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#include <cassert>
#include "analysisFunction.h"
#include "beagleReader.h"
beagle_reader::~beagle_reader(){
free(buffer);
}
beagle_reader::beagle_reader(gzFile gz_a,const aMap *revMap_a,int intName_a,int &nInd_a){
gz=gz_a;
revMap=revMap_a;
l=128;
intName = intName_a;
original=buffer =(char *) calloc(l,sizeof(char));
const char *delims = "\t \n";
int nCol=1;
aio::tgets(gz,&buffer,&l);
if(buffer!=original)
original=buffer;
strtok_r(buffer,delims,&buffer);
while(strtok_r(NULL,delims,&buffer))
nCol++;
if(nCol % 3 ){
fprintf(stderr,"\t-> Number of columns should be a multiple of 3, nCol=%d\n",nCol);
exit(0);
}
nInd_a=nCol/3-1;
nInd = nInd_a;
}
void parsepost(char *buffer,double *post,int nInd,const char *delims){
for(int i=0;i<nInd*3;i++){
char *tsk = strtok_r(NULL,delims,&buffer);
assert(tsk!=NULL);
post[i] = atof(tsk);
}
}
funkyPars *beagle_reader::fetch(int chunksize){
char refToChar[256] = {
0,1,2,3,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//15
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//31
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//47
0,1,2,3,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//63
4,0,4,1,4,4,4,2,4,4,4,4,4,4,4,4,//79
4,4,4,4,3,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//95
4,0,4,1,4,4,4,2,4,4,4,4,4,4,4,4,//111
4,4,4,4,3,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//127
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//143
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//159
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//175
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//191
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//207
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//223
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//239
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4//255
};
static const char *delims = "\t \n";
static const char *delims2 = "_\t \n";
double **post = new double*[chunksize];
funkyPars * myfunky =funkyPars_init();
myfunky->posi = new int[chunksize];
myfunky->major = new char[chunksize];
myfunky->minor = new char[chunksize];
for(int s=0;s<chunksize;s++)
post[s] = new double[nInd*3];
int nSites=0;
static int positions =0;//every site is a new position across different chunks
static int lastRefId =-1;
static int changed =0;
READAGAIN:
if(changed){
//parse an entire site:
//fprintf(stdout,"nSites %d\n",nSites);
myfunky->refId = lastRefId;
// fprintf(stdout,"BUF= %s\n",buffer);
myfunky->posi[nSites] = atoi(strtok_r(NULL,delims2,&buffer))-1;
myfunky->major[nSites] = refToChar[strtok_r(NULL,delims,&buffer)[0]];
myfunky->minor[nSites] = refToChar[strtok_r(NULL,delims,&buffer)[0]];
parsepost(buffer,post[nSites],nInd,delims);
nSites++;
changed =0;
}
buffer=original;
while(aio::tgets(gz,&buffer,&l)) {
if(buffer!=original)
original=buffer;
if(intName){
char *tok = strtok_r(buffer,delims2,&buffer);
aMap ::const_iterator it = revMap->find(tok);
if(it==revMap->end()){
fprintf(stderr,"\t-> Problem finding chr:%s from faifile\n",tok);
exit(0);
}
if(lastRefId==-1)
lastRefId = it->second;
if(lastRefId!=it->second){
changed =1;
lastRefId = it->second;
if(nSites==0) // if chromosome if finish then read next one
goto READAGAIN;
break;
}
lastRefId = it->second;
myfunky->refId = lastRefId;
myfunky->posi[nSites] = atoi(strtok_r(NULL,delims2,&buffer))-1;
}
else{
char *tok = strtok_r(buffer,delims,&buffer);
myfunky->refId = 0;
myfunky->posi[nSites] = positions++;
}
myfunky->major[nSites] = refToChar[strtok_r(NULL,delims,&buffer)[0]];
myfunky->minor[nSites] = refToChar[strtok_r(NULL,delims,&buffer)[0]];
parsepost(buffer,post[nSites],nInd,delims);
buffer=original;
nSites++;
if(nSites>=chunksize)
break;
}
if(nSites<chunksize){
for(int s=nSites;s<chunksize;s++)
delete[] post[s];
}
myfunky->nInd=nInd;
myfunky->post=post;
myfunky->numSites = nSites;
if(nSites==0 & changed==0){
fprintf(stdout,"Done reading beagle\n");
funkyPars_destroy(myfunky);
return(NULL);
}
return(myfunky);
}