Ces travaux ont été réalisés au laboratoire de biologie structurale et radiobiologie (LBSR) du service de bioénergétique, biologie structurale et mécanismes (SB2SM) du CEA. Je souhaite tout d'abord remercier le programme Irtélis de la direction des sciences de la vie du CEA qui a bien voulu m'attribuer un contrat doctoral pour travailler dans ce laboratoire pendant ces trois dernières années. Merci à Bruno Robert, directeur du SB2SM, qui a soutenu ma candidature au concours. Je remercie également tous les chercheurs du LBSR qui m'y ont fait un très bon accueil.
Je remercie Dominique Housset et Vincent Géli qui ont accepté d'être rapporteurs de ma thèse, ainsi que Claudine Mayer, Laure Crabbé et Herman van Tilbeurgh qui ont accepté de constituer le jury de la soutenance avec eux. Merci également Claudine d'avoir accepté le rôle de rapportrice de mi-parcours.
Une thèse serait irréalisable sans un directeur, en l'occurrence une directrice : merci Marie-Hélène, merci pour tout. Merci tout d'abord d'avoir donné sa chance à un petit étudiant (avec ce petit stage de licence) ; qui aurait deviné à l'époque que cela nous mènerait jusqu'ici ? Les remerciements pourraient être longs si je tentais de les détailler complètement. Merci pour ta rigueur scientifique, et pour ta rigueur et ton souci du détail en général : je pensais être maniaque, je me suis aperçu que tu l'es au moins autant, mais sur d'autres choses (alors c'était plutôt bien complémentaire :-). Surtout merci pour ton optimisme et ton enthousiasme inébranlables et toujours communicatifs, qui ont fait que reproduire des manips un certain nombre de fois n'était finalement pas insurmontable (je m'en suis aperçu avec les expériences d'acétylation, qu'il a fallu refaire tellement de fois...). C'est aussi cet état d'esprit qui a confirmé mon goût pour la recherche.
Marie-Hélène et moi ne nous serions pas rencontrés, et cette thèse aurait donc été tout autre, si je n'avais pas fait ce stage hors cursus à la plateforme de cristallogenèse de l'Institut Pasteur en 2009. J'adresse un grand merci à Ahmed Haouz, directeur de la plateforme, qui m'y avait alors accueilli et m'avait très bien encadré. Merci également Ahmed pour ton soutien au début de ma thèse, et pour ton aide qui a permis l'obtention des cristaux mentionnés dans la troisième partie du manuscrit. Je regrette de ne pas avoir eu plus souvent l'occasion de travailler en collaboration avec la plateforme, mais le projet a pris une tournure telle que nous avons eu besoin d'autres techniques que la cristallographie, c'est ainsi.
Les expériences réalisées pendant cette thèse ont pu être menées à bien grâce à la participation de nombreuses personnes. J'adresse mes plus grands remerciements à Yann-Vaï Le Bihan : tes conseils m'ont été précieux pendant toute ma thèse, et c'est en grande partie grâce à toi que je suis devenu autonome pour les manipulations. Merci également Simona Miron pour m'avoir enseigné la calorimétrie et pour ta participation à tous nos travaux. Merci à Carine Tellier-Lebègue pour son aide avec la biologie moléculaire et les purifications de protéines. Un immense merci à Bob Thai pour sa grande implication dans les expériences d'empreinte par acétylation : tu m'as enseigné les bases de la spectrométrie de masse, tu as été super réactif quand il fallait qu'on reproduise rapidement des expériences, j'en suis très reconnaissant. Merci Clément pour avoir fourni le dimère Ku purifié, et pour avoir réalisé quelques expériences, et merci pour ta motivation de doctorant fraichement arrivé (ça aide quand, en troisième année, on a épuisé une bonne partie de cette motivation des débuts). Merci Wala pour ta participation à quelques-unes de ces expériences, c'était une aide bienvenue. Je te souhaite bon courage pour la fin de ta thèse, et sois certaine que je viendrai à ta soutenance. :-)
Je remercie également les scientifiques des lignes de lumière du synchrotron SOLEIL pour leur assistance durant les collectes et le traitement initial des données : Beatriz Guimarães et Pierre Legrand (PROXIMA 1), Martin Savko (PROXIMA 2), et Aurélien Thureau (SWING). Ils n'hésitent jamais à sacrifier des nuits et des week-ends pour s'assurer du bon fonctionnement de l'instrumentation complexe des lignes de lumière, et méritent donc des remerciements particuliers.
Au cours de la deuxième année, j'ai eu l'opportunité de passer une semaine au laboratoire de l'équipe d'Eric Gilson à l'IRCAN à Nice. Je remercie chaleureusement Eric, Sabrina, Delphine et Marie-Jo pour leur accueil. Plus particulièrement, merci Sabrina et Marie-Jo pour toutes ces expériences qui constituent une grande contribution à l'article qui sera j'espère bientôt publié. Merci également Delphine pour notre discussion très constructive et pour avoir partagé ton expérience sur les manipulations d'empreinte protéique. Je n'ai malheureusement pas eu le temps de poursuivre le projet qui m'avait initialement fait venir apprendre une technique dans votre laboratoire, mais ce court séjour m'a appris beaucoup de choses (expérimentales et théoriques) et j'en garde un excellent souvenir.
Je remercie toutes les personnes qui ont installé une bonne ambiance dans le bureau que nous avons partagé pendant que je l'ai occupé ces trois dernières années : Benjamin, Isslam, Wala, Philippe, Jingqi et Jonathan. C'était un plaisir d'être votre voisin pendant ces moments de rigolade et parfois même de discussions scientifiques sérieuses (si, si). Merci aux voisins des bureaux du rez-de-chaussée, en particulier Michel pour ton coaching actif pendant les derniers mois. Merci aussi à ceux "d'en haut" : le labo et les bureaux voisins. L'étage, cette autre dimension où on s'aperçoit toujours trop tard qu'on a oublié quelque chose au rdc : stylo, cahier, timer, marqueur, info nécessaire pour la manip qu'on a oublié de noter, etc. chaque chose utile imaginable a été oubliée en bas au moins une fois. Merci aux habitants de cette dimension d'avoir supporté les emprunts récurrents de stylos, marqueurs, etc. C'est aussi une dimension où on prend conscience de la relativité du temps : lorsque l'on s'y trouve, le temps semble passer très vite tandis que les occupants du rdc ont l'impression que l'attente pour partir à la cantine dure des siècles. Occupant un bureau au rdc et travaillant dans le labo à l'étage, ma perception du temps a été pour le moins étrange pendant ces trois ans.
Enfin, je tiens à remercier tout particulièrement toutes les autres personnes
sans qui cette thèse ne serait pas aboutie. Celles qui n'étaient pas au labo, et
qui ont justement réussi à m'en faire sortir suffisamment régulièrement.
Merci à mes amis du lycée (c'est super d'avoir pu rester en contact avec vous
depuis tout ce temps !) et aux personnes rencontrées par votre intermédiaire :
Anne-Sophie, Béatrice & Kévin, Claire, Guillaume, Adrien, Mikaël, Quentin,
Virgile & Lenka (merci pour ce magnifique séjour en Slovaquie), Elsa.
Merci à tous de m'avoir aidé à me changer les idées régulièrement, c'était
très important.
Merci aussi Diyendo et Maud, je suis content d'avoir pu garder le contact avec
vous après l'université alors que nous avons tous commencé une thèse au
même moment.
Merci à mes amis musiciens, tous présents pendant la thèse mais surtout dès mon
arrivée à Paris il y a 5 ans pour la plupart. Merci Léo, Sonia, Sarah, Isabelle,
Jean-Yves (ton humour décapant !!), Manu violoniste (si curieux de la biologie,
c'est toujours un plaisir de te raconter mes recherches), Patricia &
Jean-Michel, Claire (promis je ne te parlerai plus de passer ton HDR), Aline &
Pierre, Béatrice (ta bonne humeur constante, et ton grog...), Lea (merci pour
cette jolie mélodie que tu as composée), Alexis, Julien, Patricia (Mapaúlina)
Robin, Sylvain, Camille, Erwan, Pablo et les autres musiciens du Kwaga band.
Merci en particulier Robin et Sylvain pour avoir bien pimenté les derniers mois
de ma thèse :-) au sens figuré comme au sens propre (vos plats végétaliens sont
formidables).
Merci à toute ma famille, en premier mes parents Marie-Bé et Jacques, ma soeur Juliette (pardon, Juju) et mon frère Arthur. Merci pour votre grand soutien, vous avez toujours été là malgré la distance. Merci à tous les autres : tantes, oncles, cousines et cousins. Merci à mes grands-parents Nicole et René. Vous m'avez tous toujours encouragé, et vous avez supporté mes difficultés à vulgariser un sujet complexe. Merci pour tout. Enfin, merci infiniment Rebecca. Merci pour ton soutien de chaque instant, pour ta bonne humeur, pour ta musique, pour tous ces moments merveilleux déjà passés ensemble (les souterrains de Paris, la côte Ouest des États-Unis, les sentiers de Belle-Île, la Bogue d'Or, les Alpes en plein été, le festival Interceltique, et j'en oublie certainement...), et pour tous ceux à venir.