Para faturar um pedido você precisa ter em mãos a chave da nota fiscal para enviá-la na requisição.
// ...
/** @var \SkyHub\Api\Handler\Request\Sales\OrderHandler $requestHandler */
$requestHandler = $api->order();
$nfKey = '99999999999999999999999999999999999999999999';
/** @var SkyHub\Api\Handler\Response\HandlerInterface $response */
$response = $requestHandler->invoice($orderId, $nfKey);
// ...
Para enviar um status customizado, basta passá-lo no último parâmetro. Por exemplo:
// ...
/** @var SkyHub\Api\Handler\Response\HandlerInterface $response */
$response = $requestHandler->invoice($orderId, $nfKey, 'order_invoiced_custom');
Observação: o status utilizado DEVE estar previamente cadastrado na SkyHub.
Para maiores informações acesse a documentação oficial.