FMTree,search报错

[Pennyroyal-Tea]

程博，按照您的论文，我将dna200MB经过preprocess处理，然后建了index，采样距离D=2。patterns也是从中随机抽取10个lengh=5的短字串。进行比对时候，就出现了如图所示的错误，这是怎么回事？

[chhylp123]

抱歉因为代码比较久了，所以细节我可能记错了。这个主要问题是似乎没有找到index.occ，这说明没有找到索引。似乎你是应该先把索引简历起来，然后再进行查询。所以是不是应该先用输入1建立index，然后再输入2进行查找？

[Pennyroyal-Tea]

步骤顺序是没错的，然而还是无法进行查询，貌似是因为指针所对应的地址是无效地址，不知道哪里代码出现了问题

[chhylp123]

能麻烦把完整命令贴给我么？还有输入文件。我可能要花一些时间看一下。多谢

[Pennyroyal-Tea]

小数据集是dna.200MB（http://pizzachili.dcc.uchile.cl/texts/dna/dna.200MB.gz）。我首先对该数据集进行处理，./preprocess --index dna.200MB后生成dna.200MB.not_N，然后运行./FMtree。第一步建立index，input file name：dna.200MB.not_N，采样距离D=2，index可以成功建立，生成dna.200MB.not_N.index.occ、dna.200MB.not_B.bwt等6个文件。第二步make pattern，输入文件为dna.200MB.not_N，从中随机生成10条长度为5的子串，结果生成patterns.txt，这一步也成功了。第三步search，需要input the prefix of index name，我的输入是dna.200MB.not_N，结果报错为Failed to open .index.occ！我以为是前缀的原因，我重复以上步骤，并把名字尽量修改简单，例如dna200、ref200，仍然是同样的错误。大数据集是human.fasta（http://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/human_g1k_v37.fasta.gz）。同样的操作步骤，进行search时候输入human.fasta，显示2902918 segmentation fault ./FMtree，可能是因为代码哪里出现了内存泄漏。无论是FMtree、Original_s、Original_v，都出现了以上问题

我的课题也是基于FM-Index，另外我注意到可能是您在科大的师弟发表了FMAlign，那个也是基于FMtree，所以能够成功复现FMtree蛮重要的，希望能够得到您的帮助。