afterDoking.ipynb

{
 "cells": [
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 52,
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "import pandas as pd\n",
    "import os\n",
    "\n",
    "\n",
    "pd.set_option('display.max_columns', 30)\n",
    "pd.set_option('display.max_rows', 40)\n"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 65,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/html": [
       "<div>\n",
       "<style scoped>\n",
       "    .dataframe tbody tr th:only-of-type {\n",
       "        vertical-align: middle;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe tbody tr th {\n",
       "        vertical-align: top;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe thead th {\n",
       "        text-align: right;\n",
       "    }\n",
       "</style>\n",
       "<table border=\"1\" class=\"dataframe\">\n",
       "  <thead>\n",
       "    <tr style=\"text-align: right;\">\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th>DrugBank Id</th>\n",
       "      <th>group</th>\n",
       "      <th>type</th>\n",
       "      <th>Source.PubChemCID</th>\n",
       "      <th>Source.DrugBankID</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.all.groups</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.all.count</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.checkedMols</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.checkedMols.count</th>\n",
       "      <th>similarity.pathways.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.pathways.checked.count</th>\n",
       "      <th>similarity.genes.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.genes.checked.count</th>\n",
       "      <th>similarity.targets.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.targets.checked.count</th>\n",
       "      <th>...</th>\n",
       "      <th>similarityBioChem.LDA_eigen_biological</th>\n",
       "      <th>similarityBioChem.LDA_eigen_chemical</th>\n",
       "      <th>similarityBioChem.LDA_eigen</th>\n",
       "      <th>similarityBioChem.LDA_eigen_average</th>\n",
       "      <th>similarityBioChem.SVD_emb_biological</th>\n",
       "      <th>similarityBioChem.SVD_emb_chemical</th>\n",
       "      <th>similarityBioChem.SVD_emb</th>\n",
       "      <th>similarityBioChem.SVD_biological</th>\n",
       "      <th>similarityBioChem.SVD_chemical</th>\n",
       "      <th>similarityBioChem.SVD</th>\n",
       "      <th>similarityBioChem.SVD_average</th>\n",
       "      <th>similarityStruct.MACCS.Tanimoto</th>\n",
       "      <th>similarityStruct.RDK.Tanimoto</th>\n",
       "      <th>id old</th>\n",
       "      <th>files.source</th>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>id</th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </thead>\n",
       "  <tbody>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>1</th>\n",
       "      <td>DB00319</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>0.7690</td>\n",
       "      <td>0.9649</td>\n",
       "      <td>0.9418</td>\n",
       "      <td>0.9203</td>\n",
       "      <td>0.1342</td>\n",
       "      <td>0.9939</td>\n",
       "      <td>0.5942</td>\n",
       "      <td>0.2954</td>\n",
       "      <td>0.8634</td>\n",
       "      <td>0.3298</td>\n",
       "      <td>0.3444</td>\n",
       "      <td>0.6163</td>\n",
       "      <td>0.5257</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>DB00319</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>2</th>\n",
       "      <td>DB01061</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>0.5978</td>\n",
       "      <td>0.9636</td>\n",
       "      <td>0.9683</td>\n",
       "      <td>0.8430</td>\n",
       "      <td>0.2478</td>\n",
       "      <td>0.8590</td>\n",
       "      <td>0.3735</td>\n",
       "      <td>0.2403</td>\n",
       "      <td>0.8643</td>\n",
       "      <td>0.2787</td>\n",
       "      <td>0.2966</td>\n",
       "      <td>0.6220</td>\n",
       "      <td>0.5178</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>46936447</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3</th>\n",
       "      <td>DB02432</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>0.6699</td>\n",
       "      <td>0.9494</td>\n",
       "      <td>0.8545</td>\n",
       "      <td>0.8115</td>\n",
       "      <td>0.1342</td>\n",
       "      <td>0.8091</td>\n",
       "      <td>0.4220</td>\n",
       "      <td>0.3787</td>\n",
       "      <td>0.8276</td>\n",
       "      <td>0.4016</td>\n",
       "      <td>0.4064</td>\n",
       "      <td>0.6883</td>\n",
       "      <td>0.5042</td>\n",
       "      <td>3</td>\n",
       "      <td>DB02432</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>4</th>\n",
       "      <td>DB07792</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>0.7093</td>\n",
       "      <td>0.9616</td>\n",
       "      <td>0.9245</td>\n",
       "      <td>0.8955</td>\n",
       "      <td>0.1276</td>\n",
       "      <td>0.8590</td>\n",
       "      <td>0.3377</td>\n",
       "      <td>0.3848</td>\n",
       "      <td>0.8001</td>\n",
       "      <td>0.4005</td>\n",
       "      <td>0.4035</td>\n",
       "      <td>0.7368</td>\n",
       "      <td>0.5402</td>\n",
       "      <td>4</td>\n",
       "      <td>DB07792</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>5</th>\n",
       "      <td>DB11870</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>0.9051</td>\n",
       "      <td>0.8976</td>\n",
       "      <td>0.9297</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>0.9883</td>\n",
       "      <td>0.9892</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>0.9518</td>\n",
       "      <td>0.9918</td>\n",
       "      <td>0.9856</td>\n",
       "      <td>0.6250</td>\n",
       "      <td>0.6644</td>\n",
       "      <td>5</td>\n",
       "      <td>DB11870</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>...</th>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3246</th>\n",
       "      <td>DB00523</td>\n",
       "      <td>26</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>449171</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>6, 23, 24, 25, 27, 26,</td>\n",
       "      <td>6</td>\n",
       "      <td>26,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>3262</td>\n",
       "      <td>DB00523</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3247</th>\n",
       "      <td>DB00982</td>\n",
       "      <td>27</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>5282379</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>6, 23, 24, 25, 26, 27,</td>\n",
       "      <td>6</td>\n",
       "      <td>27,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>3263</td>\n",
       "      <td>DB00982</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3248</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>28</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>123977</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>3264</td>\n",
       "      <td>ZINC000067810124</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3249</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>29</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>6455376</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>3265</td>\n",
       "      <td>ZINC000034065149</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3250</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>30</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>9821757</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>1.0000</td>\n",
       "      <td>3266</td>\n",
       "      <td>ZINC000015721478</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </tbody>\n",
       "</table>\n",
       "<p>3250 rows × 160 columns</p>\n",
       "</div>"
      ],
      "text/plain": [
       "     DrugBank Id  group     type  Source.PubChemCID Source.DrugBankID  \\\n",
       "id                                                                      \n",
       "1        DB00319      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "2        DB01061      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "3        DB02432      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "4        DB07792      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "5        DB11870      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "...          ...    ...      ...                ...               ...   \n",
       "3246     DB00523     26    prime             449171               NaN   \n",
       "3247     DB00982     27    prime            5282379               NaN   \n",
       "3248         NaN     28    prime             123977               NaN   \n",
       "3249         NaN     29    prime            6455376               NaN   \n",
       "3250         NaN     30    prime            9821757               NaN   \n",
       "\n",
       "     similarity.drugs.all.groups  similarity.drugs.all.count  \\\n",
       "id                                                             \n",
       "1                        1, 29,                            2   \n",
       "2                        1, 29,                            2   \n",
       "3                        1, 29,                            2   \n",
       "4                            1,                            1   \n",
       "5                            1,                            1   \n",
       "...                          ...                         ...   \n",
       "3246     6, 23, 24, 25, 27, 26,                            6   \n",
       "3247     6, 23, 24, 25, 26, 27,                            6   \n",
       "3248                         NaN                           0   \n",
       "3249                         NaN                           0   \n",
       "3250                         NaN                           0   \n",
       "\n",
       "     similarity.drugs.checkedMols  similarity.drugs.checkedMols.count  \\\n",
       "id                                                                      \n",
       "1                             NaN                                   0   \n",
       "2                             NaN                                   0   \n",
       "3                             NaN                                   0   \n",
       "4                             NaN                                   0   \n",
       "5                             NaN                                   0   \n",
       "...                           ...                                 ...   \n",
       "3246                         26,                                    1   \n",
       "3247                         27,                                    1   \n",
       "3248                          NaN                                   0   \n",
       "3249                          NaN                                   0   \n",
       "3250                          NaN                                   0   \n",
       "\n",
       "      similarity.pathways.checked  similarity.pathways.checked.count  \\\n",
       "id                                                                     \n",
       "1                             NaN                                NaN   \n",
       "2                             NaN                                NaN   \n",
       "3                             NaN                                NaN   \n",
       "4                             NaN                                NaN   \n",
       "5                             NaN                                NaN   \n",
       "...                           ...                                ...   \n",
       "3246                          NaN                                NaN   \n",
       "3247                          NaN                                NaN   \n",
       "3248                          NaN                                NaN   \n",
       "3249                          NaN                                NaN   \n",
       "3250                          NaN                                NaN   \n",
       "\n",
       "      similarity.genes.checked  similarity.genes.checked.count  \\\n",
       "id                                                               \n",
       "1                          NaN                             NaN   \n",
       "2                          NaN                             NaN   \n",
       "3                          NaN                             NaN   \n",
       "4                          NaN                             NaN   \n",
       "5                          NaN                             NaN   \n",
       "...                        ...                             ...   \n",
       "3246                       NaN                             NaN   \n",
       "3247                       NaN                             NaN   \n",
       "3248                       NaN                             NaN   \n",
       "3249                       NaN                             NaN   \n",
       "3250                       NaN                             NaN   \n",
       "\n",
       "      similarity.targets.checked  similarity.targets.checked.count  ...  \\\n",
       "id                                                                  ...   \n",
       "1                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "2                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "3                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "4                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "5                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "...                          ...                               ...  ...   \n",
       "3246                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3247                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3248                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3249                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3250                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "\n",
       "      similarityBioChem.LDA_eigen_biological  \\\n",
       "id                                             \n",
       "1                                     0.7690   \n",
       "2                                     0.5978   \n",
       "3                                     0.6699   \n",
       "4                                     0.7093   \n",
       "5                                     1.0000   \n",
       "...                                      ...   \n",
       "3246                                  1.0000   \n",
       "3247                                  1.0000   \n",
       "3248                                  1.0000   \n",
       "3249                                  1.0000   \n",
       "3250                                  1.0000   \n",
       "\n",
       "      similarityBioChem.LDA_eigen_chemical  similarityBioChem.LDA_eigen  \\\n",
       "id                                                                        \n",
       "1                                   0.9649                       0.9418   \n",
       "2                                   0.9636                       0.9683   \n",
       "3                                   0.9494                       0.8545   \n",
       "4                                   0.9616                       0.9245   \n",
       "5                                   0.9051                       0.8976   \n",
       "...                                    ...                          ...   \n",
       "3246                                1.0000                       1.0000   \n",
       "3247                                1.0000                       1.0000   \n",
       "3248                                1.0000                       1.0000   \n",
       "3249                                1.0000                       1.0000   \n",
       "3250                                1.0000                       1.0000   \n",
       "\n",
       "      similarityBioChem.LDA_eigen_average  \\\n",
       "id                                          \n",
       "1                                  0.9203   \n",
       "2                                  0.8430   \n",
       "3                                  0.8115   \n",
       "4                                  0.8955   \n",
       "5                                  0.9297   \n",
       "...                                   ...   \n",
       "3246                               1.0000   \n",
       "3247                               1.0000   \n",
       "3248                               1.0000   \n",
       "3249                               1.0000   \n",
       "3250                               1.0000   \n",
       "\n",
       "      similarityBioChem.SVD_emb_biological  \\\n",
       "id                                           \n",
       "1                                   0.1342   \n",
       "2                                   0.2478   \n",
       "3                                   0.1342   \n",
       "4                                   0.1276   \n",
       "5                                   1.0000   \n",
       "...                                    ...   \n",
       "3246                                1.0000   \n",
       "3247                                1.0000   \n",
       "3248                                1.0000   \n",
       "3249                                1.0000   \n",
       "3250                                1.0000   \n",
       "\n",
       "      similarityBioChem.SVD_emb_chemical similarityBioChem.SVD_emb  \\\n",
       "id                                                                   \n",
       "1                                 0.9939                    0.5942   \n",
       "2                                 0.8590                    0.3735   \n",
       "3                                 0.8091                    0.4220   \n",
       "4                                 0.8590                    0.3377   \n",
       "5                                 0.9883                    0.9892   \n",
       "...                                  ...                       ...   \n",
       "3246                              1.0000                    1.0000   \n",
       "3247                              1.0000                    1.0000   \n",
       "3248                              1.0000                    1.0000   \n",
       "3249                              1.0000                    1.0000   \n",
       "3250                              1.0000                    1.0000   \n",
       "\n",
       "      similarityBioChem.SVD_biological  similarityBioChem.SVD_chemical  \\\n",
       "id                                                                       \n",
       "1                               0.2954                          0.8634   \n",
       "2                               0.2403                          0.8643   \n",
       "3                               0.3787                          0.8276   \n",
       "4                               0.3848                          0.8001   \n",
       "5                               1.0000                          0.9518   \n",
       "...                                ...                             ...   \n",
       "3246                            1.0000                          1.0000   \n",
       "3247                            1.0000                          1.0000   \n",
       "3248                            1.0000                          1.0000   \n",
       "3249                            1.0000                          1.0000   \n",
       "3250                            1.0000                          1.0000   \n",
       "\n",
       "     similarityBioChem.SVD similarityBioChem.SVD_average  \\\n",
       "id                                                         \n",
       "1                   0.3298                        0.3444   \n",
       "2                   0.2787                        0.2966   \n",
       "3                   0.4016                        0.4064   \n",
       "4                   0.4005                        0.4035   \n",
       "5                   0.9918                        0.9856   \n",
       "...                    ...                           ...   \n",
       "3246                1.0000                        1.0000   \n",
       "3247                1.0000                        1.0000   \n",
       "3248                1.0000                        1.0000   \n",
       "3249                1.0000                        1.0000   \n",
       "3250                1.0000                        1.0000   \n",
       "\n",
       "     similarityStruct.MACCS.Tanimoto similarityStruct.RDK.Tanimoto id old  \\\n",
       "id                                                                          \n",
       "1                             0.6163                        0.5257      1   \n",
       "2                             0.6220                        0.5178      2   \n",
       "3                             0.6883                        0.5042      3   \n",
       "4                             0.7368                        0.5402      4   \n",
       "5                             0.6250                        0.6644      5   \n",
       "...                              ...                           ...    ...   \n",
       "3246                          1.0000                        1.0000   3262   \n",
       "3247                          1.0000                        1.0000   3263   \n",
       "3248                          1.0000                        1.0000   3264   \n",
       "3249                          1.0000                        1.0000   3265   \n",
       "3250                          1.0000                        1.0000   3266   \n",
       "\n",
       "          files.source  \n",
       "id                      \n",
       "1              DB00319  \n",
       "2             46936447  \n",
       "3              DB02432  \n",
       "4              DB07792  \n",
       "5              DB11870  \n",
       "...                ...  \n",
       "3246           DB00523  \n",
       "3247           DB00982  \n",
       "3248  ZINC000067810124  \n",
       "3249  ZINC000034065149  \n",
       "3250  ZINC000015721478  \n",
       "\n",
       "[3250 rows x 160 columns]"
      ]
     },
     "execution_count": 65,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "df = pd.read_csv(\"C:/Projects/PSFM_diploma/Searching/BestOfBest.tsv\", sep=\"\\t\")\n",
    "df = df.set_index('id')\n",
    "df"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 66,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "1\n",
      "12tar\n",
      "13tar\n",
      "14tar\n",
      "15tar\n",
      "43tar\n",
      "7tar\n",
      "10\n",
      "22tar\n",
      "9tar\n",
      "11\n",
      "12\n",
      "23tar\n",
      "13\n",
      "2tar\n",
      "3tar\n",
      "4tar\n",
      "14\n",
      "25tar\n",
      "26tar\n",
      "7tar\n",
      "15\n",
      "4tar\n",
      "16\n",
      "17\n",
      "24tar\n",
      "27tar\n",
      "28tar\n",
      "29tar\n",
      "30tar\n",
      "19\n",
      "27tar\n",
      "28tar\n",
      "98tar\n",
      "2\n",
      "16tar\n",
      "17tar\n",
      "18tar\n",
      "19tar\n",
      "20\n",
      "9tar\n",
      "21\n",
      "11tar\n",
      "2tar\n",
      "31tar\n",
      "32tar\n",
      "33tar\n",
      "34tar\n",
      "35tar\n",
      "36tar\n",
      "37tar\n",
      "38tar\n",
      "39tar\n",
      "3tar\n",
      "4tar\n",
      "22\n",
      "23\n",
      "40tar\n",
      "24\n",
      "1tar\n",
      "25\n",
      "1tar\n",
      "26\n",
      "1tar\n",
      "27\n",
      "1tar\n",
      "28\n",
      "1tar\n",
      "5tar\n",
      "29\n",
      "1tar\n",
      "5tar\n",
      "30\n",
      "1tar\n",
      "5tar\n",
      "5\n",
      "6\n",
      "20tar\n",
      "7\n",
      "10tar\n",
      "8\n",
      "2tar\n",
      "3tar\n",
      "6tar\n",
      "8tar\n",
      "9\n",
      "21tar\n",
      "6tar\n",
      "8tar\n"
     ]
    },
    {
     "data": {
      "text/html": [
       "<div>\n",
       "<style scoped>\n",
       "    .dataframe tbody tr th:only-of-type {\n",
       "        vertical-align: middle;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe tbody tr th {\n",
       "        vertical-align: top;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe thead th {\n",
       "        text-align: right;\n",
       "    }\n",
       "</style>\n",
       "<table border=\"1\" class=\"dataframe\">\n",
       "  <thead>\n",
       "    <tr style=\"text-align: right;\">\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th>DrugBank Id</th>\n",
       "      <th>group</th>\n",
       "      <th>type</th>\n",
       "      <th>Source.PubChemCID</th>\n",
       "      <th>Source.DrugBankID</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.all.groups</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.all.count</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.checkedMols</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.checkedMols.count</th>\n",
       "      <th>similarity.pathways.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.pathways.checked.count</th>\n",
       "      <th>similarity.genes.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.genes.checked.count</th>\n",
       "      <th>similarity.targets.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.targets.checked.count</th>\n",
       "      <th>...</th>\n",
       "      <th>20tar.cur</th>\n",
       "      <th>20tar.ref</th>\n",
       "      <th>20tar.dif</th>\n",
       "      <th>10tar.cur</th>\n",
       "      <th>10tar.ref</th>\n",
       "      <th>10tar.dif</th>\n",
       "      <th>6tar.cur</th>\n",
       "      <th>6tar.ref</th>\n",
       "      <th>6tar.dif</th>\n",
       "      <th>8tar.cur</th>\n",
       "      <th>8tar.ref</th>\n",
       "      <th>8tar.dif</th>\n",
       "      <th>21tar.cur</th>\n",
       "      <th>21tar.ref</th>\n",
       "      <th>21tar.dif</th>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>id</th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </thead>\n",
       "  <tbody>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>1</th>\n",
       "      <td>DB00319</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>2</th>\n",
       "      <td>DB01061</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3</th>\n",
       "      <td>DB02432</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>4</th>\n",
       "      <td>DB07792</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>5</th>\n",
       "      <td>DB11870</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>...</th>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3246</th>\n",
       "      <td>DB00523</td>\n",
       "      <td>26</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>449171</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>6, 23, 24, 25, 27, 26,</td>\n",
       "      <td>6</td>\n",
       "      <td>26,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3247</th>\n",
       "      <td>DB00982</td>\n",
       "      <td>27</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>5282379</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>6, 23, 24, 25, 26, 27,</td>\n",
       "      <td>6</td>\n",
       "      <td>27,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3248</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>28</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>123977</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3249</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>29</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>6455376</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3250</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>30</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>9821757</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </tbody>\n",
       "</table>\n",
       "<p>3250 rows × 286 columns</p>\n",
       "</div>"
      ],
      "text/plain": [
       "     DrugBank Id  group     type  Source.PubChemCID Source.DrugBankID  \\\n",
       "id                                                                      \n",
       "1        DB00319      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "2        DB01061      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "3        DB02432      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "4        DB07792      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "5        DB11870      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "...          ...    ...      ...                ...               ...   \n",
       "3246     DB00523     26    prime             449171               NaN   \n",
       "3247     DB00982     27    prime            5282379               NaN   \n",
       "3248         NaN     28    prime             123977               NaN   \n",
       "3249         NaN     29    prime            6455376               NaN   \n",
       "3250         NaN     30    prime            9821757               NaN   \n",
       "\n",
       "     similarity.drugs.all.groups  similarity.drugs.all.count  \\\n",
       "id                                                             \n",
       "1                        1, 29,                            2   \n",
       "2                        1, 29,                            2   \n",
       "3                        1, 29,                            2   \n",
       "4                            1,                            1   \n",
       "5                            1,                            1   \n",
       "...                          ...                         ...   \n",
       "3246     6, 23, 24, 25, 27, 26,                            6   \n",
       "3247     6, 23, 24, 25, 26, 27,                            6   \n",
       "3248                         NaN                           0   \n",
       "3249                         NaN                           0   \n",
       "3250                         NaN                           0   \n",
       "\n",
       "     similarity.drugs.checkedMols  similarity.drugs.checkedMols.count  \\\n",
       "id                                                                      \n",
       "1                             NaN                                   0   \n",
       "2                             NaN                                   0   \n",
       "3                             NaN                                   0   \n",
       "4                             NaN                                   0   \n",
       "5                             NaN                                   0   \n",
       "...                           ...                                 ...   \n",
       "3246                         26,                                    1   \n",
       "3247                         27,                                    1   \n",
       "3248                          NaN                                   0   \n",
       "3249                          NaN                                   0   \n",
       "3250                          NaN                                   0   \n",
       "\n",
       "      similarity.pathways.checked  similarity.pathways.checked.count  \\\n",
       "id                                                                     \n",
       "1                             NaN                                NaN   \n",
       "2                             NaN                                NaN   \n",
       "3                             NaN                                NaN   \n",
       "4                             NaN                                NaN   \n",
       "5                             NaN                                NaN   \n",
       "...                           ...                                ...   \n",
       "3246                          NaN                                NaN   \n",
       "3247                          NaN                                NaN   \n",
       "3248                          NaN                                NaN   \n",
       "3249                          NaN                                NaN   \n",
       "3250                          NaN                                NaN   \n",
       "\n",
       "      similarity.genes.checked  similarity.genes.checked.count  \\\n",
       "id                                                               \n",
       "1                          NaN                             NaN   \n",
       "2                          NaN                             NaN   \n",
       "3                          NaN                             NaN   \n",
       "4                          NaN                             NaN   \n",
       "5                          NaN                             NaN   \n",
       "...                        ...                             ...   \n",
       "3246                       NaN                             NaN   \n",
       "3247                       NaN                             NaN   \n",
       "3248                       NaN                             NaN   \n",
       "3249                       NaN                             NaN   \n",
       "3250                       NaN                             NaN   \n",
       "\n",
       "      similarity.targets.checked  similarity.targets.checked.count  ...  \\\n",
       "id                                                                  ...   \n",
       "1                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "2                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "3                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "4                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "5                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "...                          ...                               ...  ...   \n",
       "3246                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3247                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3248                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3249                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3250                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "\n",
       "      20tar.cur  20tar.ref  20tar.dif  10tar.cur  10tar.ref  10tar.dif  \\\n",
       "id                                                                       \n",
       "1           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "2           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "3           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "4           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "5           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "...         ...        ...        ...        ...        ...        ...   \n",
       "3246        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "3247        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "3248        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "3249        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "3250        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "\n",
       "     6tar.cur  6tar.ref  6tar.dif 8tar.cur 8tar.ref 8tar.dif 21tar.cur  \\\n",
       "id                                                                       \n",
       "1         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "2         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "3         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "4         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "5         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "...       ...       ...       ...      ...      ...      ...       ...   \n",
       "3246      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "3247      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "3248      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "3249      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "3250      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "\n",
       "     21tar.ref 21tar.dif  \n",
       "id                        \n",
       "1          NaN       NaN  \n",
       "2          NaN       NaN  \n",
       "3          NaN       NaN  \n",
       "4          NaN       NaN  \n",
       "5          NaN       NaN  \n",
       "...        ...       ...  \n",
       "3246       NaN       NaN  \n",
       "3247       NaN       NaN  \n",
       "3248       NaN       NaN  \n",
       "3249       NaN       NaN  \n",
       "3250       NaN       NaN  \n",
       "\n",
       "[3250 rows x 286 columns]"
      ]
     },
     "execution_count": 66,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "import warnings\n",
    "warnings.filterwarnings(\"ignore\")\n",
    "\n",
    "workDir = \"C:/Projects/PSFM_diploma/Searching/\"\n",
    "dataDir = \"C:/Projects/PSFM_diploma/Searching/data/fromSmina\"\n",
    "import numpy as np\n",
    "\n",
    "for group in os.listdir(dataDir):\n",
    "  print(group)\n",
    "  for targetName in os.listdir(dataDir+'/'+group):\n",
    "    targetPath = dataDir+'/'+group + '/' + targetName\n",
    "    print(targetName)\n",
    "    df[targetName+'.cur'] = np.nan\n",
    "    df[targetName+'.ref'] = np.nan\n",
    "    df[targetName+'.dif'] = np.nan\n",
    "df"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 67,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/html": [
       "<div>\n",
       "<style scoped>\n",
       "    .dataframe tbody tr th:only-of-type {\n",
       "        vertical-align: middle;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe tbody tr th {\n",
       "        vertical-align: top;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe thead th {\n",
       "        text-align: right;\n",
       "    }\n",
       "</style>\n",
       "<table border=\"1\" class=\"dataframe\">\n",
       "  <thead>\n",
       "    <tr style=\"text-align: right;\">\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th>DrugBank Id</th>\n",
       "      <th>group</th>\n",
       "      <th>type</th>\n",
       "      <th>Source.PubChemCID</th>\n",
       "      <th>Source.DrugBankID</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.all.groups</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.all.count</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.checkedMols</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.checkedMols.count</th>\n",
       "      <th>similarity.pathways.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.pathways.checked.count</th>\n",
       "      <th>similarity.genes.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.genes.checked.count</th>\n",
       "      <th>similarity.targets.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.targets.checked.count</th>\n",
       "      <th>...</th>\n",
       "      <th>20tar.cur</th>\n",
       "      <th>20tar.ref</th>\n",
       "      <th>20tar.dif</th>\n",
       "      <th>10tar.cur</th>\n",
       "      <th>10tar.ref</th>\n",
       "      <th>10tar.dif</th>\n",
       "      <th>6tar.cur</th>\n",
       "      <th>6tar.ref</th>\n",
       "      <th>6tar.dif</th>\n",
       "      <th>8tar.cur</th>\n",
       "      <th>8tar.ref</th>\n",
       "      <th>8tar.dif</th>\n",
       "      <th>21tar.cur</th>\n",
       "      <th>21tar.ref</th>\n",
       "      <th>21tar.dif</th>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>id</th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </thead>\n",
       "  <tbody>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>1</th>\n",
       "      <td>DB00319</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>2</th>\n",
       "      <td>DB01061</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3</th>\n",
       "      <td>DB02432</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>4</th>\n",
       "      <td>DB07792</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>5</th>\n",
       "      <td>DB11870</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>...</th>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3246</th>\n",
       "      <td>DB00523</td>\n",
       "      <td>26</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>449171</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>6, 23, 24, 25, 27, 26,</td>\n",
       "      <td>6</td>\n",
       "      <td>26,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3247</th>\n",
       "      <td>DB00982</td>\n",
       "      <td>27</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>5282379</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>6, 23, 24, 25, 26, 27,</td>\n",
       "      <td>6</td>\n",
       "      <td>27,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3248</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>28</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>123977</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3249</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>29</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>6455376</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3250</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>30</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>9821757</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </tbody>\n",
       "</table>\n",
       "<p>3250 rows × 286 columns</p>\n",
       "</div>"
      ],
      "text/plain": [
       "     DrugBank Id  group     type  Source.PubChemCID Source.DrugBankID  \\\n",
       "id                                                                      \n",
       "1        DB00319      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "2        DB01061      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "3        DB02432      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "4        DB07792      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "5        DB11870      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "...          ...    ...      ...                ...               ...   \n",
       "3246     DB00523     26    prime             449171               NaN   \n",
       "3247     DB00982     27    prime            5282379               NaN   \n",
       "3248         NaN     28    prime             123977               NaN   \n",
       "3249         NaN     29    prime            6455376               NaN   \n",
       "3250         NaN     30    prime            9821757               NaN   \n",
       "\n",
       "     similarity.drugs.all.groups  similarity.drugs.all.count  \\\n",
       "id                                                             \n",
       "1                        1, 29,                            2   \n",
       "2                        1, 29,                            2   \n",
       "3                        1, 29,                            2   \n",
       "4                            1,                            1   \n",
       "5                            1,                            1   \n",
       "...                          ...                         ...   \n",
       "3246     6, 23, 24, 25, 27, 26,                            6   \n",
       "3247     6, 23, 24, 25, 26, 27,                            6   \n",
       "3248                         NaN                           0   \n",
       "3249                         NaN                           0   \n",
       "3250                         NaN                           0   \n",
       "\n",
       "     similarity.drugs.checkedMols  similarity.drugs.checkedMols.count  \\\n",
       "id                                                                      \n",
       "1                             NaN                                   0   \n",
       "2                             NaN                                   0   \n",
       "3                             NaN                                   0   \n",
       "4                             NaN                                   0   \n",
       "5                             NaN                                   0   \n",
       "...                           ...                                 ...   \n",
       "3246                         26,                                    1   \n",
       "3247                         27,                                    1   \n",
       "3248                          NaN                                   0   \n",
       "3249                          NaN                                   0   \n",
       "3250                          NaN                                   0   \n",
       "\n",
       "      similarity.pathways.checked  similarity.pathways.checked.count  \\\n",
       "id                                                                     \n",
       "1                             NaN                                NaN   \n",
       "2                             NaN                                NaN   \n",
       "3                             NaN                                NaN   \n",
       "4                             NaN                                NaN   \n",
       "5                             NaN                                NaN   \n",
       "...                           ...                                ...   \n",
       "3246                          NaN                                NaN   \n",
       "3247                          NaN                                NaN   \n",
       "3248                          NaN                                NaN   \n",
       "3249                          NaN                                NaN   \n",
       "3250                          NaN                                NaN   \n",
       "\n",
       "      similarity.genes.checked  similarity.genes.checked.count  \\\n",
       "id                                                               \n",
       "1                          NaN                             NaN   \n",
       "2                          NaN                             NaN   \n",
       "3                          NaN                             NaN   \n",
       "4                          NaN                             NaN   \n",
       "5                          NaN                             NaN   \n",
       "...                        ...                             ...   \n",
       "3246                       NaN                             NaN   \n",
       "3247                       NaN                             NaN   \n",
       "3248                       NaN                             NaN   \n",
       "3249                       NaN                             NaN   \n",
       "3250                       NaN                             NaN   \n",
       "\n",
       "      similarity.targets.checked  similarity.targets.checked.count  ...  \\\n",
       "id                                                                  ...   \n",
       "1                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "2                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "3                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "4                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "5                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "...                          ...                               ...  ...   \n",
       "3246                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3247                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3248                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3249                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3250                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "\n",
       "      20tar.cur  20tar.ref  20tar.dif  10tar.cur  10tar.ref  10tar.dif  \\\n",
       "id                                                                       \n",
       "1           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "2           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "3           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "4           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "5           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "...         ...        ...        ...        ...        ...        ...   \n",
       "3246        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "3247        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "3248        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "3249        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "3250        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "\n",
       "     6tar.cur  6tar.ref  6tar.dif 8tar.cur 8tar.ref 8tar.dif 21tar.cur  \\\n",
       "id                                                                       \n",
       "1         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "2         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "3         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "4         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "5         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "...       ...       ...       ...      ...      ...      ...       ...   \n",
       "3246      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "3247      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "3248      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "3249      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "3250      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "\n",
       "     21tar.ref 21tar.dif  \n",
       "id                        \n",
       "1          NaN       NaN  \n",
       "2          NaN       NaN  \n",
       "3          NaN       NaN  \n",
       "4          NaN       NaN  \n",
       "5          NaN       NaN  \n",
       "...        ...       ...  \n",
       "3246       NaN       NaN  \n",
       "3247       NaN       NaN  \n",
       "3248       NaN       NaN  \n",
       "3249       NaN       NaN  \n",
       "3250       NaN       NaN  \n",
       "\n",
       "[3250 rows x 286 columns]"
      ]
     },
     "execution_count": 67,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "for group in os.listdir(dataDir):\n",
    "  # print(group)\n",
    "  for targetName in os.listdir(dataDir+'/'+group):\n",
    "    targetPath = dataDir+'/'+group + '/' + targetName\n",
    "    curDf = pd.read_csv(targetPath+'/result.csv', sep=\",\")\n",
    "    # print(curDf)\n",
    "    curDf.columns = [\"lig\", \"val\", \"out\"]\n",
    "    change = '/home/scip/dmitriy.pustoshilov/runSmina/forSmina/'+group+'/'+targetName+'/ligands/'\n",
    "    \n",
    "    curDf['lig'] = curDf['lig'].replace({change: ''}, regex=True).replace({'lig.pdbqt': ''}, regex=True).astype(int)\n",
    "    for i,row in curDf.iterrows():\n",
    "      ligNum = row['lig']\n",
    "      if ligNum in df.index:\n",
    "        df.at[ligNum, targetName+'.cur'] = row['val']\n",
    "      else: print('xey', ligNum, targetName)\n",
    "\n",
    "df\n",
    "\n",
    "# df.at[9, '12tar.cur']\n"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 68,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "-9"
      ]
     },
     "execution_count": 68,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "df['15tar.cur'].isna().sum() - len(df)"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 69,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/html": [
       "<div>\n",
       "<style scoped>\n",
       "    .dataframe tbody tr th:only-of-type {\n",
       "        vertical-align: middle;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe tbody tr th {\n",
       "        vertical-align: top;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe thead th {\n",
       "        text-align: right;\n",
       "    }\n",
       "</style>\n",
       "<table border=\"1\" class=\"dataframe\">\n",
       "  <thead>\n",
       "    <tr style=\"text-align: right;\">\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th>DrugBank Id</th>\n",
       "      <th>group</th>\n",
       "      <th>type</th>\n",
       "      <th>Source.PubChemCID</th>\n",
       "      <th>Source.DrugBankID</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.all.groups</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.all.count</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.checkedMols</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.checkedMols.count</th>\n",
       "      <th>similarity.pathways.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.pathways.checked.count</th>\n",
       "      <th>similarity.genes.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.genes.checked.count</th>\n",
       "      <th>similarity.targets.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.targets.checked.count</th>\n",
       "      <th>...</th>\n",
       "      <th>20tar.cur</th>\n",
       "      <th>20tar.ref</th>\n",
       "      <th>20tar.dif</th>\n",
       "      <th>10tar.cur</th>\n",
       "      <th>10tar.ref</th>\n",
       "      <th>10tar.dif</th>\n",
       "      <th>6tar.cur</th>\n",
       "      <th>6tar.ref</th>\n",
       "      <th>6tar.dif</th>\n",
       "      <th>8tar.cur</th>\n",
       "      <th>8tar.ref</th>\n",
       "      <th>8tar.dif</th>\n",
       "      <th>21tar.cur</th>\n",
       "      <th>21tar.ref</th>\n",
       "      <th>21tar.dif</th>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>id</th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </thead>\n",
       "  <tbody>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>1</th>\n",
       "      <td>DB00319</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>2</th>\n",
       "      <td>DB01061</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3</th>\n",
       "      <td>DB02432</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>4</th>\n",
       "      <td>DB07792</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>5</th>\n",
       "      <td>DB11870</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>...</th>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3246</th>\n",
       "      <td>DB00523</td>\n",
       "      <td>26</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>449171</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>6, 23, 24, 25, 27, 26,</td>\n",
       "      <td>6</td>\n",
       "      <td>26,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3247</th>\n",
       "      <td>DB00982</td>\n",
       "      <td>27</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>5282379</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>6, 23, 24, 25, 26, 27,</td>\n",
       "      <td>6</td>\n",
       "      <td>27,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3248</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>28</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>123977</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3249</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>29</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>6455376</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3250</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>30</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>9821757</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </tbody>\n",
       "</table>\n",
       "<p>3250 rows × 286 columns</p>\n",
       "</div>"
      ],
      "text/plain": [
       "     DrugBank Id  group     type  Source.PubChemCID Source.DrugBankID  \\\n",
       "id                                                                      \n",
       "1        DB00319      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "2        DB01061      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "3        DB02432      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "4        DB07792      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "5        DB11870      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "...          ...    ...      ...                ...               ...   \n",
       "3246     DB00523     26    prime             449171               NaN   \n",
       "3247     DB00982     27    prime            5282379               NaN   \n",
       "3248         NaN     28    prime             123977               NaN   \n",
       "3249         NaN     29    prime            6455376               NaN   \n",
       "3250         NaN     30    prime            9821757               NaN   \n",
       "\n",
       "     similarity.drugs.all.groups  similarity.drugs.all.count  \\\n",
       "id                                                             \n",
       "1                        1, 29,                            2   \n",
       "2                        1, 29,                            2   \n",
       "3                        1, 29,                            2   \n",
       "4                            1,                            1   \n",
       "5                            1,                            1   \n",
       "...                          ...                         ...   \n",
       "3246     6, 23, 24, 25, 27, 26,                            6   \n",
       "3247     6, 23, 24, 25, 26, 27,                            6   \n",
       "3248                         NaN                           0   \n",
       "3249                         NaN                           0   \n",
       "3250                         NaN                           0   \n",
       "\n",
       "     similarity.drugs.checkedMols  similarity.drugs.checkedMols.count  \\\n",
       "id                                                                      \n",
       "1                             NaN                                   0   \n",
       "2                             NaN                                   0   \n",
       "3                             NaN                                   0   \n",
       "4                             NaN                                   0   \n",
       "5                             NaN                                   0   \n",
       "...                           ...                                 ...   \n",
       "3246                         26,                                    1   \n",
       "3247                         27,                                    1   \n",
       "3248                          NaN                                   0   \n",
       "3249                          NaN                                   0   \n",
       "3250                          NaN                                   0   \n",
       "\n",
       "      similarity.pathways.checked  similarity.pathways.checked.count  \\\n",
       "id                                                                     \n",
       "1                             NaN                                NaN   \n",
       "2                             NaN                                NaN   \n",
       "3                             NaN                                NaN   \n",
       "4                             NaN                                NaN   \n",
       "5                             NaN                                NaN   \n",
       "...                           ...                                ...   \n",
       "3246                          NaN                                NaN   \n",
       "3247                          NaN                                NaN   \n",
       "3248                          NaN                                NaN   \n",
       "3249                          NaN                                NaN   \n",
       "3250                          NaN                                NaN   \n",
       "\n",
       "      similarity.genes.checked  similarity.genes.checked.count  \\\n",
       "id                                                               \n",
       "1                          NaN                             NaN   \n",
       "2                          NaN                             NaN   \n",
       "3                          NaN                             NaN   \n",
       "4                          NaN                             NaN   \n",
       "5                          NaN                             NaN   \n",
       "...                        ...                             ...   \n",
       "3246                       NaN                             NaN   \n",
       "3247                       NaN                             NaN   \n",
       "3248                       NaN                             NaN   \n",
       "3249                       NaN                             NaN   \n",
       "3250                       NaN                             NaN   \n",
       "\n",
       "      similarity.targets.checked  similarity.targets.checked.count  ...  \\\n",
       "id                                                                  ...   \n",
       "1                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "2                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "3                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "4                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "5                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "...                          ...                               ...  ...   \n",
       "3246                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3247                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3248                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3249                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3250                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "\n",
       "      20tar.cur  20tar.ref  20tar.dif  10tar.cur  10tar.ref  10tar.dif  \\\n",
       "id                                                                       \n",
       "1           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "2           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "3           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "4           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "5           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "...         ...        ...        ...        ...        ...        ...   \n",
       "3246        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "3247        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "3248        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "3249        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "3250        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
       "\n",
       "     6tar.cur  6tar.ref  6tar.dif 8tar.cur 8tar.ref 8tar.dif 21tar.cur  \\\n",
       "id                                                                       \n",
       "1         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "2         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "3         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "4         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "5         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "...       ...       ...       ...      ...      ...      ...       ...   \n",
       "3246      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "3247      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "3248      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "3249      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "3250      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN      NaN       NaN   \n",
       "\n",
       "     21tar.ref 21tar.dif  \n",
       "id                        \n",
       "1          NaN       NaN  \n",
       "2          NaN       NaN  \n",
       "3          NaN       NaN  \n",
       "4          NaN       NaN  \n",
       "5          NaN       NaN  \n",
       "...        ...       ...  \n",
       "3246       NaN       NaN  \n",
       "3247       NaN       NaN  \n",
       "3248       NaN       NaN  \n",
       "3249       NaN       NaN  \n",
       "3250       NaN       NaN  \n",
       "\n",
       "[3250 rows x 286 columns]"
      ]
     },
     "execution_count": 69,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "df"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 75,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/html": [
       "<div>\n",
       "<style scoped>\n",
       "    .dataframe tbody tr th:only-of-type {\n",
       "        vertical-align: middle;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe tbody tr th {\n",
       "        vertical-align: top;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe thead th {\n",
       "        text-align: right;\n",
       "    }\n",
       "</style>\n",
       "<table border=\"1\" class=\"dataframe\">\n",
       "  <thead>\n",
       "    <tr style=\"text-align: right;\">\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th>DrugBank Id</th>\n",
       "      <th>group</th>\n",
       "      <th>type</th>\n",
       "      <th>Source.PubChemCID</th>\n",
       "      <th>Source.DrugBankID</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.all.groups</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.all.count</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.checkedMols</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.checkedMols.count</th>\n",
       "      <th>similarity.pathways.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.pathways.checked.count</th>\n",
       "      <th>similarity.genes.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.genes.checked.count</th>\n",
       "      <th>similarity.targets.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.targets.checked.count</th>\n",
       "      <th>...</th>\n",
       "      <th>20tar.ref</th>\n",
       "      <th>20tar.dif</th>\n",
       "      <th>10tar.cur</th>\n",
       "      <th>10tar.ref</th>\n",
       "      <th>10tar.dif</th>\n",
       "      <th>6tar.cur</th>\n",
       "      <th>6tar.ref</th>\n",
       "      <th>6tar.dif</th>\n",
       "      <th>8tar.cur</th>\n",
       "      <th>8tar.ref</th>\n",
       "      <th>8tar.dif</th>\n",
       "      <th>21tar.cur</th>\n",
       "      <th>21tar.ref</th>\n",
       "      <th>21tar.dif</th>\n",
       "      <th>Docking.hasProccessed</th>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>id</th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </thead>\n",
       "  <tbody>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>1</th>\n",
       "      <td>DB00319</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>2</th>\n",
       "      <td>DB01061</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3</th>\n",
       "      <td>DB02432</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>4</th>\n",
       "      <td>DB07792</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>5</th>\n",
       "      <td>DB11870</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>...</th>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3246</th>\n",
       "      <td>DB00523</td>\n",
       "      <td>26</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>449171</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>6, 23, 24, 25, 27, 26,</td>\n",
       "      <td>6</td>\n",
       "      <td>26,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3247</th>\n",
       "      <td>DB00982</td>\n",
       "      <td>27</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>5282379</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>6, 23, 24, 25, 26, 27,</td>\n",
       "      <td>6</td>\n",
       "      <td>27,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3248</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>28</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>123977</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3249</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>29</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>6455376</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3250</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>30</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>9821757</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </tbody>\n",
       "</table>\n",
       "<p>3250 rows × 287 columns</p>\n",
       "</div>"
      ],
      "text/plain": [
       "     DrugBank Id  group     type  Source.PubChemCID Source.DrugBankID  \\\n",
       "id                                                                      \n",
       "1        DB00319      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "2        DB01061      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "3        DB02432      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "4        DB07792      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "5        DB11870      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "...          ...    ...      ...                ...               ...   \n",
       "3246     DB00523     26    prime             449171               NaN   \n",
       "3247     DB00982     27    prime            5282379               NaN   \n",
       "3248         NaN     28    prime             123977               NaN   \n",
       "3249         NaN     29    prime            6455376               NaN   \n",
       "3250         NaN     30    prime            9821757               NaN   \n",
       "\n",
       "     similarity.drugs.all.groups  similarity.drugs.all.count  \\\n",
       "id                                                             \n",
       "1                        1, 29,                            2   \n",
       "2                        1, 29,                            2   \n",
       "3                        1, 29,                            2   \n",
       "4                            1,                            1   \n",
       "5                            1,                            1   \n",
       "...                          ...                         ...   \n",
       "3246     6, 23, 24, 25, 27, 26,                            6   \n",
       "3247     6, 23, 24, 25, 26, 27,                            6   \n",
       "3248                         NaN                           0   \n",
       "3249                         NaN                           0   \n",
       "3250                         NaN                           0   \n",
       "\n",
       "     similarity.drugs.checkedMols  similarity.drugs.checkedMols.count  \\\n",
       "id                                                                      \n",
       "1                             NaN                                   0   \n",
       "2                             NaN                                   0   \n",
       "3                             NaN                                   0   \n",
       "4                             NaN                                   0   \n",
       "5                             NaN                                   0   \n",
       "...                           ...                                 ...   \n",
       "3246                         26,                                    1   \n",
       "3247                         27,                                    1   \n",
       "3248                          NaN                                   0   \n",
       "3249                          NaN                                   0   \n",
       "3250                          NaN                                   0   \n",
       "\n",
       "      similarity.pathways.checked  similarity.pathways.checked.count  \\\n",
       "id                                                                     \n",
       "1                             NaN                                NaN   \n",
       "2                             NaN                                NaN   \n",
       "3                             NaN                                NaN   \n",
       "4                             NaN                                NaN   \n",
       "5                             NaN                                NaN   \n",
       "...                           ...                                ...   \n",
       "3246                          NaN                                NaN   \n",
       "3247                          NaN                                NaN   \n",
       "3248                          NaN                                NaN   \n",
       "3249                          NaN                                NaN   \n",
       "3250                          NaN                                NaN   \n",
       "\n",
       "      similarity.genes.checked  similarity.genes.checked.count  \\\n",
       "id                                                               \n",
       "1                          NaN                             NaN   \n",
       "2                          NaN                             NaN   \n",
       "3                          NaN                             NaN   \n",
       "4                          NaN                             NaN   \n",
       "5                          NaN                             NaN   \n",
       "...                        ...                             ...   \n",
       "3246                       NaN                             NaN   \n",
       "3247                       NaN                             NaN   \n",
       "3248                       NaN                             NaN   \n",
       "3249                       NaN                             NaN   \n",
       "3250                       NaN                             NaN   \n",
       "\n",
       "      similarity.targets.checked  similarity.targets.checked.count  ...  \\\n",
       "id                                                                  ...   \n",
       "1                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "2                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "3                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "4                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "5                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "...                          ...                               ...  ...   \n",
       "3246                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3247                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3248                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3249                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3250                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "\n",
       "      20tar.ref  20tar.dif  10tar.cur  10tar.ref  10tar.dif  6tar.cur  \\\n",
       "id                                                                      \n",
       "1           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN       NaN   \n",
       "2           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN       NaN   \n",
       "3           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN       NaN   \n",
       "4           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN       NaN   \n",
       "5           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN       NaN   \n",
       "...         ...        ...        ...        ...        ...       ...   \n",
       "3246        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN       NaN   \n",
       "3247        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN       NaN   \n",
       "3248        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN       NaN   \n",
       "3249        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN       NaN   \n",
       "3250        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN       NaN   \n",
       "\n",
       "     6tar.ref  6tar.dif  8tar.cur 8tar.ref 8tar.dif 21tar.cur 21tar.ref  \\\n",
       "id                                                                        \n",
       "1         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN       NaN       NaN   \n",
       "2         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN       NaN       NaN   \n",
       "3         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN       NaN       NaN   \n",
       "4         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN       NaN       NaN   \n",
       "5         NaN       NaN       NaN      NaN      NaN       NaN       NaN   \n",
       "...       ...       ...       ...      ...      ...       ...       ...   \n",
       "3246      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN       NaN       NaN   \n",
       "3247      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN       NaN       NaN   \n",
       "3248      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN       NaN       NaN   \n",
       "3249      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN       NaN       NaN   \n",
       "3250      NaN       NaN       NaN      NaN      NaN       NaN       NaN   \n",
       "\n",
       "     21tar.dif Docking.hasProccessed  \n",
       "id                                    \n",
       "1          NaN                     1  \n",
       "2          NaN                     1  \n",
       "3          NaN                     1  \n",
       "4          NaN                     1  \n",
       "5          NaN                     1  \n",
       "...        ...                   ...  \n",
       "3246       NaN                     1  \n",
       "3247       NaN                     1  \n",
       "3248       NaN                     1  \n",
       "3249       NaN                     1  \n",
       "3250       NaN                     1  \n",
       "\n",
       "[3250 rows x 287 columns]"
      ]
     },
     "execution_count": 75,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "\n",
    "for i,rowPrime in df.iterrows():\n",
    "  if rowPrime['type'] == 'prime':\n",
    "    for j,rowDf in df.iterrows():\n",
    "      if rowDf['group'] == rowPrime['group']:\n",
    "        for col in df.columns:\n",
    "          if 'tar.cur' in col:\n",
    "            tarName = col.replace('.cur', '')\n",
    "            if not pd.isna(rowPrime[tarName+'.cur']):\n",
    "              # print(tarName, rowPrime[tarName+'.cur'])\n",
    "              df.at[j, tarName+'.ref'] = rowPrime[tarName+'.cur']\n",
    "              df.at[j, tarName+'.dif'] = df.at[j, tarName+'.ref']  - df.at[j, tarName+'.cur']\n",
    "df"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 38,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "-83"
      ]
     },
     "execution_count": 38,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "df['21tar.cur'].isna().sum() - len(df)"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 113,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/html": [
       "<div>\n",
       "<style scoped>\n",
       "    .dataframe tbody tr th:only-of-type {\n",
       "        vertical-align: middle;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe tbody tr th {\n",
       "        vertical-align: top;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe thead th {\n",
       "        text-align: right;\n",
       "    }\n",
       "</style>\n",
       "<table border=\"1\" class=\"dataframe\">\n",
       "  <thead>\n",
       "    <tr style=\"text-align: right;\">\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th>DrugBank Id</th>\n",
       "      <th>group</th>\n",
       "      <th>type</th>\n",
       "      <th>Source.PubChemCID</th>\n",
       "      <th>Source.DrugBankID</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.all.groups</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.all.count</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.checkedMols</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.checkedMols.count</th>\n",
       "      <th>similarity.pathways.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.pathways.checked.count</th>\n",
       "      <th>similarity.genes.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.genes.checked.count</th>\n",
       "      <th>similarity.targets.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.targets.checked.count</th>\n",
       "      <th>...</th>\n",
       "      <th>21tar.cur</th>\n",
       "      <th>21tar.ref</th>\n",
       "      <th>21tar.dif</th>\n",
       "      <th>Docking.hasProccessed</th>\n",
       "      <th>numberRef.limit</th>\n",
       "      <th>numberCur.limit</th>\n",
       "      <th>hasProccessed</th>\n",
       "      <th>numberProccessed</th>\n",
       "      <th>meanCur</th>\n",
       "      <th>meanRef</th>\n",
       "      <th>meanDif</th>\n",
       "      <th>procRef</th>\n",
       "      <th>procCur</th>\n",
       "      <th>proc</th>\n",
       "      <th>numberDif</th>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>id</th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </thead>\n",
       "  <tbody>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>1</th>\n",
       "      <td>DB00319</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>6.0</td>\n",
       "      <td>0.328625</td>\n",
       "      <td>-4.422423</td>\n",
       "      <td>-4.751049</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.000000</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>2.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>2</th>\n",
       "      <td>DB01061</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>6.0</td>\n",
       "      <td>-6.340603</td>\n",
       "      <td>-4.422423</td>\n",
       "      <td>1.918180</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.000000</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>4.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3</th>\n",
       "      <td>DB02432</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>3.0</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>6.0</td>\n",
       "      <td>-0.574858</td>\n",
       "      <td>-4.422423</td>\n",
       "      <td>-3.847565</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.500000</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>5.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>4</th>\n",
       "      <td>DB07792</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>6.0</td>\n",
       "      <td>-5.053343</td>\n",
       "      <td>-4.422423</td>\n",
       "      <td>0.630920</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.000000</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>4.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>5</th>\n",
       "      <td>DB11870</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>2.0</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>6.0</td>\n",
       "      <td>-4.846772</td>\n",
       "      <td>-4.422423</td>\n",
       "      <td>0.424349</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.333333</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>6.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>...</th>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3246</th>\n",
       "      <td>DB00523</td>\n",
       "      <td>26</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>449171</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>6, 23, 24, 25, 27, 26,</td>\n",
       "      <td>6</td>\n",
       "      <td>26,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3247</th>\n",
       "      <td>DB00982</td>\n",
       "      <td>27</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>5282379</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>6, 23, 24, 25, 26, 27,</td>\n",
       "      <td>6</td>\n",
       "      <td>27,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3248</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>28</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>123977</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>2.0</td>\n",
       "      <td>2.0</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>2.0</td>\n",
       "      <td>-13.651032</td>\n",
       "      <td>-13.651032</td>\n",
       "      <td>0.000000</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>1.000000</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>2.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3249</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>29</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>6455376</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3250</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>30</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>9821757</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </tbody>\n",
       "</table>\n",
       "<p>3250 rows × 298 columns</p>\n",
       "</div>"
      ],
      "text/plain": [
       "     DrugBank Id  group     type  Source.PubChemCID Source.DrugBankID  \\\n",
       "id                                                                      \n",
       "1        DB00319      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "2        DB01061      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "3        DB02432      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "4        DB07792      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "5        DB11870      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "...          ...    ...      ...                ...               ...   \n",
       "3246     DB00523     26    prime             449171               NaN   \n",
       "3247     DB00982     27    prime            5282379               NaN   \n",
       "3248         NaN     28    prime             123977               NaN   \n",
       "3249         NaN     29    prime            6455376               NaN   \n",
       "3250         NaN     30    prime            9821757               NaN   \n",
       "\n",
       "     similarity.drugs.all.groups  similarity.drugs.all.count  \\\n",
       "id                                                             \n",
       "1                        1, 29,                            2   \n",
       "2                        1, 29,                            2   \n",
       "3                        1, 29,                            2   \n",
       "4                            1,                            1   \n",
       "5                            1,                            1   \n",
       "...                          ...                         ...   \n",
       "3246     6, 23, 24, 25, 27, 26,                            6   \n",
       "3247     6, 23, 24, 25, 26, 27,                            6   \n",
       "3248                         NaN                           0   \n",
       "3249                         NaN                           0   \n",
       "3250                         NaN                           0   \n",
       "\n",
       "     similarity.drugs.checkedMols  similarity.drugs.checkedMols.count  \\\n",
       "id                                                                      \n",
       "1                             NaN                                   0   \n",
       "2                             NaN                                   0   \n",
       "3                             NaN                                   0   \n",
       "4                             NaN                                   0   \n",
       "5                             NaN                                   0   \n",
       "...                           ...                                 ...   \n",
       "3246                         26,                                    1   \n",
       "3247                         27,                                    1   \n",
       "3248                          NaN                                   0   \n",
       "3249                          NaN                                   0   \n",
       "3250                          NaN                                   0   \n",
       "\n",
       "      similarity.pathways.checked  similarity.pathways.checked.count  \\\n",
       "id                                                                     \n",
       "1                             NaN                                NaN   \n",
       "2                             NaN                                NaN   \n",
       "3                             NaN                                NaN   \n",
       "4                             NaN                                NaN   \n",
       "5                             NaN                                NaN   \n",
       "...                           ...                                ...   \n",
       "3246                          NaN                                NaN   \n",
       "3247                          NaN                                NaN   \n",
       "3248                          NaN                                NaN   \n",
       "3249                          NaN                                NaN   \n",
       "3250                          NaN                                NaN   \n",
       "\n",
       "      similarity.genes.checked  similarity.genes.checked.count  \\\n",
       "id                                                               \n",
       "1                          NaN                             NaN   \n",
       "2                          NaN                             NaN   \n",
       "3                          NaN                             NaN   \n",
       "4                          NaN                             NaN   \n",
       "5                          NaN                             NaN   \n",
       "...                        ...                             ...   \n",
       "3246                       NaN                             NaN   \n",
       "3247                       NaN                             NaN   \n",
       "3248                       NaN                             NaN   \n",
       "3249                       NaN                             NaN   \n",
       "3250                       NaN                             NaN   \n",
       "\n",
       "      similarity.targets.checked  similarity.targets.checked.count  ...  \\\n",
       "id                                                                  ...   \n",
       "1                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "2                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "3                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "4                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "5                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "...                          ...                               ...  ...   \n",
       "3246                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3247                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3248                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3249                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3250                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "\n",
       "      21tar.cur  21tar.ref  21tar.dif  Docking.hasProccessed  numberRef.limit  \\\n",
       "id                                                                              \n",
       "1           NaN        NaN        NaN                      1              0.0   \n",
       "2           NaN        NaN        NaN                      1              0.0   \n",
       "3           NaN        NaN        NaN                      1              0.0   \n",
       "4           NaN        NaN        NaN                      1              0.0   \n",
       "5           NaN        NaN        NaN                      1              0.0   \n",
       "...         ...        ...        ...                    ...              ...   \n",
       "3246        NaN        NaN        NaN                      1              0.0   \n",
       "3247        NaN        NaN        NaN                      1              0.0   \n",
       "3248        NaN        NaN        NaN                      1              2.0   \n",
       "3249        NaN        NaN        NaN                      1              0.0   \n",
       "3250        NaN        NaN        NaN                      1              0.0   \n",
       "\n",
       "      numberCur.limit hasProccessed  numberProccessed    meanCur    meanRef  \\\n",
       "id                                                                            \n",
       "1                 0.0           1.0               6.0   0.328625  -4.422423   \n",
       "2                 0.0           1.0               6.0  -6.340603  -4.422423   \n",
       "3                 3.0           1.0               6.0  -0.574858  -4.422423   \n",
       "4                 0.0           1.0               6.0  -5.053343  -4.422423   \n",
       "5                 2.0           1.0               6.0  -4.846772  -4.422423   \n",
       "...               ...           ...               ...        ...        ...   \n",
       "3246              0.0           0.0               0.0        NaN        NaN   \n",
       "3247              0.0           0.0               0.0        NaN        NaN   \n",
       "3248              2.0           1.0               2.0 -13.651032 -13.651032   \n",
       "3249              0.0           0.0               0.0        NaN        NaN   \n",
       "3250              0.0           0.0               0.0        NaN        NaN   \n",
       "\n",
       "       meanDif procRef   procCur proc numberDif  \n",
       "id                                               \n",
       "1    -4.751049     0.0  0.000000  0.0       2.0  \n",
       "2     1.918180     0.0  0.000000  0.0       4.0  \n",
       "3    -3.847565     0.0  0.500000  0.0       5.0  \n",
       "4     0.630920     0.0  0.000000  0.0       4.0  \n",
       "5     0.424349     0.0  0.333333  0.0       6.0  \n",
       "...        ...     ...       ...  ...       ...  \n",
       "3246       NaN     NaN       NaN  0.0       0.0  \n",
       "3247       NaN     NaN       NaN  0.0       0.0  \n",
       "3248  0.000000     1.0  1.000000  1.0       2.0  \n",
       "3249       NaN     NaN       NaN  0.0       0.0  \n",
       "3250       NaN     NaN       NaN  0.0       0.0  \n",
       "\n",
       "[3250 rows x 298 columns]"
      ]
     },
     "execution_count": 113,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "temp = pd.Series()\n",
    "\n",
    "tarCurCols = [col for col in df if 'tar.cur' in col]\n",
    "tarDifCols = [col for col in df if 'tar.dif' in col]\n",
    "tarRefCols = [col for col in df if 'tar.ref' in col]\n",
    "\n",
    "LIMIT = -9\n",
    "OFFSET = 1\n",
    "\n",
    "\n",
    "for i,row in df.iterrows():\n",
    "  df.at[i, 'hasProccessed'] = 1 if row[tarCurCols].notna().sum() > 0 else 0\n",
    "  df.at[i, 'numberProccessed'] = row[tarCurCols].notna().sum()\n",
    "  df.at[i, 'numberRef.limit'] = sum(row[tarRefCols].fillna(1000) < LIMIT)\n",
    "  df.at[i, 'numberCur.limit'] = sum(row[tarCurCols].fillna(1000) < LIMIT)\n",
    "  df.at[i, 'numberDif'] = sum(row[tarDifCols].fillna(-1000) > 0 - OFFSET) \n",
    "\n",
    "df['meanCur'] = df[tarCurCols].mean(skipna=True, axis=1)\n",
    "df['meanRef'] = df[tarRefCols].mean(skipna=True, axis=1)\n",
    "df['meanDif'] = df[tarDifCols].mean(skipna=True, axis=1)\n",
    "df['procRef'] = df['numberRef.limit'] / df['numberProccessed']\n",
    "df['procCur'] = df['numberCur.limit'] / df['numberProccessed']\n",
    "\n",
    "for i,row in df.iterrows():\n",
    "  res = 0\n",
    "  if row['numberRef.limit'] != 0:\n",
    "    if not pd.isna(row['numberRef.limit']):\n",
    "      # print(row['numberCur.limit'] / row['numberRef.limit'])\n",
    "      res = row['numberCur.limit'] / row['numberRef.limit']\n",
    "  df.at[i, 'proc'] = res\n",
    "  \n",
    "df\n",
    "\n"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 110,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "2.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "2.0\n",
      "0.0\n",
      "2.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "0.5\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "0.5\n",
      "0.5\n",
      "0.5\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "0.0\n",
      "0.5\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "0.5\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "0.0\n",
      "0.5\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "0.0\n",
      "0.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "0.5\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n",
      "1.0\n"
     ]
    },
    {
     "data": {
      "text/html": [
       "<div>\n",
       "<style scoped>\n",
       "    .dataframe tbody tr th:only-of-type {\n",
       "        vertical-align: middle;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe tbody tr th {\n",
       "        vertical-align: top;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe thead th {\n",
       "        text-align: right;\n",
       "    }\n",
       "</style>\n",
       "<table border=\"1\" class=\"dataframe\">\n",
       "  <thead>\n",
       "    <tr style=\"text-align: right;\">\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th>DrugBank Id</th>\n",
       "      <th>group</th>\n",
       "      <th>type</th>\n",
       "      <th>Source.PubChemCID</th>\n",
       "      <th>Source.DrugBankID</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.all.groups</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.all.count</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.checkedMols</th>\n",
       "      <th>similarity.drugs.checkedMols.count</th>\n",
       "      <th>similarity.pathways.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.pathways.checked.count</th>\n",
       "      <th>similarity.genes.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.genes.checked.count</th>\n",
       "      <th>similarity.targets.checked</th>\n",
       "      <th>similarity.targets.checked.count</th>\n",
       "      <th>...</th>\n",
       "      <th>8tar.dif</th>\n",
       "      <th>21tar.cur</th>\n",
       "      <th>21tar.ref</th>\n",
       "      <th>21tar.dif</th>\n",
       "      <th>Docking.hasProccessed</th>\n",
       "      <th>numberRef.limit</th>\n",
       "      <th>numberCur.limit</th>\n",
       "      <th>hasProccessed</th>\n",
       "      <th>numberProccessed</th>\n",
       "      <th>meanCur</th>\n",
       "      <th>meanRef</th>\n",
       "      <th>meanDif</th>\n",
       "      <th>procRef</th>\n",
       "      <th>procCur</th>\n",
       "      <th>proc</th>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>id</th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </thead>\n",
       "  <tbody>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>1</th>\n",
       "      <td>DB00319</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>6.0</td>\n",
       "      <td>0.328625</td>\n",
       "      <td>-4.422423</td>\n",
       "      <td>-4.751049</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.000000</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>2</th>\n",
       "      <td>DB01061</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>6.0</td>\n",
       "      <td>-6.340603</td>\n",
       "      <td>-4.422423</td>\n",
       "      <td>1.918180</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.000000</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3</th>\n",
       "      <td>DB02432</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>3.0</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>6.0</td>\n",
       "      <td>-0.574858</td>\n",
       "      <td>-4.422423</td>\n",
       "      <td>-3.847565</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.500000</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>4</th>\n",
       "      <td>DB07792</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>6.0</td>\n",
       "      <td>-5.053343</td>\n",
       "      <td>-4.422423</td>\n",
       "      <td>0.630920</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.000000</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>5</th>\n",
       "      <td>DB11870</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>2.0</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>6.0</td>\n",
       "      <td>-4.846772</td>\n",
       "      <td>-4.422423</td>\n",
       "      <td>0.424349</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.333333</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>...</th>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3246</th>\n",
       "      <td>DB00523</td>\n",
       "      <td>26</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>449171</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>6, 23, 24, 25, 27, 26,</td>\n",
       "      <td>6</td>\n",
       "      <td>26,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3247</th>\n",
       "      <td>DB00982</td>\n",
       "      <td>27</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>5282379</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>6, 23, 24, 25, 26, 27,</td>\n",
       "      <td>6</td>\n",
       "      <td>27,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3248</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>28</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>123977</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>2.0</td>\n",
       "      <td>2.0</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>2.0</td>\n",
       "      <td>-13.651032</td>\n",
       "      <td>-13.651032</td>\n",
       "      <td>0.000000</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>1.000000</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3249</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>29</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>6455376</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3250</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>30</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>9821757</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </tbody>\n",
       "</table>\n",
       "<p>3250 rows × 297 columns</p>\n",
       "</div>"
      ],
      "text/plain": [
       "     DrugBank Id  group     type  Source.PubChemCID Source.DrugBankID  \\\n",
       "id                                                                      \n",
       "1        DB00319      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "2        DB01061      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "3        DB02432      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "4        DB07792      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "5        DB11870      1  similar           71236992           DB12050   \n",
       "...          ...    ...      ...                ...               ...   \n",
       "3246     DB00523     26    prime             449171               NaN   \n",
       "3247     DB00982     27    prime            5282379               NaN   \n",
       "3248         NaN     28    prime             123977               NaN   \n",
       "3249         NaN     29    prime            6455376               NaN   \n",
       "3250         NaN     30    prime            9821757               NaN   \n",
       "\n",
       "     similarity.drugs.all.groups  similarity.drugs.all.count  \\\n",
       "id                                                             \n",
       "1                        1, 29,                            2   \n",
       "2                        1, 29,                            2   \n",
       "3                        1, 29,                            2   \n",
       "4                            1,                            1   \n",
       "5                            1,                            1   \n",
       "...                          ...                         ...   \n",
       "3246     6, 23, 24, 25, 27, 26,                            6   \n",
       "3247     6, 23, 24, 25, 26, 27,                            6   \n",
       "3248                         NaN                           0   \n",
       "3249                         NaN                           0   \n",
       "3250                         NaN                           0   \n",
       "\n",
       "     similarity.drugs.checkedMols  similarity.drugs.checkedMols.count  \\\n",
       "id                                                                      \n",
       "1                             NaN                                   0   \n",
       "2                             NaN                                   0   \n",
       "3                             NaN                                   0   \n",
       "4                             NaN                                   0   \n",
       "5                             NaN                                   0   \n",
       "...                           ...                                 ...   \n",
       "3246                         26,                                    1   \n",
       "3247                         27,                                    1   \n",
       "3248                          NaN                                   0   \n",
       "3249                          NaN                                   0   \n",
       "3250                          NaN                                   0   \n",
       "\n",
       "      similarity.pathways.checked  similarity.pathways.checked.count  \\\n",
       "id                                                                     \n",
       "1                             NaN                                NaN   \n",
       "2                             NaN                                NaN   \n",
       "3                             NaN                                NaN   \n",
       "4                             NaN                                NaN   \n",
       "5                             NaN                                NaN   \n",
       "...                           ...                                ...   \n",
       "3246                          NaN                                NaN   \n",
       "3247                          NaN                                NaN   \n",
       "3248                          NaN                                NaN   \n",
       "3249                          NaN                                NaN   \n",
       "3250                          NaN                                NaN   \n",
       "\n",
       "      similarity.genes.checked  similarity.genes.checked.count  \\\n",
       "id                                                               \n",
       "1                          NaN                             NaN   \n",
       "2                          NaN                             NaN   \n",
       "3                          NaN                             NaN   \n",
       "4                          NaN                             NaN   \n",
       "5                          NaN                             NaN   \n",
       "...                        ...                             ...   \n",
       "3246                       NaN                             NaN   \n",
       "3247                       NaN                             NaN   \n",
       "3248                       NaN                             NaN   \n",
       "3249                       NaN                             NaN   \n",
       "3250                       NaN                             NaN   \n",
       "\n",
       "      similarity.targets.checked  similarity.targets.checked.count  ...  \\\n",
       "id                                                                  ...   \n",
       "1                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "2                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "3                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "4                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "5                            NaN                               NaN  ...   \n",
       "...                          ...                               ...  ...   \n",
       "3246                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3247                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3248                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3249                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "3250                         NaN                               NaN  ...   \n",
       "\n",
       "      8tar.dif  21tar.cur  21tar.ref  21tar.dif  Docking.hasProccessed  \\\n",
       "id                                                                       \n",
       "1          NaN        NaN        NaN        NaN                      1   \n",
       "2          NaN        NaN        NaN        NaN                      1   \n",
       "3          NaN        NaN        NaN        NaN                      1   \n",
       "4          NaN        NaN        NaN        NaN                      1   \n",
       "5          NaN        NaN        NaN        NaN                      1   \n",
       "...        ...        ...        ...        ...                    ...   \n",
       "3246       NaN        NaN        NaN        NaN                      1   \n",
       "3247       NaN        NaN        NaN        NaN                      1   \n",
       "3248       NaN        NaN        NaN        NaN                      1   \n",
       "3249       NaN        NaN        NaN        NaN                      1   \n",
       "3250       NaN        NaN        NaN        NaN                      1   \n",
       "\n",
       "      numberRef.limit numberCur.limit  hasProccessed  numberProccessed  \\\n",
       "id                                                                       \n",
       "1                 0.0             0.0            1.0               6.0   \n",
       "2                 0.0             0.0            1.0               6.0   \n",
       "3                 0.0             3.0            1.0               6.0   \n",
       "4                 0.0             0.0            1.0               6.0   \n",
       "5                 0.0             2.0            1.0               6.0   \n",
       "...               ...             ...            ...               ...   \n",
       "3246              0.0             0.0            0.0               0.0   \n",
       "3247              0.0             0.0            0.0               0.0   \n",
       "3248              2.0             2.0            1.0               2.0   \n",
       "3249              0.0             0.0            0.0               0.0   \n",
       "3250              0.0             0.0            0.0               0.0   \n",
       "\n",
       "        meanCur    meanRef   meanDif procRef   procCur proc  \n",
       "id                                                           \n",
       "1      0.328625  -4.422423 -4.751049     0.0  0.000000  0.0  \n",
       "2     -6.340603  -4.422423  1.918180     0.0  0.000000  0.0  \n",
       "3     -0.574858  -4.422423 -3.847565     0.0  0.500000  0.0  \n",
       "4     -5.053343  -4.422423  0.630920     0.0  0.000000  0.0  \n",
       "5     -4.846772  -4.422423  0.424349     0.0  0.333333  0.0  \n",
       "...         ...        ...       ...     ...       ...  ...  \n",
       "3246        NaN        NaN       NaN     NaN       NaN  0.0  \n",
       "3247        NaN        NaN       NaN     NaN       NaN  0.0  \n",
       "3248 -13.651032 -13.651032  0.000000     1.0  1.000000  1.0  \n",
       "3249        NaN        NaN       NaN     NaN       NaN  0.0  \n",
       "3250        NaN        NaN       NaN     NaN       NaN  0.0  \n",
       "\n",
       "[3250 rows x 297 columns]"
      ]
     },
     "execution_count": 110,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "\n"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 72,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/plain": [
       "0"
      ]
     },
     "execution_count": 72,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "df['Docking.hasProccessed'].sum() - len(df)"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 114,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "     DrugBank Id  group     type  Source.PubChemCID Source.DrugBankID  \\\n",
      "id                                                                      \n",
      "1        DB00319      1  similar           71236992           DB12050   \n",
      "2        DB01061      1  similar           71236992           DB12050   \n",
      "3        DB02432      1  similar           71236992           DB12050   \n",
      "4        DB07792      1  similar           71236992           DB12050   \n",
      "5        DB11870      1  similar           71236992           DB12050   \n",
      "...          ...    ...      ...                ...               ...   \n",
      "3246     DB00523     26    prime             449171               NaN   \n",
      "3247     DB00982     27    prime            5282379               NaN   \n",
      "3248         NaN     28    prime             123977               NaN   \n",
      "3249         NaN     29    prime            6455376               NaN   \n",
      "3250         NaN     30    prime            9821757               NaN   \n",
      "\n",
      "     similarity.drugs.all.groups  similarity.drugs.all.count  \\\n",
      "id                                                             \n",
      "1                        1, 29,                            2   \n",
      "2                        1, 29,                            2   \n",
      "3                        1, 29,                            2   \n",
      "4                            1,                            1   \n",
      "5                            1,                            1   \n",
      "...                          ...                         ...   \n",
      "3246     6, 23, 24, 25, 27, 26,                            6   \n",
      "3247     6, 23, 24, 25, 26, 27,                            6   \n",
      "3248                         NaN                           0   \n",
      "3249                         NaN                           0   \n",
      "3250                         NaN                           0   \n",
      "\n",
      "     similarity.drugs.checkedMols  similarity.drugs.checkedMols.count  \\\n",
      "id                                                                      \n",
      "1                             NaN                                   0   \n",
      "2                             NaN                                   0   \n",
      "3                             NaN                                   0   \n",
      "4                             NaN                                   0   \n",
      "5                             NaN                                   0   \n",
      "...                           ...                                 ...   \n",
      "3246                         26,                                    1   \n",
      "3247                         27,                                    1   \n",
      "3248                          NaN                                   0   \n",
      "3249                          NaN                                   0   \n",
      "3250                          NaN                                   0   \n",
      "\n",
      "      similarity.pathways.checked  similarity.pathways.checked.count  \\\n",
      "id                                                                     \n",
      "1                             NaN                                NaN   \n",
      "2                             NaN                                NaN   \n",
      "3                             NaN                                NaN   \n",
      "4                             NaN                                NaN   \n",
      "5                             NaN                                NaN   \n",
      "...                           ...                                ...   \n",
      "3246                          NaN                                NaN   \n",
      "3247                          NaN                                NaN   \n",
      "3248                          NaN                                NaN   \n",
      "3249                          NaN                                NaN   \n",
      "3250                          NaN                                NaN   \n",
      "\n",
      "      similarity.genes.checked  similarity.genes.checked.count  \\\n",
      "id                                                               \n",
      "1                          NaN                             NaN   \n",
      "2                          NaN                             NaN   \n",
      "3                          NaN                             NaN   \n",
      "4                          NaN                             NaN   \n",
      "5                          NaN                             NaN   \n",
      "...                        ...                             ...   \n",
      "3246                       NaN                             NaN   \n",
      "3247                       NaN                             NaN   \n",
      "3248                       NaN                             NaN   \n",
      "3249                       NaN                             NaN   \n",
      "3250                       NaN                             NaN   \n",
      "\n",
      "      similarity.targets.checked  similarity.targets.checked.count  \\\n",
      "id                                                                   \n",
      "1                            NaN                               NaN   \n",
      "2                            NaN                               NaN   \n",
      "3                            NaN                               NaN   \n",
      "4                            NaN                               NaN   \n",
      "5                            NaN                               NaN   \n",
      "...                          ...                               ...   \n",
      "3246                         NaN                               NaN   \n",
      "3247                         NaN                               NaN   \n",
      "3248                         NaN                               NaN   \n",
      "3249                         NaN                               NaN   \n",
      "3250                         NaN                               NaN   \n",
      "\n",
      "      similarityStruct.MACCS.Dice  similarityStruct.Morgan.Dice  \\\n",
      "id                                                                \n",
      "1                          0.7626                        0.5079   \n",
      "2                          0.7669                        0.5140   \n",
      "3                          0.8154                        0.5268   \n",
      "4                          0.8485                        0.5682   \n",
      "5                          0.7692                        0.6556   \n",
      "...                           ...                           ...   \n",
      "3246                       1.0000                        1.0000   \n",
      "3247                       1.0000                        1.0000   \n",
      "3248                       1.0000                        1.0000   \n",
      "3249                       1.0000                        1.0000   \n",
      "3250                       1.0000                        1.0000   \n",
      "\n",
      "      similarityStruct.MorganPure.Dice  similarityStruct.RDK.Dice  \\\n",
      "id                                                                  \n",
      "1                               0.3810                     0.6891   \n",
      "2                               0.3799                     0.6823   \n",
      "3                               0.3929                     0.6704   \n",
      "4                               0.4432                     0.7015   \n",
      "5                               0.5556                     0.7984   \n",
      "...                                ...                        ...   \n",
      "3246                            1.0000                     1.0000   \n",
      "3247                            1.0000                     1.0000   \n",
      "3248                            1.0000                     1.0000   \n",
      "3249                            1.0000                     1.0000   \n",
      "3250                            1.0000                     1.0000   \n",
      "\n",
      "      similarityStruct.AtomPair.Dice  similarityStruct.Torsion.Dice  \\\n",
      "id                                                                    \n",
      "1                             0.4646                         0.3172   \n",
      "2                             0.4954                         0.3088   \n",
      "3                             0.4583                         0.2930   \n",
      "4                             0.5182                         0.2857   \n",
      "5                             0.5828                         0.4242   \n",
      "...                              ...                            ...   \n",
      "3246                          1.0000                         1.0000   \n",
      "3247                          1.0000                         1.0000   \n",
      "3248                          1.0000                         1.0000   \n",
      "3249                          1.0000                         1.0000   \n",
      "3250                          1.0000                         1.0000   \n",
      "\n",
      "     similarityStruct.mean.Dice  similarityBioChem.LDA_svd  \\\n",
      "id                                                           \n",
      "1                        0,5204                     0.9391   \n",
      "2                        0,5246                     0.9740   \n",
      "3                        0,5261                     0.8454   \n",
      "4                        0,5609                     0.9418   \n",
      "5                        0,6310                     0.8871   \n",
      "...                         ...                        ...   \n",
      "3246                     1,0000                     1.0000   \n",
      "3247                     1,0000                     1.0000   \n",
      "3248                     1,0000                     1.0000   \n",
      "3249                     1,0000                     1.0000   \n",
      "3250                     1,0000                     1.0000   \n",
      "\n",
      "      similarityBioChem.SVD_emb_average  \\\n",
      "id                                        \n",
      "1                                0.5446   \n",
      "2                                0.6697   \n",
      "3                                0.4497   \n",
      "4                                0.6060   \n",
      "5                                0.9944   \n",
      "...                                 ...   \n",
      "3246                             1.0000   \n",
      "3247                             1.0000   \n",
      "3248                             1.0000   \n",
      "3249                             1.0000   \n",
      "3250                             1.0000   \n",
      "\n",
      "     similarityBioChem.SVD_emb_average.mean biochemical.chemicalFormula  \\\n",
      "id                                                                        \n",
      "1                                    0,7419                 C23H27N5O7S   \n",
      "2                                    0,8219                 C20H23N5O6S   \n",
      "3                                    0,6476                 C35H36FN3O9   \n",
      "4                                    0,7739               C20H19ClN4O4S   \n",
      "5                                    0,9408                C22H20F5N3O3   \n",
      "...                                     ...                         ...   \n",
      "3246                                 1,0000                    C20H28O2   \n",
      "3247                                 1,0000                    C20H28O2   \n",
      "3248                                 1,0000                         NaN   \n",
      "3249                                 1,0000                         NaN   \n",
      "3250                                 1,0000                         NaN   \n",
      "\n",
      "                                  biochemical.clearance  \\\n",
      "id                                                        \n",
      "1     32 - 41 mL/min/1.73 m2124 - 160 mL/min/1.73 m2...   \n",
      "2                                                   NaN   \n",
      "3                                                   NaN   \n",
      "4                                                   NaN   \n",
      "5                                                   NaN   \n",
      "...                                                 ...   \n",
      "3246                                                NaN   \n",
      "3247  The clearance of isotretinoin is 15.9L/h in pe...   \n",
      "3248                                                NaN   \n",
      "3249                                                NaN   \n",
      "3250                                                NaN   \n",
      "\n",
      "                                   biochemical.halfLife biochemical.state  \\\n",
      "id                                                                          \n",
      "1                                         36-72 minutes             Solid   \n",
      "2     Mean elimination half-life is 1.3 to 1.5 hours...             Solid   \n",
      "3                                                   NaN             Solid   \n",
      "4                                                   NaN             Solid   \n",
      "5                                                   NaN               NaN   \n",
      "...                                                 ...               ...   \n",
      "3246                                                NaN             Solid   \n",
      "3247  The half life ranges from 7-39 hours13 with a ...             Solid   \n",
      "3248                                                NaN               NaN   \n",
      "3249                                                NaN               NaN   \n",
      "3250                                                NaN               NaN   \n",
      "\n",
      "                       biochemical.volumeOfDistribution enzymes.PIds  \\\n",
      "id                                                                     \n",
      "1     101 mL/kg [intravenous administration of 50 mg...          NaN   \n",
      "2                                                   NaN          NaN   \n",
      "3                                                   NaN          NaN   \n",
      "4                                                   NaN          NaN   \n",
      "5                                                   NaN          NaN   \n",
      "...                                                 ...          ...   \n",
      "3246                                                NaN          NaN   \n",
      "3247  The volume of distribution in humans is unknow...       P08684   \n",
      "3248                                                NaN          NaN   \n",
      "3249                                                NaN          NaN   \n",
      "3250                                                NaN          NaN   \n",
      "\n",
      "     enzymes.genes           enzymes.names  \\\n",
      "id                                           \n",
      "1              NaN                     NaN   \n",
      "2              NaN                     NaN   \n",
      "3              NaN                     NaN   \n",
      "4              NaN                     NaN   \n",
      "5              NaN                     NaN   \n",
      "...            ...                     ...   \n",
      "3246           NaN                     NaN   \n",
      "3247        CYP3A4  1. Cytochrome P450 3A4   \n",
      "3248           NaN                     NaN   \n",
      "3249           NaN                     NaN   \n",
      "3250           NaN                     NaN   \n",
      "\n",
      "                                     general.brandNames  \\\n",
      "id                                                        \n",
      "1                                       Pipracil, Zosyn   \n",
      "2                                                   NaN   \n",
      "3                                                   NaN   \n",
      "4                                                   NaN   \n",
      "5                                                   NaN   \n",
      "...                                                 ...   \n",
      "3246                                  Panretin, Toctino   \n",
      "3247  Absorica, Accutane, Amnesteem, Claravis, Claru...   \n",
      "3248                                                NaN   \n",
      "3249                                                NaN   \n",
      "3250                                                NaN   \n",
      "\n",
      "                                    general.genericName  \\\n",
      "id                                                        \n",
      "1                                          Piperacillin   \n",
      "2                                            Azlocillin   \n",
      "3                                               RU90395   \n",
      "4     (S)-2-CHLORO-N-(1-(2-(2-HYDROXYETHYLAMINO)-2-O...   \n",
      "5                                               RG-4733   \n",
      "...                                                 ...   \n",
      "3246                                       Alitretinoin   \n",
      "3247                                       Isotretinoin   \n",
      "3248                                                NaN   \n",
      "3249                                                NaN   \n",
      "3250                                                NaN   \n",
      "\n",
      "                 general.groups general.id  \\\n",
      "id                                           \n",
      "1                      Approved    DB00319   \n",
      "2                      Approved    DB01061   \n",
      "3                  Experimental    DB02432   \n",
      "4                  Experimental    DB07792   \n",
      "5               Investigational    DB11870   \n",
      "...                         ...        ...   \n",
      "3246  Approved, Investigational    DB00523   \n",
      "3247                   Approved    DB00982   \n",
      "3248                        NaN        NaN   \n",
      "3249                        NaN        NaN   \n",
      "3250                        NaN        NaN   \n",
      "\n",
      "                                          general.inChI  \\\n",
      "id                                                        \n",
      "1     InChI=1S/C23H27N5O7S/c1-4-26-10-11-27(19(32)18...   \n",
      "2     InChI=1S/C20H23N5O6S/c1-20(2)13(17(28)29)25-15...   \n",
      "3     InChI=1S/C35H36FN3O9/c1-21(40)37-29(19-23-13-1...   \n",
      "4     InChI=1S/C20H19ClN4O4S/c21-16-9-12-8-13(24-19(...   \n",
      "5     InChI=1S/C22H20F5N3O3/c1-20(2,18(32)28-11-21(2...   \n",
      "...                                                 ...   \n",
      "3246  InChI=1S/C20H28O2/c1-15(8-6-9-16(2)14-19(21)22...   \n",
      "3247  InChI=1S/C20H28O2/c1-15(8-6-9-16(2)14-19(21)22...   \n",
      "3248                                                NaN   \n",
      "3249                                                NaN   \n",
      "3250                                                NaN   \n",
      "\n",
      "                 general.inChIKey  general.maxPhase  \\\n",
      "id                                                    \n",
      "1     IVBHGBMCVLDMKU-GXNBUGAJSA-N               4.0   \n",
      "2     JTWOMNBEOCYFNV-NFFDBFGFSA-N               NaN   \n",
      "3     RLLAUERCSKPFGD-VMPREFPWSA-N               NaN   \n",
      "4     VUKPNWLGSLOHIF-AWEZNQCLSA-N               NaN   \n",
      "5     OJPLJFIFUQPSJR-INIZCTEOSA-N               2.0   \n",
      "...                           ...               ...   \n",
      "3246  SHGAZHPCJJPHSC-ZVCIMWCZSA-N               3.0   \n",
      "3247  SHGAZHPCJJPHSC-XFYACQKRSA-N               4.0   \n",
      "3248                          NaN               NaN   \n",
      "3249                          NaN               NaN   \n",
      "3250                          NaN               NaN   \n",
      "\n",
      "                                        general.summary  \\\n",
      "id                                                        \n",
      "1     Piperacillin is a penicillin antibiotic combin...   \n",
      "2                                                   NaN   \n",
      "3                                                   NaN   \n",
      "4                                                   NaN   \n",
      "5                                                   NaN   \n",
      "...                                                 ...   \n",
      "3246  Alitretinoin is a vitamin A derivative used to...   \n",
      "3247  Isotretinoin is a retinoid used to treat sever...   \n",
      "3248                                                NaN   \n",
      "3249                                                NaN   \n",
      "3250                                                NaN   \n",
      "\n",
      "                                       general.toxicity    general.type  \\\n",
      "id                                                                        \n",
      "1                                                   NaN  Small Molecule   \n",
      "2                                                   NaN  Small Molecule   \n",
      "3                                                   NaN  Small Molecule   \n",
      "4                                                   NaN  Small Molecule   \n",
      "5                                                   NaN  Small Molecule   \n",
      "...                                                 ...             ...   \n",
      "3246                                                NaN  Small Molecule   \n",
      "3247  Patients experiencing an overdose may present ...  Small Molecule   \n",
      "3248                                                NaN             NaN   \n",
      "3249                                                NaN             NaN   \n",
      "3250                                                NaN             NaN   \n",
      "\n",
      "                                         pathways.links  \\\n",
      "id                                                        \n",
      "1                                                   NaN   \n",
      "2                                                   NaN   \n",
      "3                                                   NaN   \n",
      "4                                                   NaN   \n",
      "5                                                   NaN   \n",
      "...                                                 ...   \n",
      "3246  http://smpdb.ca/view/SMP0000074?highlight[comp...   \n",
      "3247                                                NaN   \n",
      "3248                                                NaN   \n",
      "3249                                                NaN   \n",
      "3250                                                NaN   \n",
      "\n",
      "                                pathways.names  propertiesAdmet  \\\n",
      "id                                                                \n",
      "1                                          NaN              NaN   \n",
      "2                                          NaN              NaN   \n",
      "3                                          NaN              NaN   \n",
      "4                                          NaN              NaN   \n",
      "5                                          NaN              NaN   \n",
      "...                                        ...              ...   \n",
      "3246  Retinol Metabolism;!Vitamin A Deficiency              NaN   \n",
      "3247                                       NaN              NaN   \n",
      "3248                                       NaN              NaN   \n",
      "3249                                       NaN              NaN   \n",
      "3250                                       NaN              NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesAdmet.Ames test propertiesAdmet.Biodegradation  \\\n",
      "id                                                              \n",
      "1               Non AMES toxic        Not ready biodegradable   \n",
      "2               Non AMES toxic            Ready biodegradable   \n",
      "3               Non AMES toxic        Not ready biodegradable   \n",
      "4               Non AMES toxic        Not ready biodegradable   \n",
      "5                          NaN                            NaN   \n",
      "...                        ...                            ...   \n",
      "3246            Non AMES toxic            Ready biodegradable   \n",
      "3247            Non AMES toxic            Ready biodegradable   \n",
      "3248                       NaN                            NaN   \n",
      "3249                       NaN                            NaN   \n",
      "3250                       NaN                            NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesAdmet.Blood Brain Barrier propertiesAdmet.CYP450 1A2 substrate  \\\n",
      "id                                                                              \n",
      "1                                      -                        Non-inhibitor   \n",
      "2                                      -                        Non-inhibitor   \n",
      "3                                      -                        Non-inhibitor   \n",
      "4                                      -                        Non-inhibitor   \n",
      "5                                    NaN                                  NaN   \n",
      "...                                  ...                                  ...   \n",
      "3246                                   +                        Non-inhibitor   \n",
      "3247                                   +                        Non-inhibitor   \n",
      "3248                                 NaN                                  NaN   \n",
      "3249                                 NaN                                  NaN   \n",
      "3250                                 NaN                                  NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesAdmet.CYP450 2C19 inhibitor  \\\n",
      "id                                           \n",
      "1                            Non-inhibitor   \n",
      "2                            Non-inhibitor   \n",
      "3                            Non-inhibitor   \n",
      "4                                Inhibitor   \n",
      "5                                      NaN   \n",
      "...                                    ...   \n",
      "3246                         Non-inhibitor   \n",
      "3247                         Non-inhibitor   \n",
      "3248                                   NaN   \n",
      "3249                                   NaN   \n",
      "3250                                   NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesAdmet.CYP450 2C9 inhibitor  \\\n",
      "id                                          \n",
      "1                           Non-inhibitor   \n",
      "2                           Non-inhibitor   \n",
      "3                           Non-inhibitor   \n",
      "4                               Inhibitor   \n",
      "5                                     NaN   \n",
      "...                                   ...   \n",
      "3246                        Non-inhibitor   \n",
      "3247                        Non-inhibitor   \n",
      "3248                                  NaN   \n",
      "3249                                  NaN   \n",
      "3250                                  NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesAdmet.CYP450 2C9 substrate  \\\n",
      "id                                          \n",
      "1                           Non-substrate   \n",
      "2                           Non-substrate   \n",
      "3                           Non-substrate   \n",
      "4                           Non-substrate   \n",
      "5                                     NaN   \n",
      "...                                   ...   \n",
      "3246                        Non-substrate   \n",
      "3247                        Non-substrate   \n",
      "3248                                  NaN   \n",
      "3249                                  NaN   \n",
      "3250                                  NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesAdmet.CYP450 2D6 inhibitor  \\\n",
      "id                                          \n",
      "1                           Non-inhibitor   \n",
      "2                           Non-inhibitor   \n",
      "3                           Non-inhibitor   \n",
      "4                           Non-inhibitor   \n",
      "5                                     NaN   \n",
      "...                                   ...   \n",
      "3246                        Non-inhibitor   \n",
      "3247                        Non-inhibitor   \n",
      "3248                                  NaN   \n",
      "3249                                  NaN   \n",
      "3250                                  NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesAdmet.CYP450 2D6 substrate  \\\n",
      "id                                          \n",
      "1                           Non-substrate   \n",
      "2                           Non-substrate   \n",
      "3                           Non-substrate   \n",
      "4                           Non-substrate   \n",
      "5                                     NaN   \n",
      "...                                   ...   \n",
      "3246                        Non-substrate   \n",
      "3247                        Non-substrate   \n",
      "3248                                  NaN   \n",
      "3249                                  NaN   \n",
      "3250                                  NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesAdmet.CYP450 3A4 inhibitor  \\\n",
      "id                                          \n",
      "1                           Non-inhibitor   \n",
      "2                           Non-inhibitor   \n",
      "3                           Non-inhibitor   \n",
      "4                           Non-inhibitor   \n",
      "5                                     NaN   \n",
      "...                                   ...   \n",
      "3246                        Non-inhibitor   \n",
      "3247                        Non-inhibitor   \n",
      "3248                                  NaN   \n",
      "3249                                  NaN   \n",
      "3250                                  NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesAdmet.CYP450 3A4 substrate  \\\n",
      "id                                          \n",
      "1                               Substrate   \n",
      "2                           Non-substrate   \n",
      "3                               Substrate   \n",
      "4                           Non-substrate   \n",
      "5                                     NaN   \n",
      "...                                   ...   \n",
      "3246                            Substrate   \n",
      "3247                            Substrate   \n",
      "3248                                  NaN   \n",
      "3249                                  NaN   \n",
      "3250                                  NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesAdmet.CYP450 inhibitory promiscuity  \\\n",
      "id                                                   \n",
      "1                   Low CYP Inhibitory Promiscuity   \n",
      "2                   Low CYP Inhibitory Promiscuity   \n",
      "3                   Low CYP Inhibitory Promiscuity   \n",
      "4                  High CYP Inhibitory Promiscuity   \n",
      "5                                              NaN   \n",
      "...                                            ...   \n",
      "3246                Low CYP Inhibitory Promiscuity   \n",
      "3247                Low CYP Inhibitory Promiscuity   \n",
      "3248                                           NaN   \n",
      "3249                                           NaN   \n",
      "3250                                           NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesAdmet.Caco-2 permeable propertiesAdmet.Carcinogenicity  \\\n",
      "id                                                                      \n",
      "1                                   -                 Non-carcinogens   \n",
      "2                                   -                 Non-carcinogens   \n",
      "3                                   -                 Non-carcinogens   \n",
      "4                                   -                 Non-carcinogens   \n",
      "5                                 NaN                             NaN   \n",
      "...                               ...                             ...   \n",
      "3246                                +                 Non-carcinogens   \n",
      "3247                                +                 Non-carcinogens   \n",
      "3248                              NaN                             NaN   \n",
      "3249                              NaN                             NaN   \n",
      "3250                              NaN                             NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesAdmet.Human Intestinal Absorption  \\\n",
      "id                                                 \n",
      "1                                              -   \n",
      "2                                              -   \n",
      "3                                              -   \n",
      "4                                              -   \n",
      "5                                            NaN   \n",
      "...                                          ...   \n",
      "3246                                           +   \n",
      "3247                                           +   \n",
      "3248                                         NaN   \n",
      "3249                                         NaN   \n",
      "3250                                         NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesAdmet.P-glycoprotein inhibitor I  \\\n",
      "id                                                \n",
      "1                                 Non-inhibitor   \n",
      "2                                 Non-inhibitor   \n",
      "3                                     Inhibitor   \n",
      "4                                 Non-inhibitor   \n",
      "5                                           NaN   \n",
      "...                                         ...   \n",
      "3246                              Non-inhibitor   \n",
      "3247                              Non-inhibitor   \n",
      "3248                                        NaN   \n",
      "3249                                        NaN   \n",
      "3250                                        NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesAdmet.P-glycoprotein inhibitor II  \\\n",
      "id                                                 \n",
      "1                                  Non-inhibitor   \n",
      "2                                  Non-inhibitor   \n",
      "3                                      Inhibitor   \n",
      "4                                  Non-inhibitor   \n",
      "5                                            NaN   \n",
      "...                                          ...   \n",
      "3246                               Non-inhibitor   \n",
      "3247                               Non-inhibitor   \n",
      "3248                                         NaN   \n",
      "3249                                         NaN   \n",
      "3250                                         NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesAdmet.P-glycoprotein substrate  \\\n",
      "id                                              \n",
      "1                                   Substrate   \n",
      "2                                   Substrate   \n",
      "3                                   Substrate   \n",
      "4                                   Substrate   \n",
      "5                                         NaN   \n",
      "...                                       ...   \n",
      "3246                            Non-substrate   \n",
      "3247                            Non-substrate   \n",
      "3248                                      NaN   \n",
      "3249                                      NaN   \n",
      "3250                                      NaN   \n",
      "\n",
      "      propertiesAdmet.Rat acute toxicity  \\\n",
      "id                                         \n",
      "1                                 2.3925   \n",
      "2                                 2.1838   \n",
      "3                                 2.6625   \n",
      "4                                 2.2973   \n",
      "5                                    NaN   \n",
      "...                                  ...   \n",
      "3246                              2.1455   \n",
      "3247                              2.1455   \n",
      "3248                                 NaN   \n",
      "3249                                 NaN   \n",
      "3250                                 NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesAdmet.Renal organic cation transporter  \\\n",
      "id                                                      \n",
      "1                                       Non-inhibitor   \n",
      "2                                       Non-inhibitor   \n",
      "3                                       Non-inhibitor   \n",
      "4                                       Non-inhibitor   \n",
      "5                                                 NaN   \n",
      "...                                               ...   \n",
      "3246                                    Non-inhibitor   \n",
      "3247                                    Non-inhibitor   \n",
      "3248                                              NaN   \n",
      "3249                                              NaN   \n",
      "3250                                              NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesAdmet.hERG inhibition  predictor I   \\\n",
      "id                                                   \n",
      "1                                   Weak inhibitor   \n",
      "2                                   Weak inhibitor   \n",
      "3                                   Weak inhibitor   \n",
      "4                                   Weak inhibitor   \n",
      "5                                              NaN   \n",
      "...                                            ...   \n",
      "3246                                Weak inhibitor   \n",
      "3247                                Weak inhibitor   \n",
      "3248                                           NaN   \n",
      "3249                                           NaN   \n",
      "3250                                           NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesAdmet.hERG inhibition  predictor II   propertiesExperimental  \\\n",
      "id                                                                            \n",
      "1                                         Inhibitor                     NaN   \n",
      "2                                     Non-inhibitor                     NaN   \n",
      "3                                         Inhibitor                     NaN   \n",
      "4                                         Inhibitor                     NaN   \n",
      "5                                               NaN                     NaN   \n",
      "...                                             ...                     ...   \n",
      "3246                                  Non-inhibitor                     NaN   \n",
      "3247                                  Non-inhibitor                     NaN   \n",
      "3248                                            NaN                     NaN   \n",
      "3249                                            NaN                     NaN   \n",
      "3250                                            NaN                     NaN   \n",
      "\n",
      "      propertiesExperimental.Caco2 permeability  \\\n",
      "id                                                \n",
      "1                                           NaN   \n",
      "2                                           NaN   \n",
      "3                                           NaN   \n",
      "4                                           NaN   \n",
      "5                                           NaN   \n",
      "...                                         ...   \n",
      "3246                                        NaN   \n",
      "3247                                        NaN   \n",
      "3248                                        NaN   \n",
      "3249                                        NaN   \n",
      "3250                                        NaN   \n",
      "\n",
      "      propertiesExperimental.Radioactivity  mCi.mL   \\\n",
      "id                                                    \n",
      "1                                               NaN   \n",
      "2                                               NaN   \n",
      "3                                               NaN   \n",
      "4                                               NaN   \n",
      "5                                               NaN   \n",
      "...                                             ...   \n",
      "3246                                            NaN   \n",
      "3247                                            NaN   \n",
      "3248                                            NaN   \n",
      "3249                                            NaN   \n",
      "3250                                            NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesExperimental.boiling point     propertiesExperimental.logP  \\\n",
      "id                                                                          \n",
      "1                                        NaN                         0.30   \n",
      "2                                        NaN                         0.20   \n",
      "3                                        NaN                          NaN   \n",
      "4                                        NaN                          NaN   \n",
      "5                                        NaN                          NaN   \n",
      "...                                      ...                          ...   \n",
      "3246                                     NaN                         4.20   \n",
      "3247                                   462.8                         5.66   \n",
      "3248                                     NaN                          NaN   \n",
      "3249                                     NaN                          NaN   \n",
      "3250                                     NaN                          NaN   \n",
      "\n",
      "      propertiesExperimental.logS propertiesExperimental.melting point     \\\n",
      "id                                                                          \n",
      "1                             NaN                                       2   \n",
      "2                             NaN                                     NaN   \n",
      "3                             NaN                                     NaN   \n",
      "4                             NaN                                     NaN   \n",
      "5                             NaN                                     NaN   \n",
      "...                           ...                                     ...   \n",
      "3246                          NaN                                   189,5   \n",
      "3247                          NaN                                   189,5   \n",
      "3248                          NaN                                     NaN   \n",
      "3249                          NaN                                     NaN   \n",
      "3250                          NaN                                     NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesExperimental.pKa propertiesExperimental.water solubility  \\\n",
      "id                                                                        \n",
      "1                           NaN                                     NaN   \n",
      "2                           NaN    Sodium salt is soluble in water (50)   \n",
      "3                           NaN                                     NaN   \n",
      "4                           NaN                                     NaN   \n",
      "5                           NaN                                     NaN   \n",
      "...                         ...                                     ...   \n",
      "3246                        NaN                                     0.6   \n",
      "3247                         ~4                            0.00477mg/mL   \n",
      "3248                        NaN                                     NaN   \n",
      "3249                        NaN                                     NaN   \n",
      "3250                        NaN                                     NaN   \n",
      "\n",
      "      propertiesPredicted.Bioavailability propertiesPredicted.Ghose Filter  \\\n",
      "id                                                                           \n",
      "1                                     1.0                               No   \n",
      "2                                     1.0                              Yes   \n",
      "3                                     0.0                               No   \n",
      "4                                     1.0                              Yes   \n",
      "5                                     1.0                              Yes   \n",
      "...                                   ...                              ...   \n",
      "3246                                  1.0                              Yes   \n",
      "3247                                  1.0                              Yes   \n",
      "3248                                  NaN                              NaN   \n",
      "3249                                  NaN                              NaN   \n",
      "3250                                  NaN                              NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesPredicted.MDDR-like Rule  propertiesPredicted.Number of Rings  \\\n",
      "id                                                                             \n",
      "1                                   Yes                                  4.0   \n",
      "2                                    No                                  4.0   \n",
      "3                                   Yes                                  4.0   \n",
      "4                                   Yes                                  4.0   \n",
      "5                                   Yes                                  3.0   \n",
      "...                                 ...                                  ...   \n",
      "3246                                 No                                  1.0   \n",
      "3247                                 No                                  1.0   \n",
      "3248                                NaN                                  NaN   \n",
      "3249                                NaN                                  NaN   \n",
      "3250                                NaN                                  NaN   \n",
      "\n",
      "      propertiesPredicted.Physiological Charge  \\\n",
      "id                                               \n",
      "1                                         -1.0   \n",
      "2                                         -1.0   \n",
      "3                                         -2.0   \n",
      "4                                          0.0   \n",
      "5                                          0.0   \n",
      "...                                        ...   \n",
      "3246                                      -1.0   \n",
      "3247                                      -1.0   \n",
      "3248                                       NaN   \n",
      "3249                                       NaN   \n",
      "3250                                       NaN   \n",
      "\n",
      "      propertiesPredicted.Polarizability  propertiesPredicted.Refractivity  \\\n",
      "id                                                                           \n",
      "1                                  51.77                            126.30   \n",
      "2                                  44.97                            111.71   \n",
      "3                                  65.90                            169.79   \n",
      "4                                  45.48                            110.62   \n",
      "5                                  41.16                            109.42   \n",
      "...                                  ...                               ...   \n",
      "3246                               35.89                             97.79   \n",
      "3247                               36.15                             97.79   \n",
      "3248                                 NaN                               NaN   \n",
      "3249                                 NaN                               NaN   \n",
      "3250                                 NaN                               NaN   \n",
      "\n",
      "     propertiesPredicted.Rule of Five propertiesPredicted.Vebers Rule  \\\n",
      "id                                                                      \n",
      "1                                  No                              No   \n",
      "2                                 Yes                              No   \n",
      "3                                  No                              No   \n",
      "4                                 Yes                              No   \n",
      "5                                 Yes                              No   \n",
      "...                               ...                             ...   \n",
      "3246                               No                             Yes   \n",
      "3247                               No                             Yes   \n",
      "3248                              NaN                             NaN   \n",
      "3249                              NaN                             NaN   \n",
      "3250                              NaN                             NaN   \n",
      "\n",
      "      propertiesPredicted.Water Solubility  propertiesPredicted.logS  \\\n",
      "id                                                                     \n",
      "1                                  0.11900                      -3.6   \n",
      "2                                  0.23300                      -3.3   \n",
      "3                                      NaN                       NaN   \n",
      "4                                  0.00712                      -4.8   \n",
      "5                                  0.00228                      -5.3   \n",
      "...                                    ...                       ...   \n",
      "3246                               0.00477                      -4.8   \n",
      "3247                               0.00477                      -4.8   \n",
      "3248                                   NaN                       NaN   \n",
      "3249                                   NaN                       NaN   \n",
      "3250                                   NaN                       NaN   \n",
      "\n",
      "      propertiesPredicted.pKa  Strongest Acidic   \\\n",
      "id                                                 \n",
      "1                                           3.49   \n",
      "2                                           3.49   \n",
      "3                                           2.25   \n",
      "4                                          10.94   \n",
      "5                                          10.85   \n",
      "...                                          ...   \n",
      "3246                                        4.76   \n",
      "3247                                        4.76   \n",
      "3248                                         NaN   \n",
      "3249                                         NaN   \n",
      "3250                                         NaN   \n",
      "\n",
      "      propertiesPredicted.pKa  Strongest Basic   \\\n",
      "id                                                \n",
      "1                                          -4.3   \n",
      "2                                          -5.9   \n",
      "3                                          -1.9   \n",
      "4                                          -1.8   \n",
      "5                                          -4.5   \n",
      "...                                         ...   \n",
      "3246                                        NaN   \n",
      "3247                                        NaN   \n",
      "3248                                        NaN   \n",
      "3249                                        NaN   \n",
      "3250                                        NaN   \n",
      "\n",
      "                                           targets.PIds  \\\n",
      "id                                                        \n",
      "1                        Q75Y35;!P0A3M6;!Q8DNB6;!Q7CRA4   \n",
      "2                                                Q8XJ01   \n",
      "3                                                P12931   \n",
      "4                                                P11217   \n",
      "5                                                   NaN   \n",
      "...                                                 ...   \n",
      "3246  P10276;!P19793;!P10826;!P28702;!P13631;!P48443...   \n",
      "3247                                     P13631;!P10276   \n",
      "3248                                                NaN   \n",
      "3249                                                NaN   \n",
      "3250                                                NaN   \n",
      "\n",
      "                                          targets.genes  \\\n",
      "id                                                        \n",
      "1                              pbp3;!penA;!pbp2a;!pbp1b   \n",
      "2                                                  pbpA   \n",
      "3                                                   SRC   \n",
      "4                                                  PYGM   \n",
      "5                                                   NaN   \n",
      "...                                                 ...   \n",
      "3246  RARA;!RXRA;!RARB;!RXRB;!RARG;!RXRG;!IGFBP3;!PS...   \n",
      "3247                                         RARG;!RARA   \n",
      "3248                                                NaN   \n",
      "3249                                                NaN   \n",
      "3250                                                NaN   \n",
      "\n",
      "                                          targets.names  \\\n",
      "id                                                        \n",
      "1     1. Penicillin-binding protein 3;!2. Penicillin...   \n",
      "2                      1. Penicillin-binding protein 1A   \n",
      "3         1. Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src   \n",
      "4                1. Glycogen phosphorylase, muscle form   \n",
      "5                                                   NaN   \n",
      "...                                                 ...   \n",
      "3246  1. Retinoic acid receptor alpha;!2. Retinoic a...   \n",
      "3247  1. Retinoic acid receptor gamma;!2. Retinoic a...   \n",
      "3248                                                NaN   \n",
      "3249                                                NaN   \n",
      "3250                                                NaN   \n",
      "\n",
      "      chemicalProperties.Complexity  \\\n",
      "id                                    \n",
      "1                             982.0   \n",
      "2                             844.0   \n",
      "3                            1170.0   \n",
      "4                             683.0   \n",
      "5                             771.0   \n",
      "...                             ...   \n",
      "3246                          567.0   \n",
      "3247                          567.0   \n",
      "3248                          937.0   \n",
      "3249                          508.0   \n",
      "3250                          607.0   \n",
      "\n",
      "     chemicalProperties.Compound Is Canonicalized  \\\n",
      "id                                                  \n",
      "1                                             Yes   \n",
      "2                                             Yes   \n",
      "3                                             Yes   \n",
      "4                                             Yes   \n",
      "5                                             Yes   \n",
      "...                                           ...   \n",
      "3246                                          Yes   \n",
      "3247                                          Yes   \n",
      "3248                                          Yes   \n",
      "3249                                          Yes   \n",
      "3250                                          Yes   \n",
      "\n",
      "      chemicalProperties.Covalently-Bonded Unit Count  \\\n",
      "id                                                      \n",
      "1                                                 1.0   \n",
      "2                                                 1.0   \n",
      "3                                                 1.0   \n",
      "4                                                 1.0   \n",
      "5                                                 1.0   \n",
      "...                                               ...   \n",
      "3246                                              1.0   \n",
      "3247                                              1.0   \n",
      "3248                                              1.0   \n",
      "3249                                              1.0   \n",
      "3250                                              1.0   \n",
      "\n",
      "      chemicalProperties.Defined Atom Stereocenter Count  \\\n",
      "id                                                         \n",
      "1                                                   4.0    \n",
      "2                                                   4.0    \n",
      "3                                                   2.0    \n",
      "4                                                   1.0    \n",
      "5                                                   1.0    \n",
      "...                                                 ...    \n",
      "3246                                                0.0    \n",
      "3247                                                0.0    \n",
      "3248                                                5.0    \n",
      "3249                                                3.0    \n",
      "3250                                                3.0    \n",
      "\n",
      "      chemicalProperties.Defined Bond Stereocenter Count  \\\n",
      "id                                                         \n",
      "1                                                   0.0    \n",
      "2                                                   0.0    \n",
      "3                                                   0.0    \n",
      "4                                                   0.0    \n",
      "5                                                   0.0    \n",
      "...                                                 ...    \n",
      "3246                                                4.0    \n",
      "3247                                                4.0    \n",
      "3248                                                0.0    \n",
      "3249                                                0.0    \n",
      "3250                                                0.0    \n",
      "\n",
      "      chemicalProperties.Exact Mass  chemicalProperties.Formal Charge  \\\n",
      "id                                                                      \n",
      "1                        517.163119                               0.0   \n",
      "2                        461.136905                               0.0   \n",
      "3                        661.243558                               0.0   \n",
      "4                        446.081554                               0.0   \n",
      "5                        469.142482                               0.0   \n",
      "...                             ...                               ...   \n",
      "3246                     300.208930                               0.0   \n",
      "3247                     300.208930                               0.0   \n",
      "3248                     594.312560                               0.0   \n",
      "3249                     342.190320                               0.0   \n",
      "3250                     390.138678                               0.0   \n",
      "\n",
      "      chemicalProperties.Heavy Atom Count  \\\n",
      "id                                          \n",
      "1                                    36.0   \n",
      "2                                    32.0   \n",
      "3                                    48.0   \n",
      "4                                    30.0   \n",
      "5                                    33.0   \n",
      "...                                   ...   \n",
      "3246                                 22.0   \n",
      "3247                                 22.0   \n",
      "3248                                 42.0   \n",
      "3249                                 24.0   \n",
      "3250                                 27.0   \n",
      "\n",
      "      chemicalProperties.Isotope Atom Count  \\\n",
      "id                                            \n",
      "1                                       0.0   \n",
      "2                                       0.0   \n",
      "3                                       0.0   \n",
      "4                                       0.0   \n",
      "5                                       0.0   \n",
      "...                                     ...   \n",
      "3246                                    0.0   \n",
      "3247                                    0.0   \n",
      "3248                                    0.0   \n",
      "3249                                    0.0   \n",
      "3250                                    0.0   \n",
      "\n",
      "      chemicalProperties.Monoisotopic Mass  \\\n",
      "id                                           \n",
      "1                               517.163119   \n",
      "2                               461.136905   \n",
      "3                               661.243558   \n",
      "4                               446.081554   \n",
      "5                               469.142482   \n",
      "...                                    ...   \n",
      "3246                            300.208930   \n",
      "3247                            300.208930   \n",
      "3248                            594.312560   \n",
      "3249                            342.190320   \n",
      "3250                            390.138678   \n",
      "\n",
      "      chemicalProperties.Undefined Atom Stereocenter Count  \\\n",
      "id                                                           \n",
      "1                                                   0.0      \n",
      "2                                                   0.0      \n",
      "3                                                   0.0      \n",
      "4                                                   0.0      \n",
      "5                                                   0.0      \n",
      "...                                                 ...      \n",
      "3246                                                0.0      \n",
      "3247                                                0.0      \n",
      "3248                                                0.0      \n",
      "3249                                                0.0      \n",
      "3250                                                0.0      \n",
      "\n",
      "      chemicalProperties.Undefined Bond Stereocenter Count  \\\n",
      "id                                                           \n",
      "1                                                   0.0      \n",
      "2                                                   0.0      \n",
      "3                                                   0.0      \n",
      "4                                                   0.0      \n",
      "5                                                   0.0      \n",
      "...                                                 ...      \n",
      "3246                                                0.0      \n",
      "3247                                                0.0      \n",
      "3248                                                0.0      \n",
      "3249                                                0.0      \n",
      "3250                                                0.0      \n",
      "\n",
      "                                               synonyms  Summary.maxPhase  \\\n",
      "id                                                                          \n",
      "1                                                   NaN               4.0   \n",
      "2                                                   NaN               NaN   \n",
      "3     RU90395;!2-{4-[2-ACETYLAMINO-2-(1-BIPHENYL-4-Y...               NaN   \n",
      "4     (S)-2-Chloro-N-(1-(2-(2-Hydroxyethylamino)-2-O...               NaN   \n",
      "5     KK8645V7LE;!RG-4733;!RO4929097;!847925-91-1;!R...               2.0   \n",
      "...                                                 ...               ...   \n",
      "3246                                                NaN               3.0   \n",
      "3247                                                NaN               4.0   \n",
      "3248  Tyr-ile-gly-ser-arg;!110590-64-2;!YIGSR;!H-Tyr...               NaN   \n",
      "3249  Valyl-alanyl-prolyl-glycine;!66835-73-2;!2-[[(...               NaN   \n",
      "3250  DGEA;!H-Asp-Gly-Glu-Ala-OH;!134580-64-6;!a2b1 ...               NaN   \n",
      "\n",
      "      Summary.PolarSurfaceArea  Summary.HydrogenBondDonorCount  \\\n",
      "id                                                               \n",
      "1                        182.0                               3   \n",
      "2                        173.0                               4   \n",
      "3                        179.0                               4   \n",
      "4                        143.0                               4   \n",
      "5                         87.3                               3   \n",
      "...                        ...                             ...   \n",
      "3246                      37.3                               1   \n",
      "3247                      37.3                               1   \n",
      "3248                     285.0                              10   \n",
      "3249                     142.0                               4   \n",
      "3250                     225.0                               7   \n",
      "\n",
      "      Summary.HydrogenBondAcceptorCount  Summary.RotatableBondCount  \\\n",
      "id                                                                    \n",
      "1                                     8                           6   \n",
      "2                                     7                           5   \n",
      "3                                    10                          13   \n",
      "4                                     5                           6   \n",
      "5                                     8                           5   \n",
      "...                                 ...                         ...   \n",
      "3246                                  2                           5   \n",
      "3247                                  2                           5   \n",
      "3248                                 10                          18   \n",
      "3249                                  6                           7   \n",
      "3250                                 10                          12   \n",
      "\n",
      "      Summary.MolecularWeight         CID Summary.molecularFormula  \\\n",
      "id                                                                   \n",
      "1                      517.60     43672.0              C23H27N5O7S   \n",
      "2                      461.50   6479523.0              C20H23N5O6S   \n",
      "3                      661.70    447522.0              C35H36FN3O9   \n",
      "4                      446.90  11987874.0            C20H19ClN4O4S   \n",
      "5                      469.40  49867930.0             C22H20F5N3O3   \n",
      "...                       ...         ...                      ...   \n",
      "3246                   300.40    449171.0                 C20H28O2   \n",
      "3247                   300.40   5282379.0                 C20H28O2   \n",
      "3248                   594.70    123977.0               C26H42N8O8   \n",
      "3249                   342.39   6455376.0               C15H26N4O5   \n",
      "3250                   390.35   9821757.0               C14H22N4O9   \n",
      "\n",
      "                                                 Smiles  \\\n",
      "id                                                        \n",
      "1     [H][C@]12SC(C)(C)[C@@H](N1C(=O)[C@H]2NC(=O)[C@...   \n",
      "2     [H][C@](NC(=O)N1CCNC1=O)(C(=O)N[C@@H]1C(=O)N2[...   \n",
      "3     COC(=O)C1=C(C=CC(C[C@H](NC(C)=O)C(=O)N[C@H]2CC...   \n",
      "4     [H][C@@]1(CC2=C(C=CC=C2)N(CC(=O)NCCO)C1=O)NC(=...   \n",
      "5     CC(C)(C(=O)NCC(F)(F)C(F)(F)F)C(=O)N[C@H]1C2=CC...   \n",
      "...                                                 ...   \n",
      "3246    C\\C(\\C=C\\C1=C(C)CCCC1(C)C)=C\\C=C\\C(\\C)=C\\C(O)=O   \n",
      "3247    C\\C(\\C=C\\C1=C(C)CCCC1(C)C)=C/C=C/C(/C)=C\\C(O)=O   \n",
      "3248  CCC(C)C(C(=O)NCC(=O)NC(CO)C(=O)NC(CCCN=C(N)N)C...   \n",
      "3249       CC(C)C(C(=O)NC(C)C(=O)N1CCCC1C(=O)NCC(=O)O)N   \n",
      "3250  CC(C(=O)O)NC(=O)C(CCC(=O)O)NC(=O)CNC(=O)C(CC(=...   \n",
      "\n",
      "                 Summary.inChIKey  Summary.charge  LogP  PCA_biological  \\\n",
      "id                                                                        \n",
      "1     IVBHGBMCVLDMKU-GXNBUGAJSA-N              -1   0.5          0.1218   \n",
      "2     JTWOMNBEOCYFNV-NFFDBFGFSA-N              -1   0.1          0.0907   \n",
      "3     RLLAUERCSKPFGD-VMPREFPWSA-N              -2   3.8          0.1903   \n",
      "4     VUKPNWLGSLOHIF-AWEZNQCLSA-N               0   2.5          0.2467   \n",
      "5     OJPLJFIFUQPSJR-INIZCTEOSA-N               0   4.6          0.9809   \n",
      "...                           ...             ...   ...             ...   \n",
      "3246  SHGAZHPCJJPHSC-ZVCIMWCZSA-N              -1   6.3          0.0784   \n",
      "3247  SHGAZHPCJJPHSC-XFYACQKRSA-N              -1   6.3          0.0784   \n",
      "3248  MWOGMBZGFFZBMK-LJZWMIMPSA-N               0  -5.3          0.9869   \n",
      "3249  PPINMSZPTPRQQB-NHCYSSNCSA-N               0  -3.8          0.9869   \n",
      "3250  HZHXMUPSBUKRBW-FXQIFTODSA-N               0  -5.5          0.9869   \n",
      "\n",
      "      PCA_chemical     PCA  PCA_average  LDA_svd_biological  LDA_svd_chemical  \\\n",
      "id                                                                              \n",
      "1           0.1511  0.1197       0.1192              0.4702            0.6223   \n",
      "2           0.1436  0.0889       0.0931              0.2983            0.6162   \n",
      "3           0.1622  0.1860       0.1756              0.3483            0.5014   \n",
      "4           0.1697  0.2397       0.2217              0.4051            0.6081   \n",
      "5           0.9247  0.9791       0.9694              0.6907            0.6828   \n",
      "...            ...     ...          ...                 ...               ...   \n",
      "3246        0.1298  0.0768       0.0802              0.7673            0.6483   \n",
      "3247        0.1298  0.0768       0.0803              0.7673            0.6496   \n",
      "3248        0.8825  0.9829       0.9646              0.4983            0.3567   \n",
      "3249        0.8804  0.9827       0.9641              0.4983            0.5953   \n",
      "3250        0.8747  0.9825       0.9629              0.4983            0.5286   \n",
      "\n",
      "      LDA_svd  LDA_svd_average  LDA_eigen_biological  LDA_eigen_chemical  \\\n",
      "id                                                                         \n",
      "1      0.4259           0.5986                0.5271              0.3854   \n",
      "2      0.3910           0.5174                0.6983              0.3841   \n",
      "3      0.5196           0.4493                0.6261              0.4711   \n",
      "4      0.4232           0.5585                0.5867              0.3821   \n",
      "5      0.2521           0.7441                0.2961              0.3256   \n",
      "...       ...              ...                   ...                 ...   \n",
      "3246   0.2523           0.7510                0.2477              0.3943   \n",
      "3247   0.2511           0.7520                0.2477              0.3941   \n",
      "3248   0.6525           0.4020                0.4156              0.5945   \n",
      "3249   0.4280           0.5898                0.4156              0.4305   \n",
      "3250   0.4884           0.5373                0.4156              0.5102   \n",
      "\n",
      "      LDA_eigen  LDA_eigen_average  SVD_emb_biological  SVD_emb_chemical  \\\n",
      "id                                                                         \n",
      "1        0.4470             0.3985              0.0102            0.8534   \n",
      "2        0.4204             0.4759              0.1238            0.9883   \n",
      "3        0.5342             0.5073              0.0102            0.6564   \n",
      "4        0.4643             0.4234              0.0036            0.9883   \n",
      "5        0.2863             0.2486              0.8760            0.8590   \n",
      "...         ...                ...                 ...               ...   \n",
      "3246     0.2912             0.2774              0.1212            0.8694   \n",
      "3247     0.2909             0.2772              0.1212            0.8694   \n",
      "3248     0.6213             0.5024              0.7771            0.4101   \n",
      "3249     0.4612             0.3809              0.7771            0.8473   \n",
      "3250     0.5317             0.4399              0.7771            0.4403   \n",
      "\n",
      "      SVD_emb  SVD_emb_average  SVD_biological  SVD_chemical     SVD  \\\n",
      "id                                                                     \n",
      "1      0.3678           0.4054          0.8660        0.4912  0.8418   \n",
      "2      0.1471           0.5305          0.9211        0.4904  0.8929   \n",
      "3      0.1956           0.3105          0.7827        0.5270  0.7699   \n",
      "4      0.1112           0.4668          0.7766        0.5545  0.7710   \n",
      "5      0.7628           0.8664          0.1614        0.3064  0.1634   \n",
      "...       ...              ...             ...           ...     ...   \n",
      "3246   0.2557           0.4718          0.8837        0.4590  0.8500   \n",
      "3247   0.2557           0.4718          0.8837        0.4591  0.8500   \n",
      "3248   0.8102           0.5980          0.0000        0.3473  0.0091   \n",
      "3249   0.9105           0.8085          0.0000        0.2904  0.0000   \n",
      "3250   0.9105           0.6125          0.0000        0.3038  0.0022   \n",
      "\n",
      "      SVD_average  similarityBioChem.PCA_biological  \\\n",
      "id                                                    \n",
      "1          0.8156                            0.1410   \n",
      "2          0.8635                            0.1099   \n",
      "3          0.7536                            0.2094   \n",
      "4          0.7565                            0.2658   \n",
      "5          0.1456                            1.0000   \n",
      "...           ...                               ...   \n",
      "3246       0.8214                            1.0000   \n",
      "3247       0.8214                            1.0000   \n",
      "3248       0.0170                            1.0000   \n",
      "3249       0.0000                            1.0000   \n",
      "3250       0.0040                            1.0000   \n",
      "\n",
      "      similarityBioChem.PCA_chemical  similarityBioChem.PCA  \\\n",
      "id                                                            \n",
      "1                             0.2529                 0.1418   \n",
      "2                             0.2455                 0.1110   \n",
      "3                             0.2640                 0.2081   \n",
      "4                             0.2716                 0.2618   \n",
      "5                             0.9734                 0.9988   \n",
      "...                              ...                    ...   \n",
      "3246                          1.0000                 1.0000   \n",
      "3247                          1.0000                 1.0000   \n",
      "3248                          1.0000                 1.0000   \n",
      "3249                          1.0000                 1.0000   \n",
      "3250                          1.0000                 1.0000   \n",
      "\n",
      "      similarityBioChem.PCA_average  similarityBioChem.LDA_svd_biological  \\\n",
      "id                                                                          \n",
      "1                            0.1559                                0.7796   \n",
      "2                            0.1297                                0.6076   \n",
      "3                            0.2122                                0.6576   \n",
      "4                            0.2583                                0.7144   \n",
      "5                            0.9940                                1.0000   \n",
      "...                             ...                                   ...   \n",
      "3246                         1.0000                                1.0000   \n",
      "3247                         1.0000                                1.0000   \n",
      "3248                         1.0000                                1.0000   \n",
      "3249                         1.0000                                1.0000   \n",
      "3250                         1.0000                                1.0000   \n",
      "\n",
      "      similarityBioChem.LDA_svd_chemical  similarityBioChem.LDA_svd_average  \\\n",
      "id                                                                            \n",
      "1                                 0.9542                             0.9382   \n",
      "2                                 0.9603                             0.8570   \n",
      "3                                 0.9249                             0.7888   \n",
      "4                                 0.9684                             0.8980   \n",
      "5                                 0.8937                             0.9163   \n",
      "...                                  ...                                ...   \n",
      "3246                              1.0000                             1.0000   \n",
      "3247                              1.0000                             1.0000   \n",
      "3248                              1.0000                             1.0000   \n",
      "3249                              1.0000                             1.0000   \n",
      "3250                              1.0000                             1.0000   \n",
      "\n",
      "      similarityBioChem.LDA_eigen_biological  \\\n",
      "id                                             \n",
      "1                                     0.7690   \n",
      "2                                     0.5978   \n",
      "3                                     0.6699   \n",
      "4                                     0.7093   \n",
      "5                                     1.0000   \n",
      "...                                      ...   \n",
      "3246                                  1.0000   \n",
      "3247                                  1.0000   \n",
      "3248                                  1.0000   \n",
      "3249                                  1.0000   \n",
      "3250                                  1.0000   \n",
      "\n",
      "      similarityBioChem.LDA_eigen_chemical  similarityBioChem.LDA_eigen  \\\n",
      "id                                                                        \n",
      "1                                   0.9649                       0.9418   \n",
      "2                                   0.9636                       0.9683   \n",
      "3                                   0.9494                       0.8545   \n",
      "4                                   0.9616                       0.9245   \n",
      "5                                   0.9051                       0.8976   \n",
      "...                                    ...                          ...   \n",
      "3246                                1.0000                       1.0000   \n",
      "3247                                1.0000                       1.0000   \n",
      "3248                                1.0000                       1.0000   \n",
      "3249                                1.0000                       1.0000   \n",
      "3250                                1.0000                       1.0000   \n",
      "\n",
      "      similarityBioChem.LDA_eigen_average  \\\n",
      "id                                          \n",
      "1                                  0.9203   \n",
      "2                                  0.8430   \n",
      "3                                  0.8115   \n",
      "4                                  0.8955   \n",
      "5                                  0.9297   \n",
      "...                                   ...   \n",
      "3246                               1.0000   \n",
      "3247                               1.0000   \n",
      "3248                               1.0000   \n",
      "3249                               1.0000   \n",
      "3250                               1.0000   \n",
      "\n",
      "      similarityBioChem.SVD_emb_biological  \\\n",
      "id                                           \n",
      "1                                   0.1342   \n",
      "2                                   0.2478   \n",
      "3                                   0.1342   \n",
      "4                                   0.1276   \n",
      "5                                   1.0000   \n",
      "...                                    ...   \n",
      "3246                                1.0000   \n",
      "3247                                1.0000   \n",
      "3248                                1.0000   \n",
      "3249                                1.0000   \n",
      "3250                                1.0000   \n",
      "\n",
      "      similarityBioChem.SVD_emb_chemical  similarityBioChem.SVD_emb  \\\n",
      "id                                                                    \n",
      "1                                 0.9939                     0.5942   \n",
      "2                                 0.8590                     0.3735   \n",
      "3                                 0.8091                     0.4220   \n",
      "4                                 0.8590                     0.3377   \n",
      "5                                 0.9883                     0.9892   \n",
      "...                                  ...                        ...   \n",
      "3246                              1.0000                     1.0000   \n",
      "3247                              1.0000                     1.0000   \n",
      "3248                              1.0000                     1.0000   \n",
      "3249                              1.0000                     1.0000   \n",
      "3250                              1.0000                     1.0000   \n",
      "\n",
      "      similarityBioChem.SVD_biological  similarityBioChem.SVD_chemical  \\\n",
      "id                                                                       \n",
      "1                               0.2954                          0.8634   \n",
      "2                               0.2403                          0.8643   \n",
      "3                               0.3787                          0.8276   \n",
      "4                               0.3848                          0.8001   \n",
      "5                               1.0000                          0.9518   \n",
      "...                                ...                             ...   \n",
      "3246                            1.0000                          1.0000   \n",
      "3247                            1.0000                          1.0000   \n",
      "3248                            1.0000                          1.0000   \n",
      "3249                            1.0000                          1.0000   \n",
      "3250                            1.0000                          1.0000   \n",
      "\n",
      "      similarityBioChem.SVD  similarityBioChem.SVD_average  \\\n",
      "id                                                           \n",
      "1                    0.3298                         0.3444   \n",
      "2                    0.2787                         0.2966   \n",
      "3                    0.4016                         0.4064   \n",
      "4                    0.4005                         0.4035   \n",
      "5                    0.9918                         0.9856   \n",
      "...                     ...                            ...   \n",
      "3246                 1.0000                         1.0000   \n",
      "3247                 1.0000                         1.0000   \n",
      "3248                 1.0000                         1.0000   \n",
      "3249                 1.0000                         1.0000   \n",
      "3250                 1.0000                         1.0000   \n",
      "\n",
      "      similarityStruct.MACCS.Tanimoto  similarityStruct.RDK.Tanimoto  id old  \\\n",
      "id                                                                             \n",
      "1                              0.6163                         0.5257       1   \n",
      "2                              0.6220                         0.5178       2   \n",
      "3                              0.6883                         0.5042       3   \n",
      "4                              0.7368                         0.5402       4   \n",
      "5                              0.6250                         0.6644       5   \n",
      "...                               ...                            ...     ...   \n",
      "3246                           1.0000                         1.0000    3262   \n",
      "3247                           1.0000                         1.0000    3263   \n",
      "3248                           1.0000                         1.0000    3264   \n",
      "3249                           1.0000                         1.0000    3265   \n",
      "3250                           1.0000                         1.0000    3266   \n",
      "\n",
      "          files.source  12tar.cur  12tar.ref  12tar.dif  13tar.cur  13tar.ref  \\\n",
      "id                                                                              \n",
      "1              DB00319  -6.899638  -8.221449  -1.321812  34.746985  11.984838   \n",
      "2             46936447  -6.656838  -8.221449  -1.564611  -2.151435  11.984838   \n",
      "3              DB02432  -8.964207  -8.221449   0.742758  45.636774  11.984838   \n",
      "4              DB07792  -7.223478  -8.221449  -0.997971   4.642519  11.984838   \n",
      "5              DB11870  -9.001368  -8.221449   0.779919  10.867246  11.984838   \n",
      "...                ...        ...        ...        ...        ...        ...   \n",
      "3246           DB00523        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3247           DB00982        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3248  ZINC000067810124        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3249  ZINC000034065149        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3250  ZINC000015721478        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "\n",
      "      13tar.dif  14tar.cur  14tar.ref  14tar.dif  15tar.cur  15tar.ref  \\\n",
      "id                                                                       \n",
      "1    -22.762148  -7.118579  -7.405257  -0.286678  -6.440225  -8.693925   \n",
      "2     14.136273  -8.458090  -7.405257   1.052833  -7.095498  -8.693925   \n",
      "3    -33.651936  -9.747455  -7.405257   2.342198 -11.802804  -8.693925   \n",
      "4      7.342319  -8.320514  -7.405257   0.915256  -7.223322  -8.693925   \n",
      "5      1.117592  -9.253247  -7.405257   1.847989  -8.244460  -8.693925   \n",
      "...         ...        ...        ...        ...        ...        ...   \n",
      "3246        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3247        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3248        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3249        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3250        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "\n",
      "      15tar.dif  43tar.cur  43tar.ref  43tar.dif  7tar.cur  7tar.ref  \\\n",
      "id                                                                     \n",
      "1     -2.253700  -6.152086  -7.885533  -1.733447 -6.164706 -6.313212   \n",
      "2     -1.598428  -7.338896  -7.885533  -0.546637 -6.342863 -6.313212   \n",
      "3      3.108878  -9.694486  -7.885533   1.808953 -8.876969 -6.313212   \n",
      "4     -1.470603  -6.570005  -7.885533  -1.315529 -5.625258 -6.313212   \n",
      "5     -0.449465  -7.656099  -7.885533  -0.229435 -5.792706 -6.313212   \n",
      "...         ...        ...        ...        ...       ...       ...   \n",
      "3246        NaN        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN   \n",
      "3247        NaN        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN   \n",
      "3248        NaN        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN   \n",
      "3249        NaN        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN   \n",
      "3250        NaN        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN   \n",
      "\n",
      "      7tar.dif  22tar.cur  22tar.ref  22tar.dif  9tar.cur  9tar.ref  9tar.dif  \\\n",
      "id                                                                              \n",
      "1    -0.148506        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "2     0.029651        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "3     2.563757        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "4    -0.687954        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "5    -0.520507        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "...        ...        ...        ...        ...       ...       ...       ...   \n",
      "3246       NaN        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "3247       NaN        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "3248       NaN        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "3249       NaN        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "3250       NaN        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "\n",
      "      23tar.cur  23tar.ref  23tar.dif  2tar.cur  2tar.ref  2tar.dif  3tar.cur  \\\n",
      "id                                                                              \n",
      "1           NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "2           NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "3           NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "4           NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "5           NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "...         ...        ...        ...       ...       ...       ...       ...   \n",
      "3246        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "3247        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "3248        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "3249        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "3250        NaN        NaN        NaN       NaN       NaN       NaN       NaN   \n",
      "\n",
      "      3tar.ref  3tar.dif  4tar.cur  4tar.ref  4tar.dif  25tar.cur  25tar.ref  \\\n",
      "id                                                                             \n",
      "1          NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN        NaN   \n",
      "2          NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN        NaN   \n",
      "3          NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN        NaN   \n",
      "4          NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN        NaN   \n",
      "5          NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN        NaN   \n",
      "...        ...       ...       ...       ...       ...        ...        ...   \n",
      "3246       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN        NaN   \n",
      "3247       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN        NaN   \n",
      "3248       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN        NaN   \n",
      "3249       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN        NaN   \n",
      "3250       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN        NaN   \n",
      "\n",
      "      25tar.dif  26tar.cur  26tar.ref  26tar.dif  24tar.cur  24tar.ref  \\\n",
      "id                                                                       \n",
      "1           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "2           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "4           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "5           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "...         ...        ...        ...        ...        ...        ...   \n",
      "3246        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3247        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3248        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3249        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3250        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "\n",
      "      24tar.dif  27tar.cur  27tar.ref  27tar.dif  28tar.cur  28tar.ref  \\\n",
      "id                                                                       \n",
      "1           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "2           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "4           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "5           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "...         ...        ...        ...        ...        ...        ...   \n",
      "3246        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3247        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3248        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3249        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3250        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "\n",
      "      28tar.dif  29tar.cur  29tar.ref  29tar.dif  30tar.cur  30tar.ref  \\\n",
      "id                                                                       \n",
      "1           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "2           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "4           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "5           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "...         ...        ...        ...        ...        ...        ...   \n",
      "3246        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3247        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3248        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3249        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3250        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "\n",
      "      30tar.dif  98tar.cur  98tar.ref  98tar.dif  16tar.cur  16tar.ref  \\\n",
      "id                                                                       \n",
      "1           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "2           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "4           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "5           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "...         ...        ...        ...        ...        ...        ...   \n",
      "3246        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3247        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3248        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3249        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3250        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "\n",
      "      16tar.dif  17tar.cur  17tar.ref  17tar.dif  18tar.cur  18tar.ref  \\\n",
      "id                                                                       \n",
      "1           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "2           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "4           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "5           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "...         ...        ...        ...        ...        ...        ...   \n",
      "3246        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3247        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3248        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3249        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3250        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "\n",
      "      18tar.dif  19tar.cur  19tar.ref  19tar.dif  11tar.cur  11tar.ref  \\\n",
      "id                                                                       \n",
      "1           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "2           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "4           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "5           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "...         ...        ...        ...        ...        ...        ...   \n",
      "3246        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3247        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3248        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3249        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3250        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "\n",
      "      11tar.dif  31tar.cur  31tar.ref  31tar.dif  32tar.cur  32tar.ref  \\\n",
      "id                                                                       \n",
      "1           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "2           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "4           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "5           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "...         ...        ...        ...        ...        ...        ...   \n",
      "3246        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3247        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3248        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3249        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3250        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "\n",
      "      32tar.dif  33tar.cur  33tar.ref  33tar.dif  34tar.cur  34tar.ref  \\\n",
      "id                                                                       \n",
      "1           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "2           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "4           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "5           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "...         ...        ...        ...        ...        ...        ...   \n",
      "3246        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3247        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3248        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3249        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3250        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "\n",
      "      34tar.dif  35tar.cur  35tar.ref  35tar.dif  36tar.cur  36tar.ref  \\\n",
      "id                                                                       \n",
      "1           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "2           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "4           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "5           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "...         ...        ...        ...        ...        ...        ...   \n",
      "3246        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3247        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3248        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3249        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3250        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "\n",
      "      36tar.dif  37tar.cur  37tar.ref  37tar.dif  38tar.cur  38tar.ref  \\\n",
      "id                                                                       \n",
      "1           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "2           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "4           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "5           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "...         ...        ...        ...        ...        ...        ...   \n",
      "3246        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3247        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3248        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3249        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3250        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "\n",
      "      38tar.dif  39tar.cur  39tar.ref  39tar.dif  40tar.cur  40tar.ref  \\\n",
      "id                                                                       \n",
      "1           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "2           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "4           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "5           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "...         ...        ...        ...        ...        ...        ...   \n",
      "3246        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3247        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3248        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3249        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3250        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "\n",
      "      40tar.dif  1tar.cur  1tar.ref  1tar.dif   5tar.cur   5tar.ref  5tar.dif  \\\n",
      "id                                                                              \n",
      "1           NaN       NaN       NaN       NaN        NaN        NaN       NaN   \n",
      "2           NaN       NaN       NaN       NaN        NaN        NaN       NaN   \n",
      "3           NaN       NaN       NaN       NaN        NaN        NaN       NaN   \n",
      "4           NaN       NaN       NaN       NaN        NaN        NaN       NaN   \n",
      "5           NaN       NaN       NaN       NaN        NaN        NaN       NaN   \n",
      "...         ...       ...       ...       ...        ...        ...       ...   \n",
      "3246        NaN       NaN       NaN       NaN        NaN        NaN       NaN   \n",
      "3247        NaN       NaN       NaN       NaN        NaN        NaN       NaN   \n",
      "3248        NaN -13.04793 -13.04793       0.0 -14.254134 -14.254134       0.0   \n",
      "3249        NaN       NaN       NaN       NaN        NaN        NaN       NaN   \n",
      "3250        NaN       NaN       NaN       NaN        NaN        NaN       NaN   \n",
      "\n",
      "      20tar.cur  20tar.ref  20tar.dif  10tar.cur  10tar.ref  10tar.dif  \\\n",
      "id                                                                       \n",
      "1           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "2           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "4           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "5           NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "...         ...        ...        ...        ...        ...        ...   \n",
      "3246        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3247        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3248        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3249        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "3250        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN        NaN   \n",
      "\n",
      "      6tar.cur  6tar.ref  6tar.dif  8tar.cur  8tar.ref  8tar.dif  21tar.cur  \\\n",
      "id                                                                            \n",
      "1          NaN       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN   \n",
      "2          NaN       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN   \n",
      "3          NaN       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN   \n",
      "4          NaN       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN   \n",
      "5          NaN       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN   \n",
      "...        ...       ...       ...       ...       ...       ...        ...   \n",
      "3246       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN   \n",
      "3247       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN   \n",
      "3248       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN   \n",
      "3249       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN   \n",
      "3250       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN        NaN   \n",
      "\n",
      "      21tar.ref  21tar.dif  Docking.hasProccessed  numberRef.limit  \\\n",
      "id                                                                   \n",
      "1           NaN        NaN                      1              0.0   \n",
      "2           NaN        NaN                      1              0.0   \n",
      "3           NaN        NaN                      1              0.0   \n",
      "4           NaN        NaN                      1              0.0   \n",
      "5           NaN        NaN                      1              0.0   \n",
      "...         ...        ...                    ...              ...   \n",
      "3246        NaN        NaN                      1              0.0   \n",
      "3247        NaN        NaN                      1              0.0   \n",
      "3248        NaN        NaN                      1              2.0   \n",
      "3249        NaN        NaN                      1              0.0   \n",
      "3250        NaN        NaN                      1              0.0   \n",
      "\n",
      "      numberCur.limit  hasProccessed  numberProccessed    meanCur    meanRef  \\\n",
      "id                                                                             \n",
      "1                 0.0            1.0               6.0   0.328625  -4.422423   \n",
      "2                 0.0            1.0               6.0  -6.340603  -4.422423   \n",
      "3                 3.0            1.0               6.0  -0.574858  -4.422423   \n",
      "4                 0.0            1.0               6.0  -5.053343  -4.422423   \n",
      "5                 2.0            1.0               6.0  -4.846772  -4.422423   \n",
      "...               ...            ...               ...        ...        ...   \n",
      "3246              0.0            0.0               0.0        NaN        NaN   \n",
      "3247              0.0            0.0               0.0        NaN        NaN   \n",
      "3248              2.0            1.0               2.0 -13.651032 -13.651032   \n",
      "3249              0.0            0.0               0.0        NaN        NaN   \n",
      "3250              0.0            0.0               0.0        NaN        NaN   \n",
      "\n",
      "       meanDif  procRef   procCur  proc  numberDif  \n",
      "id                                                  \n",
      "1    -4.751049      0.0  0.000000   0.0        2.0  \n",
      "2     1.918180      0.0  0.000000   0.0        4.0  \n",
      "3    -3.847565      0.0  0.500000   0.0        5.0  \n",
      "4     0.630920      0.0  0.000000   0.0        4.0  \n",
      "5     0.424349      0.0  0.333333   0.0        6.0  \n",
      "...        ...      ...       ...   ...        ...  \n",
      "3246       NaN      NaN       NaN   0.0        0.0  \n",
      "3247       NaN      NaN       NaN   0.0        0.0  \n",
      "3248  0.000000      1.0  1.000000   1.0        2.0  \n",
      "3249       NaN      NaN       NaN   0.0        0.0  \n",
      "3250       NaN      NaN       NaN   0.0        0.0  \n",
      "\n",
      "[3250 rows x 298 columns]\n"
     ]
    }
   ],
   "source": [
    "\n",
    "with pd.option_context('display.max_columns', None,):\n",
    "  # with pd.option_context('display.max_rows', None,):\n",
    "    print(df)\n",
    "    "
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 115,
   "metadata": {},
   "outputs": [],
   "source": [
    "df.columns = 'Docking.' + df.columns"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 117,
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "data": {
      "text/html": [
       "<div>\n",
       "<style scoped>\n",
       "    .dataframe tbody tr th:only-of-type {\n",
       "        vertical-align: middle;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe tbody tr th {\n",
       "        vertical-align: top;\n",
       "    }\n",
       "\n",
       "    .dataframe thead th {\n",
       "        text-align: right;\n",
       "    }\n",
       "</style>\n",
       "<table border=\"1\" class=\"dataframe\">\n",
       "  <thead>\n",
       "    <tr style=\"text-align: right;\">\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th>Docking.DrugBank Id</th>\n",
       "      <th>Docking.group</th>\n",
       "      <th>Docking.type</th>\n",
       "      <th>Docking.Source.PubChemCID</th>\n",
       "      <th>Docking.Source.DrugBankID</th>\n",
       "      <th>Docking.similarity.drugs.all.groups</th>\n",
       "      <th>Docking.similarity.drugs.all.count</th>\n",
       "      <th>Docking.similarity.drugs.checkedMols</th>\n",
       "      <th>Docking.similarity.drugs.checkedMols.count</th>\n",
       "      <th>Docking.similarity.pathways.checked</th>\n",
       "      <th>Docking.similarity.pathways.checked.count</th>\n",
       "      <th>Docking.similarity.genes.checked</th>\n",
       "      <th>Docking.similarity.genes.checked.count</th>\n",
       "      <th>Docking.similarity.targets.checked</th>\n",
       "      <th>Docking.similarity.targets.checked.count</th>\n",
       "      <th>...</th>\n",
       "      <th>Docking.21tar.cur</th>\n",
       "      <th>Docking.21tar.ref</th>\n",
       "      <th>Docking.21tar.dif</th>\n",
       "      <th>Docking.Docking.hasProccessed</th>\n",
       "      <th>Docking.numberRef.limit</th>\n",
       "      <th>Docking.numberCur.limit</th>\n",
       "      <th>Docking.hasProccessed</th>\n",
       "      <th>Docking.numberProccessed</th>\n",
       "      <th>Docking.meanCur</th>\n",
       "      <th>Docking.meanRef</th>\n",
       "      <th>Docking.meanDif</th>\n",
       "      <th>Docking.procRef</th>\n",
       "      <th>Docking.procCur</th>\n",
       "      <th>Docking.proc</th>\n",
       "      <th>Docking.numberDif</th>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>id</th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "      <th></th>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </thead>\n",
       "  <tbody>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>1</th>\n",
       "      <td>DB00319</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>6.0</td>\n",
       "      <td>0.328625</td>\n",
       "      <td>-4.422423</td>\n",
       "      <td>-4.751049</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.000000</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>2.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>2</th>\n",
       "      <td>DB01061</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>6.0</td>\n",
       "      <td>-6.340603</td>\n",
       "      <td>-4.422423</td>\n",
       "      <td>1.918180</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.000000</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>4.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3</th>\n",
       "      <td>DB02432</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1, 29,</td>\n",
       "      <td>2</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>3.0</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>6.0</td>\n",
       "      <td>-0.574858</td>\n",
       "      <td>-4.422423</td>\n",
       "      <td>-3.847565</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.500000</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>5.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>4</th>\n",
       "      <td>DB07792</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>6.0</td>\n",
       "      <td>-5.053343</td>\n",
       "      <td>-4.422423</td>\n",
       "      <td>0.630920</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.000000</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>4.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>5</th>\n",
       "      <td>DB11870</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>similar</td>\n",
       "      <td>71236992</td>\n",
       "      <td>DB12050</td>\n",
       "      <td>1,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>2.0</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>6.0</td>\n",
       "      <td>-4.846772</td>\n",
       "      <td>-4.422423</td>\n",
       "      <td>0.424349</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.333333</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>6.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>...</th>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3246</th>\n",
       "      <td>DB00523</td>\n",
       "      <td>26</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>449171</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>6, 23, 24, 25, 27, 26,</td>\n",
       "      <td>6</td>\n",
       "      <td>26,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3247</th>\n",
       "      <td>DB00982</td>\n",
       "      <td>27</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>5282379</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>6, 23, 24, 25, 26, 27,</td>\n",
       "      <td>6</td>\n",
       "      <td>27,</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3248</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>28</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>123977</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>2.0</td>\n",
       "      <td>2.0</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>2.0</td>\n",
       "      <td>-13.651032</td>\n",
       "      <td>-13.651032</td>\n",
       "      <td>0.000000</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>1.000000</td>\n",
       "      <td>1.0</td>\n",
       "      <td>2.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3249</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>29</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>6455376</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "    <tr>\n",
       "      <th>3250</th>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>30</td>\n",
       "      <td>prime</td>\n",
       "      <td>9821757</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>...</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>1</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>NaN</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "      <td>0.0</td>\n",
       "    </tr>\n",
       "  </tbody>\n",
       "</table>\n",
       "<p>3250 rows × 298 columns</p>\n",
       "</div>"
      ],
      "text/plain": [
       "     Docking.DrugBank Id  Docking.group Docking.type  \\\n",
       "id                                                     \n",
       "1                DB00319              1      similar   \n",
       "2                DB01061              1      similar   \n",
       "3                DB02432              1      similar   \n",
       "4                DB07792              1      similar   \n",
       "5                DB11870              1      similar   \n",
       "...                  ...            ...          ...   \n",
       "3246             DB00523             26        prime   \n",
       "3247             DB00982             27        prime   \n",
       "3248                 NaN             28        prime   \n",
       "3249                 NaN             29        prime   \n",
       "3250                 NaN             30        prime   \n",
       "\n",
       "      Docking.Source.PubChemCID Docking.Source.DrugBankID  \\\n",
       "id                                                          \n",
       "1                      71236992                   DB12050   \n",
       "2                      71236992                   DB12050   \n",
       "3                      71236992                   DB12050   \n",
       "4                      71236992                   DB12050   \n",
       "5                      71236992                   DB12050   \n",
       "...                         ...                       ...   \n",
       "3246                     449171                       NaN   \n",
       "3247                    5282379                       NaN   \n",
       "3248                     123977                       NaN   \n",
       "3249                    6455376                       NaN   \n",
       "3250                    9821757                       NaN   \n",
       "\n",
       "     Docking.similarity.drugs.all.groups  Docking.similarity.drugs.all.count  \\\n",
       "id                                                                             \n",
       "1                                1, 29,                                    2   \n",
       "2                                1, 29,                                    2   \n",
       "3                                1, 29,                                    2   \n",
       "4                                    1,                                    1   \n",
       "5                                    1,                                    1   \n",
       "...                                  ...                                 ...   \n",
       "3246             6, 23, 24, 25, 27, 26,                                    6   \n",
       "3247             6, 23, 24, 25, 26, 27,                                    6   \n",
       "3248                                 NaN                                   0   \n",
       "3249                                 NaN                                   0   \n",
       "3250                                 NaN                                   0   \n",
       "\n",
       "     Docking.similarity.drugs.checkedMols  \\\n",
       "id                                          \n",
       "1                                     NaN   \n",
       "2                                     NaN   \n",
       "3                                     NaN   \n",
       "4                                     NaN   \n",
       "5                                     NaN   \n",
       "...                                   ...   \n",
       "3246                                 26,    \n",
       "3247                                 27,    \n",
       "3248                                  NaN   \n",
       "3249                                  NaN   \n",
       "3250                                  NaN   \n",
       "\n",
       "      Docking.similarity.drugs.checkedMols.count  \\\n",
       "id                                                 \n",
       "1                                              0   \n",
       "2                                              0   \n",
       "3                                              0   \n",
       "4                                              0   \n",
       "5                                              0   \n",
       "...                                          ...   \n",
       "3246                                           1   \n",
       "3247                                           1   \n",
       "3248                                           0   \n",
       "3249                                           0   \n",
       "3250                                           0   \n",
       "\n",
       "      Docking.similarity.pathways.checked  \\\n",
       "id                                          \n",
       "1                                     NaN   \n",
       "2                                     NaN   \n",
       "3                                     NaN   \n",
       "4                                     NaN   \n",
       "5                                     NaN   \n",
       "...                                   ...   \n",
       "3246                                  NaN   \n",
       "3247                                  NaN   \n",
       "3248                                  NaN   \n",
       "3249                                  NaN   \n",
       "3250                                  NaN   \n",
       "\n",
       "      Docking.similarity.pathways.checked.count  \\\n",
       "id                                                \n",
       "1                                           NaN   \n",
       "2                                           NaN   \n",
       "3                                           NaN   \n",
       "4                                           NaN   \n",
       "5                                           NaN   \n",
       "...                                         ...   \n",
       "3246                                        NaN   \n",
       "3247                                        NaN   \n",
       "3248                                        NaN   \n",
       "3249                                        NaN   \n",
       "3250                                        NaN   \n",
       "\n",
       "      Docking.similarity.genes.checked  \\\n",
       "id                                       \n",
       "1                                  NaN   \n",
       "2                                  NaN   \n",
       "3                                  NaN   \n",
       "4                                  NaN   \n",
       "5                                  NaN   \n",
       "...                                ...   \n",
       "3246                               NaN   \n",
       "3247                               NaN   \n",
       "3248                               NaN   \n",
       "3249                               NaN   \n",
       "3250                               NaN   \n",
       "\n",
       "      Docking.similarity.genes.checked.count  \\\n",
       "id                                             \n",
       "1                                        NaN   \n",
       "2                                        NaN   \n",
       "3                                        NaN   \n",
       "4                                        NaN   \n",
       "5                                        NaN   \n",
       "...                                      ...   \n",
       "3246                                     NaN   \n",
       "3247                                     NaN   \n",
       "3248                                     NaN   \n",
       "3249                                     NaN   \n",
       "3250                                     NaN   \n",
       "\n",
       "      Docking.similarity.targets.checked  \\\n",
       "id                                         \n",
       "1                                    NaN   \n",
       "2                                    NaN   \n",
       "3                                    NaN   \n",
       "4                                    NaN   \n",
       "5                                    NaN   \n",
       "...                                  ...   \n",
       "3246                                 NaN   \n",
       "3247                                 NaN   \n",
       "3248                                 NaN   \n",
       "3249                                 NaN   \n",
       "3250                                 NaN   \n",
       "\n",
       "      Docking.similarity.targets.checked.count  ...  Docking.21tar.cur  \\\n",
       "id                                              ...                      \n",
       "1                                          NaN  ...                NaN   \n",
       "2                                          NaN  ...                NaN   \n",
       "3                                          NaN  ...                NaN   \n",
       "4                                          NaN  ...                NaN   \n",
       "5                                          NaN  ...                NaN   \n",
       "...                                        ...  ...                ...   \n",
       "3246                                       NaN  ...                NaN   \n",
       "3247                                       NaN  ...                NaN   \n",
       "3248                                       NaN  ...                NaN   \n",
       "3249                                       NaN  ...                NaN   \n",
       "3250                                       NaN  ...                NaN   \n",
       "\n",
       "      Docking.21tar.ref  Docking.21tar.dif  Docking.Docking.hasProccessed  \\\n",
       "id                                                                          \n",
       "1                   NaN                NaN                              1   \n",
       "2                   NaN                NaN                              1   \n",
       "3                   NaN                NaN                              1   \n",
       "4                   NaN                NaN                              1   \n",
       "5                   NaN                NaN                              1   \n",
       "...                 ...                ...                            ...   \n",
       "3246                NaN                NaN                              1   \n",
       "3247                NaN                NaN                              1   \n",
       "3248                NaN                NaN                              1   \n",
       "3249                NaN                NaN                              1   \n",
       "3250                NaN                NaN                              1   \n",
       "\n",
       "      Docking.numberRef.limit  Docking.numberCur.limit Docking.hasProccessed  \\\n",
       "id                                                                             \n",
       "1                         0.0                      0.0                   1.0   \n",
       "2                         0.0                      0.0                   1.0   \n",
       "3                         0.0                      3.0                   1.0   \n",
       "4                         0.0                      0.0                   1.0   \n",
       "5                         0.0                      2.0                   1.0   \n",
       "...                       ...                      ...                   ...   \n",
       "3246                      0.0                      0.0                   0.0   \n",
       "3247                      0.0                      0.0                   0.0   \n",
       "3248                      2.0                      2.0                   1.0   \n",
       "3249                      0.0                      0.0                   0.0   \n",
       "3250                      0.0                      0.0                   0.0   \n",
       "\n",
       "      Docking.numberProccessed  Docking.meanCur Docking.meanRef  \\\n",
       "id                                                                \n",
       "1                          6.0         0.328625       -4.422423   \n",
       "2                          6.0        -6.340603       -4.422423   \n",
       "3                          6.0        -0.574858       -4.422423   \n",
       "4                          6.0        -5.053343       -4.422423   \n",
       "5                          6.0        -4.846772       -4.422423   \n",
       "...                        ...              ...             ...   \n",
       "3246                       0.0              NaN             NaN   \n",
       "3247                       0.0              NaN             NaN   \n",
       "3248                       2.0       -13.651032      -13.651032   \n",
       "3249                       0.0              NaN             NaN   \n",
       "3250                       0.0              NaN             NaN   \n",
       "\n",
       "     Docking.meanDif Docking.procRef Docking.procCur Docking.proc  \\\n",
       "id                                                                  \n",
       "1          -4.751049             0.0        0.000000          0.0   \n",
       "2           1.918180             0.0        0.000000          0.0   \n",
       "3          -3.847565             0.0        0.500000          0.0   \n",
       "4           0.630920             0.0        0.000000          0.0   \n",
       "5           0.424349             0.0        0.333333          0.0   \n",
       "...              ...             ...             ...          ...   \n",
       "3246             NaN             NaN             NaN          0.0   \n",
       "3247             NaN             NaN             NaN          0.0   \n",
       "3248        0.000000             1.0        1.000000          1.0   \n",
       "3249             NaN             NaN             NaN          0.0   \n",
       "3250             NaN             NaN             NaN          0.0   \n",
       "\n",
       "     Docking.numberDif  \n",
       "id                      \n",
       "1                  2.0  \n",
       "2                  4.0  \n",
       "3                  5.0  \n",
       "4                  4.0  \n",
       "5                  6.0  \n",
       "...                ...  \n",
       "3246               0.0  \n",
       "3247               0.0  \n",
       "3248               2.0  \n",
       "3249               0.0  \n",
       "3250               0.0  \n",
       "\n",
       "[3250 rows x 298 columns]"
      ]
     },
     "execution_count": 117,
     "metadata": {},
     "output_type": "execute_result"
    }
   ],
   "source": [
    "df.to_csv('fromDocking.tsv', sep='\\t')\n",
    "df\n"
   ]
  }
 ],
 "metadata": {
  "interpreter": {
   "hash": "cbf78ef834283ce130fa57a34a71f028af957f10becaaf90b0db5cb7ffaefb39"
  },
  "kernelspec": {
   "display_name": "Python 3.10.4 ('chemoinf')",
   "language": "python",
   "name": "python3"
  },
  "language_info": {
   "codemirror_mode": {
    "name": "ipython",
    "version": 3
   },
   "file_extension": ".py",
   "mimetype": "text/x-python",
   "name": "python",
   "nbconvert_exporter": "python",
   "pygments_lexer": "ipython3",
   "version": "3.10.4"
  },
  "orig_nbformat": 4
 },
 "nbformat": 4,
 "nbformat_minor": 2
}