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Curso de Metagenômica no Estudo de Comunidades Microbianas

Parte do 2° Congresso Latino Americano de Mulheres em Bioinformática e Ciência de Dados

Programa do Curso

1. Aulas Teóricas

  • Introdução à Metagenômica
  • Metodologia in vitro da abordagem de Metagenômica
  • Sequenciamento
  • Metodologia in silico para análise de metagenomas

2. Aulas Práticas

  • Arquivo FastQ
  • Análise da Qualidade das Sequências (Programa FastQC)
  • Trimagem e Filtragem (Programa Cutadapt)
  • Análise Taxonômica (Programa MetaPhlAn)
  • Análise Funcional (Programa SUPER-FOCUS)
  • Análises Estatísticas

Contate-me em caso de dúvidas pelo endereço: [email protected]

Máquina Virtual

Toda a parte prática do curso poderá ser executada pela Máquina Virtual fornecida. A mesma já vem com todos os programas que vamos usar. No entanto, será possível acompanhar o curso mesmo se não tiverem baixado e instalado a Máquina Virtual.

  1. Realizar o download do programa Oracle VM VirtualBox, baixe e instale a versão do VirtualBox compatível com o seu sistema operacional. Instale seguindo as instruções do site.
  2. Realizar o download da vdi gerada para o curso
  3. Após instalar o VirtualBox e baixar a vdi, abra o VirtualBox e clique em "Novo"
  4. Na janela que será aberta, dê o nome "Curso" à máquina virtual, indique uma pasta no seu computador onde ela será instalada, Em "Tipo" selecione "Linux", e em "Versão" selecione "Other Linux (64-bit)". Depois clique em "Próximo".
  5. Em "Tamanho da memória", coloque o máximo que estiver em verde.
  6. Em "Disco rígido", selecione “Utilizar um disco rígido virtual existente" e em seguida, selecione o arquivo .vdi que foi baixado anteriormente. Em seguida, clique em "Criar".
  7. A Máquina Virtual está pronta para o workshop, não precisa instalar ou baixar mais nada!
  8. Para abrir a Máquina Virtual, clique em "Iniciar" e aguarde um pouquinho para a máquina carregar.
  9. A senha para acesso é metagenomica.

Linux OS

Alternativamente, para quem não quiser baixar a Máquina Virtual por já ter computador com o sistema operacional Linux instalado, podem baixar e instalar diretamente os programas que serão utilizados no workshop. Mais detalhes em: Programas.md

Observações

Quem baixar e instalar a máquina virtual não precisará instalar mais nenhum programa.

Alunxs que não instalarem a máquina virtual ou os programas em computador com Linux também conseguirão acompanhar o curso, já que todos os arquivos que vamos gerar em cada etapa das análises está disponível neste repositório do github, dentro de Dados.