rundocker.sh

#!/bin/bash

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# Name of the image and container
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readonly name=test

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# src_data is the address at the host
# dest_data is the address at the container
# This folder is READ ONLY hence, algorithms run inside
# the container can read the data from the folder but
# they cannot save data in it
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readonly src_data=$PWD/data/
readonly dest_data=/program/data/:ro

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# src_results is the address at the host
# dest_results is the address at the container
# Algorithms run inside the container
# can read and write the data from the folder
# Data saved outside the designated directory will
# be erased when the container is stopped
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readonly src_results=$PWD/results/
readonly dest_results=/program/results

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# Location of the executable inside the container
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readonly executable=/program/src/experiments.py

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# Stop running container and clean files
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docker stop $name
docker system prune --force

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# Build the container (in case source files were updated)
# Change Dockerfile to DockerfileGPU for GPU support
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docker build --tag $name -f Dockerfile .

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# Automatically determine if GPUs are available
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gpus=$([ $(ls -la /dev | grep nvidia | wc -l) "==" "0" ] && echo "" || echo "--gpus all")

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# Start container, mount data directory as read-only
# and mount results directory.
# We specify the user, i.e. "-u $(id -u):$(id -g)"
# to prevent docker from creating files owned
# by root in the mounted folder.
# See:
#   https://unix.stackexchange.com/questions/627027/files-created-by-docker-container-are-owned-by-root
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docker run $gpus -d --name $name -v $src_results:$dest_results -v $src_data:$dest_data -u $(id -u):$(id -g) -it $name /bin/bash

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# Execute the algorithm in the container 
# and pass all arguments passed to this script
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docker exec -it $name python $executable "$@"

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# Stop running container
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docker stop $name