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biostat2 0.1
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Première version
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Analyse de survie
biostat2 0.3
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addCrossTable
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Si label = TRUE mais qu'une variable n'a pas de label, affiche son nom
à la place
biostat2 0.4.1
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Correction d'un bug mineur quand addCrossTable(compact = TRUE) est
utilisé sur une table avec une seule ligne
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Quand deux groupes sont comparés, utilise un test de student ou de
wilcoxon au lieu d'une anova ou d'un kruskal (ne change rien au
p-value calculées, mais fait plaisir aux investigateurs)
biostat2 0.6
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Rajout de la fonction FlexCrossTable, pour créer un objet FlexTable
biostat2 0.6.1
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Correction d'un bug mineur qui classait certains tableaux par ordre
alphabétique avec l'option 'compact'
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Encore un bug avec compact, j'espère que ça va maintenant !
biostat2 0.7
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* Label des colonnes (enfin !)
* Fonction rbind_crosstable pour superposer deux tables (à utiliser pour préserver le label des colonnes, justement).
* Possibilité de personnaliser le nom des colonnes '.id', 'variable' et 'p' (dans les fonctions 'FlexCrossTable' et 'addFlexCrossTable').
* Premier support (beta) des packages flextable et officer.
* Correction du bug empêchant d'avoir deux variables successives avec le même label.
biostat2 0.7.1
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* Ordre des variables conservé avec l'option compact = TRUE de FlexCrossTable
biostat2 0.8
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* Ajout de la fonction create.report
* Ajout de raccourcis pour insérer des paragraphes avec des styles spécifiques dans un document (addNormal, addComment, addAlert, addVerbatim, addCode, addPlotlegend, addTablegend, addItemize, addEnumerate)
* Ajout d'une fonction créant un objet FlexTable au style très simple (simple.table)
* Ajout de templates de rapports directement dans le package
biostat2 0.8.1
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* Correction d'un bug sur la survie et le suivi médian
biostat2 0.8.2
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* Correction d'un bug sur l'arrondi du suivi médian
biostat2 0.8.3
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* Correction d'un bug concernant les entêtes des templates lors de l'introduction d'un saut de section
biostat2 0.8.4
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* Correction d'un bug concernant l'argument "test.survival" qui n'était pas pris en compte
biostat2 0.8.5
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* Correction d'un bug avec Hmisc 4.1 (les labels ne fonctionnaient plus)
biostat2 0.8.6
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* Correction d'un bug avec l'option compact de FlexCrossTable : erreur quand une colonne "NA" existait dans le tableau
biostat2 0.9.0
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* Compatible avec officer et flextable. La compatibilité avec ReporteRs est toujours dans le package, mais ReporteRs
n'est maintenant plus sur le site du CRAN.
* Nouvelle argument ('effect = TRUE ou FALSE', FALSE par défaut), qui permet de rajouter une nouvelle colonne
indiquant une mesure d'association (différence de moyenne, OR, RR, etc). Les mesures d'association sont calculées
par les fonctions indiquée dans les arguments effect.summarize, effect.tabular et effect.survival.
* Nouvel algorithme par défaut concernant le choix du test pour comparer deux moyennes : le test de Wilcoxon n'est plus
fait systématiquement quand les effectifs sont < 30. Il n'est fait qu'en cas d'écart à la normalité.
Le test de la normalité n'est plus systématiquement un test de Shapiro (oui si l'un des effectifs est < 50, mais sinon,
test de Anderson-Darling). L'ancien algorithme est toujours disponible dans le package, dans la fonction test.summarize.auto.old
('cross([...], test = TRUE, test.summarize = test.summarize.auto.old)').
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* Entête rétabli dans les documents officer
biostat2 0.9.2
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* Fonction cross : possibilité de contrôler (via l'argument 'dig') le nombre de décimal quand la fonction "mysummary" (par défaut)
est utilisée pour décrire les variables quantitatives (dig = 3 par exemple)
* Pour les documents produits avec officer/flextable
* Entêtes et numéro de pages rétablis dans les documents produits
* Le tableau d'historique des changements aura toujours la bonne largeur (il pouvait devenir trop large avec les longs textes)
* Réduction de la hauteur du label des colonnes des objets créés avec flexcrosstable (+ jolie couleur bleue assortie
au template du document word)
biostat2 0.9.3
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* Correction d'un bug avec certains noms de level de variable en facteur... Merci Saïd
biostat2 0.9.4
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* Deux nouvelles fonctions : 'add_label<-' et 'get_label', pour spécifier ou récupérer le label (le descriptif) d'une variable. Fonctionnement similaire à la fonction 'var_label' du package labelled.
* Retrait de la dépendance avec le package Hmisc. Les labels spécifiés avec la fonction 'Hmisc::label<-' devraient toujours fonctionner. Les labels spécifiés avec la fonction 'var_label' du package labelled devrait fonctionner aussi.
biostat2 0.9.5
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* Retrait de la dépendance avec les packages reshape2 et plyr. Aucune conséquence pour l'utilisateur.
* ReporteRs est maintenant une dépendance suggérée (pas nécessaire de l'installer pour utiliser le reste du package)
* Ajout de deux nouvelles fonctions : body_add_tableref et body_add_plotref :
* elles permettent d'inclure une légende à un tableau ou une figure (respectivement), avec une numérotation tenant compte
de la section en cours. Par exemple, les tableaux présents dans la section 5 du document auront pour numérotation :
Tableau 5-1, Tableau 5-2, etc.
* Pour inclure un index des tableaux et des figures, il faut inclure dans le code suivant dans votre programme :*
(notez le 2 à la fin de "tablereference2"")
doc <- body_add_toc(doc, style = "tablereference2")
doc <- body_add_toc(doc, style = "figurereference2")
* En revanche, la numérotation ne s'affichera correctement que si ces index se situent **à la fin du document**.
Si on met ces index en début du document, la numérotation n'apparaitra qu'en **mettant à jour l'index à la main**
(clique droit, "Mettre à jour les champs", puis "Mettre à jour toute la table")
* vous pouvez toujours utiliser body_add_plotlegend et body_add_tablegend, l'index s'insérant toujours avec :
doc <- body_add_toc(doc, style = "tablereference")
doc <- body_add_toc(doc, style = "figurereference")
biostat2 0.9.6
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* Correction d'un bug : cross n'acceptait plus les options pour les fonctions fournies dans l'argument 'funs'
(en particulier : 'funs = mean, na.rm = TRUE' ne fonctionnait plus)
* Correction d'un bug : le test de kruskal-wallis renvoyait une erreur quand la variable de groupe n'était pas un facteur
biostat2 0.9.7
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* Nouvelle fonction : theme_cabane. Donne un aspect similaire à ce que fait flexcrosstable à n'importe quel tableau généré avec flextable
(exemple : theme_cabane(flextable(head(iris))))
* Nouvelle fonction : factory. Cette fonction convertie n'importe quelle fonction en une nouvelle fonction identique, mais qui capture tout type d'erreur ou warning. Exemple : factory(log)("a")
* Le test de fisher est maintenant plus robuste, notamment en cas erreur liée à un soucis de mémoire ou de catégories trop nombreuses. Quand une erreur de ce type est rencontrée, l'option 'simulate.p.value = TRUE' est automatiquement ajoutée.
biostat2 0.9.8
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* Correction d'un bug dans la fonction flexcrosstable (suite à la dernière mise à jour de flextable)
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* Ajout de la fonction 'body_add_img_autofit', qui fonctionne comme 'body_add_img', mais choisit seule une longueur et une largeur adaptée au document. Nécessite l'installation du package 'magick' (une erreur sera produite si le package n'est pas installé)
* Ajout de la fonction 'body_add_flextable_autofit', qui fonctionne comme 'body_add_flextable', mais choisit seule une largeur adaptée au document
* Ajout de l'option 'landscape' (FALSE par défaut) à la fonction 'body_add_crosstable'
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* Correction d'un bug d'affichage dans la fonction 'effect.diff.median'
biostat2 0.9.11
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* Meilleure gestion des données manquantes pour les tests de comparaison de moyennes
biostat2 0.9.12
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* Amélioration mineure des templates officer