Améliorer export RDF

[camillemonchicourt]

Voir les propositions sur PnX-SI/GeoNature#996

[jmvanel]

Modifications pour l'export Turtle (RDF)

cf PnX-SI/GeoNature#996 pour la discussion préliminaire.
cf https://github.com/jmvanel/rdf-convert/tree/master/geonature pour des propostion RDF / JSON-LD pour l'API .

On trouve ici toutes les modifications à apporter en un seul endroit.
Voici l'ensemble des blocs Turtle correspondant à une observation (concept qui n'existe pas vraiment en dsw). Les identifiants de noeuds anonymes sont gardés tels quels pour pouvoir comparer avec l'existant ( https://geonature.ecrins-parcnational.fr/api/exports/semantic_dsw ). Mais ces noeuds anonymes sont à remplacer par des URL (voir + bas).

_:N11e657add455454e982027abcc0de59b a dwc:Identification ;
    dsw:identifies _:N3d330897edec4e61a01f5a995d2ff892 ;
    dwciri:toTaxon  <http://taxref.mnhn.fr/lod/taxon/81563/12.0> ;
    dwc:identifiedBy _:SALOMEZ_Pierre .

_:SALOMEZ_Pierre a foaf:Person;
    foaf:name "SALOMEZ Pierre" .

_:N3d330897edec4e61a01f5a995d2ff892 a dwc:Organism ;
    dsw:hasIdentification _:N11e657add455454e982027abcc0de59b ;
    dsw:hasOccurrence _:N965e9ec8e8c6425c86a16e5ce2ef54d9 .
     
<http://taxref.mnhn.fr/lod/taxon/81563/12.0> a dwc:Taxon ;
    dwc:nameAccordingTo "Taxref V12" ;
    dwc:scientificName "Alnus alnobetula (Ehrh.) K.Koch, 1872" ;
    dwc:taxonID 81563 ;
    dwc:vernacularName "Aulne vert"@fr.

_:N965e9ec8e8c6425c86a16e5ce2ef54d9 a dwc:Occurrence ;
    dsw:atEvent _:N779ce21b199b4b1493192e80d40c1690 ;
    dsw:occurrenceOf _:N3d330897edec4e61a01f5a995d2ff892 ;
    dwc:occurrenceID "3725873e-2f86-4919-aeaf-1665ad090c4d" ;
    dwc:recordedBy _:Nc03ec3afad44495181fa2fd41abcbeb6 .

_:N779ce21b199b4b1493192e80d40c1690 a dwc:Event ;
    dsw:eventOf _:N965e9ec8e8c6425c86a16e5ce2ef54d9 ;
    dsw:locatedAt _:N01004db208b244e3bba79a69c9ea60cb ;
    dwc:eventDate "1982-07-12T00:00:00/1982-07-12T00:00:00" ;
    dwc:eventID "fb605374-87eb-438c-858b-75b04f108db2" ;
    dwc:eventRemarks "old_id_synthese : 1691626" .

_:N01004db208b244e3bba79a69c9ea60cb a dcterms:Location ;
    dwc:decimalLatitude "5.99181557061859"^^xsd:float ;
    dwc:decimalLongitude "44.9156156314102"^^xsd:float ;
    dwc:footprintWKT "POLYGON((5.99069054413463 44.9149406379495,5.99069053755526 44.9153906219924,5.99069053914897 44.9158406166888,5.99069053256944 44.9162906008548,5.99069052598984 44.9167405850824,5.99114054205617 44.9167405881944,5.99159055052502 44.9167405896887,5.99204056687943 44.9167405945543,5.99249058323389 44.9167405975977,5.99294059199087 44.9167405990235,5.99294059571909 44.9162906143865,5.99294059944726 44.9158406298111,5.99294060317538 44.9153906452973,5.99294060632724 44.9149406500486,5.99294061765243 44.9144906654533,5.99249060414947 44.9144906646417,5.99204059064652 44.9144906620077,5.99159057714362 44.9144906575515,5.99114055604359 44.9144906514774,5.99069054311667 44.9144906541729,5.99069054413463 44.9149406379495))" ;
    dwc:geodeticDatum "EPSG:4326" ;
    dwc:maximumElevationInMeters 1660 ;
    dwc:minimumElevationInMeters 1660 .

Supprimer des blocs [] pour les remplacer par un unique URI sujet

• dwc:Taxon
• foaf:Person

Pour foaf:Person, j'ai fait ce travail dans le contexte de la conversion d'une Archive Darwin Core en Darwin Core RDF.
La problématique est la même; le code est en Scala, mais la syntaxe ressemble à Python.
https://github.com/jmvanel/dwca-rdf/blob/master/src/main/scala/jmvanel/DWCA2RDF.scala#L89

Paires propriété - valeur à supprimer

• dwc:samplingProtocol "Inconnu"
• dwc:vernacularName "aucun"@fr
• dwc:identificationRemarks "None"
• dwc:identificationVerificationStatus "Inconnu"
• dwc:organismQuantityType "Ne Sait Pas" ;
• dwc:occurrenceRemarks "None" ;
• dwc:occurrenceQuantity -1 ;
• dwc:occurrenceStatus "Présent" ; valeur naturellement par défaut
• dwc:lifeStage "Inconnu" ;
• dwc:establishmentMeans "Sauvage" ; valeur naturellement par défaut
• dwc:coordinateUncertaintyInMeters "None" ;

### Divers
L'URI ns1:termsLocation ne correspond à aucun URL connu; ce doit être dcterms:Location .

Ces blocs ne semblent pas servir à grand'chose:

[] a ns1:termsEvent ;
    ns1:termslanguage "fr" ;
    dsw:basisOfRecord _:N185dfd2e34a94767bceca188b23bd658 ;
    dwc:datasetID "7dadc4d2-a234-4b19-be06-e31f95c2d697" ;
    dwc:datasetName "Fiche FL" ;
    dwc:ownerInstitutionCode "Parc National des Ecrins" .

 dwc:decimalLatitude "5.99181557061859"^^xsd:float ;

garder 6 chiffres seulement ; idem pour dwc:footprintWKT

dwc:eventDate "1982-07-12T00:00:00/1982-07-12T00:00:00" ;

n'est pas conforme à ISO 8601 ; mettre
dwc:eventDate "1982-07-12T00:00:00"^^xsd:dateTime

URL (URI) préconisés

cf https://github.com/jmvanel/rdf-convert/blob/master/geonature/occtax.cmw.ttl pour un travail en cours sur la RDF-isation de l'API .

Classe	exemple d'URL
foaf:Person	/api/person/1
dwc:Identification	/api/occtax/releve/164
dwc:Organism
dwc:Event
cdterms:Location

A compléter

Pour valider le Turtle après modifications: installer rapper via package Linux, ou Apache Jena (distribution zip, Java).