diff --git a/database/results/nuclear/msa_P5_S6.csv b/database/results/nuclear/msa_P5_S6.csv deleted file mode 100644 index 106a5d9..0000000 --- a/database/results/nuclear/msa_P5_S6.csv +++ /dev/null @@ -1,1620 +0,0 @@ -biosample 23 24 33 66 67 68 69 71 100 104 160 161 180 181 212 213 214 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 247 248 249 250 251 252 261 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 341 342 361 362 363 364 365 366 367 368 370 371 372 373 374 375 377 378 379 380 382 383 384 387 388 399 400 401 402 403 404 405 406 409 437 887 889 890 891 892 1237 1673 -Reference cow TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC---------------------- C G TG-- GGAAAA AAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG---- AAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG- CCTCAAA---------- A C C CT T C G- C T T A CT T G C G A T G A CTTT T G G C T A C G A G-- C T- G T A A G--- T-- TGG-- GTGA T G A CGTGGG GTGGGT TGGGTCTGTGC CTGTGCGTTTGCGA TTGCGAGAGCG A A G G G C G C G A G A G G C C G T C- G C G G------ C CA G C T T T A C A GAAAAGAAAA A-------------------- -SAMN08435289 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC---------------------------------- T . 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G C-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . G . . AAAAAGAAAA AAT------------------ -SAMN02843065 T------------------------------------------------------ T . CG-- ...... ....................................---- ................................- .......---------- . . . C- . . .- . G . . .. . . A A G . . T C--- . . . . . . . . G C-- T TC C C G G .--- TCA CGG-- .... C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . G . . .......... AATATAT-------------- -SAMN02843100 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . CG-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- T G . . .. . . . . . . . T C--- . T . . . . . . 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G C-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . G . . .......... AAT------------------ -SAMN02941193 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . CG-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- T . . . .. . . . A . . . . C--- . . . . . G . A G C-- T TC C C G G .--- TCA T---- ---- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... .-------------------- -SAMN02941194 .................................---------------------- T . CG-- ------ ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- . G . . .. . . A A G . . T .... . . . . . G . . G C-- T TC C C G G .--- TCA CGG-- ---- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AAT------------------ -SAMN02941195 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . ..-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . .. . . .- T G . . .. . . . . G . . . .... . . . . . G . . G C-- T TC C C G G .--- TCA CGG-- .... C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AAT------------------ -SAMN02941196 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- . . ..-- ...... AAAACAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- T G C T .. G . . . G . A . C--- . T . . . . . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AAT------------------ -SAMN02941197 TTTTCTTTC---------------------------------------------- T . CG-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- T . . . .. . . . . G . . T .... . . . . . . . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . AAAAAGAAAA AAT------------------ -SAMN02941198 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . CG-- ...... ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- . G . . .. . . . . G . . T .... . . . . . . . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . G T G .......... AAT------------------ -SAMN02941199 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . CG-- ...... ....................................---- ................................- CAACTCAAA-------- . . . C- . . .- . G C T .. G . . . G . . T .... . . . . . G . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AAT------------------ -SAMN02941225 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . CG-- ...... ....................................---- ................................- .......---------- . . . C- . . .- . G . . .. . . . . G . . T C--- . T . . . . . . G C-- T TC C C G G .--- TCA CGG-- .... 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G A-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . ---------- AAT------------------ -SAMEA5159887 .................................---------------------- T . ..-- ...... ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- . G . . .. . . . . . . . T C--- . . . . . . . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . G . . . . . .......... AATATATATAT---------- -SAMEA5714981 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC---------------------------------- T . CG-- ...... ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- . G . . .. . . . . G . . T .... . . . . . G . . 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G A-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AAT------------------ -SAMN09379700 T------------------------------------------------------ T . ..-- ...... ....................................---- --------------------------------- ----------------- . . . C- . . .- . G . . .. . . . . G . . . C--- . . . . . G . . G A-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... .-------------------- -SAMN09379704 T------------------------------------------------------ T . ..-- ...... AGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG--- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- T . . . .. . . . . . . . . C--- . . . . . G . . 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G C-- T TC C C G G .--- TCA CGG-- ---- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... .-------------------- -Parchment P5 T------------------------------------------------------ T A C--- A----- AAAG------------------------------------ AC------------------------------- A---------------- G T T C- C T GC T G C T T- G T A A G C A G A--- C T T T G G A A G C-- T TC C C G G GTCA TCA C---- G--- C C C A----- T----- T---------- C------------- T---------- A C A A A T T T A G A G A A T T A C CA C A T GAGCATA T A- A T G A G G T G A--------- AAT------------------ -SAMEA4560542 TTTTC-------------------------------------------------- T . CG-- ------ AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . GC T G . . .. . . . . G . . . .... . . . . . . . . G C-- T TC C . 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G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . G . . . . . .......... AATAT---------------- -SAMEA5159849 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC------------------------------ T . CG-- ...... ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . GC . G . . .. . . . . G . . T C--- . . . . . . . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATAT---------------- -SAMEA5059750 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC------------------------------ T . ..-- ...... ....................................---- ................................- .......---------- . . . .. . . GC . G . . .. . . . . . . . T C--- . . . . . G . . G A-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... .-------------------- -SAMEA5059745 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC------------------------------ T . ..-- ...... ....................................---- ................................- .......---------- . . . C- . . GC . G . . .. . . . . G . . . .... . . . . . G . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . G . . .......... AATAT---------------- -SAMEA5059746 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC------------------------------ T . ..-- ...... ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . GC . G . . .. . . . . . . . . .... . . . . . . A A G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATAT---------------- -SAMEA5059744 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC------------------------------ T A ..-- ...... ....................................---- --------------------------------- ----------------- . . . C- . . .- . G . . .. . . . . . . . . C--- . . . . . . . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C C C ...... ...... ........... .............. ........... . . . A A T C T A . A G A A T T . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... .-------------------- -SAMEA4644730 TTTTC-------------------------------------------------- T . ..-- ...... ....................................---- ACTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG---- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- . G . . .. . . . . . . . T C--- . . . . . . . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . ---------- AATAT---------------- -SAMEA5159837 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T A CG-- ...... ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . GC . G . . .. . . . . . . . T C--- . . . . . G . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATAT---------------- -SAMN09087158 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . CG-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- T G . . .. . . A A G . A . C--- . T . . . G . . G C-- T TC C C G G .--- TCA CGG-- .... 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G C-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . G . . .......... .-------------------- -SAMN09087180 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . ..-- ...... ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . .. . . .- . G . . .. . . A A G . . T .... . . . . . . . . G C-- T TC C C G G .--- TCA T---- .... C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... .-------------------- -SAMN09087194 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . CG-- ...... ....................................---- ................................- .......---------- . . . .. . . .- . G . . .. . . . . G . . T C--- . T . . . . . . 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G A-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATAT---------------- -SAMEA5059748 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . CG-- ...... ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . .. . . GC . G . . .. . . . . . . . . C--- . . . . . . . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... .-------------------- -SAMEA5059749 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . ..-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . .. . . GC T G . . .. . . . . . . . . C--- . . . . . . . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . G . . . . . .......... .-------------------- -SAMN05216031 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . ..-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- T G . . .. . . . . G . . . .... . . . . . G . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . ---------- AAT------------------ -SAMN05216049 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . CG-- ...... ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . GC . G . . .. . . . . . . A . C--- . . . . . G . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AAT------------------ -SAMN05216075 T------------------------------------------------------ T . T--- ------ ....................................---- ................................- ----------------- . . . C- . . GC . G C T C- . . . . . . . . C--- . . . . . G . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATATATAT------------ -SAMN05216076 TTTTC-------------------------------------------------- T . ..-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . .. . . .- T G . . .. . . . . G . . . C--- . T . . . G . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. C . . . . . . . .......... AAT------------------ -SAMN09379723 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC------------------------------ T . ..-- ...... ....................................---- ................................- ----------------- . . . C- . . GC . G . . .. . . . . G . . . .... . . . . . G . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AAT------------------ -SAMN09379828 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC------------------------------ T . CG-- ...... ....................................---- ................................- ----------------- . . . C- . . GC . G . . .. . . . . . . A T C--- . . . . . G . . G A-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AAT------------------ -SAMEA4051549 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . T--- ------ AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- C T GC T G . . .. . T A A G . . T .... . . . . . . A A G C-- T TC C C G G .--- TCA CGG-- .... C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . G . . .......... .-------------------- -SAMEA4051550 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . CG-- ------ ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . GC . G . . .. . . . . . . . . .... . . . . . G . . G C-- T TC C C G G .--- TCA CGG-- .... 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G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AAT------------------ -SAMEA6272120 T------------------------------------------------------ T . CG-- ...... ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- . G . . .. . . . . G . . T C--- . . . . . . . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AAT------------------ -SAMN09379829 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC------------------------------ T . T--- ------ ....................................---- ................................- ----------------- . . . C- . . GC . G . . .. . . . . G C A . .... . T . . . G . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AAT------------------ -SAMN01915339 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC------------------------------ T . ..-- ...... ....................................---- ................................- CAACTCAAA-------- . . . C- . . .- T G . . .. . . . . G . . . .... . . . . . G . . G A-- T TC C C G G .--- TCA CGG-- ---- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AAT------------------ -SAMN02843066 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . ..-- ...... ....................................---- ................................- CAACTCAAA-------- . . . C- . . .- . G . . .. . . . . G . . T .... . . . . . . . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AAT------------------ -SAMN09087158 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC---------------------------------- T . CG-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- CAACTCAAA-------- . . . C- . . .- T G . . .. . . A A G . A . C--- . T . . . G . . G C-- T TC C C G G .--- TCA CGG-- .... C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... .-------------------- -SAMN09087185 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . ..-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- CAACTCAAA-------- . . . C- . . GC T G . . .. . T . . G . . T .... . . . . . . . . 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G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AAT------------------ -SAMN08435289 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC---------------------------------- T . T--- ------ ....................................---- ACTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG---- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- . G . . .. . . A A G . . . C--- . . . . . G . . G C-- T TC C C G G .--- TCA T---- .... C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . GAAAGAAAA- AATATATAT------------ -SAMN09519631 TTTTC-------------------------------------------------- T . CG-- ...... ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . .. . . GC T G . . .. . . . . . . A T C--- . . . . . G . . 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G C-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATATAT-------------- -SAMN02843101 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . CG-- ...... ....................................---- ................................- .......---------- . . . C- . . .- . G . . .. . . A A G . . T .... . . . . . G . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATATAT-------------- -SAMN02843144 TTTTC-------------------------------------------------- T . CG-- ------ ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- . G . . .. . . A A . . . T C--- . . . . . G . . 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G A-- T TC C C G G .--- TCA CGG-- ---- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . G . . .......... AATAT---------------- -SAMEA32999668 TTTTC-------------------------------------------------- T . ..-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . GC T G . . .. . . . . G . . . C--- . . . . . . . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATAT---------------- -SAMEA32998168 TTTTC-------------------------------------------------- T . ..-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- T G . . .. . . . . G . . T C--- . T . . . . . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATAT---------------- -SAMN09087156 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . CG-- ...... ....................................---- ACAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG ACTCAAA---------- . . . .. . . .- . G . . .. . T . . G . A . .... . . . . . G . . G C-- T TC C C G G .--- TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATATAT-------------- -SAMN02841105 T------------------------------------------------------ T . ..-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- T G . . .. . . . . . . . T C--- . . . . . . . . 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G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATATATATAT---------- -SAMN02842707 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . CG-- ...... ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . GC . G . . .. . . . . G . . T .... . . . . . . . . G A-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATAT---------------- -SAMN02843153 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . CG-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- T G . . .. . T A A G . . T .... . . . . . G . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATAT---------------- -SAMN02843059 .................................---------------------- T . CG-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- . G C . .. . . . . . . A T .... . . . . . G . . G A-- T TC C C G G GTCA .-- CGG-- G--- C C C ...... ...... ........... .............. ........... . . . A A T T T A . A G . A T T . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATAT---------------- -SAMN02843062 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC------------------------------ T . CG-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . GC . G . . .. . . . . . . A T C--- . T . . . G . . G A-- T TC C . 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G A A G C-- T TC C C G G .--- TCA T---- ---- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATAT---------------- -SAMN08612493 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . CG-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . .. . . .- T . C T .. . . . . G . . T C--- . . . . . G . . G C-- T TC C C G G .--- TCA T---- .... C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATATATATAT---------- -SAMN08612501 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . CG-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- C . .- T G . . .. . . . . G . A T C--- . . . . . 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G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATAT---------------- -SAMN02941207 .................................---------------------- T . CG-- ------ ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- T G . . .. . . A A G . . . .... . T . . . G . . G C-- T TC C C G G .--- TCA CGG-- .... C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATATATAT------------ -SAMN02843149 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC---------------------------------- T . CG-- ------ ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . .. . . .- . G . . .. . . . . G . . . .... . . . . . G . . 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G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATAT---------------- -SAMN10598567 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC------------------------------ T . ..-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- T G . . .. . . . . G . . . .... . . . . . . . . G A-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATAT---------------- -SAMEA5159829 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . ..-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . .. . . .- T G . . .. . . . . . . . T C--- . . . . . G . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATAT---------------- -SAMN02941179 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . TGG- ...... ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- . G . . .. . . A A . . . T C--- . . . . . G . . G C-- T TC C C G G .--- TCA T---- .... C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . AAAAAGAAAA AATAT---------------- -SAMN02941180 TTTTC-------------------------------------------------- T . CG-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . GC . G . . .. . . . A G . . . C--- . T . . . G . . 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G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATATATATAT---------- -SAMN05216098 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . ..-- ...... AAAACAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- . G . . .. . . . . G . . . .... . . . . . G . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . ---------- AATAT---------------- -SAMN05216101 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC---------------------------------- T . ..-- ...... ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . GC . G . . .. . . . . . . . T C--- . . . . . G . . 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G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. C . . . . . . . .......... AATAT---------------- -SAMN05216074 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC---------------------------------- T . CG-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- T G . . .. . . . . G . . T C--- . . . . . G . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. C . . . . . . . .......... AATAT---------------- -SAMN09379713 T------------------------------------------------------ T . ..-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . GC . G . . .. . . . . G . . T .... . . . . . G . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATATATAT------------ -SAMN09379724 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC------------------------------ T . CG-- ------ ....................................---- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . GC . G . . .. . . . . . . A . C--- . . . . . . . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . .......... AATAT---------------- -SAMN09379754 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC---------------------------------- T . ..-- ...... ....................................---- --------------------------------- .......---------- . . . C- C T GC . G . . .. . . . . G . A . C--- . . . . . G . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA T---- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . AAAAAGAAAA AATAT---------------- -SAMN09379764 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . ..-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- . . .- T G . . .. . . . . G . A T .... . . . . . G . . G C-- T TC C C G G GTCA TCA CGG-- G--- C . . ...... ...... ........... .............. ........... . . . . . . . . . . . . . . . . . . .- . . . .------ . .. . . . . . . . . ---------- AATAT---------------- -SAMN09379784 TTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC-------------------------- T . ..-- ...... AAGAAAAAACCTCAAAAAACCCAAAAACACCCAGCAGG-- ................................- ACTCAAA---------- . . . C- C T .- T . . . .. . . . . . . . T .... . . . . . G . . 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