diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index c8d86fa5..35aa33b5 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -65,6 +65,7 @@ - `agat_convert_embl2gff`: convert an EMBL file into GFF format (PR #99). - `agat/agat_convert_sp_gff2gtf`: convert any GTF/GFF file into a proper GTF file (PR #76). - `agat/agat_convert_bed2gff`: convert bed file to gff format (PR #97). + - `agat/agat_convert_mfannot2gff`: convert MFannot "masterfile" annotation to gff format (PR #112). - `agat/agat_convert_embl2gff`: convert an EMBL file into GFF format (PR #99). - `agat/agat_convert_sp_gff2tsv`: convert gtf/gff file into tabulated file (PR #102). - `agat/agat_convert_sp_gxf2gxf`: fixes and/or standardizes any GTF/GFF file into full sorted GTF/GFF file (PR #103). diff --git a/src/agat/agat_convert_mfannot2gff/config.vsh.yaml b/src/agat/agat_convert_mfannot2gff/config.vsh.yaml new file mode 100644 index 00000000..625c4613 --- /dev/null +++ b/src/agat/agat_convert_mfannot2gff/config.vsh.yaml @@ -0,0 +1,66 @@ +name: agat_convert_mfannot2gff +namespace: agat +description: | + Conversion utility for MFannot "masterfile" annotation produced by the + [MFannot pipeline](http://megasun.bch.umontreal.ca/RNAweasel/). Reports + GFF3 format. +keywords: [gene annotations, GFF , Mfannot] +links: + homepage: https://github.com/NBISweden/AGAT + documentation: https://agat.readthedocs.io/en/latest/tools/agat_convert_mfannot2gff.html + issue_tracker: https://github.com/NBISweden/AGAT/issues + repository: https://github.com/NBISweden/AGAT +references: + doi: 10.5281/zenodo.3552717 +license: GPL-3. +requirements: + - command: [agat] +authors: + - __merge__: /src/_authors/leila_paquay.yaml + roles: [ author, maintainer ] +argument_groups: + - name: Inputs + arguments: + - name: --mfannot + alternatives: [-m, -i] + description: The mfannot input file. + type: file + required: true + direction: input + example: input.mfannot + - name: Outputs + arguments: + - name: --gff + alternatives: [-g, -o] + description: The GFF output file. + type: file + direction: output + required: true + example: output.gff + - name: Arguments + arguments: + - name: --config + alternatives: [-c] + description: | + AGAT config file. By default AGAT takes the original agat_config.yaml shipped with AGAT. The `--config` option gives you the possibility to use your own AGAT config file (located elsewhere or named differently). + type: file + required: false + example: custom_agat_config.yaml +resources: + - type: bash_script + path: script.sh +test_resources: + - type: bash_script + path: test.sh + - type: file + path: test_data +engines: + - type: docker + image: quay.io/biocontainers/agat:1.4.0--pl5321hdfd78af_0 + setup: + - type: docker + run: | + agat --version | sed 's/AGAT\s\(.*\)/agat: "\1"/' > /var/software_versions.txt +runners: + - type: executable + - type: nextflow \ No newline at end of file diff --git a/src/agat/agat_convert_mfannot2gff/help.txt b/src/agat/agat_convert_mfannot2gff/help.txt new file mode 100644 index 00000000..83536c5a --- /dev/null +++ b/src/agat/agat_convert_mfannot2gff/help.txt @@ -0,0 +1,67 @@ +```sh +agat_convert_mfannot2gff.pl --help +``` + + ------------------------------------------------------------------------------ +| Another GFF Analysis Toolkit (AGAT) - Version: v1.4.0 | +| https://github.com/NBISweden/AGAT | +| National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS) - www.nbis.se | + ------------------------------------------------------------------------------ + + +Name: + agat_convert_mfannot2gff.pl + +Description: + Conversion utility for MFannot "masterfile" annotation produced by the + MFannot pipeline (http://megasun.bch.umontreal.ca/RNAweasel/). Reports + GFF3 format. + +Usage: + agat_convert_mfannot2gff.pl -m -o + agat_convert_mfannot2gff.pl --help + +Copyright and License: + Copyright (C) 2015, Brandon Seah (kbseah@mpi-bremen.de) ... GPL-3 ... + modified by jacques dainat 2017-11 + +Options: + -m or -i or --mfannot + The mfannot input file + + -g or -o or --gff + the gff output file + + -c or --config + String - Input agat config file. By default AGAT takes as input + agat_config.yaml file from the working directory if any, + otherwise it takes the orignal agat_config.yaml shipped with + AGAT. To get the agat_config.yaml locally type: "agat config + --expose". The --config option gives you the possibility to use + your own AGAT config file (located elsewhere or named + differently). + + -h or --help + Display this helpful text. + +Feedback: + Did you find a bug?: + Do not hesitate to report bugs to help us keep track of the bugs and + their resolution. Please use the GitHub issue tracking system available + at this address: + + https://github.com/NBISweden/AGAT/issues + + Ensure that the bug was not already reported by searching under Issues. + If you're unable to find an (open) issue addressing the problem, open a new one. + Try as much as possible to include in the issue when relevant: + - a clear description, + - as much relevant information as possible, + - the command used, + - a data sample, + - an explanation of the expected behaviour that is not occurring. + + Do you want to contribute?: + You are very welcome, visit this address for the Contributing + guidelines: + https://github.com/NBISweden/AGAT/blob/master/CONTRIBUTING.md \ No newline at end of file diff --git a/src/agat/agat_convert_mfannot2gff/script.sh b/src/agat/agat_convert_mfannot2gff/script.sh new file mode 100644 index 00000000..e4a32b1e --- /dev/null +++ b/src/agat/agat_convert_mfannot2gff/script.sh @@ -0,0 +1,11 @@ +#!/bin/bash + +set -eo pipefail + +## VIASH START +## VIASH END + +agat_convert_mfannot2gff.pl \ + --mfannot "$par_mfannot" \ + --gff "$par_gff" \ + ${par_config:+--config "${par_config}"} diff --git a/src/agat/agat_convert_mfannot2gff/test.sh b/src/agat/agat_convert_mfannot2gff/test.sh new file mode 100644 index 00000000..19f79b6d --- /dev/null +++ b/src/agat/agat_convert_mfannot2gff/test.sh @@ -0,0 +1,35 @@ +#!/bin/bash + +set -eo pipefail + +## VIASH START +## VIASH END + +test_dir="${meta_resources_dir}/test_data" + +# create temporary directory and clean up on exit +TMPDIR=$(mktemp -d "$meta_temp_dir/$meta_functionality_name-XXXXXX") +function clean_up { + [[ -d "$TMPDIR" ]] && rm -rf "$TMPDIR" +} +trap clean_up EXIT + +echo "> Run $meta_name with test data" +"$meta_executable" \ + --mfannot "$test_dir/test.mfannot" \ + --gff "$TMPDIR/output.gff" + +echo ">> Checking output" +[ ! -f "$TMPDIR/output.gff" ] && echo "Output file output.gff does not exist" && exit 1 + +echo ">> Check if output is empty" +[ ! -s "$TMPDIR/output.gff" ] && echo "Output file output.gff is empty" && exit 1 + +echo ">> Check if output matches expected output" +diff "$TMPDIR/output.gff" "$test_dir/agat_convert_mfannot2gff_1.gff" +if [ $? -ne 0 ]; then + echo "Output file output.gff does not match expected output" + exit 1 +fi + +echo "> Test successful" \ No newline at end of file diff --git a/src/agat/agat_convert_mfannot2gff/test_data/agat_convert_mfannot2gff_1.gff b/src/agat/agat_convert_mfannot2gff/test_data/agat_convert_mfannot2gff_1.gff new file mode 100644 index 00000000..6c6c6e2f --- /dev/null +++ b/src/agat/agat_convert_mfannot2gff/test_data/agat_convert_mfannot2gff_1.gff @@ -0,0 +1,240 @@ +##gff-version 3 +tig00000088 mfannot mRNA 375 3557 . - . ID=mRNA_1;Name=atp1;gene=atp1;transl_table=4 +tig00000088 mfannot exon 375 3557 . - . ID=exon_1;Parent=atp1;Name=atp1;gene=atp1;transl_table=4 +tig00000088 mfannot mRNA 2947 3618 . + . ID=mRNA_2;Name=orf223;gene=orf223;transl_table=4 +tig00000088 mfannot exon 2947 3618 . + . ID=exon_2;Parent=orf223;Name=orf223;gene=orf223;transl_table=4 +tig00000088 mfannot mRNA 3948 8683 . - . ID=mRNA_3;Name=cox3;gene=cox3;transl_table=4 +tig00000088 mfannot exon 3948 8683 . - . ID=exon_3;Parent=cox3;Name=cox3;gene=cox3;transl_table=4 +tig00000088 mfannot group_II_intron 8789 9291 . + . ID=group_II_intron_1;Name=group%3DII;gene=group%3DII;transl_table=4 +tig00000088 mfannot mRNA 9292 9432 . - . ID=mRNA_4;Name=nad9;gene=nad9;transl_table=4 +tig00000088 mfannot exon 9292 9432 . - . ID=exon_4;Parent=nad9;Name=nad9;gene=nad9;transl_table=4 +tig00000088 mfannot group_II_intron 9491 9970 . + . 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b/src/agat/agat_convert_mfannot2gff/test_data/test.mfannot @@ -0,0 +1,2914 @@ +;; Masterfile modified automatically by mfannot version 1.33 +;; - Gene Totals: 106 +;; - List of genes added: +;; atp1 (3 introns) atp6 (1 introns) atp8 +;; atp9 cob (6 introns) cox1 (11 introns) +;; cox3 (3 introns) nad1 nad2 +;; nad3 nad4 (1 introns) nad4L +;; nad5 (2 introns) nad7 (6 introns) orf101 +;; orf106 orf1086 orf119 +;; orf1225 orf123 orf132 +;; orf1472 orf1477 orf148 +;; orf1486 orf149 orf1493 +;; orf1510 orf1511 orf158 +;; orf204 orf223 orf240 +;; orf241 orf259 orf269 +;; orf315 orf327 orf353 +;; orf370 orf385 orf424 +;; orf451 orf465 orf499 +;; orf504 orf505 orf511 +;; orf526 orf550 orf580 +;; orf589 orf621 orf671 +;; orf673 orf676 orf688 +;; orf699 orf734 orf735 +;; orf736 orf750 orf760 +;; orf761 orf766 orf767 +;; orf784 rnpB rpl14 +;; rpl16 rpl5 rpl6 +;; rps10 rps11 rps12 +;; rps13 rps14 rps19 +;; rps3 rps4 rps7 +;; rps8 rrn5 trnA(ugc) +;; trnC(gca) trnD(guc) trnE(uuc) +;; trnF(gaa) 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+ 1466 aatttatataattttatacaaattgatgtaattacaaataactgccc +; G-atp1-I3 <== start /group=II ;; mfannot: splice boundaries uncertain +; G-atp1-E3 <== end + 1513 TAGAAATAACATTTGTTGGAATATAAGCTGAAACATCTCCAGCTTGTGTTTCTATTATAG + 1573 GAAGCGCGGTTAATGATCCAGCCCCATAGTCTTTATTTAATTTAGCTGCACGTTCTAATA + 1633 AACGAGAATGTAGATAAA +; G-atp1-E3 <== start +; G-atp1-I2 <== end + 1651 attgagtcaaaaacttattagtaatgttaattactgttgtatgctcttagagctttacaa + 1711 aataattacttattataaagctctcttttcgttgaaaaattggattttgtgaattattaa + 1771 ttaagtttaatattttttgatgtaaaaaaatatttataaattttatcgaaataaattcat + 1831 attatgaattttataaaattttattgttttataaaattacataaaaagaattgtctgttc + 1891 tatattattttatacaatataaactctagtattaggaactttatgaaaaagttttaaaca + 1951 aaaaaataattatgaatttgtcatatttttgcttgaaatgtttatgaaatacgtcaaaat + 2011 ttctctataactattttttcttagcggtaaagatatgtatatatattaaaaagtttattt + 2071 tatttttgaataaaactttttgacaaacacataaatagttatttatttaaatatacattt + 2131 atgaatatactgtatatttaaaattttttggaaaaaatttacctaattaactaaataccc +; G-atp1-I2 <== start 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+116545 ATTGTTATGATGT +; G-nad7-E5 ==> end +; G-nad7-I5 ==> start ;; mfannot: no intron type identified +116558 gtggtgtaagaaacgtattatattagagtaaataggttaattaatgtttaaagtgtctgt +116618 aaaatgtttagcaactataatattaaaatattagtgttataaacaatcaattcgtaagat +116678 tgaaattgatattttttgatttaaaatatatataataaaaaattattaaattgatcatat +116738 ttaataaatgtattgtattactgcattagtttattaataagaaatttattaaagtgttaa +116798 ataaatttaattagataagtagtttagtgtaatcgttatggcatacatagtttacaaaat +116858 ttttattattacgttatttttgtaaaagaaaagagaattaattgattattcaaagtattt +116918 agggagatttatattaaagaccttttgattgtaaataggattttgtcttaagattaattt +116978 agttaaaaaaattatcctagtcgattgtagaatattttaatattaatattaaataagatt +117038 aattttggtagtataaattgggtttttatttattttttttacgtaatttgtatttctagt +117098 aaatactaagaataaaatggttagttgtatttatttttaattattaaggataatttgcca +117158 ttagttagaatattttgctaatagtttgttacgtagtttacaaattgtaaatgccttgta +117218 aatttattgatagtttagcttaatttgaacgcttttaaaaattttgctgagcacagttat +117278 tatattatattattttcgtaaagcttaatatattgggaaatatacgttaagtttgaattt +117338 gaaatcaatttaaagattttaaaataccg +; G-nad7-I5 ==> end +; G-nad7-E6 ==> start +117367 TTATCTAGTTCGTATTGGTGAAATGCGTCAAAGTTTAAACATATTAAATCAATGTATTAA +117427 TGAAATTCCGACTGGTTCAGTTAAATCAGATGATAAAAAATTGATGTCTCCAACAAGAAG +117487 TGAAATAAAACAATCAATGGAAGCTTTGATACATCATTTTAAATTATATAGTAGAGGGTT +117547 TGATGTTCCGCAGGGTGAAACATATGTTGGGGTTGAAGCGCCTAAGGGTGAATTT +; G-nad7-E6 ==> end +; G-nad7-I6 ==> start /group=II(derived) ;; mfannot: splice boundaries uncertain +117602 ttaagttaatatataattttacatatatttttgcattactatgatttagttaataatata +117662 ttattataggtttttatttttagtagcttattttccaattaagaataagtaaaaatcaag +117722 ttattgaacaatattaaatttgaggttatagtttatagtgtatttttatttaggcaatat +117782 atattgttgttaataagaaaaaagtttttacaaaattttgtaaataatgtataggtcaaa +117842 gtgatctaatttttgttcgagaaaaaattatatatctatttttttaattaaattcgtgga +117902 gtttacgtagtttaaaaagttgttgtatatttattgggcaaaaagtacatattaaatagt +117962 tagctatataaataaaatgtaaattttatttaaaagcaaaacgtatatatgtaaaaaatt +118022 atgtgatcttattagtataataatagaatattggaaattaaaggattttgttaaaaattt +118082 tccagttataagaaataacttaaaatgtaagttagattttaaatttaattaaaattttta +118142 ttaattattttagatgagaagaatggttaaaaaagttagataaacattattgtttcattt +118202 ctaattgtagttaaacaattataattatatttttttaattttaatttagttgttaaatta +118262 tgtataataagaaatggaattaagctgtatgtattgtgaattacatgtacagttttataa +118322 agggttttctactttttagtatagaaattctattttacgt +; G-nad7-I6 ==> end +; G-nad7-E7 ==> start +118362 GGAGTTTATTTAGTAGCTGATGGTTCAAATAAACCTTATAGATGCAAGATAAAAGCGCCA +118422 GGATTTGCGCATCTTCAAGGGTTAAATTTTATGGCTAAAGGACATATGATTGCGGACGTT +118482 GTTACTATTATTGGTACACAAGATATAGTTTTTTTATGATTTAAGTTTAGCGTTAATTTA +118542 TTTTATTTTTATTAA +; G-nad7-E7 ==> end +; G-nad7 ==> end +118557 AAAAATATTTAAAATTTTAATGAAAATATAATTGTTTAATATAGTGCATTGGAAGTATAT +118617 TTAAGTAAAATTTCTGAAAAAATTTATATTTAATCGTAGATGTTTTCAAAATTTATTATA +118677 GGATTTTAAGAAACAAATTTTATATTAATTTATTTTGTATGTAATAAAGTAAGAAGGTAC +118737 TAGTGTAAAATGCTGAATCGTAATGTGGGTAGGTATGGTATAGACTGTTTAACGTAAAAA +118797 TGTAAATTTTTTAAAAAAATTTTCTACCCATAAATTCTTATGATATAGAAATATTTTTAG +118857 AGTTTTTGTGTAATATGTAGAAAATATATAATTAAAATAGCAATAAAAAATGAAATGGAG +118917 TTTATTTCTATATTGTAATAGGCTACATTTTTTAAGTTTATGAATCGTACAGTAGATTAG +118977 CACTAAAAAAATTAGTTTTTTAAATTTACTATTAAATTAGGTAATGGTTATGATGAATTG +119037 GCTAAGATATTATATTAAAATAAATATTGATCAAAAGCTAGTTAAAGTAACCATTTAATA +119097 TTTTTTTGTTTATTTTTAGAATTTACTGCATCTATATGTATGTATTT +;; mfannot: /group=II +119144 aagctgtatactaatctgattggtatgtgcagttttttaggagga +;; mfannot: +119189 TTTAGAAGATTCTATCTTTTGTGGTGAAGTAGATAGGTAGGTTTTGAAAAAATTTATGTT +119249 GTAGTATTAATATATTAGTTTATACAAATTTCAGTTATTTTTTGGATTGTTATTAGTTAT +; G-nad4 ==> start +; G-nad4-E1 ==> start +119309 ATGATTATTTTACCGATTTTAGTTTTGATTTGTGGAATTGTATGTATTAGTTTAATTTCT +119369 TCAGTGAGGTATATATATATTAAAAAGTTAGCTTTGTTTATTACAATTGCTGTGTTTTAT +119429 TTATCGCTATTGTTTTGAATATTTTATGTTAAGCAAAGTTTATTTTTTCAATTCATGTTT +119489 TATAGAGAATGGTTAGTGTTCATGAATATTGATATTATATTTGGTTTAGATGGTATATCA +119549 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TTTTTAATTATAGGAATTTGAGGTTCGCGTGAGTGTAAAATTAAAGCTTCTTATTACTTT +120310 TTTATGTATACATTACTTGGATCATTGGTTGCTCTTATTGGTATATTAATAATTTTTTTT +120370 GAAACAGGCACTACGAATTTTTTTATTTTGTTAACTCATAAATTCAGCTTTGAACGGCAA +120430 TTGTTACTATGAATTATGTTGTTTATTTCATTTGCAGTTAAATTTCCAATAGTTCCTTTT +120490 CATATTTGGTTGCCAGAAGCTCATGTGGAAGCGCCTACGGTGGGATCTATTATTTTAGCG +120550 GGGGTTTTATTAAAATTAGGTATTTATGGTATGCTACGTTTTTCAATTTCTTTATTCCCT +120610 CAAGCCAGTAGTTATTTTACACCTTTTGTATATACAATTTGTATTATTTCCATCCTTTAT +120670 AGTTCGTTAACAACAATTCGTCAAGTGGATTTAAAACGTATAATAGCGTATTCTTCAGTT +120730 TCTCATATGAATTTTGGTTTGTTAGGTTTATTTTCTGGTACTTTACATGGTATTATTGGT +120790 GGTTTAGTTTTATCTATAAGTCACGGTTTTGTGACAAGTGGGTTATTTATTTGCATTGGT +120850 GTATTATATGATCGTTATCATACTCGTCTGCTAAAGTATTATAGCGGTATTGTGTTAGTA +120910 ATGCCTGTTTTTTCTGTTTTATTTTTATTTTTTTCGTTAAGTAATTTAGGTATGCCGGGT +120970 ACAAGTAGTTTTGTAGGTGAATTACTTATTTTGATAGGTACATTTAGCCAAAATAGTATT +121030 TCAGCTATTTTTGGATCGAGTGGTATTTTGCTTGGTACTTTATATTCAATTTGGTTATAT +121090 AATAGAGTGTGCTTTGGTAATTTGAAAATACAGGATAATGTATTAGTATATCTAGATATA +121150 TCAAAACGTGAATGTTTTTGTATTTTTCCATTAGTAGGTTTAGTGTTATTGTTAGGTTTA +121210 AATTCTAATTTATTTTTAGATTACTTACAGAGTGCAGGTTATATGTTACTTTTTGAATAG +; G-nad4-E2 ==> end +; G-nad4 ==> end +121270 TTTATTTTTTACTAGCAGTAAAAAAATTATATTTTTAATTATTATTACATTTATTAAAAT +121330 AAAAGTTATATGTTTAATATTAGAAAAATTTCGTTTTACGTAGTTTTTTATATCAGTTTA +121390 TGATAAAAATAATTTTGTCATAATAATACTTTATATTTTAGACTTGACGTTTTTTTTGTG +121450 TTTCTACATGTAATTTACATGTAAATTAAAGTGTGGTATTTTTTATAAAAAAGATGTATT +121510 TTTATATAAAATAGTCTTTAAAGTTGTTTATAAGTGTTATG +; G-atp9 ==> start ;; mfannot: alternative ATG start pos 121548 +121551 ATGATTTTAGAAAGTGCAAAAGTTATTGGTGCTGGGTTAGCAACGATTGGATTAGCTGGT +121611 GTAGGTTTGGGTATTGGGACAGTATTTGCGGCATTAATTACAGGAGTAGCTCGTAATCCA +121671 TCTTTAGTAAATCAGTTATTTACGTATGCGATGTTAGGGTTTGCTTTAACAGAAGCAATA +121731 GCTTTGTTTGTTTTAATGATTGCTTTTTTATTGCTTTTTGCTTTTTAG +; G-atp9 ==> end +121779 TGTTTACGGCAAAAATATATTAAAGATTAATTTTTTATAATTCTATACAGAAACTGAAGG +121839 ATCTGTTTTTTGTATAGAAGATAGAGGATTGGGTACTTGAAATATTTA +; G-trnD(guc) ==> start +121887 GGATTAGTAGCTTAATCGGGAAAGCTCCAAATT!GTC!ATTTTGGTAGATGTAGGTTCAA +121945 GTCCTATCTAATTCG +; G-trnD(guc) ==> end +121960 TT +; G-trnC(gca) ==> start +121962 GATTGGATAACATAACGGTAATGTGTTGAATT!GCA!AATTCATTTTATAGCGGTTCGAT +122020 TCCGCTTCCAATCT +; G-trnC(gca) ==> end +122034 TGTTAATGTGATTGGTT +; G-trnH(gug) ==> start +122051 GGCGGATATAGCTCAATGGTAGAGTATTAGTTT!GTG!GAGCTGATTGTTATGAGTTCAA +122109 ATCTCATTATCCGCC +; G-trnH(gug) ==> end +122124 TATTTATTAAGATTTTTT +; G-trnV(uac) ==> start +122142 TGGTAGTTAGCTCAAGTGGTAGAGCATCTCTTT!TAC!ACGGAGGGGGTTGTTGGTTCAA +122200 ATCCGATACTATCAA +; G-trnV(uac) ==> end +122215 AAAATTTAAGTTTTTTACG +; G-rnpB ==> start ;; mfannot: Approximate position +122234 AAGGAAAATCCTAATGTATTGTTATTTATACTGTAGTCAGTAAATGTAAATTTAAGAAGA +122294 CTTATTAGAAATAATTAAAATTTATTTTATGTTTTAAATTTATGTAATAAGAATATGCGT +122354 AAGCTTATCTATTTGTTGTTAAGTCTGCTGAAACAATAGAATATTTATTAATCATTAATT +122414 TAAGGTTTGGTTTTTTTACAGAATTAGGTTTAT +; G-rnpB ==> end +122447 AAAAATTTTAGTTTACTTAATATAGATAATAAAAGTTGTATTTGGGTGTTTGAAATAGTT +122507 AAATGAAAATTTATTATATTTGGATTTGGAGTTTCTT +;; rns ==> ;; mfannot: start of 5' +122544 TATAAGAAGGGTTTGATCCTGGCTCAGAATGAATGCTAGAAGTATACATAACACATGCAA +122604 GTTG +;; +122608 GACGAGTAATTATTTTACAAGTAGCGAACGGGTGCGTAATGTGTAAGAATTTGCCTTCTA +122668 ATTTGGGATAACCGGGTAATGCTGGCTAATACCAAATAATTTTTTTAAAAAGATTGAATC +122728 GTTAGGAGATAAGCTTACATAGGATTAGGTAGTTGGTAGAGTAATGGTTTACCAAGCCAA +122788 TGATCCTTAGCTAGTCTGGGAGGATGAATAGCCACATTGAAACTGAGACAAGGTTCAAAC +122848 TTTTACGGAGGGCAGCAGTGTGGAATATCGGACGTGCGGTTCATCTAATAATTTTATTTC +122908 GTAGTAAAATTACTTTGAAGTAAAAAAAAATTGTATATGTGTTACCTTTTTTAGGATGTA +122968 TTGATTTGTACAAACATCAGTACAATTAAATATGAGATTTATATAGAGAAATTTTAATAT +123028 AAATTGGTATTGTGTATAATAAAGGTTAAAAAATTATAATTAATAGTAATAAAATATATT +123088 TTATGTGGAATAGAGTTGTTGATAGCAAATCATTGAATGGGAAATACCATAATTTCATAT +123148 GCAAACTTAAATATGATTAGTAAAAGAGAATGTAATATAAAAATTAATGATAGATATATT +123208 TGTATGAAGTATGTAATGTAGGATTGTCGCAAGTTCTACATTTTTTTAAGCGTTAAGATA +123268 CTTCTGGTAGATAAATGAGTTCCAATTAATAAGTAAACACAAAAAGATGAATATTTTGTT +123328 TAATTCATATATATTAAAAGTTTAGTATGAATTTTAATAAAAAGGATATTCAATATATAG +123388 TTGATGAAATTAGTTTTCATTATAAAAATATATAAGTGAACATTGTAGTTTATTTAAGTA +123448 TTCAAAAATTAAAAAAAAGTACTTTAACTTATTTTTATTTAAAGTTTAGATAAAATATAA +123508 ATAATTTTGGTAAGAAGAACTTTAATATAAAATGCAATATTTTTGAATACGTAAATTTAA +123568 TTACTGAG +;; mfannot: /group=II +123576 tagctgtataaaaggttacttttatgtacagttccgtaggggaagg +;; mfannot: +123622 TTAAATTTACAAATATAACTTTACTCTCTGACAATGAGCGCAAGCTTGATCCAGTAATAC +123682 TTTATGTGTGATGTGAAGAGTAGGAGACTATTTGTAAAGCACTATCGGTAAAAACGAAAT +123742 TGACTATATTTACATAAGAAG +;; rns ==> ;; mfannot: corr to pos 485-571 of R.americana +123763 CTCCGGCAAATTTCGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACGAAAGGAGCAGGTGTTATTCAGAT +123823 TAACTGGGCGTAAAGGGCATGTAGACGG +;; +123851 TTCATTATGTGTACTATGAGTTACAAAGTATAATTTTGGAAAGTAGTATACACAGCAGAA +123911 CTTGAGTTGGGTATAGGGTAGCAGAATCTTTAATGTAAAGGTGAAATTTGGTGAAATTAA +123971 AGAGAATACCAAGGCGAAAGCAGTTACCTATGACGAAAC +;; rns ==> ;; mfannot: corr to pos 735-810 of R.americana +124010 TGACGTTGAGGTGCGAAGGCATGGGTAGCAAATAGGATTAGAGACCCTAGTAGTCCATGC +124070 AGTAAACGATGAATATT +;; +124087 AAATTTTGAAATAATGATTTTCAAAGTTAAAGCTAACGCGT +;; rns ==> ;; mfannot: corr to pos 850-965 of R.americana +124128 CAAATATTCCGCCTGGGGAGTACAATCGCAAGATTGAAACTTAAAGGAATTGACGGGGAT +124188 CTAAACAAGCGGTGGAACATGTGGTTTAATCCGATGTGCGTTTCGGTAAGAGTGAG +;; +124244 TAGGAGGCTCATTGTCTTATTCAGTTTTTATAGTTAAGCTGATTTTTTGGTATATATATA +124304 TAGATGTAAATTCTGTATCTTTTATGTATAGATAGTTCACCAGAAGCTAAATTTCGGTTT +124364 AGTTATCCCACCACAAGAGAATAAGTAGGTAGTATTTGTGTGGTAAGCAGGGACTTTAAT +124424 ATTTAATGTATGCGGTATATTCAAAATACAGTAAAGTGTGAACATAGATTATTAGGAGAG +124484 AAAATACGTACTATTATTGTAATAGTGAAATTCGTCATAAAAACTTTATTTAGAGATTTT +124544 TTAAATCGAAAAGTTTAAAGATTTGTATTGATTATTGTGTAAAGTTGGATTACGCAACAT +124604 GTATAATAACTTTTGGCGTTTATAATAGCTCCAACAATAATTTTAATTGGAATGTATACC +124664 AAAACGAAATTTTTTCTTCATAGTCTATTCTTTAATTTCTATGGTATTCTACAAGGGGTA +124724 TGAAGAATTTAGGATAATATAGAATATTAATAAAACCTGTTGTTTTGGAAAAATTAGGTA +124784 AAATTAAATTATATTTACAAAAATTTTTTATTTTCTGATTTTAGAATTT +; G-orf148 ==> start +124833 ATGTTTTTGTTAAG +;; mfannot: /group=II +124847 tagctgtatgaattggaaaattcatgtatggtttcgaataggcgg +;; mfannot: +124892 TCTAAGTTTTTTAGAATATAGTATCGACCTTACCACTACGCGTAAAATCTTACCAGTTTT +124952 TGAATATTTTA +;; rns ==> ;; mfannot: corr to pos 1014-1044 of R.americana +124963 TACAGGTGTTGCATGGCTGTCGTCAGTTCGTGTTGTGAAG +;; +125003 TGTTTGGTTTAGTCCCTATAACGAACGCAATCCCTATCTCTTATTGCTAAAATACTTCTG +125063 CAAAAGTATTAAGAACTTAGGAGAATCGCTAATAACAAATAAGCTGAAAGTGGGG +;; rns ==> ;; mfannot: corr to pos 1190-1252 of R.americana +125118 GTGACGCCAAGTCGTCATGGCCCTTATAGACTGGGCTACACACGTGTTACAATAATTATT +125178 ACA +;; +125181 ATGAGAAGCAATAATGTAAGTTGGAGCAAAACTCTAAAGGTAATTTTAGTT +;; rns ==> ;; mfannot: corr to pos 1305-1411 of R.americana +125232 CAGATTATTCTCTGTAACTCGAGAATATGAAGTTGAAATCGCAAGTAA +; G-orf148 ==> end +125280 TCGCAGATTAGTATGCTGCGGTGAATATGTTCTTAGATCTTGTACACACCGCCCGTCAC +;; +125339 ACCCTGGGAATCGGTTTTATTGTAAACAGATTGTATAACTTAAAGGAGATTGTAAAATAA +125399 ATTTAGGAGTTCGTCTGTTAGATTAGAAT +;; +125428 CGGTGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGTTGTAGGGGAACCTGCAGCTGGAAGTAAG +125488 ATATA +;; rns ==> ;; mfannot: end of 3' +125493 AATAACACTCATTTATTATTTTGTATGTATTTTATCG +; G-rrn5 ==> start ;; mfannot: complete +125530 GATATTCTAATAATATATATTGATACTGGATCCCATTTCGAATTCCGGAGTAAAACATAT +125590 ATATTTCATATATAGCATAAATGTTGTGAAACGTGATTATGGTATT +; G-rrn5 ==> end +125636 TAATGTAG +; G-trnF(gaa) ==> start +125644 GTTTAGATAGCTCAGCGGTAGAGTAAAACACT!GAA!ACTGTTTGTGTCGCTGGTTCAAA +125702 TCCAGTTCTAAACA +; G-trnF(gaa) ==> end +125716 AAAATTGCTATAAAAAAG +; G-trnK(uuu) ==> start +125734 GAATGTGTAGCTCAAGTGGTAGAGCAGTAGGCT!TTT!AACTTAATGGTTCCGAGTTCAA +125792 GTCTCGGTACATTCA +; G-trnK(uuu) ==> end +125807 ATTGTATAGGGTTTTAACTCAAATATTTTTTGTGATATGAAACGGCAAAATAAATTTAAC +125867 AGTTTGAAGTTTATGTATGTATACACTAATGGTTCTATTTTAATTTCTAAAGATTTTTGT +125927 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