From 1100e361e81aa49ffed06829816eec32df6369a7 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Qianqian Fang <fangqq@gmail.com>
Date: Fri, 29 Dec 2023 14:11:28 -0500
Subject: [PATCH] [bug] fix mcx2json bug when exporting 4D vol, fix #200

---
 example/muamus/run_muamus.bat         |  1 +
 example/muamus/run_muamus.sh          |  2 ++
 example/muamus/test_muamus_float.json | 45 +++++++++++++++++++++++++++
 src/mcx_utils.c                       |  9 ++++--
 utils/mcx2json.m                      |  3 ++
 5 files changed, 57 insertions(+), 3 deletions(-)
 create mode 100644 example/muamus/run_muamus.bat
 create mode 100755 example/muamus/run_muamus.sh
 create mode 100644 example/muamus/test_muamus_float.json

diff --git a/example/muamus/run_muamus.bat b/example/muamus/run_muamus.bat
new file mode 100644
index 00000000..653e7984
--- /dev/null
+++ b/example/muamus/run_muamus.bat
@@ -0,0 +1 @@
+..\..\bin\mcx.exe -f test_muamus_float.json -D P %*
diff --git a/example/muamus/run_muamus.sh b/example/muamus/run_muamus.sh
new file mode 100755
index 00000000..02990266
--- /dev/null
+++ b/example/muamus/run_muamus.sh
@@ -0,0 +1,2 @@
+#!/bin/sh
+../../bin/mcx -f test_muamus_float.json -D P $@
diff --git a/example/muamus/test_muamus_float.json b/example/muamus/test_muamus_float.json
new file mode 100644
index 00000000..78f301ce
--- /dev/null
+++ b/example/muamus/test_muamus_float.json
@@ -0,0 +1,45 @@
+{
+	"Session":{
+		"ID":"test_muamus_float",
+		"DoAutoThread":1,
+		"Photons":1000000
+	},
+	"Forward":{
+		"T0":0,
+		"T1":5e-09,
+		"Dt":5e-09
+	},
+	"Optode":{
+		"Source":{
+			"Pos":[30,30,1],
+			"Dir":[0,0,1]
+		}
+	},
+	"Domain":{
+		"OriginType":0,
+		"Media":[
+			{
+				"mua":0,
+				"mus":0,
+				"g":1,
+				"n":1
+			},
+			{
+				"mua":0.005,
+				"mus":1,
+				"g":0,
+				"n":1.37
+			}
+		],
+		"MediaFormat":"muamus_float",
+		"Dim":[60,40,20],
+		"VolumeFile":""
+	},
+	"Shapes":{
+		"_ArrayType_":"single",
+		"_ArraySize_":[60,40,20,2],
+		"_ArrayZipType_":"zlib",
+		"_ArrayZipSize_":[1,96000],
+		"_ArrayZipData_":"eAHtxV1rlnUcAOD13nCWS7OYONmKFmzlFhmrPf97OZrSignTiphglEaRyTxYtWBzOiw1aTWJXC6YGcYIO7CHiRgF2Vg0q1Fu1sGQCmEtxKRw1SD8Hj+uo+vwga/qCgq66w+TJEmSJEmSJEkG8aG7bs31HtlFkiRJkiRJkiQZxnxRc6609W2SJEmSJEmSJMkwLry0PffJ9e+RJEmSJEmSJEmGcezcQC4Nf0CSJEmSJEmSJBnGnoljuVPPfEySJEmSJEmSJBnG3MgPudbiPEmSJEmSJEmSZBj/zp/PzXz+GUmSJEmSJEmSZBgfb7k6dWweIUmSJEmSJEmSDOM93xSnwpLvSJIkSZIkSZIkw3hjw7K0f3SSJEmSJEmSJEkyjH8cr0oV7WdJkiRJkiRJkiTDOFrzQBounyZJkiRJkiRJkgzjoaHVqXH8T5IkSZIkSZIkyTBuK3ssTXT+S5IkSZIkSZIkGcbW/qfT0ZuveJAkSZIkSZIkSTKKtcVtqWPzNSRJkiRJkiRJkmFctLszrTxZSJIkSZIkSZIkGcZXunemwpIbSJIkSZIkSZIkw/hsbm8ab7uJJEmSJEmSJEkyjOv+6Uv7RxeTJEmSJEmSJEmGsSHfnzaULiFJkiRJkiRJkgxjddtgqmhfRpIkSZIkSZIkGcbSqo/ShbHbSJIkSZIkSZIkw1g0fSQNl99JkiRJkiRJkiQZxrlD+dTVUUWSJEmSJEmSJBnG3zecSI3j1SRJkiRJkiRJkmE8s+TLNL9iBUmSJEmSJEmSZBhHznydJjrvJ0mSJEmSJEmSDOOn+75PA6cTSZIkSZIkSZJkGA+umUwbKxtIkiRJkiRJkiTD2DtvKlXuWEWSJEmSJEmSJBnGztHf0l8/NZEkSZIkSZIkSYbxhZ6ZdGL5GpIkSZIkSZIkyTA+WX8x7XhtLUmSJEmSJEmSZBhXz82mpqknSJIkSZIkSZIkw3jfsf9T8b3rSZIkSZIkSZIkw9h3/Mrs5z1PkSRJkiRJkiRJhnH3LddmB3/ZSJIkSZIkSZIkGcbu9sLsudrnSZIkSZIkSZIkw/jyj0VZde+LJEmSJEmSJEmSYdxSsyCbPbeVJEmSJEmSJEkyjJt6F2Zf5F4iSZIkSZIkSZIM4/rzi7PX971KkiRJkiRJkiQZxrWPlGTNM10kSZIkSZIkSZJhbBpamr0xuJ0kSZIkSZIkSTKMK68ryy6M9ZAkSZIkSZIkSYaxdtPtWcvsTpIkSZIkSZIkyTAuP1mRDZfvIkmSJEmSJEmSDOMdZZVZSfMekiRJkiRJkiTJMC7ddnfW1bGXJEmSJEmSJEkyjIumarJfP3yTJEmSJEmSJEkyjPPqVmSN42+RJEmSJEmSJEmG8ar+2mxoro8kSZIkSZIkSTKM/12qy+ZXvEOSJEmSJEmSJBnGi+vqs60t75IkSZIkSZIkSYZx+mhDNtHZT5IkSZIkSZIkGcazC1ZltUMHSJIkSZIkSZIkwzi55eFs4PT7JEmSJEmSJEmSYfz21KNZQcEgSZIkSZIkSZJkGC8DdffaiA=="
+	}
+}
diff --git a/src/mcx_utils.c b/src/mcx_utils.c
index b10778a9..19fc9214 100644
--- a/src/mcx_utils.c
+++ b/src/mcx_utils.c
@@ -2163,7 +2163,7 @@ int mcx_loadjson(cJSON* root, Config* cfg) {
 
         val = FIND_JSON_OBJ("MediaFormat", "Domain.MediaFormat", Domain);
 
-        if (val) {
+        if (!flagset['K'] && val) {
             cfg->mediabyte = mcx_keylookup((char*)FIND_JSON_KEY("MediaFormat", "Domain.MediaFormat", Domain, "byte", valuestring), mediaformat);
 
             if (cfg->mediabyte == -1) {
@@ -2171,6 +2171,7 @@ int mcx_loadjson(cJSON* root, Config* cfg) {
             }
 
             cfg->mediabyte = mediaformatid[cfg->mediabyte];
+            flagset['K'] = 1;
         }
 
         if (!flagset['u']) {
@@ -2859,9 +2860,11 @@ int mcx_loadjson(cJSON* root, Config* cfg) {
 
             if (FIND_JSON_OBJ("_ArrayZipData_", "Volume._ArrayZipData_", Shapes)) {
                 int ndim;
+                uint dims[4] = {1, 1, 1, 1};
                 char* type = NULL, *buf = NULL;
 
-                if (mcx_jdatadecode((void**)&buf, &ndim, &(cfg->dim.x), 3, &type, Shapes, cfg) == 0) {
+                if (mcx_jdatadecode((void**)&buf, &ndim, dims, 4, &type, Shapes, cfg) == 0) {
+                    memcpy(&(cfg->dim.x), dims, sizeof(uint) * 3);
                     mcx_loadvolume(buf, cfg, 1);
                 }
 
@@ -4120,7 +4123,7 @@ int  mcx_jdatadecode(void** vol, int* ndim, uint* dims, int maxdim, char** type,
         vdata = cJSON_GetObjectItem(obj, "_ArrayZipData_");
     }
 
-    if (vtype) {
+    if (!flagset['K'] && vtype) {
         *type = vtype->valuestring;
 
         if (strstr(*type, "int8")) {
diff --git a/utils/mcx2json.m b/utils/mcx2json.m
index b11a9e06..b563df09 100644
--- a/utils/mcx2json.m
+++ b/utils/mcx2json.m
@@ -125,6 +125,9 @@ function mcx2json(cfg,filestub)
     else
         Domain.VolumeFile='';
         Shapes=cfg.vol;
+        if(ndims(Shapes)==4 && size(Shapes,1)>1)
+            Shapes=permute(Shapes, [2 3 4 1]);
+        end
     end
 end