSampler.Sivapithecus" spec="starbeast3.operators.SampledNodeDateRandomWalkerSB3" taxonset="@Sivapithecus" tree="@Tree.t:Species" weight="1.0" windowSize="1.0">
<gene idref="treePrior.t:ADORA3"/>
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<gene idref="treePrior.t:RAG2"/>
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</operator>
<operator id="tipDatesSampler.Saharagalago" spec="starbeast3.operators.SampledNodeDateRandomWalkerSB3" taxonset="@Saharagalago" tree="@Tree.t:Species" weight="1.0" windowSize="1.0">
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<gene idref="treePrior.t:SIM1"/>
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</operator>
<operator id="KappaScaler.s:RAG2" spec="kernel.BactrianScaleOperator" parameter="@kappa.s:RAG2" upper="10.0" weight="0.1"/>
<operator id="KappaScaler.s:SIM1" spec="kernel.BactrianScaleOperator" parameter="@kappa.s:SIM1" upper="10.0" weight="0.1"/>
<logger id="tracelog" spec="Logger" fileName="starbeast3.log" logEvery="10000" model="@posterior" sort="smart">
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</logger>
<logger id="screenlog" spec="Logger" logEvery="10000">
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<log id="ESS.0" spec="util.ESS" arg="@posterior"/>
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<logger id="treelog.t:RAG2" spec="Logger" fileName="$(tree).trees" logEvery="10000" mode="tree">
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<operatorschedule idref="operatorSchedule"/>
</run>
</beast>