From ca7ce10e610caf95b16d9683eff243db107a83f3 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Matthias Bernt Date: Thu, 17 Mar 2022 17:08:19 +0100 Subject: [PATCH] keep optional list params optional with https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/pull/555 https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/pull/555/commits/fecd2cc0511e7b5505d72460d19122103c6eb112 https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/pull/555/commits/ffdd5c5fe8007c869da2cc28185d50651aa23b4f optional (non file) parameters were rendered as required in the galaxy xml this commit tries to revert this, since it breaks the tests for Comet Adapter, where the modification select parameters also allow to select no parameter (and in the tests this is really done) --- tools/openms/AccurateMassSearch.xml | 10 +- tools/openms/AssayGeneratorMetabo.xml | 80 +- tools/openms/BaselineFilter.xml | 8 +- tools/openms/CVInspector.xml | 4 +- tools/openms/ClusterMassTraces.xml | 14 +- tools/openms/ClusterMassTracesByPrecursor.xml | 14 +- tools/openms/CometAdapter.xml | 76 +- tools/openms/CompNovo.xml | 36 +- tools/openms/CompNovoCID.xml | 36 +- tools/openms/ConsensusID.xml | 20 +- tools/openms/ConsensusMapNormalizer.xml | 6 +- tools/openms/CruxAdapter.xml | 26 +- tools/openms/DTAExtractor.xml | 8 +- tools/openms/DatabaseFilter.xml | 4 +- tools/openms/DatabaseSuitability.xml | 10 +- tools/openms/DeMeanderize.xml | 6 +- tools/openms/Decharger.xml | 30 +- tools/openms/DecoyDatabase.xml | 18 +- tools/openms/Digestor.xml | 14 +- tools/openms/DigestorMotif.xml | 14 +- tools/openms/EICExtractor.xml | 14 +- tools/openms/ERPairFinder.xml | 14 +- tools/openms/Epifany.xml | 34 +- tools/openms/ExternalCalibration.xml | 10 +- tools/openms/FFEval.xml | 8 +- tools/openms/FalseDiscoveryRate.xml | 6 +- tools/openms/FeatureFinderCentroided.xml | 58 +- tools/openms/FeatureFinderIdentification.xml | 54 +- tools/openms/FeatureFinderIsotopeWavelet.xml | 12 +- tools/openms/FeatureFinderMRM.xml | 8 +- tools/openms/FeatureFinderMetabo.xml | 40 +- tools/openms/FeatureFinderMetaboIdent.xml | 30 +- tools/openms/FeatureFinderMultiplex.xml | 60 +- tools/openms/FeatureLinkerLabeled.xml | 12 +- tools/openms/FeatureLinkerUnlabeled.xml | 24 +- tools/openms/FeatureLinkerUnlabeledKD.xml | 48 +- tools/openms/FeatureLinkerUnlabeledQT.xml | 30 +- tools/openms/FidoAdapter.xml | 12 +- tools/openms/FileConverter.xml | 8 +- tools/openms/FileFilter.xml | 76 +- tools/openms/FileInfo.xml | 2 +- tools/openms/FileMerger.xml | 8 +- tools/openms/FuzzyDiff.xml | 14 +- tools/openms/GNPSExport.xml | 10 +- .../openms/HighResPrecursorMassCorrector.xml | 18 +- tools/openms/IDConflictResolver.xml | 4 +- tools/openms/IDExtractor.xml | 6 +- tools/openms/IDFileConverter.xml | 44 +- tools/openms/IDFilter.xml | 42 +- tools/openms/IDMapper.xml | 10 +- tools/openms/IDMassAccuracy.xml | 6 +- tools/openms/IDMerger.xml | 2 +- tools/openms/IDPosteriorErrorProbability.xml | 14 +- tools/openms/IDRTCalibration.xml | 10 +- tools/openms/IDRipper.xml | 2 +- tools/openms/IDScoreSwitcher.xml | 2 +- tools/openms/IDSplitter.xml | 2 +- tools/openms/InternalCalibration.xml | 20 +- tools/openms/IsobaricAnalyzer.xml | 40 +- tools/openms/LabeledEval.xml | 6 +- tools/openms/LuciphorAdapter.xml | 34 +- tools/openms/MRMMapper.xml | 6 +- tools/openms/MRMPairFinder.xml | 8 +- tools/openms/MRMTransitionGroupPicker.xml | 40 +- tools/openms/MSFraggerAdapter.xml | 138 +- tools/openms/MSGFPlusAdapter.xml | 52 +- tools/openms/MSSimulator.xml | 222 +-- tools/openms/MSstatsConverter.xml | 12 +- tools/openms/MaRaClusterAdapter.xml | 12 +- tools/openms/MapAlignerIdentification.xml | 42 +- tools/openms/MapAlignerPoseClustering.xml | 42 +- tools/openms/MapAlignerSpectrum.xml | 48 +- tools/openms/MapAlignerTreeGuided.xml | 42 +- tools/openms/MapNormalizer.xml | 2 +- tools/openms/MapRTTransformer.xml | 34 +- tools/openms/MapStatistics.xml | 4 +- tools/openms/MascotAdapter.xml | 40 +- tools/openms/MascotAdapterOnline.xml | 48 +- tools/openms/MassCalculator.xml | 8 +- tools/openms/MassTraceExtractor.xml | 28 +- tools/openms/MetaProSIP.xml | 42 +- tools/openms/MetaboliteAdductDecharger.xml | 34 +- tools/openms/MetaboliteSpectralMatcher.xml | 12 +- tools/openms/MultiplexResolver.xml | 40 +- tools/openms/MyriMatchAdapter.xml | 40 +- tools/openms/MzMLSplitter.xml | 8 +- tools/openms/MzTabExporter.xml | 4 +- tools/openms/NoiseFilterGaussian.xml | 10 +- tools/openms/NoiseFilterSGolay.xml | 8 +- tools/openms/NovorAdapter.xml | 14 +- tools/openms/NucleicAcidSearchEngine.xml | 34 +- tools/openms/OMSSAAdapter.xml | 74 +- tools/openms/OpenMSDatabasesInfo.xml | 2 +- tools/openms/OpenPepXL.xml | 48 +- tools/openms/OpenPepXLLF.xml | 48 +- tools/openms/OpenSwathAnalyzer.xml | 92 +- tools/openms/OpenSwathAssayGenerator.xml | 24 +- .../openms/OpenSwathChromatogramExtractor.xml | 14 +- tools/openms/OpenSwathConfidenceScoring.xml | 12 +- tools/openms/OpenSwathDIAPreScoring.xml | 4 +- tools/openms/OpenSwathDecoyGenerator.xml | 24 +- tools/openms/OpenSwathFeatureXMLToTSV.xml | 2 +- tools/openms/OpenSwathFileSplitter.xml | 2 +- tools/openms/OpenSwathMzMLFileCacher.xml | 6 +- tools/openms/OpenSwathRTNormalizer.xml | 110 +- tools/openms/OpenSwathRewriteToFeatureXML.xml | 4 +- tools/openms/OpenSwathWorkflow.xml | 138 +- tools/openms/PSMFeatureExtractor.xml | 2 +- tools/openms/PTModel.xml | 50 +- tools/openms/PeakPickerHiRes.xml | 30 +- tools/openms/PeakPickerIterative.xml | 14 +- tools/openms/PeakPickerWavelet.xml | 80 +- tools/openms/PepNovoAdapter.patch | 12 +- tools/openms/PepNovoAdapter.xml | 16 +- tools/openms/PeptideIndexer.xml | 16 +- tools/openms/PercolatorAdapter.xml | 36 +- tools/openms/PhosphoScoring.xml | 12 +- tools/openms/PrecursorIonSelector.xml | 62 +- tools/openms/PrecursorMassCorrector.xml | 8 +- tools/openms/ProteinInference.xml | 10 +- tools/openms/ProteinQuantifier.xml | 10 +- tools/openms/ProteinResolver.xml | 14 +- tools/openms/QCCalculator.xml | 4 +- tools/openms/QCEmbedder.xml | 2 +- tools/openms/QCExporter.xml | 2 +- tools/openms/QCExtractor.xml | 2 +- tools/openms/QCImporter.xml | 2 +- tools/openms/QCMerger.xml | 2 +- tools/openms/QCShrinker.xml | 2 +- tools/openms/QualityControl.xml | 6 +- tools/openms/RNADigestor.xml | 10 +- tools/openms/RNAMassCalculator.xml | 8 +- tools/openms/RNPxlSearch.xml | 46 +- tools/openms/RNPxlXICFilter.xml | 8 +- tools/openms/RTEvaluation.xml | 6 +- tools/openms/RTModel.xml | 58 +- tools/openms/SeedListGenerator.xml | 2 +- tools/openms/SemanticValidator.xml | 2 +- tools/openms/SequenceCoverageCalculator.xml | 2 +- tools/openms/SimpleSearchEngine.xml | 34 +- tools/openms/SiriusAdapter.xml | 32 +- tools/openms/SpecLibCreator.xml | 4 +- tools/openms/SpecLibSearcher.xml | 28 +- tools/openms/SpectraFilterBernNorm.xml | 8 +- tools/openms/SpectraFilterMarkerMower.xml | 2 +- tools/openms/SpectraFilterNLargest.xml | 4 +- tools/openms/SpectraFilterNormalizer.xml | 4 +- tools/openms/SpectraFilterParentPeakMower.xml | 18 +- tools/openms/SpectraFilterScaler.xml | 2 +- tools/openms/SpectraFilterSqrtMower.xml | 2 +- tools/openms/SpectraFilterThresholdMower.xml | 4 +- tools/openms/SpectraFilterWindowMower.xml | 8 +- tools/openms/SpectraMerger.xml | 36 +- tools/openms/SpectraSTSearchAdapter.xml | 6 +- tools/openms/StaticModification.xml | 4 +- ...SvmTheoreticalSpectrumGeneratorTrainer.xml | 98 +- tools/openms/TICCalculator.xml | 4 +- tools/openms/TOFCalibration.xml | 80 +- tools/openms/TargetedFileConverter.xml | 4 +- tools/openms/TextExporter.xml | 16 +- tools/openms/TransformationEvaluation.xml | 8 +- tools/openms/TriqlerConverter.xml | 4 +- tools/openms/XFDR.xml | 16 +- tools/openms/XMLValidator.xml | 2 +- tools/openms/XTandemAdapter.xml | 40 +- tools/openms/generate-foo.sh | 4 +- tools/openms/macros_autotest.xml | 1584 +++++++++++++++-- tools/openms/macros_discarded_auto.xml | 20 +- tools/openms/test-data.sh | 14 +- 169 files changed, 3428 insertions(+), 2164 deletions(-) diff --git a/tools/openms/AccurateMassSearch.xml b/tools/openms/AccurateMassSearch.xml index 7527dcd57..6e1541081 100644 --- a/tools/openms/AccurateMassSearch.xml +++ b/tools/openms/AccurateMassSearch.xml @@ -139,13 +139,13 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - + + - + @@ -154,7 +154,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -165,7 +165,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + diff --git a/tools/openms/AssayGeneratorMetabo.xml b/tools/openms/AssayGeneratorMetabo.xml index 8b5fc0155..13b73c470 100644 --- a/tools/openms/AssayGeneratorMetabo.xml +++ b/tools/openms/AssayGeneratorMetabo.xml @@ -101,77 +101,77 @@ ${' '.join(["'in_id_cond.in_id/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_ - + - - - - + + + + - + - + - - + + - - - - + + + +
- - + + - - - - + + + +
- - - + + + - - + +
- +
- - - - + + + + - + @@ -184,8 +184,8 @@ ${' '.join(["'in_id_cond.in_id/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_ - - + + @@ -202,27 +202,27 @@ ${' '.join(["'in_id_cond.in_id/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_
- - + +
- + - - + + - - + + - + diff --git a/tools/openms/BaselineFilter.xml b/tools/openms/BaselineFilter.xml index 97fad30b2..b0e635daa 100644 --- a/tools/openms/BaselineFilter.xml +++ b/tools/openms/BaselineFilter.xml @@ -42,13 +42,13 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + - + @@ -63,7 +63,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/CVInspector.xml b/tools/openms/CVInspector.xml index 56f63324e..50f142bf8 100644 --- a/tools/openms/CVInspector.xml +++ b/tools/openms/CVInspector.xml @@ -80,13 +80,13 @@ ${' '.join(["'cv_files_cond.cv_files/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.el - + - + diff --git a/tools/openms/ClusterMassTraces.xml b/tools/openms/ClusterMassTraces.xml index 2185876ce..d699961f2 100644 --- a/tools/openms/ClusterMassTraces.xml +++ b/tools/openms/ClusterMassTraces.xml @@ -42,15 +42,15 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - - - - + + + + + + - + diff --git a/tools/openms/ClusterMassTracesByPrecursor.xml b/tools/openms/ClusterMassTracesByPrecursor.xml index d93a79361..7ca039aec 100644 --- a/tools/openms/ClusterMassTracesByPrecursor.xml +++ b/tools/openms/ClusterMassTracesByPrecursor.xml @@ -48,15 +48,15 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - - - - + + + + + + - + diff --git a/tools/openms/CometAdapter.xml b/tools/openms/CometAdapter.xml index 1cc518c75..f0b0969f8 100644 --- a/tools/openms/CometAdapter.xml +++ b/tools/openms/CometAdapter.xml @@ -69,14 +69,14 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + - + @@ -85,18 +85,18 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + - - + + - + @@ -110,29 +110,29 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - - - - - + + + + + - + - - + + @@ -142,9 +142,9 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + @@ -3075,7 +3075,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -6014,12 +6014,12 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + @@ -6028,17 +6028,17 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - - + +
- + @@ -6075,7 +6075,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -6106,31 +6106,31 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - - - + + + - - - + + + - - + + - + - + diff --git a/tools/openms/CompNovo.xml b/tools/openms/CompNovo.xml index 6d8654b69..01cb9fd5f 100644 --- a/tools/openms/CompNovo.xml +++ b/tools/openms/CompNovo.xml @@ -43,25 +43,25 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - + + - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + - + @@ -5924,13 +5924,13 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - +
- + diff --git a/tools/openms/CompNovoCID.xml b/tools/openms/CompNovoCID.xml index 19d0f7c83..1b75b5770 100644 --- a/tools/openms/CompNovoCID.xml +++ b/tools/openms/CompNovoCID.xml @@ -43,25 +43,25 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - + + - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + - + @@ -5924,13 +5924,13 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - +
- + diff --git a/tools/openms/ConsensusID.xml b/tools/openms/ConsensusID.xml index 25a8f9e64..acae7c8b5 100644 --- a/tools/openms/ConsensusID.xml +++ b/tools/openms/ConsensusID.xml @@ -62,10 +62,10 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi - - + + - + @@ -75,26 +75,26 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi
- - + +
- - + +
- + - +
- + diff --git a/tools/openms/ConsensusMapNormalizer.xml b/tools/openms/ConsensusMapNormalizer.xml index 45e761507..c687302e7 100644 --- a/tools/openms/ConsensusMapNormalizer.xml +++ b/tools/openms/ConsensusMapNormalizer.xml @@ -42,14 +42,14 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + @@ -58,7 +58,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/CruxAdapter.xml b/tools/openms/CruxAdapter.xml index dadd1e8ef..97f720b94 100644 --- a/tools/openms/CruxAdapter.xml +++ b/tools/openms/CruxAdapter.xml @@ -56,20 +56,20 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + - - + + - + @@ -90,21 +90,21 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - - + + - + @@ -120,19 +120,19 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + - + - + diff --git a/tools/openms/DTAExtractor.xml b/tools/openms/DTAExtractor.xml index 7eba2c029..d29461191 100644 --- a/tools/openms/DTAExtractor.xml +++ b/tools/openms/DTAExtractor.xml @@ -42,18 +42,18 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + - + - + diff --git a/tools/openms/DatabaseFilter.xml b/tools/openms/DatabaseFilter.xml index 63ede918c..5bb4ab27a 100644 --- a/tools/openms/DatabaseFilter.xml +++ b/tools/openms/DatabaseFilter.xml @@ -47,14 +47,14 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + diff --git a/tools/openms/DatabaseSuitability.xml b/tools/openms/DatabaseSuitability.xml index f3d70d62d..344e1e1a1 100644 --- a/tools/openms/DatabaseSuitability.xml +++ b/tools/openms/DatabaseSuitability.xml @@ -73,17 +73,17 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - - + + +
- + - + diff --git a/tools/openms/DeMeanderize.xml b/tools/openms/DeMeanderize.xml index 595706e07..d580ee24b 100644 --- a/tools/openms/DeMeanderize.xml +++ b/tools/openms/DeMeanderize.xml @@ -42,11 +42,11 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + - + diff --git a/tools/openms/Decharger.xml b/tools/openms/Decharger.xml index 3c3a2deb3..d316f9167 100644 --- a/tools/openms/Decharger.xml +++ b/tools/openms/Decharger.xml @@ -67,38 +67,38 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - - - + + + + - - - - + + + + - - - + + + - + - + - +
- + diff --git a/tools/openms/DecoyDatabase.xml b/tools/openms/DecoyDatabase.xml index d092ab35b..ff11a8dbe 100644 --- a/tools/openms/DecoyDatabase.xml +++ b/tools/openms/DecoyDatabase.xml @@ -62,26 +62,26 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi - + - + - + - + - + @@ -125,13 +125,13 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi
- - - + + + - + diff --git a/tools/openms/Digestor.xml b/tools/openms/Digestor.xml index 17459c750..4ade3638b 100644 --- a/tools/openms/Digestor.xml +++ b/tools/openms/Digestor.xml @@ -47,10 +47,10 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - - + + + + @@ -87,13 +87,13 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + - + @@ -101,7 +101,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + diff --git a/tools/openms/DigestorMotif.xml b/tools/openms/DigestorMotif.xml index 96b9ba413..7a81270e3 100644 --- a/tools/openms/DigestorMotif.xml +++ b/tools/openms/DigestorMotif.xml @@ -42,11 +42,11 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - - - + + + + + @@ -82,12 +82,12 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + diff --git a/tools/openms/EICExtractor.xml b/tools/openms/EICExtractor.xml index 90a16ba07..b956b3594 100644 --- a/tools/openms/EICExtractor.xml +++ b/tools/openms/EICExtractor.xml @@ -109,20 +109,20 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi - - - + + +
- - + +
- + - + diff --git a/tools/openms/ERPairFinder.xml b/tools/openms/ERPairFinder.xml index 6514c9d0e..fabd7f629 100644 --- a/tools/openms/ERPairFinder.xml +++ b/tools/openms/ERPairFinder.xml @@ -60,15 +60,15 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - - - - - + + + + + - + diff --git a/tools/openms/Epifany.xml b/tools/openms/Epifany.xml index ff24d1116..a17f5f12b 100644 --- a/tools/openms/Epifany.xml +++ b/tools/openms/Epifany.xml @@ -77,43 +77,43 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi - + - +
- - + +
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- +
@@ -124,14 +124,14 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi - + - + - + diff --git a/tools/openms/ExternalCalibration.xml b/tools/openms/ExternalCalibration.xml index 77c560b72..3ad7fda13 100644 --- a/tools/openms/ExternalCalibration.xml +++ b/tools/openms/ExternalCalibration.xml @@ -42,15 +42,15 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - - + + + + - + diff --git a/tools/openms/FFEval.xml b/tools/openms/FFEval.xml index a18bb8764..40b5ce5e3 100644 --- a/tools/openms/FFEval.xml +++ b/tools/openms/FFEval.xml @@ -74,13 +74,13 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - + + + - + diff --git a/tools/openms/FalseDiscoveryRate.xml b/tools/openms/FalseDiscoveryRate.xml index be0748939..4d0f179a6 100644 --- a/tools/openms/FalseDiscoveryRate.xml +++ b/tools/openms/FalseDiscoveryRate.xml @@ -45,8 +45,8 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - + +
@@ -64,7 +64,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + diff --git a/tools/openms/FeatureFinderCentroided.xml b/tools/openms/FeatureFinderCentroided.xml index e902e40c2..973bbc020 100644 --- a/tools/openms/FeatureFinderCentroided.xml +++ b/tools/openms/FeatureFinderCentroided.xml @@ -66,47 +66,47 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- +
- +
- - - - + + + +
- - - - - - - - - + + + + + + + + +
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- - - - - - + + + + + + - - + + @@ -114,14 +114,14 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - - + + +
- + diff --git a/tools/openms/FeatureFinderIdentification.xml b/tools/openms/FeatureFinderIdentification.xml index 84bec8353..cf0e23645 100644 --- a/tools/openms/FeatureFinderIdentification.xml +++ b/tools/openms/FeatureFinderIdentification.xml @@ -113,68 +113,68 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - - - - - + + + + + +
- - - - + + + +
- + - + - - + + - + - - + + - + - +
- + - +
- - - - + + + +
- +
- + diff --git a/tools/openms/FeatureFinderIsotopeWavelet.xml b/tools/openms/FeatureFinderIsotopeWavelet.xml index 045303836..3804bb8cb 100644 --- a/tools/openms/FeatureFinderIsotopeWavelet.xml +++ b/tools/openms/FeatureFinderIsotopeWavelet.xml @@ -43,9 +43,9 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - - + + + @@ -54,13 +54,13 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - + +
- + diff --git a/tools/openms/FeatureFinderMRM.xml b/tools/openms/FeatureFinderMRM.xml index 14c02f5bb..e569e54e3 100644 --- a/tools/openms/FeatureFinderMRM.xml +++ b/tools/openms/FeatureFinderMRM.xml @@ -43,16 +43,16 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - - + + +
- + diff --git a/tools/openms/FeatureFinderMetabo.xml b/tools/openms/FeatureFinderMetabo.xml index f7415fa45..685faafb9 100644 --- a/tools/openms/FeatureFinderMetabo.xml +++ b/tools/openms/FeatureFinderMetabo.xml @@ -57,49 +57,49 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - - + + +
- + - + - + - - - - + + + +
- + - - + +
- - - - + + + + - + @@ -111,14 +111,14 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - +
- + diff --git a/tools/openms/FeatureFinderMetaboIdent.xml b/tools/openms/FeatureFinderMetaboIdent.xml index 6e2bb6627..27e2567d5 100644 --- a/tools/openms/FeatureFinderMetaboIdent.xml +++ b/tools/openms/FeatureFinderMetaboIdent.xml @@ -91,41 +91,41 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - - - + + + +
- - - + + +
- + - +
- - - - + + + +
- +
- + diff --git a/tools/openms/FeatureFinderMultiplex.xml b/tools/openms/FeatureFinderMultiplex.xml index 204a5855c..e17c4ea69 100644 --- a/tools/openms/FeatureFinderMultiplex.xml +++ b/tools/openms/FeatureFinderMultiplex.xml @@ -72,36 +72,36 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + - + - + - - - - - + + + + + - - - - - - + + + + + + - + @@ -110,24 +110,24 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + +
- + diff --git a/tools/openms/FeatureLinkerLabeled.xml b/tools/openms/FeatureLinkerLabeled.xml index ab79a8dbf..0ea86e831 100644 --- a/tools/openms/FeatureLinkerLabeled.xml +++ b/tools/openms/FeatureLinkerLabeled.xml @@ -44,18 +44,18 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - - - + + + + - +
- + diff --git a/tools/openms/FeatureLinkerUnlabeled.xml b/tools/openms/FeatureLinkerUnlabeled.xml index 2e4c76580..55ddce65e 100644 --- a/tools/openms/FeatureLinkerUnlabeled.xml +++ b/tools/openms/FeatureLinkerUnlabeled.xml @@ -73,29 +73,29 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi
- +
- - - + + +
- - + + - - + +
- - - + + + @@ -104,7 +104,7 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi
- + diff --git a/tools/openms/FeatureLinkerUnlabeledKD.xml b/tools/openms/FeatureLinkerUnlabeledKD.xml index d39964e52..cc4248950 100644 --- a/tools/openms/FeatureLinkerUnlabeledKD.xml +++ b/tools/openms/FeatureLinkerUnlabeledKD.xml @@ -73,30 +73,30 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi
- + - +
- - - - - + + + + +
- - - + + + - + @@ -104,33 +104,33 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi
- - + +
- - + +
- - - + + +
- - - - + + + + - + @@ -140,7 +140,7 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi
- + diff --git a/tools/openms/FeatureLinkerUnlabeledQT.xml b/tools/openms/FeatureLinkerUnlabeledQT.xml index c3481bc76..2bef2c74f 100644 --- a/tools/openms/FeatureLinkerUnlabeledQT.xml +++ b/tools/openms/FeatureLinkerUnlabeledQT.xml @@ -74,31 +74,31 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi
- - - - + + + +
- - - + + +
- - + + - - + +
- - - + + + @@ -107,7 +107,7 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi
- + diff --git a/tools/openms/FidoAdapter.xml b/tools/openms/FidoAdapter.xml index 9d80d0bde..7094e7275 100644 --- a/tools/openms/FidoAdapter.xml +++ b/tools/openms/FidoAdapter.xml @@ -47,11 +47,11 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - +
- - - + + +
@@ -62,9 +62,9 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + diff --git a/tools/openms/FileConverter.xml b/tools/openms/FileConverter.xml index 55d77cf31..19355dccb 100644 --- a/tools/openms/FileConverter.xml +++ b/tools/openms/FileConverter.xml @@ -56,7 +56,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -67,7 +67,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -76,11 +76,11 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + diff --git a/tools/openms/FileFilter.xml b/tools/openms/FileFilter.xml index 5deb04b96..b6f5bee34 100644 --- a/tools/openms/FileFilter.xml +++ b/tools/openms/FileFilter.xml @@ -72,40 +72,40 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + - +
- + - + - + - + - + @@ -113,22 +113,22 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + - - + + - + @@ -177,10 +177,10 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + @@ -222,10 +222,10 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + @@ -234,22 +234,22 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - +
- - - - + + + +
- +
@@ -264,16 +264,16 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + +
- + - + @@ -288,7 +288,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -301,26 +301,26 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + +
- - - - - - - - + + + + + + + +
- + diff --git a/tools/openms/FileInfo.xml b/tools/openms/FileInfo.xml index 936bafc64..bceab3370 100644 --- a/tools/openms/FileInfo.xml +++ b/tools/openms/FileInfo.xml @@ -64,7 +64,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/FileMerger.xml b/tools/openms/FileMerger.xml index ed93b43d2..570238010 100644 --- a/tools/openms/FileMerger.xml +++ b/tools/openms/FileMerger.xml @@ -84,13 +84,13 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi - +
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@@ -98,11 +98,11 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi - +
- + diff --git a/tools/openms/FuzzyDiff.xml b/tools/openms/FuzzyDiff.xml index 204c96770..ca4920463 100644 --- a/tools/openms/FuzzyDiff.xml +++ b/tools/openms/FuzzyDiff.xml @@ -44,13 +44,13 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - - - + + + + + - + @@ -59,7 +59,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/GNPSExport.xml b/tools/openms/GNPSExport.xml index 70807436c..cb17389bd 100644 --- a/tools/openms/GNPSExport.xml +++ b/tools/openms/GNPSExport.xml @@ -68,19 +68,19 @@ ${' '.join(["'in_mzml_cond.in_mzml/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.elem - + - - + +
- +
- + diff --git a/tools/openms/HighResPrecursorMassCorrector.xml b/tools/openms/HighResPrecursorMassCorrector.xml index a99e58be3..73c95f627 100644 --- a/tools/openms/HighResPrecursorMassCorrector.xml +++ b/tools/openms/HighResPrecursorMassCorrector.xml @@ -65,29 +65,29 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - + + - - + +
- - + +
- - + + @@ -95,7 +95,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + diff --git a/tools/openms/IDConflictResolver.xml b/tools/openms/IDConflictResolver.xml index d729b810c..d420d6ea9 100644 --- a/tools/openms/IDConflictResolver.xml +++ b/tools/openms/IDConflictResolver.xml @@ -42,14 +42,14 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + diff --git a/tools/openms/IDExtractor.xml b/tools/openms/IDExtractor.xml index f05aec7d4..43b852e5e 100644 --- a/tools/openms/IDExtractor.xml +++ b/tools/openms/IDExtractor.xml @@ -42,12 +42,12 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + - + diff --git a/tools/openms/IDFileConverter.xml b/tools/openms/IDFileConverter.xml index 7247c9b93..a8c07dc7b 100644 --- a/tools/openms/IDFileConverter.xml +++ b/tools/openms/IDFileConverter.xml @@ -65,21 +65,21 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - +
- + - - + + @@ -93,17 +93,17 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + @@ -139,10 +139,10 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - - + + + +
@@ -151,11 +151,11 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + - + diff --git a/tools/openms/IDFilter.xml b/tools/openms/IDFilter.xml index ffa078a47..1af14cd01 100644 --- a/tools/openms/IDFilter.xml +++ b/tools/openms/IDFilter.xml @@ -88,23 +88,23 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + - + - + - +
- - - + + +
@@ -5991,7 +5991,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + @@ -6027,20 +6027,20 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - +
- + - + @@ -6078,23 +6078,23 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - + +
- - + +
- - - + + + - +
@@ -6105,7 +6105,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/IDMapper.xml b/tools/openms/IDMapper.xml index ddd360533..a6e81c717 100644 --- a/tools/openms/IDMapper.xml +++ b/tools/openms/IDMapper.xml @@ -55,14 +55,14 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - + + + - + @@ -81,7 +81,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/IDMassAccuracy.xml b/tools/openms/IDMassAccuracy.xml index e45b2db2d..68ba4f177 100644 --- a/tools/openms/IDMassAccuracy.xml +++ b/tools/openms/IDMassAccuracy.xml @@ -128,11 +128,11 @@ ${' '.join(["'id_in_cond.id_in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_ - + - + - + diff --git a/tools/openms/IDMerger.xml b/tools/openms/IDMerger.xml index 102d67e22..422ea68e6 100644 --- a/tools/openms/IDMerger.xml +++ b/tools/openms/IDMerger.xml @@ -81,7 +81,7 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi - + diff --git a/tools/openms/IDPosteriorErrorProbability.xml b/tools/openms/IDPosteriorErrorProbability.xml index 791c39348..271c716f9 100644 --- a/tools/openms/IDPosteriorErrorProbability.xml +++ b/tools/openms/IDPosteriorErrorProbability.xml @@ -60,15 +60,15 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - + + - - - + + + @@ -77,9 +77,9 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + - + diff --git a/tools/openms/IDRTCalibration.xml b/tools/openms/IDRTCalibration.xml index 45220fa2b..5e1376b9d 100644 --- a/tools/openms/IDRTCalibration.xml +++ b/tools/openms/IDRTCalibration.xml @@ -42,13 +42,13 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - - + + + + - + diff --git a/tools/openms/IDRipper.xml b/tools/openms/IDRipper.xml index c05ebca73..58bef48c0 100644 --- a/tools/openms/IDRipper.xml +++ b/tools/openms/IDRipper.xml @@ -45,7 +45,7 @@ out/ - + diff --git a/tools/openms/IDScoreSwitcher.xml b/tools/openms/IDScoreSwitcher.xml index 3e61c4a62..5e92807a8 100644 --- a/tools/openms/IDScoreSwitcher.xml +++ b/tools/openms/IDScoreSwitcher.xml @@ -59,7 +59,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/IDSplitter.xml b/tools/openms/IDSplitter.xml index 3e0d8581a..09d4a6d14 100644 --- a/tools/openms/IDSplitter.xml +++ b/tools/openms/IDSplitter.xml @@ -63,7 +63,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/InternalCalibration.xml b/tools/openms/InternalCalibration.xml index 16a516526..8aa7c3e52 100644 --- a/tools/openms/InternalCalibration.xml +++ b/tools/openms/InternalCalibration.xml @@ -121,17 +121,17 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + - +
- + @@ -141,17 +141,17 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - - + + +
- - + +
- + diff --git a/tools/openms/IsobaricAnalyzer.xml b/tools/openms/IsobaricAnalyzer.xml index 0ccd4d6a0..cacd33c1f 100644 --- a/tools/openms/IsobaricAnalyzer.xml +++ b/tools/openms/IsobaricAnalyzer.xml @@ -41,7 +41,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -52,7 +52,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + @@ -73,13 +73,13 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + - + - - + +
@@ -95,8 +95,8 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + @@ -126,8 +126,8 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + @@ -167,7 +167,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -180,7 +180,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -219,7 +219,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -233,7 +233,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -287,7 +287,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -306,7 +306,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -330,15 +330,15 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + +
- + diff --git a/tools/openms/LabeledEval.xml b/tools/openms/LabeledEval.xml index cbf503808..68dcb12d4 100644 --- a/tools/openms/LabeledEval.xml +++ b/tools/openms/LabeledEval.xml @@ -44,11 +44,11 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + - + diff --git a/tools/openms/LuciphorAdapter.xml b/tools/openms/LuciphorAdapter.xml index 6e866633a..c030e3e95 100644 --- a/tools/openms/LuciphorAdapter.xml +++ b/tools/openms/LuciphorAdapter.xml @@ -47,19 +47,19 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - - + + - - + + @@ -2990,30 +2990,30 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - - + + - - - - - - - + + + + + + + - + - + diff --git a/tools/openms/MRMMapper.xml b/tools/openms/MRMMapper.xml index 58e82152b..aedf8f96a 100644 --- a/tools/openms/MRMMapper.xml +++ b/tools/openms/MRMMapper.xml @@ -48,14 +48,14 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - + +
- + diff --git a/tools/openms/MRMPairFinder.xml b/tools/openms/MRMPairFinder.xml index 0c1e4493f..7c5c1aaa8 100644 --- a/tools/openms/MRMPairFinder.xml +++ b/tools/openms/MRMPairFinder.xml @@ -61,11 +61,11 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - + + + - + diff --git a/tools/openms/MRMTransitionGroupPicker.xml b/tools/openms/MRMTransitionGroupPicker.xml index 160dcba2e..c252938ed 100644 --- a/tools/openms/MRMTransitionGroupPicker.xml +++ b/tools/openms/MRMTransitionGroupPicker.xml @@ -48,15 +48,15 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - - - + + + + - + @@ -65,29 +65,29 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - + + + - +
- - - + + + - - - - + + + + - + @@ -95,13 +95,13 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + - + @@ -113,7 +113,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + diff --git a/tools/openms/MSFraggerAdapter.xml b/tools/openms/MSFraggerAdapter.xml index 10f10f9b5..4a218de70 100644 --- a/tools/openms/MSFraggerAdapter.xml +++ b/tools/openms/MSFraggerAdapter.xml @@ -77,31 +77,31 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - +
- - - + + + - - + + - - + + - + @@ -110,7 +110,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + @@ -146,19 +146,19 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + - + - + @@ -167,10 +167,10 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - - + + + +
@@ -187,7 +187,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -196,15 +196,15 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - +
- - - - - - + + + + + + @@ -212,45 +212,45 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + +
- - - - - - - - - + + + + + + + + +
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- + diff --git a/tools/openms/MSGFPlusAdapter.xml b/tools/openms/MSGFPlusAdapter.xml index 5826ffb01..97817fc64 100644 --- a/tools/openms/MSGFPlusAdapter.xml +++ b/tools/openms/MSGFPlusAdapter.xml @@ -74,30 +74,30 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + - + - + - + - + @@ -110,7 +110,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -119,22 +119,22 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - - - - - + + + + + - - - - + + + + @@ -3065,7 +3065,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -6002,12 +6002,12 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + @@ -6016,17 +6016,17 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - - + +
- + @@ -6063,7 +6063,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -6076,7 +6076,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/MSSimulator.xml b/tools/openms/MSSimulator.xml index bb0639b97..a67f8436e 100644 --- a/tools/openms/MSSimulator.xml +++ b/tools/openms/MSSimulator.xml @@ -134,7 +134,7 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi
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- + diff --git a/tools/openms/MapAlignerSpectrum.xml b/tools/openms/MapAlignerSpectrum.xml index f5a3d1292..e2bafaeb2 100644 --- a/tools/openms/MapAlignerSpectrum.xml +++ b/tools/openms/MapAlignerSpectrum.xml @@ -84,20 +84,20 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi
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- + diff --git a/tools/openms/MapAlignerTreeGuided.xml b/tools/openms/MapAlignerTreeGuided.xml index 2b3f19b7d..95845ce10 100644 --- a/tools/openms/MapAlignerTreeGuided.xml +++ b/tools/openms/MapAlignerTreeGuided.xml @@ -84,7 +84,7 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi
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- + diff --git a/tools/openms/MapNormalizer.xml b/tools/openms/MapNormalizer.xml index ecd4b6a4b..364f43a27 100644 --- a/tools/openms/MapNormalizer.xml +++ b/tools/openms/MapNormalizer.xml @@ -44,7 +44,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/MapRTTransformer.xml b/tools/openms/MapRTTransformer.xml index 1752c9cf1..dab467070 100644 --- a/tools/openms/MapRTTransformer.xml +++ b/tools/openms/MapRTTransformer.xml @@ -73,7 +73,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
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- - - - + + + + - + @@ -132,13 +132,13 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + - + @@ -148,7 +148,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + diff --git a/tools/openms/MapStatistics.xml b/tools/openms/MapStatistics.xml index ac0c52e8f..9a740230c 100644 --- a/tools/openms/MapStatistics.xml +++ b/tools/openms/MapStatistics.xml @@ -42,13 +42,13 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + diff --git a/tools/openms/MascotAdapter.xml b/tools/openms/MascotAdapter.xml index ca8ff5fdc..4e6714456 100644 --- a/tools/openms/MascotAdapter.xml +++ b/tools/openms/MascotAdapter.xml @@ -47,12 +47,12 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - - - + + + @@ -128,17 +128,17 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + - + - + @@ -160,27 +160,27 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + - + - + diff --git a/tools/openms/MascotAdapterOnline.xml b/tools/openms/MascotAdapterOnline.xml index c6bf1f597..12143fc00 100644 --- a/tools/openms/MascotAdapterOnline.xml +++ b/tools/openms/MascotAdapterOnline.xml @@ -43,40 +43,40 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
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- + diff --git a/tools/openms/MassCalculator.xml b/tools/openms/MassCalculator.xml index 67d2a8064..c94def567 100644 --- a/tools/openms/MassCalculator.xml +++ b/tools/openms/MassCalculator.xml @@ -59,10 +59,10 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + @@ -70,7 +70,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -88,7 +88,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/MassTraceExtractor.xml b/tools/openms/MassTraceExtractor.xml index bada2495a..4f7725a49 100644 --- a/tools/openms/MassTraceExtractor.xml +++ b/tools/openms/MassTraceExtractor.xml @@ -49,45 +49,45 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - - + + +
- + - + - + - - - - + + + +
- + - - + +
- + diff --git a/tools/openms/MetaProSIP.xml b/tools/openms/MetaProSIP.xml index 1fc817f61..ebdbfef35 100644 --- a/tools/openms/MetaProSIP.xml +++ b/tools/openms/MetaProSIP.xml @@ -56,14 +56,14 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - - - - - - + + + + + + + + @@ -72,7 +72,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -85,23 +85,23 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + - + - + diff --git a/tools/openms/MetaboliteAdductDecharger.xml b/tools/openms/MetaboliteAdductDecharger.xml index e78ef2877..8f357019e 100644 --- a/tools/openms/MetaboliteAdductDecharger.xml +++ b/tools/openms/MetaboliteAdductDecharger.xml @@ -73,46 +73,46 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - - - + + + + - - - - + + + + - + - - + + - - + + - + - + - +
- + diff --git a/tools/openms/MetaboliteSpectralMatcher.xml b/tools/openms/MetaboliteSpectralMatcher.xml index 0c63ae6f8..a6cd73471 100644 --- a/tools/openms/MetaboliteSpectralMatcher.xml +++ b/tools/openms/MetaboliteSpectralMatcher.xml @@ -48,19 +48,19 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - - + + + - + - + @@ -68,7 +68,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + diff --git a/tools/openms/MultiplexResolver.xml b/tools/openms/MultiplexResolver.xml index 4622381f0..8811f3c2c 100644 --- a/tools/openms/MultiplexResolver.xml +++ b/tools/openms/MultiplexResolver.xml @@ -65,33 +65,33 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
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- + diff --git a/tools/openms/MyriMatchAdapter.xml b/tools/openms/MyriMatchAdapter.xml index d71fed64e..f58dfb12a 100644 --- a/tools/openms/MyriMatchAdapter.xml +++ b/tools/openms/MyriMatchAdapter.xml @@ -46,21 +46,21 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + - - + + - + @@ -2991,7 +2991,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -5922,10 +5922,10 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - - + + + + @@ -5948,17 +5948,17 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + - - - - + + + + - - - + + + @@ -5967,7 +5967,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/MzMLSplitter.xml b/tools/openms/MzMLSplitter.xml index c699704ac..a4c5b84be 100644 --- a/tools/openms/MzMLSplitter.xml +++ b/tools/openms/MzMLSplitter.xml @@ -41,9 +41,9 @@ out/ - - - + + + @@ -53,7 +53,7 @@ out/ - + diff --git a/tools/openms/MzTabExporter.xml b/tools/openms/MzTabExporter.xml index e19c69e9a..8e181c53c 100644 --- a/tools/openms/MzTabExporter.xml +++ b/tools/openms/MzTabExporter.xml @@ -46,7 +46,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -54,7 +54,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/NoiseFilterGaussian.xml b/tools/openms/NoiseFilterGaussian.xml index 805480a98..640df9916 100644 --- a/tools/openms/NoiseFilterGaussian.xml +++ b/tools/openms/NoiseFilterGaussian.xml @@ -43,21 +43,21 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - + + - +
- + - + diff --git a/tools/openms/NoiseFilterSGolay.xml b/tools/openms/NoiseFilterSGolay.xml index 4484dfa96..1d9de2070 100644 --- a/tools/openms/NoiseFilterSGolay.xml +++ b/tools/openms/NoiseFilterSGolay.xml @@ -43,17 +43,17 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - + +
- + - + diff --git a/tools/openms/NovorAdapter.xml b/tools/openms/NovorAdapter.xml index 8a30cca76..fb2aa2d6d 100644 --- a/tools/openms/NovorAdapter.xml +++ b/tools/openms/NovorAdapter.xml @@ -50,24 +50,24 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + - + - - - + + + @@ -138,7 +138,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/NucleicAcidSearchEngine.xml b/tools/openms/NucleicAcidSearchEngine.xml index 403f6ed5c..8a3d99c7a 100644 --- a/tools/openms/NucleicAcidSearchEngine.xml +++ b/tools/openms/NucleicAcidSearchEngine.xml @@ -124,33 +124,33 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
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- - + + - + @@ -369,14 +369,14 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - +
- - - - + + + + @@ -391,19 +391,19 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
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- + diff --git a/tools/openms/OMSSAAdapter.xml b/tools/openms/OMSSAAdapter.xml index a86c93ad2..7928681ff 100644 --- a/tools/openms/OMSSAAdapter.xml +++ b/tools/openms/OMSSAAdapter.xml @@ -47,17 +47,17 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + - + - - - + + + @@ -2988,7 +2988,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -5919,8 +5919,8 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + @@ -5938,41 +5938,41 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + - - - - + + + + - - - + + + - - - - + + + + - + diff --git a/tools/openms/OpenMSDatabasesInfo.xml b/tools/openms/OpenMSDatabasesInfo.xml index 1174f8b9c..6009b24e9 100644 --- a/tools/openms/OpenMSDatabasesInfo.xml +++ b/tools/openms/OpenMSDatabasesInfo.xml @@ -43,7 +43,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/OpenPepXL.xml b/tools/openms/OpenPepXL.xml index ed7972165..f1eacfb19 100644 --- a/tools/openms/OpenPepXL.xml +++ b/tools/openms/OpenPepXL.xml @@ -103,34 +103,34 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - +
- - + + - - - + + +
- - - + + +
- + @@ -3061,7 +3061,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -5992,12 +5992,12 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - +
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@@ -6069,7 +6069,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/OpenSwathAnalyzer.xml b/tools/openms/OpenSwathAnalyzer.xml index 0af284003..a0358a55e 100644 --- a/tools/openms/OpenSwathAnalyzer.xml +++ b/tools/openms/OpenSwathAnalyzer.xml @@ -86,9 +86,9 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - +
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- - - - + + + + - + - - - - - + + + + + - - + +
- - - - + + + + - + @@ -139,29 +139,29 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - + + + - +
- - - + + + - - - - + + + + - + @@ -169,13 +169,13 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + - + @@ -186,27 +186,27 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
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@@ -234,7 +234,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + diff --git a/tools/openms/OpenSwathAssayGenerator.xml b/tools/openms/OpenSwathAssayGenerator.xml index ed507b7bf..1ba1544b6 100644 --- a/tools/openms/OpenSwathAssayGenerator.xml +++ b/tools/openms/OpenSwathAssayGenerator.xml @@ -64,33 +64,33 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - + + + - + - - - - - - + + + + + + - + - + diff --git a/tools/openms/OpenSwathChromatogramExtractor.xml b/tools/openms/OpenSwathChromatogramExtractor.xml index cb703c67b..afeba0533 100644 --- a/tools/openms/OpenSwathChromatogramExtractor.xml +++ b/tools/openms/OpenSwathChromatogramExtractor.xml @@ -76,15 +76,15 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi - - - - + + + +
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- + diff --git a/tools/openms/OpenSwathDIAPreScoring.xml b/tools/openms/OpenSwathDIAPreScoring.xml index ed672b0e7..cb9728f4c 100644 --- a/tools/openms/OpenSwathDIAPreScoring.xml +++ b/tools/openms/OpenSwathDIAPreScoring.xml @@ -68,10 +68,10 @@ ${' '.join(["&& mv -n 'output_files/%(bn)s/%(id)s.%(gext)s' 'output_files/%(bn)s - + - + diff --git a/tools/openms/OpenSwathDecoyGenerator.xml b/tools/openms/OpenSwathDecoyGenerator.xml index 3f0c148dc..256c34fca 100644 --- a/tools/openms/OpenSwathDecoyGenerator.xml +++ b/tools/openms/OpenSwathDecoyGenerator.xml @@ -48,36 +48,36 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + - - - - - - - - + + + + + + + + - + - + diff --git a/tools/openms/OpenSwathFeatureXMLToTSV.xml b/tools/openms/OpenSwathFeatureXMLToTSV.xml index aef6c2731..9bf3b23a0 100644 --- a/tools/openms/OpenSwathFeatureXMLToTSV.xml +++ b/tools/openms/OpenSwathFeatureXMLToTSV.xml @@ -73,7 +73,7 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi - + diff --git a/tools/openms/OpenSwathFileSplitter.xml b/tools/openms/OpenSwathFileSplitter.xml index 23adbb25b..d5bdf7233 100644 --- a/tools/openms/OpenSwathFileSplitter.xml +++ b/tools/openms/OpenSwathFileSplitter.xml @@ -56,7 +56,7 @@ outputDirectory/ - + diff --git a/tools/openms/OpenSwathMzMLFileCacher.xml b/tools/openms/OpenSwathMzMLFileCacher.xml index e19066a82..29db4c230 100644 --- a/tools/openms/OpenSwathMzMLFileCacher.xml +++ b/tools/openms/OpenSwathMzMLFileCacher.xml @@ -50,11 +50,11 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + - + diff --git a/tools/openms/OpenSwathRTNormalizer.xml b/tools/openms/OpenSwathRTNormalizer.xml index 371508b80..0b724734f 100644 --- a/tools/openms/OpenSwathRTNormalizer.xml +++ b/tools/openms/OpenSwathRTNormalizer.xml @@ -76,11 +76,11 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi - - + +
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@@ -350,39 +350,39 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - + + + - + - - + + - - - + + + - + - + @@ -393,15 +393,15 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - - + + - + diff --git a/tools/openms/PSMFeatureExtractor.xml b/tools/openms/PSMFeatureExtractor.xml index 138121e4f..46e9c4742 100644 --- a/tools/openms/PSMFeatureExtractor.xml +++ b/tools/openms/PSMFeatureExtractor.xml @@ -78,7 +78,7 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi - + diff --git a/tools/openms/PTModel.xml b/tools/openms/PTModel.xml index 74cdde86e..dd2981d6c 100644 --- a/tools/openms/PTModel.xml +++ b/tools/openms/PTModel.xml @@ -70,48 +70,48 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + - - + + - - - - - - + + + + + +
- - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + +
- + diff --git a/tools/openms/PeakPickerHiRes.xml b/tools/openms/PeakPickerHiRes.xml index 8808f2b12..529aa59f1 100644 --- a/tools/openms/PeakPickerHiRes.xml +++ b/tools/openms/PeakPickerHiRes.xml @@ -43,10 +43,10 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
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- + - + diff --git a/tools/openms/PeakPickerIterative.xml b/tools/openms/PeakPickerIterative.xml index 37b2b9681..1f3b30d8d 100644 --- a/tools/openms/PeakPickerIterative.xml +++ b/tools/openms/PeakPickerIterative.xml @@ -43,19 +43,19 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - - - - - + + + + + +
- + diff --git a/tools/openms/PeakPickerWavelet.xml b/tools/openms/PeakPickerWavelet.xml index b506ec17c..dad959ba4 100644 --- a/tools/openms/PeakPickerWavelet.xml +++ b/tools/openms/PeakPickerWavelet.xml @@ -43,70 +43,70 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
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- + diff --git a/tools/openms/PepNovoAdapter.patch b/tools/openms/PepNovoAdapter.patch index a7446436e..c4bd9eccd 100644 --- a/tools/openms/PepNovoAdapter.patch +++ b/tools/openms/PepNovoAdapter.patch @@ -1,5 +1,5 @@ ---- PepNovoAdapter.xml.orig 2022-03-15 13:31:09.335386184 +0100 -+++ PepNovoAdapter.xml 2022-03-15 13:32:05.435384095 +0100 +--- PepNovoAdapter.xml.orig 2022-03-17 17:05:19.818694614 +0100 ++++ PepNovoAdapter.xml 2022-03-17 17:06:06.570692873 +0100 @@ -42,8 +42,13 @@ @@ -18,9 +18,9 @@ @@ -51,8 +56,14 @@ - - -- + + +- - + + @@ -31,5 +31,5 @@ + + - + diff --git a/tools/openms/PepNovoAdapter.xml b/tools/openms/PepNovoAdapter.xml index 0396ab2e7..0b362191f 100644 --- a/tools/openms/PepNovoAdapter.xml +++ b/tools/openms/PepNovoAdapter.xml @@ -54,8 +54,8 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + @@ -65,14 +65,14 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - - - + + + @@ -3003,7 +3003,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -5936,7 +5936,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/PeptideIndexer.xml b/tools/openms/PeptideIndexer.xml index 48278b624..35f58cd4e 100644 --- a/tools/openms/PeptideIndexer.xml +++ b/tools/openms/PeptideIndexer.xml @@ -54,12 +54,12 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + @@ -68,17 +68,17 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - - + +
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- + - + diff --git a/tools/openms/PrecursorMassCorrector.xml b/tools/openms/PrecursorMassCorrector.xml index c67ff141f..341caff3f 100644 --- a/tools/openms/PrecursorMassCorrector.xml +++ b/tools/openms/PrecursorMassCorrector.xml @@ -51,12 +51,12 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - - + + - + diff --git a/tools/openms/ProteinInference.xml b/tools/openms/ProteinInference.xml index a75462749..c9d990225 100644 --- a/tools/openms/ProteinInference.xml +++ b/tools/openms/ProteinInference.xml @@ -67,7 +67,7 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi - + @@ -78,8 +78,8 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi
- - + + @@ -99,13 +99,13 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi - + - + diff --git a/tools/openms/ProteinQuantifier.xml b/tools/openms/ProteinQuantifier.xml index 72afdcdbf..a71933385 100644 --- a/tools/openms/ProteinQuantifier.xml +++ b/tools/openms/ProteinQuantifier.xml @@ -89,8 +89,8 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + @@ -110,19 +110,19 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - +
- + diff --git a/tools/openms/ProteinResolver.xml b/tools/openms/ProteinResolver.xml index 286765200..130007c0d 100644 --- a/tools/openms/ProteinResolver.xml +++ b/tools/openms/ProteinResolver.xml @@ -123,21 +123,21 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
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- + - + - + @@ -147,7 +147,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + diff --git a/tools/openms/QCCalculator.xml b/tools/openms/QCCalculator.xml index 5267b2d55..8306b7acf 100644 --- a/tools/openms/QCCalculator.xml +++ b/tools/openms/QCCalculator.xml @@ -71,7 +71,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -89,7 +89,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/QCEmbedder.xml b/tools/openms/QCEmbedder.xml index bd07c83d4..2432ba638 100644 --- a/tools/openms/QCEmbedder.xml +++ b/tools/openms/QCEmbedder.xml @@ -84,7 +84,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/QCExporter.xml b/tools/openms/QCExporter.xml index 7e0571442..88c1846d5 100644 --- a/tools/openms/QCExporter.xml +++ b/tools/openms/QCExporter.xml @@ -53,7 +53,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/QCExtractor.xml b/tools/openms/QCExtractor.xml index 5591af080..e632ee840 100644 --- a/tools/openms/QCExtractor.xml +++ b/tools/openms/QCExtractor.xml @@ -59,7 +59,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/QCImporter.xml b/tools/openms/QCImporter.xml index ea1baebe7..3ab450672 100644 --- a/tools/openms/QCImporter.xml +++ b/tools/openms/QCImporter.xml @@ -58,7 +58,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/QCMerger.xml b/tools/openms/QCMerger.xml index 3cb31f360..44138e484 100644 --- a/tools/openms/QCMerger.xml +++ b/tools/openms/QCMerger.xml @@ -67,7 +67,7 @@ ${' '.join(["'in_cond.in/%s/%s.%s'"%(i, re.sub('[^\w\-_]', '_', f.element_identi - + diff --git a/tools/openms/QCShrinker.xml b/tools/openms/QCShrinker.xml index 6eee3a3c6..7db0e8bc8 100644 --- a/tools/openms/QCShrinker.xml +++ b/tools/openms/QCShrinker.xml @@ -60,7 +60,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/QualityControl.xml b/tools/openms/QualityControl.xml index 65edbe18a..3832f8802 100644 --- a/tools/openms/QualityControl.xml +++ b/tools/openms/QualityControl.xml @@ -172,20 +172,20 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + - +
- + diff --git a/tools/openms/RNADigestor.xml b/tools/openms/RNADigestor.xml index 0bb22fe24..bb6bcf0cc 100644 --- a/tools/openms/RNADigestor.xml +++ b/tools/openms/RNADigestor.xml @@ -42,10 +42,10 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - - + + + + @@ -62,7 +62,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/RNAMassCalculator.xml b/tools/openms/RNAMassCalculator.xml index 5122099ea..40f9c13b3 100644 --- a/tools/openms/RNAMassCalculator.xml +++ b/tools/openms/RNAMassCalculator.xml @@ -59,10 +59,10 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + @@ -71,7 +71,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -92,7 +92,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/RNPxlSearch.xml b/tools/openms/RNPxlSearch.xml index 4f254e385..9faf0b673 100644 --- a/tools/openms/RNPxlSearch.xml +++ b/tools/openms/RNPxlSearch.xml @@ -61,21 +61,21 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - + + - - - + + +
- - + + @@ -5944,13 +5944,13 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - +
- - - - + + + + @@ -5988,14 +5988,14 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
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- + - + @@ -6003,22 +6003,22 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + - + - + - + @@ -6028,12 +6028,12 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + +
- + diff --git a/tools/openms/RNPxlXICFilter.xml b/tools/openms/RNPxlXICFilter.xml index 35706429b..e689b165c 100644 --- a/tools/openms/RNPxlXICFilter.xml +++ b/tools/openms/RNPxlXICFilter.xml @@ -47,12 +47,12 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - + + + - + diff --git a/tools/openms/RTEvaluation.xml b/tools/openms/RTEvaluation.xml index 84bad89e3..2babbe052 100644 --- a/tools/openms/RTEvaluation.xml +++ b/tools/openms/RTEvaluation.xml @@ -52,11 +52,11 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + - + diff --git a/tools/openms/RTModel.xml b/tools/openms/RTModel.xml index ad51dd8ee..0cd4678d0 100644 --- a/tools/openms/RTModel.xml +++ b/tools/openms/RTModel.xml @@ -87,54 +87,54 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - - - - + + + + - - - - - - + + + + + +
- - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + +
- + diff --git a/tools/openms/SeedListGenerator.xml b/tools/openms/SeedListGenerator.xml index c801f49e8..8aa463a69 100644 --- a/tools/openms/SeedListGenerator.xml +++ b/tools/openms/SeedListGenerator.xml @@ -44,7 +44,7 @@ out_prefix/ - + diff --git a/tools/openms/SemanticValidator.xml b/tools/openms/SemanticValidator.xml index e3e65afb9..e12e1fa30 100644 --- a/tools/openms/SemanticValidator.xml +++ b/tools/openms/SemanticValidator.xml @@ -75,7 +75,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/SequenceCoverageCalculator.xml b/tools/openms/SequenceCoverageCalculator.xml index 1dfac6842..1445058f8 100644 --- a/tools/openms/SequenceCoverageCalculator.xml +++ b/tools/openms/SequenceCoverageCalculator.xml @@ -49,7 +49,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/SimpleSearchEngine.xml b/tools/openms/SimpleSearchEngine.xml index c60da912c..8ad5673ad 100644 --- a/tools/openms/SimpleSearchEngine.xml +++ b/tools/openms/SimpleSearchEngine.xml @@ -48,7 +48,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
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- + @@ -5982,20 +5982,20 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - - + + +
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- + diff --git a/tools/openms/SiriusAdapter.xml b/tools/openms/SiriusAdapter.xml index bf78607b8..011fda41f 100644 --- a/tools/openms/SiriusAdapter.xml +++ b/tools/openms/SiriusAdapter.xml @@ -93,30 +93,30 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
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- - - - + + + + - + @@ -129,8 +129,8 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + @@ -147,15 +147,15 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - + +
- + diff --git a/tools/openms/SpecLibCreator.xml b/tools/openms/SpecLibCreator.xml index f5dc0cabc..7b2d32168 100644 --- a/tools/openms/SpecLibCreator.xml +++ b/tools/openms/SpecLibCreator.xml @@ -46,14 +46,14 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + diff --git a/tools/openms/SpecLibSearcher.xml b/tools/openms/SpecLibSearcher.xml index 883de7bec..8cffb6a4c 100644 --- a/tools/openms/SpecLibSearcher.xml +++ b/tools/openms/SpecLibSearcher.xml @@ -68,7 +68,7 @@ ${' '.join(["&& mv -n 'out/%(bn)s/%(id)s.%(gext)s' 'out/%(bn)s/%(id)s'"%{"bn": i - + @@ -78,29 +78,29 @@ ${' '.join(["&& mv -n 'out/%(bn)s/%(id)s.%(gext)s' 'out/%(bn)s/%(id)s'"%{"bn": i
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- - - + + +
- + diff --git a/tools/openms/SpectraFilterMarkerMower.xml b/tools/openms/SpectraFilterMarkerMower.xml index 4d68966de..600e76a87 100644 --- a/tools/openms/SpectraFilterMarkerMower.xml +++ b/tools/openms/SpectraFilterMarkerMower.xml @@ -44,7 +44,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/SpectraFilterNLargest.xml b/tools/openms/SpectraFilterNLargest.xml index 324e516bc..fb33c32e7 100644 --- a/tools/openms/SpectraFilterNLargest.xml +++ b/tools/openms/SpectraFilterNLargest.xml @@ -43,11 +43,11 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- +
- + diff --git a/tools/openms/SpectraFilterNormalizer.xml b/tools/openms/SpectraFilterNormalizer.xml index 555002fba..def2ade58 100644 --- a/tools/openms/SpectraFilterNormalizer.xml +++ b/tools/openms/SpectraFilterNormalizer.xml @@ -43,7 +43,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
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- + diff --git a/tools/openms/SpectraFilterParentPeakMower.xml b/tools/openms/SpectraFilterParentPeakMower.xml index 5fc497ad0..3458c4aaf 100644 --- a/tools/openms/SpectraFilterParentPeakMower.xml +++ b/tools/openms/SpectraFilterParentPeakMower.xml @@ -43,18 +43,18 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
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- + diff --git a/tools/openms/SpectraFilterScaler.xml b/tools/openms/SpectraFilterScaler.xml index f32dd8333..412f0d0d6 100644 --- a/tools/openms/SpectraFilterScaler.xml +++ b/tools/openms/SpectraFilterScaler.xml @@ -44,7 +44,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/SpectraFilterSqrtMower.xml b/tools/openms/SpectraFilterSqrtMower.xml index 001f00341..a1177582e 100644 --- a/tools/openms/SpectraFilterSqrtMower.xml +++ b/tools/openms/SpectraFilterSqrtMower.xml @@ -44,7 +44,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/SpectraFilterThresholdMower.xml b/tools/openms/SpectraFilterThresholdMower.xml index 89bcca1a3..ef29916e1 100644 --- a/tools/openms/SpectraFilterThresholdMower.xml +++ b/tools/openms/SpectraFilterThresholdMower.xml @@ -43,11 +43,11 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
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- + diff --git a/tools/openms/SpectraFilterWindowMower.xml b/tools/openms/SpectraFilterWindowMower.xml index c5d873502..a8ca2d9cf 100644 --- a/tools/openms/SpectraFilterWindowMower.xml +++ b/tools/openms/SpectraFilterWindowMower.xml @@ -43,9 +43,9 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - - + + + @@ -53,7 +53,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + diff --git a/tools/openms/SpectraMerger.xml b/tools/openms/SpectraMerger.xml index b4a9f2d35..f339626ea 100644 --- a/tools/openms/SpectraMerger.xml +++ b/tools/openms/SpectraMerger.xml @@ -42,7 +42,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -50,61 +50,61 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- - + + - +
- + - - - + + +
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- + - - + +
- - + +
- + diff --git a/tools/openms/SpectraSTSearchAdapter.xml b/tools/openms/SpectraSTSearchAdapter.xml index 87d38f4e7..80bdcfe67 100644 --- a/tools/openms/SpectraSTSearchAdapter.xml +++ b/tools/openms/SpectraSTSearchAdapter.xml @@ -104,19 +104,19 @@ ${' '.join(["&& mv -n 'output_files/%(bn)s/%(id)s.%(omsext)s' 'output_files/%(bn - + - + - + diff --git a/tools/openms/StaticModification.xml b/tools/openms/StaticModification.xml index 15c158a4f..c023f91b4 100644 --- a/tools/openms/StaticModification.xml +++ b/tools/openms/StaticModification.xml @@ -2973,14 +2973,14 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + diff --git a/tools/openms/SvmTheoreticalSpectrumGeneratorTrainer.xml b/tools/openms/SvmTheoreticalSpectrumGeneratorTrainer.xml index 329e16f44..9dd4e27fd 100644 --- a/tools/openms/SvmTheoreticalSpectrumGeneratorTrainer.xml +++ b/tools/openms/SvmTheoreticalSpectrumGeneratorTrainer.xml @@ -47,13 +47,13 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - +
- - - - + + + + @@ -64,62 +64,62 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
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- + diff --git a/tools/openms/TICCalculator.xml b/tools/openms/TICCalculator.xml index ba66289fd..27add6b26 100644 --- a/tools/openms/TICCalculator.xml +++ b/tools/openms/TICCalculator.xml @@ -39,7 +39,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -51,7 +51,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/TOFCalibration.xml b/tools/openms/TOFCalibration.xml index e1a72bd97..7b6aaba8b 100644 --- a/tools/openms/TOFCalibration.xml +++ b/tools/openms/TOFCalibration.xml @@ -60,70 +60,70 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
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- + diff --git a/tools/openms/TargetedFileConverter.xml b/tools/openms/TargetedFileConverter.xml index c1c959396..e36d8a64f 100644 --- a/tools/openms/TargetedFileConverter.xml +++ b/tools/openms/TargetedFileConverter.xml @@ -49,7 +49,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
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- + diff --git a/tools/openms/TransformationEvaluation.xml b/tools/openms/TransformationEvaluation.xml index d994abac1..67a17cdfa 100644 --- a/tools/openms/TransformationEvaluation.xml +++ b/tools/openms/TransformationEvaluation.xml @@ -51,12 +51,12 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - + + + - + diff --git a/tools/openms/TriqlerConverter.xml b/tools/openms/TriqlerConverter.xml index 5a7e8fdf0..7a208e081 100644 --- a/tools/openms/TriqlerConverter.xml +++ b/tools/openms/TriqlerConverter.xml @@ -68,7 +68,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -85,7 +85,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/XFDR.xml b/tools/openms/XFDR.xml index 7d2423403..80a7e33cc 100644 --- a/tools/openms/XFDR.xml +++ b/tools/openms/XFDR.xml @@ -75,20 +75,20 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - - - - + + + + - - + + - + diff --git a/tools/openms/XMLValidator.xml b/tools/openms/XMLValidator.xml index 7722b405a..6b7f3a4c7 100644 --- a/tools/openms/XMLValidator.xml +++ b/tools/openms/XMLValidator.xml @@ -50,7 +50,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + diff --git a/tools/openms/XTandemAdapter.xml b/tools/openms/XTandemAdapter.xml index 3838530db..004c823a9 100644 --- a/tools/openms/XTandemAdapter.xml +++ b/tools/openms/XTandemAdapter.xml @@ -76,21 +76,21 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - - + + + - + - + - + @@ -3021,7 +3021,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -5952,8 +5952,8 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - - + + @@ -5979,26 +5979,26 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - + - +
- + - + @@ -6007,17 +6007,17 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + - - + +
- + @@ -6054,7 +6054,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard - + @@ -6065,7 +6065,7 @@ python3 '$__tool_directory__/fill_ctd.py' '@EXECUTABLE@.ctd' '$args_json' '$hard
- + diff --git a/tools/openms/generate-foo.sh b/tools/openms/generate-foo.sh index 91b069770..490833239 100644 --- a/tools/openms/generate-foo.sh +++ b/tools/openms/generate-foo.sh @@ -72,8 +72,8 @@ function get_tests2 { ctdtmp=$(mktemp) # using eval: otherwise for some reason quoted values are not used properly ('A B' -> ["'A", "B'"]) - # >&2 echo "python3 fill_ctd_clargs.py --ini_file $ini --ctd_file ctd/$tool_id.ctd $cli" - eval "python3 fill_ctd_clargs.py --ini_file $ini --ctd_file ctd/$tool_id.ctd $cli" > "$ctdtmp" + # >&2 echo "python3 fill_ctd_clargs.py --ini_file $ini $cli" + eval "python3 fill_ctd_clargs.py --ini_file $ini $cli" > "$ctdtmp" # echo $ctdtmp # >&2 cat $ctdtmp testtmp=$(mktemp) diff --git a/tools/openms/macros_autotest.xml b/tools/openms/macros_autotest.xml index 1c47ea301..490df3f72 100644 --- a/tools/openms/macros_autotest.xml +++ b/tools/openms/macros_autotest.xml @@ -1,6 +1,7 @@ + @@ -12,8 +13,12 @@
- - + + + + + +
@@ -34,6 +39,7 @@ + @@ -47,8 +53,12 @@
- - + + + + + +
@@ -69,6 +79,7 @@ + @@ -82,8 +93,12 @@
- - + + + + + +
@@ -104,6 +119,7 @@ + @@ -117,8 +133,12 @@
- - + + + + + +
@@ -139,6 +159,7 @@ + @@ -152,8 +173,12 @@
- - + + + + + +
@@ -176,6 +201,7 @@ + @@ -187,8 +213,12 @@ - - + + + + + + @@ -262,6 +292,7 @@ + @@ -273,8 +304,12 @@ - - + + + + + + @@ -348,6 +383,7 @@ + @@ -359,8 +395,12 @@ - - + + + + + + @@ -434,6 +474,7 @@ + @@ -445,8 +486,12 @@ - - + + + + + + @@ -520,6 +565,7 @@ + @@ -531,8 +577,12 @@ - - + + + + + + @@ -606,6 +656,7 @@ + @@ -617,8 +668,12 @@ - - + + + + + + @@ -692,6 +747,7 @@ + @@ -703,8 +759,12 @@ - - + + + + + + @@ -778,6 +838,7 @@ + @@ -789,8 +850,12 @@ - - + + + + + + @@ -864,6 +929,7 @@ + @@ -875,8 +941,12 @@ - - + + + + + + @@ -950,6 +1020,7 @@ + @@ -961,8 +1032,12 @@ - - + + + + + + @@ -1036,6 +1111,7 @@ + @@ -1047,8 +1123,12 @@ - - + + + + + + @@ -1122,6 +1202,7 @@ + @@ -1133,8 +1214,12 @@ - - + + + + + + @@ -1208,6 +1293,7 @@ + @@ -1219,8 +1305,12 @@ - - + + + + + + @@ -1294,6 +1384,7 @@ + @@ -1305,8 +1396,12 @@ - - + + + + + + @@ -1380,6 +1475,7 @@ + @@ -1391,8 +1487,12 @@ - - + + + + + + @@ -1466,6 +1566,7 @@ + @@ -1477,8 +1578,12 @@ - - + + + + + + @@ -1552,6 +1657,7 @@ + @@ -1563,8 +1669,12 @@ - - + + + + + + @@ -1640,6 +1750,7 @@ + @@ -1664,6 +1775,7 @@ + @@ -1674,6 +1786,7 @@ + @@ -1711,8 +1824,8 @@ - - + +
@@ -1738,6 +1851,7 @@ + @@ -1748,6 +1862,7 @@ + @@ -1785,8 +1900,8 @@ - - + +
@@ -1812,6 +1927,7 @@ + @@ -1822,6 +1938,7 @@ + @@ -1886,6 +2003,7 @@ + @@ -1896,6 +2014,7 @@ + @@ -1961,6 +2080,7 @@ + @@ -1987,6 +2107,8 @@ + +
@@ -1998,6 +2120,7 @@ + @@ -2024,6 +2147,8 @@ + +
@@ -2035,13 +2160,16 @@ + - + + + @@ -2068,13 +2196,16 @@ + - + + + @@ -2101,13 +2232,16 @@ + - + + + @@ -2134,13 +2268,16 @@ + - + + + @@ -2167,13 +2304,16 @@ + - + + + @@ -2200,13 +2340,16 @@ + - + + + @@ -2233,13 +2376,16 @@ + - + + + @@ -2266,13 +2412,16 @@ + - + + + @@ -2301,6 +2450,7 @@ + @@ -2322,6 +2472,7 @@ + @@ -2365,6 +2516,7 @@ + @@ -2382,6 +2534,7 @@ + @@ -2399,6 +2552,7 @@ + @@ -2416,6 +2570,7 @@ + @@ -2435,6 +2590,7 @@ + @@ -2464,6 +2620,7 @@ + @@ -2493,6 +2650,7 @@ + @@ -2524,6 +2682,7 @@ + @@ -2562,6 +2721,7 @@ + @@ -2571,7 +2731,9 @@ - + + + @@ -2591,6 +2753,7 @@ + @@ -2600,7 +2763,9 @@ - + + + @@ -2620,6 +2785,7 @@ + @@ -2629,7 +2795,9 @@ - + + + @@ -2649,6 +2817,7 @@ + @@ -2658,7 +2827,9 @@ - + + + @@ -2686,6 +2857,7 @@ + @@ -2704,6 +2876,7 @@ + @@ -2722,6 +2895,7 @@ + @@ -2744,6 +2918,7 @@ + @@ -2755,7 +2930,9 @@ - + + + @@ -2797,6 +2974,7 @@ + @@ -2808,7 +2986,9 @@ - + + + @@ -2850,6 +3030,7 @@ + @@ -2861,7 +3042,9 @@ - + + + @@ -2903,6 +3086,7 @@ + @@ -2914,7 +3098,9 @@ - + + + @@ -2956,6 +3142,7 @@ + @@ -2967,7 +3154,9 @@ - + + + @@ -3013,6 +3202,7 @@ + @@ -3032,6 +3222,7 @@ + @@ -3053,6 +3244,7 @@ + @@ -3088,6 +3280,7 @@ + @@ -3123,6 +3316,7 @@ + @@ -3158,6 +3352,7 @@ + @@ -3193,6 +3388,7 @@ + @@ -3228,6 +3424,7 @@ + @@ -3263,6 +3460,7 @@ + @@ -3300,6 +3498,7 @@ + @@ -3361,6 +3560,7 @@ + @@ -3422,6 +3622,7 @@ + @@ -3483,6 +3684,7 @@ + @@ -3549,6 +3751,7 @@ + @@ -3595,6 +3798,7 @@ + @@ -3649,6 +3853,7 @@ + @@ -3703,6 +3908,7 @@ + @@ -3758,6 +3964,7 @@ + @@ -3813,6 +4020,7 @@ + @@ -3869,6 +4077,7 @@ + @@ -3894,6 +4103,7 @@ + @@ -3944,6 +4154,7 @@ + @@ -3994,6 +4205,7 @@ + @@ -4044,6 +4256,7 @@ + @@ -4094,6 +4307,7 @@ + @@ -4144,6 +4358,7 @@ + @@ -4194,6 +4409,7 @@ + @@ -4244,6 +4460,7 @@ + @@ -4294,6 +4511,7 @@ + @@ -4344,6 +4562,7 @@ + @@ -4394,6 +4613,7 @@ + @@ -4447,6 +4667,7 @@ + @@ -4471,6 +4692,7 @@ + @@ -4497,13 +4719,16 @@ + - + + +
@@ -4551,13 +4776,16 @@ + - + + +
@@ -4605,13 +4833,16 @@ + - + + +
@@ -4659,13 +4890,16 @@ + - + + +
@@ -4713,13 +4947,16 @@ + - + + +
@@ -4767,13 +5004,16 @@ + - + + +
@@ -4821,13 +5061,16 @@ + - + + +
@@ -4877,13 +5120,16 @@ + - + + +
@@ -4918,13 +5164,16 @@ + - + + +
@@ -4959,13 +5208,16 @@ + - + + +
@@ -5000,13 +5252,16 @@ + - + + +
@@ -5041,13 +5296,16 @@ + - + + +
@@ -5082,13 +5340,16 @@ + - + + +
@@ -5125,13 +5386,16 @@ + - + + +
@@ -5163,13 +5427,16 @@ + - + + +
@@ -5201,13 +5468,16 @@ + - + + +
@@ -5239,13 +5509,16 @@ + - + + +
@@ -5281,10 +5554,12 @@ + + @@ -5309,10 +5584,12 @@ + + @@ -5337,10 +5614,12 @@ + + @@ -5365,10 +5644,12 @@ + + @@ -5393,10 +5674,12 @@ + + @@ -5421,10 +5704,12 @@ + + @@ -5451,6 +5736,7 @@ + @@ -5479,6 +5765,7 @@ + @@ -5507,6 +5794,7 @@ + @@ -5535,6 +5823,7 @@ + @@ -5563,6 +5852,7 @@ + @@ -5591,6 +5881,7 @@ + @@ -5619,6 +5910,7 @@ + @@ -5647,6 +5939,7 @@ + @@ -5675,6 +5968,7 @@ + @@ -5703,6 +5997,7 @@ + @@ -5731,6 +6026,7 @@ + @@ -5759,6 +6055,7 @@ + @@ -5787,6 +6084,7 @@ + @@ -5815,6 +6113,7 @@ + @@ -5843,6 +6142,7 @@ + @@ -5871,6 +6171,7 @@ + @@ -5899,6 +6200,7 @@ + @@ -5927,6 +6229,7 @@ + @@ -5955,6 +6258,7 @@ + @@ -5983,6 +6287,7 @@ + @@ -6011,6 +6316,7 @@ + @@ -6039,6 +6345,7 @@ + @@ -6067,6 +6374,7 @@ + @@ -6095,6 +6403,7 @@ + @@ -6123,6 +6432,7 @@ + @@ -6151,6 +6461,7 @@ + @@ -6179,6 +6490,7 @@ + @@ -6207,6 +6519,7 @@ + @@ -6235,6 +6548,7 @@ + @@ -6263,6 +6577,7 @@ + @@ -6291,6 +6606,7 @@ + @@ -6319,6 +6635,7 @@ + @@ -6347,6 +6664,7 @@ + @@ -6375,6 +6693,7 @@ + @@ -6403,6 +6722,7 @@ + @@ -6431,6 +6751,7 @@ + @@ -6461,6 +6782,7 @@ + @@ -6497,11 +6819,16 @@
+ + + + +
@@ -6563,6 +6890,7 @@ + @@ -6599,11 +6927,16 @@
+ + + + +
@@ -6665,6 +6998,7 @@ + @@ -6701,11 +7035,16 @@
+ + + + +
@@ -6767,6 +7106,7 @@ + @@ -6803,11 +7143,16 @@
+ + + + +
@@ -6869,6 +7214,7 @@ + @@ -6905,11 +7251,16 @@
+ + + + +
@@ -6971,6 +7322,7 @@ + @@ -7007,11 +7359,16 @@
+ + + + +
@@ -7073,6 +7430,7 @@ + @@ -7109,11 +7467,16 @@
+ + + + +
@@ -7175,6 +7538,7 @@ + @@ -7211,11 +7575,16 @@
+ + + + +
@@ -7277,6 +7646,7 @@ + @@ -7314,11 +7684,15 @@
+ + + +
@@ -7380,6 +7754,7 @@ + @@ -7416,12 +7791,16 @@
+ + + +
@@ -7483,6 +7862,7 @@ + @@ -7519,12 +7899,16 @@
+ + + +
@@ -7586,6 +7970,7 @@ + @@ -7622,11 +8007,16 @@
+ + + + +
@@ -7688,6 +8078,7 @@ + @@ -7724,11 +8115,16 @@
+ + + + +
@@ -7790,6 +8186,7 @@ + @@ -7826,11 +8223,16 @@
+ + + + +
@@ -7892,6 +8294,7 @@ + @@ -7928,11 +8331,16 @@
+ + + + +
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+ + + + +
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+ + + + +
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+ + + + +
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+ + + + +
@@ -8402,6 +8834,7 @@ + @@ -8438,11 +8871,16 @@
+ + + + +
@@ -8504,6 +8942,7 @@ + @@ -8540,11 +8979,16 @@
+ + + + +
@@ -8606,6 +9050,7 @@ + @@ -8642,11 +9087,16 @@
+ + + + +
@@ -8708,6 +9158,7 @@ + @@ -8744,11 +9195,16 @@
+ + + + +
@@ -8810,6 +9266,7 @@ + @@ -8846,11 +9303,16 @@
+ + + + +
@@ -8912,6 +9374,7 @@ + @@ -8948,11 +9411,16 @@
+ + + + +
@@ -9015,6 +9483,7 @@ + @@ -9051,11 +9520,16 @@
+ + + + +
@@ -9118,6 +9592,7 @@ + @@ -9154,11 +9629,16 @@
+ + + + +
@@ -9220,6 +9700,7 @@ + @@ -9256,11 +9737,16 @@
+ + + + +
@@ -9322,6 +9808,7 @@ + @@ -9358,11 +9845,16 @@
+ + + + +
@@ -9424,6 +9916,7 @@ + @@ -9460,11 +9953,16 @@
+ + + + +
@@ -9526,6 +10024,7 @@ + @@ -9562,11 +10061,16 @@
+ + + + +
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+ + + + +
@@ -9730,6 +10240,7 @@ + @@ -9766,11 +10277,16 @@
+ + + + +
@@ -9832,6 +10348,7 @@ + @@ -9868,11 +10385,16 @@
+ + + + +
@@ -9934,6 +10456,7 @@ + @@ -9970,11 +10493,16 @@
+ + + + +
@@ -10036,6 +10564,7 @@ + @@ -10072,11 +10601,16 @@
+ + + + +
@@ -10138,6 +10672,7 @@ + @@ -10174,11 +10709,16 @@
+ + + + +
@@ -10240,6 +10780,7 @@ + @@ -10276,9 +10817,13 @@
+ + + + @@ -10343,6 +10888,7 @@ + @@ -10379,9 +10925,13 @@
+ + + + @@ -10446,6 +10996,7 @@ + @@ -10482,11 +11033,16 @@
+ + + + +
@@ -10548,6 +11104,7 @@ + @@ -10584,11 +11141,16 @@
+ + + + +
@@ -10650,6 +11212,7 @@ + @@ -10686,11 +11249,16 @@
+ + + + +
@@ -10752,6 +11320,7 @@ + @@ -10788,11 +11357,16 @@
+ + + + +
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+ + + + +
@@ -10956,6 +11536,7 @@ + @@ -10992,11 +11573,16 @@
+ + + + +
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+ + + + +
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+ + + + +
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+ + + + +
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+
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+
+
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+
+
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+
+
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+
+
@@ -14704,6 +15423,7 @@ + @@ -14733,10 +15453,12 @@
+
+
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+
+
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+
+
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+
+
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+
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+
+
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+
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- +
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