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Merge pull request #52 from linea-it/apolloconf
reestruturadas as páginas de processamento e criada a de armazenamento
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Original file line number | Diff line number | Diff line change |
---|---|---|
|
@@ -2,4 +2,5 @@ site | |
**/.DS_Store | ||
*.exe | ||
.env/ | ||
.venv/ | ||
*.vscode/ |
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Original file line number | Diff line number | Diff line change |
---|---|---|
@@ -1,2 +1,128 @@ | ||
## LustreFS (HPC) | ||
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O ambiente do cluster Apollo conta com sistema de arquivos de alta performance [Lustre](https://www.lustre.org/) com dois níveis (_tiers_) de armazenamento, um em SSD com ~70 TB (_T0_) e outro em HDD com ~500 TB (_T1_), ambos conectados a uma rede infiniband EDR de 100 Gb/s. Os dois níveis de armazenamento estão disponíveis em `/lustre/t0` e `/lustre/t1`. | ||
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Os usuários poderão acessar seu diretório de scratch através da variável de ambiente `$SCRATCH`, ou acessando o diretório localizado em `/lustre/t0/scratch/users/<username>`. | ||
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### Características | ||
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Os sistemas de arquivos Lustre têm um desempenho bastante diferente dos discos locais comuns em outras máquinas. O Lustre foi desenvolvido para fornecer acesso rápido a grandes arquivos de dados necessários para aplicações paralelas. Ele é particularmente ineficiente em lidar com arquivos pequenos e em fazer muitas pequenas operações nesses arquivos. _**Esses casos devem ser evitados tanto quanto possível**_. | ||
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**Boa prática de uso em um sistema Lustre** | ||
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Para obter o melhor desempenho de um sistema Lustre, você deve usar o menor número possível de arquivos e, sempre que acessar um arquivo, deve ler/gravar o máximo de dados possível de cada vez. Um programa ideal usando Lustre leria um único arquivo de dados usando I/O paralelo (por exemplo, MPI IO), processaria os dados e, no final, gravaria um único arquivo novamente usando IO paralelo, sem uso intermediário do disco. | ||
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**Má prática de uso em um sistema Lustre** | ||
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Como o Lustre foi projetado para ler rapidamente um pequeno número de arquivos grandes, certos padrões de E/S que são perfeitamente adequados em outros sistemas causam uma carga muito alta em um sistema Lustre, por exemplo: | ||
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1. leituras pequenas | ||
2. Abrindo muitos arquivos | ||
3. Procurando dentro de um arquivo para ler um pequeno pedaço de dados | ||
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Essas práticas são muito comuns em aplicativos que foram projetados para serem executados em sistemas onde cada nó possui seu próprio disco de trabalho local. Em outras palavras, comandos como `ls -l` ou `stat`devem ser evitados sempre que possível. | ||
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### Quota | ||
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|area|TB |bsoft|bhard|isoft|ihard|grace period| | ||
|----|----|-------------|-------------|-------------|-------------|------------| | ||
|T0 | 70 | 1 TB | 1.25 TB | 10000 | 11000 | 7 days | | ||
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### Área de scratch | ||
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Os arquivos que não foram modificados nos últimos 60 dias serão automaticamente removidos. | ||
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!!! warning | ||
Essa área NÃO sofrerá backup e também NÃO será enviado aviso de remoção de arquivos! | ||
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!!! warning | ||
O script de limpeza é executado uma vez por semana sempre nos fins de semana. | ||
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### Comandos úteis | ||
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a) Como acessar a minha área de scratch? | ||
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cd $SCRATCH | ||
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b) Como consultar a minha quota disponível? | ||
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lfs quota -u $USER /lustre/t0 | ||
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c) Como consultar os meus arquivos criados há _mais_ de 60 dias? | ||
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lfs find $SCRATCH --uid $UID -mtime +60 --print | ||
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c) Como consultar os meus arquivos criados há _menos_ de 60 dias? | ||
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lfs find $SCRATCH --uid $UID -mtime -60 --print | ||
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d) Como listar os OSTs do Lustre? | ||
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lfs osts /lustre/t0 | ||
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e) Como listar os arquivos armazenados há mais de 60 dias em um determinado OST do Lustre? | ||
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lfs find $SCRATCH -mtime +60 --print --obd t0-OST0002_UUID | ||
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f) Como configurar o striping em diretório de modo a "quebrar" os arquivos e distribuir esses "pedaços" em 10 OSTs? | ||
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lfs setstripe -c 10 $SCRATCH/meus_arquivos_grandes | ||
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g) Como consultar o striping de arquivos/diretórios? | ||
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lfs setstripe -c $SCRATCH/meus_arquivos_grandes | ||
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!!! tip | ||
O Lustre do LIneA foi projetado para trabalhar a 100Gbps, para alcançar o máximo de performance faça uso do striping e sempre com arquivos grandes (+100MB). | ||
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## NAS (NFS) | ||
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Os sistemas de armazenamento NAS são utilizados para armazenamento de longo prazo e não estão acessíveis através dos nós de processamento (HPC). | ||
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Características atuais: | ||
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| Fabricante | Modelo | Capacidade | Instalado em | | ||
| ------- | ------ | ------------ | -----------| | ||
| SGI | IS5500<sup>[1]</sup> | 540TB | Dez-2011 | | ||
| SGI | IS5600 | 240TB | Jul-2014 | | ||
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<sup>[1]</sup> _este equipamento foi desativado em Jun/2023 devido a problemas físicos._ | ||
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### /home | ||
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O diretório `home` é uma área para os usuários armazenarem seus arquivos pessoais e é acessível através dos nós de login do cluster e também na plataforma [jupyter](.). | ||
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### /archive | ||
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Área de armazenamento de dados brutos de catálogos astronômicos transferidos a partir de outros centros de dados ou produzidos internamente pelas diversas plataformas desenvolvidas pelo LIneA. | ||
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### /process | ||
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Área de armazenamento de dados provenientes do processamento de dados do DES realizados pelo [Portal do DES](https://des-portal.linea.org.br). | ||
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### Quota | ||
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|area| bsoft|bhard|isoft|ihard|grace period| | ||
|----| -------------|-------------|-------------|-------------|------------| | ||
|/home | 10 GB | 15 GB | 1000 | 1100 | 7 days | | ||
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|
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## Backup | ||
|
||
| áreas | frequência | tipo | retenção | | ||
| ----- | ---------- | ---- | ---------------- | | ||
| /home | diário | incremental | 90 dias | | ||
| /home | mensal | completo | 90 dias | | ||
| /archive | - | - | - | | ||
| /process | - | - | - | | ||
| /scratch | - | - | - | | ||
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Original file line number | Diff line number | Diff line change |
---|---|---|
@@ -1,5 +1,72 @@ | ||
PERGUNTAS FREQUENTES | ||
## Como criar par de chaves SSH | ||
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||
Como gerar chave ssh para acessar o LIneA ? | ||
Para acessar nosso ambiente via ssh é preciso gerar um par de chaves seguindo os passos abaixos: | ||
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Execute no terminal o comando "ssh-keygen -t rsa -b 4096". | ||
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||
### Linux | ||
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a) Para gerar o par de chaves utilize o comando abaixo em seu terminal. | ||
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ssh-keygen -t rsa -b 4096 | ||
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Generating public/private rsa key pair. | ||
Enter file in which to save the key (/root/.ssh/id_rsa): [pressione ENTER] | ||
Created directory '/root/.ssh'. | ||
Enter passphrase (empty for no passphrase): [digite uma senha e para confirmar pressione ENTER] | ||
Enter same passphrase again: [repita a senha e pressione ENTER] | ||
|
||
![Image](../images/retorno_da_criacao_de_chave_ssh.png) | ||
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||
b) Após você receber a mensagem que a chave foi gerada. Você pode ver os dois arquivos criados listando o conteúdo do diretório `ls $HOME/.ssh id_rsa id_rsa.pub` | ||
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c) Após as chaves geradas enviar a chave **.pub** para a equipe de TI via email [[email protected]](mailto:[email protected]). A equipe de TI do LIneA irá configurar a chave no servidor e retornar com instruções para login no cluster Apollo. ***Aguarde o retorno de ok***. | ||
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### Windows | ||
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Para gerar par de chaves no sistema operacional Windows | ||
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a) Baixar o aplicativo Putty e instalar. | ||
|
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b) Acessar a pasta onde o programa foi instalado (essa instalação foi no Windows 10)`C:\Program File\PuTTY` (caminho pode ser diferente devido ao sistema operacional), Abra o programa Puttygen. | ||
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![Image](../images/caminho_do_programa_puttygem.png) | ||
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||
c) Clicar em Generate (o tipo de chave mantém como **RSA**). | ||
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![Image](../images/gerando_chave_no_windons.png) | ||
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||
**OBS : Movimentar o ponteiro do mouse ajuda a gerar a chave mais rapidamente, pois gera bits aleatórios**. | ||
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![Image](../images/carregamento_da_criacao_da_chave.png) | ||
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d) Par de chaves geradas com sucesso. | ||
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- Copiar a chave publicar para ser salva no servidor (detalhe na imagem em amarelo); | ||
- Colocar uma senha na chave pública (detalhe na imagem em azul). | ||
- Após copiar salve as chaves public e private no computador (detalhe na imagem em vermelho) envie a chave `.pub` para a equipe de TI via email [[email protected]](mailto:[email protected]). A equipe de TI do LIneA irá configurar a chave no servidor. ***Aguarde o retorno de ok***. | ||
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![Image](../images/copiando_chave.png) | ||
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||
e) Após o receber o email de confirmação que a chave `.pub` foi cadastrada no servidor de acesso, fazer as configurações no programa `Putty`. | ||
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||
- Crie um atalho na área de trabalho, abra o `PuTTY`; | ||
- Coloque o Hostname login.linea.org.br. | ||
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![Image](../images/tela_do_putty.png) | ||
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f) Ao lado esquerdo ir na opção `SSH > Auth (detalhe em azul) > aperte em Browse (detalhe em amarelo) e escolha a chave a ser usada com extenção .ppk`. | ||
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![Image](../images/configurando_aquivo_ppk.png) | ||
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h) Caso precise utilizar algum túnel faça a seguinte configuração. | ||
**OBS: os tunnels são configurado conforme o que o usuário vai acessar** | ||
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- Ir na opção Tunnels (lado esquerdo); | ||
- Em Source port coloque a porta; | ||
- Destination > coloque o endereço de destino > Add. | ||
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![Image](../images/configurando_tunel_no_putty.png) | ||
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||
Volte ao lado esquerdo e vá na primeira opção menu `Session (em vermelho) coloque o nome da sessions (em amarelo) e aperte em Save (em azul)`, para acessar aperte em `Open`. | ||
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![Image](../images/logando_no_ambiente_putty.png) |
Oops, something went wrong.