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Leishmaniasis_mapas.R
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Leishmaniasis_mapas.R
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#Leishmaniasis Mapas
#install.packages("devtools")
#devtools::install_github("diegovalle/mxmaps")
#devtools::install_github("sjmgarnier/viridis")
library("mxmaps")
library("viridis")
library("scales")
data("df_mxmunicipio")
data(mxstate.map, package = "mxmaps")
data(mxmunicipio.map, package = "mxmaps")
mx_municipio<-function(df_mxmunicipio,title){
df_mxmunicipio$value[df_mxmunicipio$value==0]<-NA
user.df<-data.frame(region=df_mxmunicipio$region,
value=df_mxmunicipio$value)
final.plot<-left_join(mxmunicipio.map,user.df,by="region")
gg<-ggplot(final.plot, aes(long, lat, group = group)) +
geom_polygon(aes(fill = value), color = "dark grey",
size = 0.1) +
#scale_fill_viridis(na.value = "gray96")
coord_map()+
scale_fill_distiller(name="Casos", palette = "Spectral",na.value = "gray96" )+
theme_nothing(legend = TRUE)+
labs(title=title) +
geom_polygon(data = mxstate.map, fill = "transparent", color = "black",
size = 0.15)+theme_nothing(legend = TRUE)
return(gg)
}
#Leishmaniasis in Mexico, 2000
leish.2000<-read.csv("Data/LEIHSMANIASIS-2000.csv")
df_mxmunicipio$leishmaniasis2000<-0
indx.2000<-match(str_mxmunicipio(leish.2000$Num.Entidad,
leish.2000$Num.Municipio),df_mxmunicipio$region)
df_mxmunicipio$leishmaniasis2000[indx.2000]<-leish.2000$A2000
#Leishmaniasis in Mexico, 2001
leish.2001<-read.csv("Data/LEIHSMANIASIS-2001.csv")
df_mxmunicipio$leishmaniasis2001<-0
indx.2001<-match(str_mxmunicipio(leish.2001$Num.Entidad,
leish.2001$Num.Municipio),df_mxmunicipio$region)
df_mxmunicipio$leishmaniasis2001[indx.2001]<-leish.2001$A2001
#Leishmaniasis in Mexico, 2002
leish.2002<-read.csv("Data/LEIHSMANIASIS-2002.csv")
df_mxmunicipio$leishmaniasis2002<-0
indx.2002<-match(str_mxmunicipio(leish.2002$Num.Entidad,
leish.2002$Num.Municipio),df_mxmunicipio$region)
df_mxmunicipio$leishmaniasis2002[indx.2002]<-leish.2002$A2002
#Leishmaniasis in Mexico, 2003-2016
leish.2003_2016<-read.csv("Data/LEIHSMANIASIS-2003-2016.csv")
df_mxmunicipio$leishmaniasis2003<-0
df_mxmunicipio$leishmaniasis2004<-0
df_mxmunicipio$leishmaniasis2005<-0
df_mxmunicipio$leishmaniasis2006<-0
df_mxmunicipio$leishmaniasis2007<-0
df_mxmunicipio$leishmaniasis2008<-0
df_mxmunicipio$leishmaniasis2009<-0
df_mxmunicipio$leishmaniasis2010<-0
df_mxmunicipio$leishmaniasis2011<-0
df_mxmunicipio$leishmaniasis2012<-0
df_mxmunicipio$leishmaniasis2013<-0
df_mxmunicipio$leishmaniasis2014<-0
df_mxmunicipio$leishmaniasis2015<-0
df_mxmunicipio$leishmaniasis2016<-0
indx.2003_2016<-match(
str_mxmunicipio(leish.2003_2016$Num.Entidad,
leish.2003_2016$Num.Municipio),df_mxmunicipio$region)
df_mxmunicipio[indx.2003_2016,
paste("leishmaniasis",2003:2016,sep="")] <- leish.2003_2016[,5:18]
#Plots
pdf("Data/Leishmaniasis-V2_2000_2016.pdf")
df_mxmunicipio$value<-df_mxmunicipio$Total
mx_municipio(df_mxmunicipio,"Cutaneous Leishmaniasis in Mexico")
df_mxmunicipio$value <- df_mxmunicipio$leishmaniasis2000
mx_municipio(df_mxmunicipio,
title = "Cutaneous Leishmaniasis in Mexico")
df_mxmunicipio$value <- df_mxmunicipio$leishmaniasis2001
mx_municipio(df_mxmunicipio,
title = "Cutaneous Leishmaniasis in Mexico")
df_mxmunicipio$value <- df_mxmunicipio$leishmaniasis2002
mx_municipio(df_mxmunicipio,
title = "Cutaneous Leishmaniasis in Mexico")
df_mxmunicipio$value <- df_mxmunicipio$leishmaniasis2003
mx_municipio(df_mxmunicipio,
title = "Cutaneous Leishmaniasis in Mexico")
df_mxmunicipio$value <- df_mxmunicipio$leishmaniasis2004
mx_municipio(df_mxmunicipio,
title = "Cutaneous Leishmaniasis in Mexico")
df_mxmunicipio$value <- df_mxmunicipio$leishmaniasis2005
mx_municipio(df_mxmunicipio,
title = "Cutaneous Leishmaniasis in Mexico")
df_mxmunicipio$value <- df_mxmunicipio$leishmaniasis2006
mx_municipio(df_mxmunicipio,
title = "Cutaneous Leishmaniasis in Mexico")
df_mxmunicipio$value <- df_mxmunicipio$leishmaniasis2007
mx_municipio_choropleth(df_mxmunicipio,
title = "Cutaneous Leishmaniasis in Mexico")
df_mxmunicipio$value <- df_mxmunicipio$leishmaniasis2008
mx_municipio(df_mxmunicipio,
title = "Cutaneous Leishmaniasis in Mexico")
df_mxmunicipio$value <- df_mxmunicipio$leishmaniasis2009
mx_municipio(df_mxmunicipio,
title = "Cutaneous Leishmaniasis in Mexico")
df_mxmunicipio$value <- df_mxmunicipio$leishmaniasis2010
mx_municipio(df_mxmunicipio,
title = "Cutaneous Leishmaniasis in Mexico")
df_mxmunicipio$value <- df_mxmunicipio$leishmaniasis2011
mx_municipio(df_mxmunicipio,
title = "Cutaneous Leishmaniasis in Mexico")
df_mxmunicipio$value <- df_mxmunicipio$leishmaniasis2012
mx_municipio(df_mxmunicipio,
title = "Cutaneous Leishmaniasis in Mexico")
df_mxmunicipio$value <- df_mxmunicipio$leishmaniasis2013
mx_municipio(df_mxmunicipio,
title = "Cutaneous Leishmaniasis in Mexico")
df_mxmunicipio$value <- df_mxmunicipio$leishmaniasis2014
mx_municipio(df_mxmunicipio,
title = "Cutaneous Leishmaniasis in Mexico")
df_mxmunicipio$value <- df_mxmunicipio$leishmaniasis2015
mx_municipio(df_mxmunicipio,
title = "Cutaneous Leishmaniasis in Mexico")
df_mxmunicipio$value <- df_mxmunicipio$leishmaniasis2016
mx_municipio(df_mxmunicipio,
title = "Cutaneous Leishmaniasis in Mexico")
dev.off()
#FUENTE : SUIVE/DGE/Secretaría de Salud/Estados Unidos Mexicanos, 2016.
#Nota: esta información proviene de la notificación convencional, la cuál es el diagnóstico clínico del médico.
#información preliminar al corte de la semana epidenmiológica núm. 29 de 2016.