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Instalación.md

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Prerrequisitos

1. Instalacion de Anaconda

Linux

  1. Descargar el instalador de la siguiente liga:

  2. Ejecutar la siguiente instruccion en la terminal:

bash Anaconda3-5.0.1-Linux-x86_64.sh

  1. Aceptar todos los comandos por default.

  2. Cerrar y abrir una nueva terminal para que los cambios tengan efecto o reiniciar la terminal con las instrucciones:

cd
source .bashrc
  1. Para probar que Anaconda se instalo correctamente, ejecutar:
conda list

MacOs

  1. Descargar el instalador de la siguiente liga:

  2. Ejecutar el paquete descargado.

  3. Aceptar las configuraciones por default del instalador.

  4. Para probar que Anaconda se instalo correctamente, ejecutar:

conda list

Windows

  1. Descargar el instalador de la siguiente liga:

  2. Ejecutar el archivo descargado.

  3. Aceptar las configuraciones por default del instalador.

  4. Para probar que Anaconda se instalo correctamente, ejecutar:

conda list

2. Creacion de un Ambiente virtual

Para crear un ambiente virtial es necesario utilizar la siguiente instruccion en la terminal:

conda create --name <nombre> python==<version>

donde nombre es el nombre que se desee darle al ambiente virtual y version es alguna version de Python. En el caso de este curso utilizaremos el nombre "UAM" y la version de Python mas reciente, la 3.6. De esta forma:

conda create --name UAM python==3.6

Una vez que se encuentre instalado el ambiente virtual es necesario activarlo, para esto:

  • En Linux y macOS 
    source activate UAM
  • En Windows 
    activate UAM

Para comprobar que el ambiente virtual fue activado es posible utilizar el comando:

conda env list

lo que debera devolver una lista de todos los ambientes virtuales en la computadora marcando el que se encuentra en uso:

# conda environments:
#
Tableau                  /home/enrique/anaconda2/envs/Tableau
Tableau-Python-Server     /home/enrique/anaconda2/envs/Tableau-Python-Server
UAM                   *  /home/enrique/anaconda2/envs/UAM
camera                   /home/enrique/anaconda2/envs/camera
crawlers                 /home/enrique/anaconda2/envs/crawlers
database                 /home/enrique/anaconda2/envs/database
detect                   /home/enrique/anaconda2/envs/detect

3. Instalacion de librerias para el curso

Para la instalacion de los paquetes en un ambiente virtual es necsatio activar el paquete primero:

  • En Linux y macOS 
    source activate UAM
  • En Windows 
    activate UAM

Numpy

Libreria para el manejo de matrices y sus operaciones

pip install numpy

Pillow

Libreria para la manipulacion de Imagenes

pip install pillow

OpenCV

Libreria para manipulacion y segmentacion de imagenes

conda install opencv -c menpo

Matplotlib

Libreria para crear graficas en 2D y 3D

pip install matplotlib

Scikit-image

Libreria para manipulacion de imagenes

pip install scikit-image

pyDicom

Libreria para la manipulacion de imagenes medicas en formato DICOM

pip install pydicom