FreeSurfer_ExtractMeasures.txt

# Set FreeSurfer subjects path, recon-all processed
export SUBJECTS_DIR=$PWD

# list all the subjects directory
list="`ls -d */`"

# Gray matter volume:
aparcstats2table --subjects $list --hemi lh --meas volume --skip --tablefile GM_lh.txt
aparcstats2table --subjects $list --hemi rh --meas volume --skip --tablefile GM_rh.txt

# Cortical thickness:
aparcstats2table --subjects $list --hemi lh --meas thickness --skip --tablefile CT_lh.txt
aparcstats2table --subjects $list --hemi rh --meas thickness --skip --tablefile CT_rh.txt

# surface area:
aparcstats2table --subjects $list --hemi lh --meas area --skip --tablefile SA_lh.txt
aparcstats2table --subjects $list --hemi rh --meas area --skip --tablefile SA_rh.txt

# folding index
aparcstats2table --subjects $list --hemi lh --meas foldind --tablefile FI_lh.txt
aparcstats2table --subjects $list --hemi rh --meas foldind --tablefile FI_rh.txt

# curvature index
aparcstats2table --subjects $list --hemi lh --meas curvind --tablefile CI_lh.txt
aparcstats2table --subjects $list --hemi rh --meas curvind --tablefile CI_rh.txt

# mean curvature
aparcstats2table --subjects $list --hemi lh --meas meancurv --tablefile MC_lh.txt
aparcstats2table --subjects $list --hemi rh --meas meancurv --tablefile MC_rh.txt

# Intrinsic (Gaussian) curvature
aparcstats2table --subjects $list --hemi lh --meas gauscurv --tablefile IC_lh.txt
aparcstats2table --subjects $list --hemi rh --meas gauscurv --tablefile IC_rh.txt