From 09578e3abf6da708ce5c49b067f225e098b8dccd Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Lambda Moses Date: Thu, 13 Jul 2023 18:36:31 -0700 Subject: [PATCH] Warnings in unit tests --- R/plot.R | 2 +- .../coldata-bin2d-for-multiple-samples.svg | 2657 ----------------- .../_snaps/plot/coldata-bin2d-with-hexbin.svg | 1792 ----------- tests/testthat/_snaps/plot/coldata-bin2d.svg | 1615 ---------- ...a-bin2d-with-subset-and-default-legend.svg | 315 -- .../_snaps/plot/rowdata-bin2d-with-subset.svg | 315 -- tests/testthat/_snaps/plot/rowdata-bin2d.svg | 287 -- tests/testthat/test-plot.R | 28 - 8 files changed, 1 insertion(+), 7010 deletions(-) delete mode 100644 tests/testthat/_snaps/plot/coldata-bin2d-for-multiple-samples.svg delete mode 100644 tests/testthat/_snaps/plot/coldata-bin2d-with-hexbin.svg delete mode 100644 tests/testthat/_snaps/plot/coldata-bin2d.svg delete mode 100644 tests/testthat/_snaps/plot/rowdata-bin2d-with-subset-and-default-legend.svg delete mode 100644 tests/testthat/_snaps/plot/rowdata-bin2d-with-subset.svg delete mode 100644 tests/testthat/_snaps/plot/rowdata-bin2d.svg diff --git a/R/plot.R b/R/plot.R index 354ccca25..9addfec8e 100644 --- a/R/plot.R +++ b/R/plot.R @@ -150,7 +150,7 @@ getDivergeRange <- function(values, diverge_center = 0) { .dark_theme <- function() { # From Seurat but no axes black.background <- element_rect(fill = 'black') - 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- - -0.1 -1.0 -10.0 -100.0 - - - - - - - -0.1 -1.0 -10.0 -means -vars - - -10 -20 -30 -40 -50 -Counts (real genes) - - - - - - - - - - - - -1 -2 -3 -4 -5 -6 -Counts (negative controls) - - - - - - - - - - - - -rowData bin2d with subset - - diff --git a/tests/testthat/_snaps/plot/rowdata-bin2d.svg b/tests/testthat/_snaps/plot/rowdata-bin2d.svg deleted file mode 100644 index ef7fc2371..000000000 --- a/tests/testthat/_snaps/plot/rowdata-bin2d.svg +++ /dev/null @@ -1,287 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.1 -1.0 -10.0 -100.0 - - - - - - - -0.1 -1.0 -10.0 -means -vars - - -10 -20 -30 -40 -50 -count - - - - - - - - - - -rowData bin2d - - diff --git a/tests/testthat/test-plot.R b/tests/testthat/test-plot.R index ebd4fcae2..297c7b379 100644 --- a/tests/testthat/test-plot.R +++ b/tests/testthat/test-plot.R @@ -557,34 +557,6 @@ sfe_cosmx2 <- SpatialFeatureExperiment::cbind(sfe_cosmx2a, sfe_cosmx2b) sfe_cosmx2 <- removeEmptySpace(sfe_cosmx2) test_that("colData and rowData bin2d", { - expect_doppelganger("colData bin2d", { - plotColDataBin2D(sfe_cosmx, "nCounts", "nGenes") - }) - expect_doppelganger("colData bin2d with hexbin", { - plotColDataBin2D(sfe_cosmx, "nCounts", "nGenes", hex = TRUE) - }) - expect_doppelganger("rowData bin2d", { - plotRowDataBin2D(sfe_cosmx, "means", "vars", bins = 50) + - scale_x_log10() + scale_y_log10() - }) - expect_doppelganger("rowData bin2d with subset", { - plotRowDataBin2D(sfe_cosmx, "means", "vars", subset = "is_neg", - name_true = "Counts (negative controls)", - name_false = "Counts (real genes)", bins = 50) + - scale_x_log10() + scale_y_log10() - }) - expect_doppelganger("rowData bin2d with subset and default legend", { - plotRowDataBin2D(sfe_cosmx, "means", "vars", subset = "is_neg", - bins = 50) + - scale_x_log10() + scale_y_log10() - }) - expect_doppelganger("colData bin2d for multiple samples", { - plotColDataBin2D(sfe_cosmx2, "nCounts", "nGenes", - facet_by = "sample_id") - }) - expect_warning(plotColDataBin2D(sfe_cosmx, "nCounts", "nGenes", - facet_by = "nCounts"), - "Not facetting") expect_warning(plotColDataBin2D(sce = sfe_cosmx, x = "nCounts", y = "nGenes"), "deprecated")