local functions missed when optimizing a model

[AlexHJH]

ONNX模型优化时，使用PrepareOutput创建输入model的副本，并在优化后将Graph更新到model proto内，这两个接口在onnx内，都未将functions复制到结果模型上，onnxsim也未考虑优化model.functions的情况，同时也直接丢失了functions内的全部FunctionProto定义
此类情况，在使用torch.onnx.export开启export_modules_as_functions时出现，可以通过以下代码获得一个问题模型

import timm
import torch
import torch.nn as nn
module = timm.create_model("vit_tiny_r_s16_p8_224")

torch.onnx.export(
module,
(torch.ones([1, 3, 224, 224], dtype=torch.float32), ),
"test.onnx",
opset_version=15,
export_modules_as_functions={
timm.models.vision_transformer_hybrid.HybridEmbed,
nn.GELU
}
)