Program.cs

using System;
using System.IO;
using Newtonsoft.Json.Linq;

namespace JsonStructureCopy
{
  class Program
  {
    public static void Main(string[] args)
    {
      try {
        // Handling the two JSONs paths
        string pathSource = String.Empty;
        string pathTarget = String.Empty;

        // If the paths aren't provided as arguments, we ask the user
        if (args.Length < 2){
          Console.WriteLine("\nOops, missing JSON paths as arguments");

          Console.WriteLine("\nEnter the JSON source file path\n");
          pathSource = Console.ReadLine();
          Console.WriteLine("\nEnter the JSON target file path\n");
          pathTarget = Console.ReadLine();
        } else {
          pathSource = args[0];
          pathTarget = args[1];
        }
        
        // Now we read the JSON
        string source = string.Empty;
        Console.WriteLine("\nReading JSON files...");
        using (StreamReader reader = new(pathSource!))
        {
          source = reader.ReadToEnd();
        }

        var target = string.Empty;
        using (var reader = new StreamReader(pathTarget!))
        {
          target = reader.ReadToEnd();
        }
        Console.WriteLine("\nDone\n");

        // Then parsing
        Console.WriteLine("\nParsing JSON files...");
        JObject jsonSource = JObject.Parse(source);
        JObject jsonTarget = JObject.Parse(target);
        Console.WriteLine("\nDone\n");


        
        // And merging the properties
        Console.WriteLine("Starting merging properties...\n");
        
        MergeJsonProperties(jsonSource, jsonTarget);

        using (var writer = new StreamWriter(@"result.json"))
        {
          writer.Write(jsonTarget.ToString());
        }
        Console.WriteLine("\nDone ! See result.json");      
      }catch(Exception e){
        Console.WriteLine(e.Message);
      }
    }

    /// <summary>
    /// Méthode récursive, qui merge les valeurs de la source dans le target :
    /// - si une propriété est dans la source mais pas dans le target, elle est copiée
    /// - si une propriété est dans le target mais pas dans la source, elle est supprimée
    /// </summary>
    /// <param name="source">Objet json dont on veut copier la structure</param>
    /// <param name="target">Object json dans lequel on va copier la structure</param>
    public static void MergeJsonProperties(JObject source, JObject target)
    {
      // on convertit les propriétés des JSON en listes sur lesquelles on peut itérer
      List<JProperty> sourceProperties = source.Properties().ToList();
      List<JProperty> targetProperties = target.Properties().ToList();

      // Ajout des propriétés de la source qui ne sont pas dans le target
      foreach (JProperty sourceProp in sourceProperties)
      {
        // on cherche dans le target si la propriété existe
        JProperty? targetProp = targetProperties.FirstOrDefault(p => p.Name == sourceProp.Name);

        // Si on l'a pas trouvée, on l'ajoute
        if (targetProp == null)
        {
          Console.WriteLine(String.Format("Adding \"{0}\" : \"{1}\"", sourceProp.Name, sourceProp.Value));
          target.Add(sourceProp.Name, sourceProp.Value);
        }
        // Sinon si on l'a trouvée et que c'est un objet avec d'autres propriétés, on appelle cette même méthode sur cet objet
        else if (sourceProp.Value.Type == JTokenType.Object && targetProp.Value.Type == JTokenType.Object)
        {
          MergeJsonProperties((JObject)sourceProp.Value, (JObject)targetProp.Value);
        }
        // Si on arrive ici, on a trouvé une propriété dans le target qui est la même que dans la source, 
        // et qui n'est pas un objet avec d'autres propriétés, c'est donc une valeur que l'on veut garder telle quelle, donc on fait rien
      }

      // Retrait des propriétés qui sont dans le target mais pas dans la source
      foreach (var targetProp in targetProperties)
      {
        if (!sourceProperties.Any(p => p.Name == targetProp.Name))
        {
          Console.WriteLine(String.Format("Removing \"{0}\" : \"{1}\"", targetProp.Name, targetProp.Value));
          targetProp.Remove();
        }
      }
    }
  }
}