repeatExperimentsWithTimeout.sh

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domainSize[ore_ont_1370]=243972; ontologies+=(ore_ont_1370)
domainSize[ore_ont_4755]=244181; ontologies+=(ore_ont_4755)
domainSize[ore_ont_14861]=244182; ontologies+=(ore_ont_14861)
domainSize[ore_ont_9400]=253200; ontologies+=(ore_ont_9400)
domainSize[ore_ont_318]=253200; ontologies+=(ore_ont_318)
domainSize[ore_ont_11745]=259668; ontologies+=(ore_ont_11745)
domainSize[ore_ont_3575]=264461; ontologies+=(ore_ont_3575)
domainSize[ore_ont_5218]=264461; ontologies+=(ore_ont_5218)
domainSize[ore_ont_6223]=266084; ontologies+=(ore_ont_6223)
domainSize[ore_ont_9767]=266084; ontologies+=(ore_ont_9767)
domainSize[ore_ont_751]=266084; ontologies+=(ore_ont_751)
domainSize[ore_ont_5418]=266101; ontologies+=(ore_ont_5418)
domainSize[ore_ont_9499]=266101; ontologies+=(ore_ont_9499)
domainSize[ore_ont_4598]=277427; ontologies+=(ore_ont_4598)
domainSize[ore_ont_15280]=289206; ontologies+=(ore_ont_15280)
domainSize[ore_ont_7646]=289236; ontologies+=(ore_ont_7646)
domainSize[ore_ont_13482]=292198; ontologies+=(ore_ont_13482)
domainSize[ore_ont_8194]=318292; ontologies+=(ore_ont_8194)
domainSize[ore_ont_11037]=325220; ontologies+=(ore_ont_11037)
domainSize[ore_ont_11315]=325290; ontologies+=(ore_ont_11315)
domainSize[ore_ont_11899]=325293; ontologies+=(ore_ont_11899)
domainSize[ore_ont_2111]=356154; ontologies+=(ore_ont_2111)
domainSize[ore_ont_11464]=454279; ontologies+=(ore_ont_11464)
domainSize[ore_ont_10073]=457670; ontologies+=(ore_ont_10073)
domainSize[ore_ont_5481]=457670; ontologies+=(ore_ont_5481)
domainSize[ore_ont_7578]=470571; ontologies+=(ore_ont_7578)
domainSize[ore_ont_14308]=470571; ontologies+=(ore_ont_14308)
domainSize[ore_ont_5475]=470571; ontologies+=(ore_ont_5475)
domainSize[ore_ont_12528]=470571; ontologies+=(ore_ont_12528)
domainSize[ore_ont_2486]=481898; ontologies+=(ore_ont_2486)
domainSize[ore_ont_10380]=481898; ontologies+=(ore_ont_10380)
domainSize[ore_ont_13846]=491054; ontologies+=(ore_ont_13846)
domainSize[ore_ont_4412]=633838; ontologies+=(ore_ont_4412)
domainSize[ore_ont_3914]=658369; ontologies+=(ore_ont_3914)
domainSize[ore_ont_5857]=723816; ontologies+=(ore_ont_5857)
domainSize[ore_ont_12351]=747998; ontologies+=(ore_ont_12351)
domainSize[ore_ont_10125]=747998; ontologies+=(ore_ont_10125)

Reset='\033[0m'
Yellow='\033[0;33m'
Orange='\033[0;31m'
Red='\033[0;35m'
Cyan='\033[0;36m'
Blue='\033[0;34m'
Green='\033[0;32m'
Gray='\033[0;37m'
Black='\033[0;30m'

echo ""
echo "Script running with PID $$"

for key in "${ontologies[@]}"; do

  if [[ -f "ore2015_pool_sample_experiments/files/${key}_reduced.owl" ]]
  then

    echo ""
    echo "Processing $key with ${domainSize[$key]} objects..."
    id=${key//ore_ont_/}

    time="8h"
    exitStatus=0

    if grep -q "${key};None;Timeout" "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv"
    then

      # sed -i '/${key};None;Timeout/d' "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv"

      echo -n "[$(date +"%T")] Computing experiment with no disjointness axioms (timeout: ${time})... "
      output=$(timeout $time ../graalvm-ee-java19-22.3.0/bin/java -Xms80g -Xmx80g -XX:+ExitOnOutOfMemoryError -jar efficient-axiomatization-of-owl2el-ontologies-from-data-assembly-0.2.0-SNAPSHOT.jar $id None computeEverything quiet)
      exitStatus=$?
      if [[ "${output}" == *"OutOfMemory"* ]]; then exitStatus=3; fi
      case $exitStatus in
        0) # successful computation
          echo -e "${Green}Success${Reset}"
          ;;
        124|137) # Timeout
          echo -e "${Yellow}Timeout${Reset}"
          echo "${key};None;Timeout(${time});;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;" >> "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv"
          ;;
        3) # Out of memory
          echo -e "${Orange}Out of memory${Reset}"
          echo "${key};None;OutOfMemory(80g);;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;" >> "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv"
          ;;
        4) # Inconsistent
          echo -e "${Cyan}Inconsistent${Reset}"
          ;;
        *) # other error
          echo -e "${Red}Error ${exitStatus}${Reset}"
          echo "${key};None;Error(${exitStatus});;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;" >> "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv"
          ;;
      esac
      if [[ ${exitStatus} -ne 0 ]]; then echo "$output"; fi

    fi

    if [[ ${exitStatus} -eq 0 ]] && ( grep -q "${key};None;Timeout" "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv" || grep -q "${key};Fast;Timeout" "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv" )
    then

      echo -n "[$(date +"%T")] Computing experiment with fast disjointness axioms (timeout: ${time})... "
      output=$(timeout $time ../graalvm-ee-java19-22.3.0/bin/java -Xms80g -Xmx80g -XX:+ExitOnOutOfMemoryError -jar efficient-axiomatization-of-owl2el-ontologies-from-data-assembly-0.2.0-SNAPSHOT.jar $id Fast computeEverything quiet)
      exitStatus=$?
      if [[ "${output}" == *"OutOfMemory"* ]]; then exitStatus=3; fi
      case $exitStatus in
        0) # successful computation
          echo -e "${Green}Success${Reset}"
          ;;
        124|137) # Timeout
          echo -e "${Yellow}Timeout${Reset}"
          echo "${key};Fast;Timeout(${time});;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;" >> "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv"
          ;;
        3) # Out of memory
          echo -e "${Orange}Out of memory${Reset}"
          echo "${key};Fast;OutOfMemory(80g);;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;" >> "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv"
          ;;
        4) # Inconsistent
          echo -e "${Cyan}Inconsistent${Reset}"
          ;;
        *) # other error
          echo -e "${Red}Error ${exitStatus}${Reset}"
          echo "${key};Fast;Error(${exitStatus});;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;" >> "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv"
          ;;
      esac
      if [[ ${exitStatus} -ne 0 ]]; then echo "$output"; fi

    fi

    if [[ ${exitStatus} -eq 0 ]] && ( grep -q "${key};None;Timeout" "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv" || grep -q "${key};Fast;Timeout" "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv" || grep -q "${key};Canonical;Timeout" "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv" )
    then

      echo -n "[$(date +"%T")] Computing experiment with canonical disjointness axioms (timeout: ${time})... "
      output=$(timeout $time ../graalvm-ee-java19-22.3.0/bin/java -Xms80g -Xmx80g -XX:+ExitOnOutOfMemoryError -jar efficient-axiomatization-of-owl2el-ontologies-from-data-assembly-0.2.0-SNAPSHOT.jar $id Canonical computeEverything quiet)
      exitStatus=$?
      if [[ "${output}" == *"OutOfMemory"* ]]; then exitStatus=3; fi
      case $exitStatus in
        0) # successful computation
          echo -e "${Green}Success${Reset}"
          ;;
        124|137) # Timeout
          echo -e "${Yellow}Timeout${Reset}"
          echo "${key};Canonical;Timeout(${time});;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;" >> "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv"
          ;;
        3) # Out of memory
          echo -e "${Orange}Out of memory${Reset}"
          echo "${key};Canonical;OutOfMemory(80g);;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;" >> "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv"
          ;;
        4) # Inconsistent
          echo -e "${Cyan}Inconsistent${Reset}"
          ;;
        *) # other error
          echo -e "${Red}Error ${exitStatus}${Reset}"
          echo "${key};Canonical;Error(${exitStatus});;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;" >> "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv"
          ;;
      esac
      if [[ ${exitStatus} -ne 0 ]]; then echo "$output"; fi

    fi

  fi

done