diff --git a/tutorials/bcm_2024/README.md b/tutorials/bcm_2024/README.md new file mode 100644 index 0000000..9e58dab --- /dev/null +++ b/tutorials/bcm_2024/README.md @@ -0,0 +1,25 @@ +# Streaming and interacting with NWB data from DANDI + +This example notebook demonstrates how to stream an NWB file from DANDI and perform analyses with the data using pynapple. This notebook is intended to be used at the NWB and DANDI workshops as an interactive tutorial. + +The data used in this tutorial were used in this publication: [Sargolini, et al. "Conjunctive representation of position, direction, and velocity in entorhinal cortex." Science 312.5774 (2006): 758-762](https://www.science.org/doi/10.1126/science.1125572). The data can be found on the DANDI Archive in [Dandiset 000582](https://dandiarchive.org/dandiset/000582). + + +## Installing the dependencies + +To set up the environment on your local computer, run the following commands. + +```bash +git clone https://github.com/dandi/example-notebooks +cd example-notebooks/tutorials/bcm_2024/ +conda env create --file environment.yml +conda activate bcm-workshop +``` + +## Running the notebook + +To open the notebook in jupyter, run the following commands. + +```bash +jupyter lab analysis-demo.ipynb +``` \ No newline at end of file diff --git a/tutorials/bcm_2024/analysis-demo.ipynb b/tutorials/bcm_2024/analysis-demo.ipynb new file mode 100644 index 0000000..0c7fe28 --- /dev/null +++ b/tutorials/bcm_2024/analysis-demo.ipynb @@ -0,0 +1,1363 @@ +{ + "cells": [ + { + "cell_type": "markdown", + "id": "4a8f7d82-59dd-4de1-97eb-aa784dba3df3", + "metadata": {}, + "source": [ + "# Streaming and interacting with NWB data from DANDI" + ] + }, + { + "cell_type": "markdown", + "id": "dc9b4483-c7da-47f5-926e-2c17a6e1af2d", + "metadata": {}, + "source": [ + "First, let's import a few classes. If you are *not* running this notebook on DANDI Hub, you will need to install these packages using `pip` or your favorite Python package manager. For example:\n", + "```\n", + "pip install dandi pynwb fsspec requests aiohttp matplotlib pynapple seaborn\n", + "```" + ] + }, + { + "cell_type": "code", + "execution_count": 1, + "id": "4333d07b-d20a-4fb6-8e16-389932aa2f11", + "metadata": { + "tags": [] + }, + "outputs": [], + "source": [ + "from dandi.dandiapi import DandiAPIClient\n", + "import fsspec\n", + "from fsspec.implementations.cached import CachingFileSystem\n", + "import h5py\n", + "import matplotlib.pyplot as plt\n", + "import numpy as np\n", + "import pynwb" + ] + }, + { + "cell_type": "markdown", + "id": "d0d589f1-1741-4636-8018-5176164d8793", + "metadata": {}, + "source": [ + "The data used in this tutorial were used in this publication: [Sargolini, et al. \"Conjunctive representation of position, direction, and velocity in entorhinal cortex.\" Science 312.5774 (2006): 758-762](https://www.science.org/doi/10.1126/science.1125572). The data can be found on the DANDI Archive in [Dandiset 000582](https://dandiarchive.org/dandiset/000582)." + ] + }, + { + "cell_type": "code", + "execution_count": 2, + "id": "69eee770-5623-4121-b353-b591c5462a64", + "metadata": {}, + "outputs": [], + "source": [ + "dandiset_id = \"000582\"\n", + "filepath = \"sub-10073/sub-10073_ses-17010302_behavior+ecephys.nwb\"\n", + "with DandiAPIClient() as client:\n", + " asset = client.get_dandiset(dandiset_id, 'draft').get_asset_by_path(filepath)\n", + " s3_url = asset.get_content_url(follow_redirects=1, strip_query=True)" + ] + }, + { + "cell_type": "code", + "execution_count": 3, + "id": "d4fd70d1-5c5c-42e0-8b78-fb64e91bf1b4", + "metadata": {}, + "outputs": [ + { + "data": { + "text/plain": [ + "'https://dandiarchive.s3.amazonaws.com/blobs/26a/22c/26a22c31-09bc-43a4-9187-edc7394ed12c'" + ] + }, + "execution_count": 3, + "metadata": {}, + "output_type": "execute_result" + } + ], + "source": [ + "s3_url" + ] + }, + { + "cell_type": "markdown", + "id": "91a4a7b1-3f61-4f04-9df0-5a8b7d2642c2", + "metadata": {}, + "source": [ + "There are multiple methods to stream NWB files. We currently recommend fsspec, but additional options are described in the [pynwb streaming tutorial](https://pynwb.readthedocs.io/en/stable/tutorials/advanced_io/streaming.html)." + ] + }, + { + "cell_type": "code", + "execution_count": 4, + "id": "b98c8a4e-8305-4b9d-83e2-6b29e849cf64", + "metadata": {}, + "outputs": [], + "source": [ + "# create a virtual http filesystem with local caching\n", + "fs = CachingFileSystem(\n", + " fs=fsspec.filesystem(\"http\"),\n", + " cache_storage=\"nwb-cache\", # local folder for the cache\n", + ")" + ] + }, + { + "cell_type": "code", + "execution_count": 5, + "id": "0ab107e3-efa5-47a6-be09-4668c632eeac", + "metadata": {}, + "outputs": [], + "source": [ + "# open the file using the S3 URL\n", + "f = fs.open(s3_url, \"rb\")\n", + "file = h5py.File(f)\n", + "io = pynwb.NWBHDF5IO(file=file)\n", + "nwbfile = io.read()" + ] + }, + { + "cell_type": "markdown", + "id": "5e359eb2-2c25-45ec-ad68-31400bde274b", + "metadata": {}, + "source": [ + "You can print the `NWBFile` object in a Jupyter notebook to get a simplified, interactive representation of the contents of the NWB file." + ] + }, + { + "cell_type": "code", + "execution_count": 6, + "id": "7bf8d635-00d9-4f61-9b64-988a3be64306", + "metadata": {}, + "outputs": [ + { + "data": { + "text/html": [ + "\n", + " \n", + " \n", + " \n", + "
\n", + " | location | \n", + "group | \n", + "group_name | \n", + "
---|---|---|---|
id | \n", + "\n", + " | \n", + " | \n", + " |
0 | \n", + "MEC | \n", + "ElectrodeGroup pynwb.ecephys.ElectrodeGroup at 0x5893589184\\nFields:\\n description: The name of the ElectrodeGroup this electrode is a part of.\\n device: EEG pynwb.device.Device at 0x5895127888\\nFields:\\n description: The device used to record EEG signals.\\n\\n location: MEC\\n | \n", + "ElectrodeGroup | \n", + "
\n", + " | location | \n", + "group | \n", + "group_name | \n", + "
---|---|---|---|
id | \n", + "\n", + " | \n", + " | \n", + " |
0 | \n", + "MEC | \n", + "ElectrodeGroup pynwb.ecephys.ElectrodeGroup at 0x5893589184\\nFields:\\n description: The name of the ElectrodeGroup this electrode is a part of.\\n device: EEG pynwb.device.Device at 0x5895127888\\nFields:\\n description: The device used to record EEG signals.\\n\\n location: MEC\\n | \n", + "ElectrodeGroup | \n", + "
\n", + " | location | \n", + "group | \n", + "group_name | \n", + "
---|---|---|---|
id | \n", + "\n", + " | \n", + " | \n", + " |
0 | \n", + "MEC | \n", + "ElectrodeGroup pynwb.ecephys.ElectrodeGroup at 0x5893589184\\nFields:\\n description: The name of the ElectrodeGroup this electrode is a part of.\\n device: EEG pynwb.device.Device at 0x5895127888\\nFields:\\n description: The device used to record EEG signals.\\n\\n location: MEC\\n | \n", + "ElectrodeGroup | \n", + "
\n", + " | unit_name | \n", + "spike_times | \n", + "histology | \n", + "hemisphere | \n", + "depth | \n", + "
---|---|---|---|---|---|
id | \n", + "\n", + " | \n", + " | \n", + " | \n", + " | \n", + " |
0 | \n", + "t1c1 | \n", + "[0.7903958333333333, 0.794, 0.8111666666666667, 0.8313541666666666, 0.9217708333333333, 1.0205208333333333, 1.3573020833333334, 1.6583229166666666, 1.6768645833333333, 2.7457708333333333, 4.008697916666667, 4.01678125, 4.402270833333334, 4.522583333333333, 4.527708333333333, 5.598760416666667, 5.61415625, 5.617927083333333, 5.68934375, 5.701510416666666, 5.714885416666666, 5.71740625, 5.723197916666667, 5.806802083333333, 5.8149375, 5.8207708333333334, 6.1641875, 6.201979166666667, 6.2260625, 6.2363125, 6.3546875, 6.363916666666666, 6.480145833333333, 6.48803125, 6.899927083333333, 6.992489583333334, 6.995885416666667, 7.033135416666667, 7.098052083333333, 7.10146875, 7.105677083333333, 7.245541666666667, 11.069739583333334, 11.499979166666666, 11.5111875, 11.522375, 11.6165, 11.702270833333333, 11.714625, 11.7245, 11.920979166666667, 11.983385416666666, 11.98634375, 11.995645833333333, 12.08903125, 12.105385416666667, 12.148697916666666, 12.157114583333334, 12.165864583333333, 13.123729166666667, 13.206645833333333, 13.224875, 13.232479166666666, 13.362927083333334, 13.40890625, 13.522697916666667, 13.530177083333333, 13.54115625, 13.623927083333333, 13.685302083333333, 13.738260416666666, 13.757302083333334, 13.812510416666667, 13.855427083333334, 13.971072916666667, 13.98659375, 13.992822916666666, 14.082979166666666, 14.162229166666666, 14.165541666666666, 14.394229166666667, 14.397375, 14.488708333333333, 14.492708333333333, 14.500604166666667, 14.547833333333333, 14.563979166666666, 14.5875, 14.590729166666666, 14.59375, 14.601708333333333, 14.608729166666667, 14.620083333333334, 14.647083333333333, 14.699260416666666, 14.70190625, 14.741635416666666, 14.801010416666667, 14.80403125, 14.88940625, ...] | \n", + "MEC LII | \n", + "\n", + " | 0.0024 | \n", + "
1 | \n", + "t2c1 | \n", + "[1.0451354166666667, 1.7003854166666668, 2.3154375, 11.046822916666667, 14.239729166666667, 14.822927083333333, 14.837010416666667, 19.281322916666667, 19.585395833333333, 19.603958333333335, 19.719083333333334, 19.722625, 19.819458333333333, 19.822979166666666, 19.8256875, 19.829520833333333, 28.67203125, 29.932614583333333, 30.8508125, 30.951416666666667, 31.050583333333332, 31.106822916666665, 31.410760416666665, 36.44560416666667, 46.90858333333333, 47.34158333333333, 47.397375, 47.4190625, 47.47598958333333, 48.156, 59.66520833333333, 59.66970833333333, 59.78719791666666, 60.00934375, 60.12197916666667, 60.12890625, 60.458333333333336, 60.8745625, 61.55807291666667, 62.76680208333333, 62.94321875, 63.27045833333333, 63.4875, 64.47296875, 67.56085416666667, 67.57622916666666, 67.72179166666666, 67.72525, 67.80897916666666, 67.814625, 67.8276875, 67.91458333333334, 67.94144791666666, 67.95988541666667, 68.02155208333333, 68.13059375, 68.20140625, 68.33521875, 68.40710416666667, 68.57409375, 68.58878125, 68.681375, 68.70475, 68.75991666666667, 68.832625, 68.9400625, 68.94379166666667, 71.02867708333333, 71.25821875, 71.41845833333333, 72.28534375, 78.7965, 79.7308125, 79.76083333333334, 79.84297916666667, 79.91891666666666, 79.97095833333333, 80.08979166666667, 83.240875, 88.275625, 91.66017708333334, 91.67665625, 92.069125, 92.10191666666667, 92.56378125, 92.56932291666666, 92.57228125, 92.58971875, 92.59544791666667, 92.67121875, 92.67442708333333, 92.81330208333334, 92.84265625, 93.16694791666667, 93.28475, 93.47997916666667, 93.49264583333333, 93.51422916666667, 93.51847916666667, 93.52220833333334, ...] | \n", + "MEC LII | \n", + "\n", + " | 0.0024 | \n", + "
2 | \n", + "t2c3 | \n", + "[0.18273958333333334, 0.5340729166666667, 0.5707291666666666, 0.7023333333333334, 0.7242604166666666, 0.7670520833333333, 0.88084375, 1.06084375, 1.1815, 1.2828333333333333, 1.2922916666666666, 1.4162291666666667, 1.5238333333333334, 1.5430416666666666, 1.5909479166666667, 1.6242291666666666, 1.6451041666666666, 1.7132604166666667, 3.0415729166666665, 5.295635416666666, 5.516947916666667, 6.2452604166666665, 6.336885416666667, 6.6401666666666666, 7.0116875, 7.089395833333334, 7.20128125, 8.1189375, 8.1546875, 8.251333333333333, 8.605614583333333, 10.502302083333333, 10.848864583333333, 10.931302083333334, 11.852802083333334, 11.86840625, 11.877864583333333, 11.963645833333333, 13.12328125, 13.53028125, 13.688145833333333, 13.751333333333333, 14.159802083333334, 16.810760416666668, 16.91994791666667, 17.323583333333332, 17.454822916666668, 19.2395, 19.306625, 19.73028125, 21.200885416666665, 21.439739583333335, 22.102395833333333, 22.926447916666667, 23.722489583333335, 23.85609375, 25.524104166666667, 25.860020833333333, 26.32103125, 26.6210625, 26.66503125, 26.753708333333332, 26.846958333333333, 26.8845, 26.959229166666667, 27.08540625, 27.1913125, 27.271979166666668, 27.31240625, 27.537260416666665, 27.791447916666666, 27.805697916666666, 27.817010416666665, 27.90071875, 27.917572916666668, 28.02446875, 28.13378125, 28.15521875, 28.32228125, 28.363958333333333, 28.38533333333333, 28.608604166666666, 28.6311875, 29.11065625, 30.226875, 33.932625, 34.056666666666665, 34.590354166666664, 36.890760416666666, 38.448458333333335, 38.4585, 38.78067708333333, 39.00878125, 39.022072916666666, 39.23472916666667, 39.24640625, 39.25477083333333, 39.60910416666667, 40.26836458333333, 40.29759375, ...] | \n", + "MEC LII | \n", + "\n", + " | 0.0024 | \n", + "
3 | \n", + "t3c1 | \n", + "[1.0358229166666666, 1.04803125, 1.6964270833333333, 1.7780416666666667, 1.7842083333333334, 1.8619166666666667, 1.8659375, 1.879125, 1.8885416666666666, 1.9763333333333333, 2.0486666666666666, 2.1341875, 2.1698541666666666, 2.2325416666666666, 2.245875, 2.251375, 2.2590625, 2.2775833333333333, 2.282395833333333, 2.2996041666666667, 2.3334375, 2.3404375, 2.3472708333333334, 2.3584375, 2.380541666666667, 2.3935104166666665, 2.40184375, 2.4201979166666665, 2.44096875, 2.45184375, 2.4599270833333335, 2.4681770833333334, 2.4746770833333334, 2.4855729166666665, 2.5209479166666666, 2.55503125, 2.5716979166666665, 2.5834895833333333, 2.591552083333333, 2.6127604166666667, 2.6709895833333333, 2.88928125, 3.134916666666667, 3.2006875, 3.3154375, 3.4335625, 4.24340625, 4.2707395833333335, 4.34684375, 14.862104166666667, 15.2978125, 15.543479166666666, 16.012020833333334, 16.19559375, 16.322864583333335, 16.855166666666666, 16.8641875, 19.730333333333334, 19.756604166666666, 19.76535416666667, 19.8773125, 19.9308125, 20.047833333333333, 20.227822916666668, 20.318989583333334, 20.336260416666665, 20.47409375, 20.584364583333333, 20.78321875, 20.79134375, 20.810072916666666, 20.824833333333334, 20.8931875, 20.906208333333332, 20.918354166666667, 20.9286875, 21.020104166666666, 21.109541666666665, 21.1209375, 21.129208333333334, 21.139520833333332, 28.955604166666667, 28.969427083333333, 29.12302083333333, 29.227, 29.93634375, 30.745760416666666, 30.862416666666668, 33.691541666666666, 33.70033333333333, 33.70483333333333, 45.592125, 48.75952083333333, 52.425875, 52.44083333333333, 53.031697916666666, 53.03701041666667, 57.72391666666667, 57.736291666666666, 57.74427083333333, ...] | \n", + "MEC LII | \n", + "\n", + " | 0.0024 | \n", + "
... and 4 more rows.
\n", + " | unit_name | \n", + "spike_times | \n", + "histology | \n", + "hemisphere | \n", + "depth | \n", + "
---|---|---|---|---|---|
id | \n", + "\n", + " | \n", + " | \n", + " | \n", + " | \n", + " |
0 | \n", + "t1c1 | \n", + "[0.7903958333333333, 0.794, 0.8111666666666667, 0.8313541666666666, 0.9217708333333333, 1.0205208333333333, 1.3573020833333334, 1.6583229166666666, 1.6768645833333333, 2.7457708333333333, 4.008697916666667, 4.01678125, 4.402270833333334, 4.522583333333333, 4.527708333333333, 5.598760416666667, 5.61415625, 5.617927083333333, 5.68934375, 5.701510416666666, 5.714885416666666, 5.71740625, 5.723197916666667, 5.806802083333333, 5.8149375, 5.8207708333333334, 6.1641875, 6.201979166666667, 6.2260625, 6.2363125, 6.3546875, 6.363916666666666, 6.480145833333333, 6.48803125, 6.899927083333333, 6.992489583333334, 6.995885416666667, 7.033135416666667, 7.098052083333333, 7.10146875, 7.105677083333333, 7.245541666666667, 11.069739583333334, 11.499979166666666, 11.5111875, 11.522375, 11.6165, 11.702270833333333, 11.714625, 11.7245, 11.920979166666667, 11.983385416666666, 11.98634375, 11.995645833333333, 12.08903125, 12.105385416666667, 12.148697916666666, 12.157114583333334, 12.165864583333333, 13.123729166666667, 13.206645833333333, 13.224875, 13.232479166666666, 13.362927083333334, 13.40890625, 13.522697916666667, 13.530177083333333, 13.54115625, 13.623927083333333, 13.685302083333333, 13.738260416666666, 13.757302083333334, 13.812510416666667, 13.855427083333334, 13.971072916666667, 13.98659375, 13.992822916666666, 14.082979166666666, 14.162229166666666, 14.165541666666666, 14.394229166666667, 14.397375, 14.488708333333333, 14.492708333333333, 14.500604166666667, 14.547833333333333, 14.563979166666666, 14.5875, 14.590729166666666, 14.59375, 14.601708333333333, 14.608729166666667, 14.620083333333334, 14.647083333333333, 14.699260416666666, 14.70190625, 14.741635416666666, 14.801010416666667, 14.80403125, 14.88940625, ...] | \n", + "MEC LII | \n", + "\n", + " | 0.0024 | \n", + "
1 | \n", + "t2c1 | \n", + "[1.0451354166666667, 1.7003854166666668, 2.3154375, 11.046822916666667, 14.239729166666667, 14.822927083333333, 14.837010416666667, 19.281322916666667, 19.585395833333333, 19.603958333333335, 19.719083333333334, 19.722625, 19.819458333333333, 19.822979166666666, 19.8256875, 19.829520833333333, 28.67203125, 29.932614583333333, 30.8508125, 30.951416666666667, 31.050583333333332, 31.106822916666665, 31.410760416666665, 36.44560416666667, 46.90858333333333, 47.34158333333333, 47.397375, 47.4190625, 47.47598958333333, 48.156, 59.66520833333333, 59.66970833333333, 59.78719791666666, 60.00934375, 60.12197916666667, 60.12890625, 60.458333333333336, 60.8745625, 61.55807291666667, 62.76680208333333, 62.94321875, 63.27045833333333, 63.4875, 64.47296875, 67.56085416666667, 67.57622916666666, 67.72179166666666, 67.72525, 67.80897916666666, 67.814625, 67.8276875, 67.91458333333334, 67.94144791666666, 67.95988541666667, 68.02155208333333, 68.13059375, 68.20140625, 68.33521875, 68.40710416666667, 68.57409375, 68.58878125, 68.681375, 68.70475, 68.75991666666667, 68.832625, 68.9400625, 68.94379166666667, 71.02867708333333, 71.25821875, 71.41845833333333, 72.28534375, 78.7965, 79.7308125, 79.76083333333334, 79.84297916666667, 79.91891666666666, 79.97095833333333, 80.08979166666667, 83.240875, 88.275625, 91.66017708333334, 91.67665625, 92.069125, 92.10191666666667, 92.56378125, 92.56932291666666, 92.57228125, 92.58971875, 92.59544791666667, 92.67121875, 92.67442708333333, 92.81330208333334, 92.84265625, 93.16694791666667, 93.28475, 93.47997916666667, 93.49264583333333, 93.51422916666667, 93.51847916666667, 93.52220833333334, ...] | \n", + "MEC LII | \n", + "\n", + " | 0.0024 | \n", + "
2 | \n", + "t2c3 | \n", + "[0.18273958333333334, 0.5340729166666667, 0.5707291666666666, 0.7023333333333334, 0.7242604166666666, 0.7670520833333333, 0.88084375, 1.06084375, 1.1815, 1.2828333333333333, 1.2922916666666666, 1.4162291666666667, 1.5238333333333334, 1.5430416666666666, 1.5909479166666667, 1.6242291666666666, 1.6451041666666666, 1.7132604166666667, 3.0415729166666665, 5.295635416666666, 5.516947916666667, 6.2452604166666665, 6.336885416666667, 6.6401666666666666, 7.0116875, 7.089395833333334, 7.20128125, 8.1189375, 8.1546875, 8.251333333333333, 8.605614583333333, 10.502302083333333, 10.848864583333333, 10.931302083333334, 11.852802083333334, 11.86840625, 11.877864583333333, 11.963645833333333, 13.12328125, 13.53028125, 13.688145833333333, 13.751333333333333, 14.159802083333334, 16.810760416666668, 16.91994791666667, 17.323583333333332, 17.454822916666668, 19.2395, 19.306625, 19.73028125, 21.200885416666665, 21.439739583333335, 22.102395833333333, 22.926447916666667, 23.722489583333335, 23.85609375, 25.524104166666667, 25.860020833333333, 26.32103125, 26.6210625, 26.66503125, 26.753708333333332, 26.846958333333333, 26.8845, 26.959229166666667, 27.08540625, 27.1913125, 27.271979166666668, 27.31240625, 27.537260416666665, 27.791447916666666, 27.805697916666666, 27.817010416666665, 27.90071875, 27.917572916666668, 28.02446875, 28.13378125, 28.15521875, 28.32228125, 28.363958333333333, 28.38533333333333, 28.608604166666666, 28.6311875, 29.11065625, 30.226875, 33.932625, 34.056666666666665, 34.590354166666664, 36.890760416666666, 38.448458333333335, 38.4585, 38.78067708333333, 39.00878125, 39.022072916666666, 39.23472916666667, 39.24640625, 39.25477083333333, 39.60910416666667, 40.26836458333333, 40.29759375, ...] | \n", + "MEC LII | \n", + "\n", + " | 0.0024 | \n", + "
3 | \n", + "t3c1 | \n", + "[1.0358229166666666, 1.04803125, 1.6964270833333333, 1.7780416666666667, 1.7842083333333334, 1.8619166666666667, 1.8659375, 1.879125, 1.8885416666666666, 1.9763333333333333, 2.0486666666666666, 2.1341875, 2.1698541666666666, 2.2325416666666666, 2.245875, 2.251375, 2.2590625, 2.2775833333333333, 2.282395833333333, 2.2996041666666667, 2.3334375, 2.3404375, 2.3472708333333334, 2.3584375, 2.380541666666667, 2.3935104166666665, 2.40184375, 2.4201979166666665, 2.44096875, 2.45184375, 2.4599270833333335, 2.4681770833333334, 2.4746770833333334, 2.4855729166666665, 2.5209479166666666, 2.55503125, 2.5716979166666665, 2.5834895833333333, 2.591552083333333, 2.6127604166666667, 2.6709895833333333, 2.88928125, 3.134916666666667, 3.2006875, 3.3154375, 3.4335625, 4.24340625, 4.2707395833333335, 4.34684375, 14.862104166666667, 15.2978125, 15.543479166666666, 16.012020833333334, 16.19559375, 16.322864583333335, 16.855166666666666, 16.8641875, 19.730333333333334, 19.756604166666666, 19.76535416666667, 19.8773125, 19.9308125, 20.047833333333333, 20.227822916666668, 20.318989583333334, 20.336260416666665, 20.47409375, 20.584364583333333, 20.78321875, 20.79134375, 20.810072916666666, 20.824833333333334, 20.8931875, 20.906208333333332, 20.918354166666667, 20.9286875, 21.020104166666666, 21.109541666666665, 21.1209375, 21.129208333333334, 21.139520833333332, 28.955604166666667, 28.969427083333333, 29.12302083333333, 29.227, 29.93634375, 30.745760416666666, 30.862416666666668, 33.691541666666666, 33.70033333333333, 33.70483333333333, 45.592125, 48.75952083333333, 52.425875, 52.44083333333333, 53.031697916666666, 53.03701041666667, 57.72391666666667, 57.736291666666666, 57.74427083333333, ...] | \n", + "MEC LII | \n", + "\n", + " | 0.0024 | \n", + "
... and 4 more rows.
\n", + " | unit_name | \n", + "spike_times | \n", + "histology | \n", + "hemisphere | \n", + "depth | \n", + "
---|---|---|---|---|---|
id | \n", + "\n", + " | \n", + " | \n", + " | \n", + " | \n", + " |
0 | \n", + "t1c1 | \n", + "[0.7903958333333333, 0.794, 0.8111666666666667... | \n", + "MEC LII | \n", + "\n", + " | 0.0024 | \n", + "
1 | \n", + "t2c1 | \n", + "[1.0451354166666667, 1.7003854166666668, 2.315... | \n", + "MEC LII | \n", + "\n", + " | 0.0024 | \n", + "
2 | \n", + "t2c3 | \n", + "[0.18273958333333334, 0.5340729166666667, 0.57... | \n", + "MEC LII | \n", + "\n", + " | 0.0024 | \n", + "
3 | \n", + "t3c1 | \n", + "[1.0358229166666666, 1.04803125, 1.69642708333... | \n", + "MEC LII | \n", + "\n", + " | 0.0024 | \n", + "
4 | \n", + "t3c2 | \n", + "[2.43025, 2.4398333333333335, 3.17965625, 3.39... | \n", + "MEC LII | \n", + "\n", + " | 0.0024 | \n", + "
5 | \n", + "t3c3 | \n", + "[2.1157708333333334, 2.425427083333333, 3.3630... | \n", + "MEC LII | \n", + "\n", + " | 0.0024 | \n", + "
6 | \n", + "t3c4 | \n", + "[0.07945833333333334, 2.244947916666667, 3.173... | \n", + "MEC LII | \n", + "\n", + " | 0.0024 | \n", + "
7 | \n", + "t4c1 | \n", + "[2.4301666666666666, 2.439770833333333, 3.1795... | \n", + "MEC LII | \n", + "\n", + " | 0.0024 | \n", + "