.Rprofile

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## Options for knitr and Rmarkdown rendering
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if(!"knitr" %in% installed.packages()[,'Package']){
	install.packages('knitr')
}
if(!"rmarkdown" %in% installed.packages()[,'Package']){
	install.packages('rmarkdown')
}

library("knitr")
library("rmarkdown")

## output directory for figures
if (require("knitr")) {
    opts_chunk$set(fig.path="results/figures/")
    opts_knit$set(base.dir=normalizePath(getwd()))
    opts_knit$set(root.dir=normalizePath(getwd()))
}

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## the following is credit to Jenny Bryan, for details see here:
## https://gist.github.com/jennybc/362f52446fe1ebc4c49f
RPROJ <- list(PROJHOME = normalizePath(getwd()))
attach(RPROJ)

cat('Project home directory is available as PROJHOME or via get("PROJHOME","RPROJ")\n')

rm(RPROJ)
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local({
  r <- getOption("repos")
  r["CRAN"] <- "http://cran.cnr.berkeley.edu/"
  options(repos = r)
})