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??????
????????????????????????????????????¦Ë????????????5 kb????????????????H3K27ac????????§»????????????????????????????????
profile="Pos;H3K27ac
-5000;8.7
-4000;8.4
-3000;8.3
-2000;7.2
-1000;3.6
0;3.6
1000;7.1
2000;8.2
3000;8.4
4000;8.5
5000;8.5"
#????????
profile_text <- read.table(text=profile, header=T, row.names=1, quote="",sep=";")
pr# ??melt??????¦Ë??????
# melt??????ggplot2????????????????
# ?¨²?????????????????????????????????????????????????????
# ?????????? `xvariable`????????????????????????????????????????????????
# ????????????????X??????????????????`xvariable`??
profile_text$xvariable = rownames(profile_text)
library(ggplot2)
library(reshape2)
data_m <- melt(profile_text, id.vars=c("xvariable"))
data_m
# variable??value??????melt???????????§Ö???????????????????, variable??????????????????value??????????????
p <- ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value),color=variable) + geom_line()
p
# ?????›¥????????????Rplots.pdf?????§µ???????Rstudio????????????dev.off()
dev.off()
#????ggplot2???????????????????????ï…??????????????????????data_m?§Ö?????????????????????????H3K27ac??????????????variable??????????????????§¹????
p <- ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value,color=variable,group=variable)) +
geom_line() + theme(legend.position=c(0.1,0.9))
p
dev.off()
#??????????????
summary(data_m)
#xvariable???????????????????ݴ?????????????? (??????????????????????)??????????????????
data_m$xvariable <- as.numeric(data_m$xvariable)
#????????
is.numeric(data_m$xvariable)
# ????????????????????¦Â??????????????
p <- ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value,color=variable,group=variable)) +
geom_line() + theme(legend.position=c(0.1,0.8))
p
dev.off()
#?????????¡ê???????????§»??stat_smooth?????????????????§à??????????????????£???????????¡ê????????? (??????)??
p <- ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value,color=variable,group=variable)) +
geom_line() + stat_smooth(method="auto", se=FALSE) +
theme(legend.position=c(0.1,0.8))
p
dev.off()
#stat_smooth??geom_line?????????????????????????????¨¢?
p <- ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value,color=variable,group=variable)) +
stat_smooth(method="auto", se=FALSE) + theme(legend.position=c(0.1,0.8))
p
dev.off
#??????
profile = "Pos;h3k27ac;ctcf;enhancer;h3k4me3;polII
-5000;8.7;10.7;11.7;10;8.3
-4000;8.4;10.8;11.8;9.8;7.8
-3000;8.3;10.5;12.2;9.4;7
-2000;7.2;10.9;12.7;8.4;4.8
-1000;3.6;8.5;12.8;4.8;1.3
0;3.6;8.5;13.4;5.2;1.5
1000;7.1;10.9;12.4;8.1;4.9
2000;8.2;10.7;12.4;9.5;7.7
3000;8.4;10.4;12;9.8;7.9
4000;8.5;10.6;11.7;9.7;8.2
5000;8.5;10.6;11.7;10;8.2"
profile_text <- read.table(text=profile, header=T, row.names=1, quote="",sep=";")
profile_text$xvariable = rownames(profile_text)
data_m <- melt(profile_text, id.vars=c("xvariable"))
data_m$xvariable <- as.numeric(data_m$xvariable)
# ????group=variable????????group=1 (????????????????1????)
# variable??value??????melt???????????§Ö???????????????????, variable??????????????????value??????????????
p <- ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value,color=variable,group=variable)) +
stat_smooth(method="auto", se=FALSE) + theme(legend.position=c(0.85,0.2))
p
dev.off()
#????????????
profile = "Pos;h3k27ac;ctcf;enhancer;h3k4me3;polII
-5000;8.7;10.7;11.7;10;8.3
-4000;8.4;10.8;11.8;9.8;7.8
-3000;8.3;10.5;12.2;9.4;7
-2000;7.2;10.9;12.7;8.4;4.8
-1000;3.6;8.5;12.8;4.8;1.3
0;3.6;8.5;13.4;5.2;1.5
1000;7.1;10.9;12.4;8.1;4.9
2000;8.2;10.7;12.4;9.5;7.7
3000;8.4;10.4;12;9.8;7.9
4000;8.5;10.6;11.7;9.7;8.2
5000;8.5;10.6;11.7;10;8.2"
profile_text <- read.table(text=profile, header=T, row.names=1, quote="",sep=";")
profile_text_rownames <- row.names(profile_text)
profile_text$xvariable = rownames(profile_text)
data_m <- melt(profile_text, id.vars=c("xvariable"))
# ??????????????????????
data_m$xvariable <- factor(data_m$xvariable, levels=profile_text_rownames, ordered=T)
# geom_line????????????????????
p <- ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value,color=variable,group=variable)) +
geom_line(size=1, alpha=0.9) + theme(legend.position=c(0.85,0.2)) +
theme(axis.text.x=element_text(angle=45,hjust=1, vjust=1))
# stat_smooth
#p <- ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value,color=variable,group=variable)) +
# stat_smooth(method="auto", se=FALSE) + theme(legend.position=c(0.85,0.2)) +
# theme(axis.text.x=element_text(angle=45,hjust=1, vjust=1))
p
dev.off()
#??????¦Ë??????????????(??????????)??¦Ë??????????????????????????????ggplot2??????????????????????????????????????????????????????????????????smooth§¹????????